虽然在对第六大队的海豹突击队员进行改造之前，已经做了多次活体实验，取得了部分成功，但是与在那些来历不明的活体实验对象身上做实验不同，对海豹突击队员进行全面改造需要更高的成功率。
雅各布不敢掉以轻心，花了一个月进行前期准备。
在此期间，他还利用CIA提供的活体实验对象，对改造过程进行了多次调整，力求将成功率提高到最大限度。
这一个月，非常有必要，因为CIA得确定第六大队的官兵是否愿意接受改造。
为了确保万无一失，参与了“未来战士”项目的CIA官员找到第六大队的官兵，一个个的做“思想工作”。只有答应接受活体实验、自愿承担一切后果、绝不向外泄露秘密的官兵才有资格进入“未来战士”实验基地。
出人意料，除了两名半年前才加入第六大队的新兵，其他官兵都签署了实验协议。
随后，这些人员被送往内华达州的奈利空军基地，接受了为期半个月的适应训练，把身体调整到最佳状态。
此时，刘威已经到达美国，正在拉斯维加斯与里诺活动。
一切准备就绪之后，雅各布对第一批“志愿者”，即第六大队的五名小队指挥官进行了全面改造。
因为在此之前，只在活体实验对象身上取得过部分成功，全面改造都以失败收场，所以雅各布将改造分成了三个阶段，首先在部分身体素质过硬、精神意志顽强的老兵进行，积累起足够多的经验之后，再对素质一般的新兵进行改造，最后推广到所有人身上，完成全部改造工作。
雅各布的计划很周全，可实施结果并不理想。
在第一批六名海豹突击队员中，只有三人坚持完成了全部改造，而且其中一人在改造结束后因并发症死亡，剩下两人的状态也很糟糕，精神完全失常，没能达到改造目的。严格说来，改造结果不比失败好多少。
虽然所有接受改造的突击队员都签了合同，自愿承担一切后果，CIA也给他们做了妥善安排，全部算做战斗伤亡，四名死亡军官的家属还获得了丰厚的抚恤金，两名精神失常的军官则得到了妥善照顾，但是对于雅各布、以及急切希望获得成功的CIA来说，这个结果完全无法接受。
只是走到这一步，已经没办法回头了。
当时，五角大楼对此进行了调查，只是在CIA的干预下，最终没能阻止雅各布进行第二轮改造。
这次，接受改造的仍然是六名老兵。
针对第一轮改造中出现的问题，雅各布调整了改造方案，降低了风险。虽然结果仍然算不上完美，仍然有一名突击队员在改造过程中身亡，但是比起第一轮改造，这个结果完全在接受范围之内。
取得成功之后，改造进入第二阶段。
分成三次，每次十名突击队员，最终三十名突击队员都挺了过来，而且其中二十八人达到了雅各布制订的指标，即各方面的能力提高一倍以上，在力量、速度与耐力等方面，还超过了指标。
掌握了改造方式之后，才开始第三阶段。
从前期失败来看，主要问题还是出在改造手段上，即没有基因诱导素，导致改造中产生的痛苦远远超过人类的承受极限，导致雅各布不得不寻找别的办法，比如进行全身麻醉，最终导致受改造者的身体机能萎缩，或者是其他原因。
这个问题，不仅仅影响到了改造的成功率，还影响到了改造效果。
因为没能亲生感受到身体上发生的变化，所以在完成改造之后，“未来战士”需要更多时间适应新的身体。这个现象，在里昂身上就体现了出来，而且非常明显。即便在接受了适应性训练之后，“未来战士”的作战能力仍然比不上FOS战士，特别是在针对改造后全面提升的能力所开发的新式战术上。
只是对雅各布来说，这些都不是问题，因为他并不知道FOS战士的情况。
对雅各布来说，最大的问题就是时间。
准确的说，在刘威率领FOS军团袭击曼哈顿之前，雅各布并不觉得时间紧促，直到需要立即出动“未来战士”军团的时候，这个问题才浮上水面。
接到总统命令的时候，第三阶段的改造工作还在进行之中。
接受第三阶段改造的有九十名突击队员，这些人分成了六个小组，以一周为间隔，进行全面改造。因为改造需要大约一个月，所以第三阶段的改造工作将持续两个半月。而在这个时候，最后两批“未来战士”仍然在改造之中。
