第一批“现代”人类，这批人最早来自于努比亚东边的埃塞俄比亚。奥莫1号和奥莫2号这两件人类头骨化石约有19万5000年的历史，所以很可能在史前同一时间，努比亚地区也有人类居住。
在努比亚很少发现人类的遗骸，其原因很难解释。千百年来该地区的环境发生了变化。对于这段时间的探究有迹可循。大约8000至25000年前，在尼罗河第二瀑布处，现代苏丹与埃及分界线的南边，发现了早期的努比亚遗迹。
A群落
大约在公元前3800至3100年间，该地区最早的文明诞生了，被认为是真正的努比亚文明。这些早期的努比亚人居住在下努比亚，位于尼罗河沿岸，第一和第二瀑布之间。
现代考古学家将这些早期的努比亚人称为A群落。A群落是目前所知的努比亚文明中最早出现的强大统治者的族群，因此可以称之为一个王国。这个由部族构成的联盟组织结构非常松散，仅仅只是一个半统一的王国，每个部落还保留着自己的风俗习惯。
努比亚人不断改进并运用技巧，以此抵御敌人或者捕获猎物。A群落显然没有任何形式的文字语言。从复原的文物来看，努比亚人已经开始经常与埃及人进行交流。
贸易的兴起
沿着尼罗河的贸易航线穿过了努比亚地区，将埃及以及撒哈拉以南的非洲地区连接起来，并横贯东西。
有充分的证据表明，航线的开发时期，与A群落所处的时期一致。此外，在埃及人的墓中发现了这一时期来自中非的贸易物品。埃及人对努比亚的自然资源并无兴趣，因此，从埃及出土的A群落货物很少。努比亚人没有直接生产物品与埃及进行贸易，而是创建了一套自己的贸易系统，充当中间人，从中赚取利润。努比亚部落通过交易换来多种物品。A群落也曾开采铁矿等其它矿石或资源，用来直接与埃及进行贸易。
埃及发起军事行动
在上努比亚地区，由各部落结盟的松散组织蓬勃发展，这很大程度上归功于同埃及的贸易往来。努比亚与埃及的关系从一开始就注定不会一帆风顺。
根据埃及人留下的铭文，在公元前3100年和2500年之间，埃及的法老们为了征服下游的努比亚地区，曾经组织了不下五次的军事行动。导火索可能是因争夺贸易路线的控制权而引起的纠纷。
新文明的崛起
各种战争让努比亚部落的人口逐渐流失，伴随出现的还有另外一个现象：没有战争的时候，源源不断的努比亚人向北迁徙寻找工作。约公元前3100年，努比亚所在的地区已经变得人烟稀少，极度荒凉。A群落永远消失在历史长河中。
一些研究人员相信B群落是对A群落的继承。如果这一时期真的存在，那么它一定很小，并且存在的时间很短。无论如何，早期文化在很多年或者几个世纪之后，都会被一种新的文化所替代：一个新王国几乎完全覆盖了上努比亚地区及其早期文明。
库施王国
现代考古学家称这个时期的上努比亚社会为C群落。在不同的时期，埃及人对它的叫法有塔西提、奈黑西和亚姆，而库施是最常见的称呼。埃及最古老的文献中就明确提到了库施王国，其历史起源可追溯至公元前1150年以前，但库施文明的存在可能比该文献的记载要再早几个世纪。
在埃及人的眼里，库施或许也是一个荒凉之地，但它却拥有非常重要的地理位置和资源。
科玛
科玛是库施的政治和宗教中心。相关证据显示，科玛曾是非洲最早的中心城市之一，在那个时期，科玛繁荣的城市景象令人惊叹。科玛和库施在公元前2100年左右开始没落。
贸易
库施王国在其陨落之前，同北部的埃及一直保持密切的往来。有了运河，埃及人就可以开采石块，用驳船将其运往北边。相似的谈判在贸易线路建立之初就举行过。这条贸易线路经由埃及，穿过努比亚，贯穿非洲以南的部分地区。由埃及经过努比亚向南的贸易线路逐渐建成，促进了两地之间的联系。这条贸易线路在当时带来的影响有弊有利，但它的存在一直持续到努比亚的下个世纪。
