海瑞性格刚强，凡事遵守制度，不肯逢迎上级，对孔孟之道深入的研究造就了他严谨的教学风格和高调的处世态度。他说郡庠的职责是为朝廷培养人才，不是乡间教师爷的私塾。郡庠也不是官府，并不处理政务。所以，他革除了一些与郡庠不符的礼节。
有一天，福建省延平府的高级督学来南平视察教育，要在明伦堂接见师生。海瑞率两个训导出门迎接，两个训导看见督学一行，马上下跪，独海瑞直立长揖而已。当时，他与两个训导站在前列，他在中间，两训导分立两侧。这样一来，中间高，左右低，三个排在一起的形状，就像一个笔架。因此，海瑞得了一个“笔架博士”的雅号。他这种出格举止引起督学及诸大夫的不满，问他何以不下跪，他说，这个规矩是先圣立下的，后人太俗，破坏了圣贤的规矩。既然我们都知道这一点，为什么不带头恢复传统呢。这么一说，虽然督学觉得他不恭，却又拿他没有办法。
即使海瑞不跪只是按章办事，但那些讲排场的官员们觉得他不恭，处处找麻烦。海瑞想，我这样做是为了弘扬孔孟学说，恢复应有的道德行为，既然你们不能接受，那我就只有离开此地。于是，海瑞提出辞职。
延平知府是个明白人，他知道在明伦堂不跪接上官，是国家制度所定，便说，“彼所执竟是，吾误也”，即表示，这不是海瑞的过失，而是我们错了。但海瑞心中总觉不快，所以仍有心离开。延平知府只好将情况反映给当时管理郡庠的福建学宪，福建省提学副使朱镇山知道此事后，钦佩海瑞的气节，便调他来福州正学书院修书。过了几个月，朱镇山劝海瑞仍回南平，并对他说：我们读书是为国家出力，何必因为这样的小事生气？在朱镇山的热情劝导下，海瑞回到南平继续上任了。
海瑞重新到任后不久，接到通知说按院要来南平视察学宫，海瑞带领诸生员在大门迎候。海瑞仍旧不跪，按院早就对这个“笔架博士”有所耳闻，所以对他也是无可奈何。
时间一长，像这样的情况越来越多，了解他的人越来越多，钦佩他的人也就多了起来。因为海瑞的人品好，知识面广，而且与人交往从不耍滑弄奸，不少地方官员都愿意和他交朋友，政务中遇有难题，也喜欢与海瑞先行切磋一番，然后再作定夺。海瑞满腹经纶，一旦有机会，就会对时政大发议论。
一次，福建掌管地方治安的吴检事邀请海瑞，商谈解决困扰地方多年的驿传问题。明朝中叶，由于交通的发达，地方政府的负担也日益沉重，原因是明朝的财政制度并没有差旅费开支这一项内容。结果，全国1040个驿站，名义上是由兵部掌管，实际上一切费用，包括过境官员本人及其随行人员所需的食物、马匹和船轿、挑夫等相应费用，都要由地方财政承担。兵部只是发给出行官员一纸公文，地方政府就必须按相应级别标准保证供应。在明朝初期，这一矛盾并不突出，因为当时的政府机构还不庞大，官员出巡的次数也不多。到明朝中叶，政府机构急剧膨胀，繁文缛节搞得政务运行相当复杂，仅正常的公务往来就多得不得了，加上一些作风不正的官员借机盘剥，地方官员被搞得焦头烂额。海瑞对此当然一清二楚。既然有人问他，他就无所顾忌地提出自己的见解。他□气，其根源在于近年的关文泛滥，文山会海。解决这个问题可以有三个办法，分为上、中、下三策。
上策为治本，即裁减一切不合理的规章制度，精兵简政，恢复本朝开国皇帝立下的五马三驴之法，从根本上减少迎来送往的机会。这五马三驴之法是指在每一驿站配五匹马，三头驴。有信使或官员路过驿站时，若要到较远地方去的，可以乘马，近途的则只配驴。明初，朱元璋实行严格的集权管理，因此政府机构比较精简干练，官员外出及公文传递也要少得多。朱元璋规定五马三驴法，其实也是为了限制各级官员滋长不良风气。海瑞认为，只有恢复祖宗之法才能从根本上解决问题。他举例说，现在地方就如同一匹可以拉1000斤的马，如果只让它拉1000斤，那它可能走得十分轻松。但如果硬要让他驮上1万斤东西，那这匹马可能连蹄子都抬不起来，立时就会被压垮。现在各县就如同能拉千斤的马，驿站的负担如果超过“千斤”，则各县的经济就可能被搞垮，那就很难再恢复起来。因此，必须想办法减轻各县的负担。当然，上策的执行可能会遇到许多困难，那就实行中策。中策是指按照过往官员的职级规定必要的接待标准，不执行公务的官员本县驿站概不接待，这是中策。实在做不到，亦可先出下策，即接待任何官员都不搞迎送程序，仅安排必要食宿。海瑞指出，按他的理想，应该全面恢复明朝初期的各项严格规定，提出的这几条对策，仅仅是为了当前解决实际问题。建议县令乃至巡抚择上策而行之。