问题就在这里。
与FOS改造一样，“未来战士”改造也要耗费大量电能。因为实验基地就在曼哈顿的地面下，而纽约是世界上耗电量最大的城市，CIA与五角大楼早就为实验中心建立起了完善的电力供应系统，所以雅各布从来没有考虑过电能问题，只是按照基本要求，为改造中心准备了备用电源。
总电源被切断之后，实验基地的电力供应全部压在了备用电源上。
改造开始后就不能停下来，不然接受改造的战士将难以幸存。在接到总统命令之前，雅各布已经调整了基地的供电系统，把几乎所有电能都集中到了改造中心。刘威他们从海底隧道进入实验基地的时候，雅各布就在处理这个问题。
即便如此，也只是勉强保证改造工作能够顺利进行。
由此产生的影响是，实验基地里的其他耗电设施几乎全面瘫痪，连把人员运送到地面的电梯都不得不停止运行。
虽然实验基地里没有多么完备的安保系统，但是缺乏电力，仍热大大削弱了实验基地的安全防卫措施。
雅各布到来的时候，已经完成改造的“未来战士”已经集结完毕。
总共九十二名突击队员，其中六分之一是中队与小队级指挥官。因为海豹突击队员大部分都是军官，所以不存在军官与士兵的分别。
可惜的是，基地里没有可以供他们使用的武器装备。
这也没什么好奇怪的，按照CIA制订的计划，在全部突击队员完成改造之后，他们将前往奈利空军基地，接受为期半年的适应性训练，并且在此期间终结与探索新的战术。如果改造能够大范围推广，他们还将成为其他改造部队的教官。也就是说，CIA并没打算让他们立即上战场。
再说了，一直以来，CIA与雅各布都认为实验基地非常安全，没有必要存放武器。
虽然手上没有合适的武器，只从警卫那里获得了一些普通枪支，而且以手枪为主，但是这些“未来战士”并没惊慌失措，特别是那些在两个月前就已完成改造的指挥官，已经熟悉了新的身体，以及提高后的能力。
在他们眼里，对付普通军人，特别是在实验基地这种狭小空间内，有没有武器都没有多大区别。
雅各布也持同样的观点，因为他非常清楚“未来战士”的实力。
等到最后三十名“未来战士”从“改造池”中出来，逐渐适应了新的身体后，雅各布把发生的事情告诉了一百多名突击队员，随后转告了总统的命令，即首先歼灭进入实验基地的入侵者，再等待下一步指示。
雅各布说完之后，指挥权交给了第六大队的史塔克上校。
他是大队的最高指挥官，也是一名拥有十八年军龄、在海豹突击队服役了十五年、参加过上百场战斗、击毙了无数敌人、获得过“国会荣誉勋章”的超级战士。在接受全面改造之前，史塔克就是海豹突击队里最出色的战士、以及最精明的指挥官。数年前，在巴基斯坦的那场战斗中，就是他率领海豹突击队员攻入恐怖大亨藏身的庄园。虽然不是他击毙了恐怖大亨，但是他在战斗中发挥了最为关键的作用。
有他指挥“未来军团”，雅各布完全不用操心。
留下十名“未来战士”保护雅各布等主要科研人员之后，史塔克开始给其他突击队员分配作战任务。
因为已经在这里生活了几个月，所以突击队员都很熟悉基地里的情况。
即便不熟悉，通过雅各布提供的基地分布图，也能很快找准方向。
这个时候，漠北狼率领的FOS大队还在基地里摸索前进。
虽然警报拉响之后，漠北狼提高了警惕，也听从了刘威的吩咐，但是没过多久，他就发现基地里的警戒系统并没有想像中的那么强大。一路上，他们不但没有遇到多少警卫，甚至没有遇到多少过不去的大门。
真正的麻烦，来自分散布置的各个实验机构，以及连接这些实验机构的地下通道。
因为不清楚实验基地里的具体情况，所以漠北狼指挥的FOS战士必须小心翼翼，而且得逐一搜索所有实验机构。
结果就是，把太多的精力与时间花在了没有多少意义的地方。
所幸的是，漠北狼他们面对的敌人，也不清楚他们的情况，而且并不知道FOS军团已经进入实验基地，正在向改造中心推进。
