“喂！你们有没有听说啊？今天我们班上有转学生要来耶！”
“真的吗？”
“那是当然！小林老师刚刚都在办公室说了！”
“哇！从柯南来了以后，这是我们班的第二个转学生了，也不知道她人怎么样？要是个可爱的女孩子就好了！”
“元太！我觉得个性好才是最重要的！”
“才不是！”
“柯南，你觉得新的转学生会是什么样子？”
正打着瞌睡看三个小屁孩在那里兴奋讨论的柯南面对这突然甩过来的话题，打了一个哈欠后，很不给面子的随便说了一句。
“谁知道呢？或许是一个书呆子吧！”
“什么嘛！柯南真扫兴！”
然而此刻对这个新来的转学生丝毫没有兴趣的柯南却不知道，正在小林老师陪同下迈步来到一年B班的对方可是对他很有兴趣呢。
“大家好！我是灰原哀！”
随着这一句冷冷的自我介绍，和柯南当初来这个班的各种笑声不同，面对灰原哀这种可爱的女孩子，才一年级的小屁孩们为了让灰原哀最后选择坐自己身边一个个的将自己的身体挺得笔直，坐姿端正的偷瞄着站在讲台上的那个女神。
然而被他们心里默默标上女神标签的灰原哀在扫视了一遍教室后，却毫不犹豫的走到了坐在最后一排的柯南身边。
“请多指教！工藤新一！”
听到这个已经有些陌生的名字从这么一个小孩子嘴里吐出，原本毫不在意的柯南眼神瞬间收缩了起来。
“你是谁？还有工藤新一是谁？灰原同学！你在说什么啊？不会是把我认成你的哪个熟人了吧？”
“呵呵！也许吧！”
在灰原哀不置可否的呵呵声下，原本每天上课都睡觉的柯南整整一天都在忐忑不安中度了过去，他发誓这是他这十几年来最难熬的一天。
然而当下课他追着灰原哀想要问什么的时候，一旁杀出的步美三人却提出要送小哀回家。
而这时，换衣柜里的一份委托却又把几人的计划全都打乱了，一份哥哥被绑架的委托，因为那个叫俊也的小鬼说绑架他哥哥的人是一个一身黑衣的女人而让柯南动力十足的抛下关于小哀的调查去追查起了俊也哥哥被绑架案。
结果带着三个拖油瓶和一个看戏的小哀历经千辛万苦，差点被绑架犯一枪崩了的柯南最后却发现对方只是碰巧喜欢穿黑衣服罢了，至于琴酒，伏特加什么的反而比他还一脸懵逼。
已经找黑衣组织找疯魔的柯南在发现事情并不是自己预料的那样后，整个人都丧了起来。
然而在回家的路上，一直都比较沉默的小哀却给了他一个惊喜。
“APTX4869，你知道这是什么吗？”
“啥？”
正思考着怎么再弄到黑衣组织线索的柯南被这么突然一打岔有些蒙蔽的跟着问到。
“那是一种药！是组织命令我做的药！”
“组织？什么组织？怎么还让小孩子做药？哈哈哈！灰原同学！别开玩笑了！”
“小孩子？你是小孩子吗？而且我也不叫小哀，我的代号是雪莉！”
“哈？”
听着小哀一件又一件爆出来的不该是一个小孩子知道的事情，原本还有些难以置信的柯南最后终于惊恐的发现，当黑衣组织真的离他这么近的时候，他的内心剩下的只有恐惧。
在小哀一番连唬带骗下，感觉阿笠博士有危险的柯南疯狂的跑到了阿笠博士家门口，接着就是博士开始解释他是怎么遇到小哀的。
总之一句话，出门买了个饭，回家路上就捡到了一只萝莉，尼玛这种运气，不知道气哭多少萝莉控。
接着就是柯南和小哀开始磨合的过程了，有了小哀这个同样从黑衣组织里面逃出来的内部人员，虽然所有和小哀有关系的药厂，研究所什么的一夜之间都不是失火就是爆炸，仿佛整个东京都乱了起来。
但是带着投名状来投靠柯南的小哀还是指出了她姐姐那里应该有她一不小心邮寄错邮寄过去的一份磁盘资料。
对黑衣组织想要了解想疯的柯南立马顺着广田正已这条线，追查了下去。
于是在家做饭的毛利小五郎就接到了柯南想要在阿笠博士家待两天的奇怪请求。
“随你吧！你开心就好！”
知道柯南不会凉，即使凉了也不是自己凉了的毛利小五郎想到柯南这个小鬼不在家，对于妃英理之前推脱有小孩子在家不方便的那些事就可以施行的他居然内心莫名的的期盼柯南永远不要回来起来。
虽然他之前就收了冒名顶替柯南母亲的工藤有希子的一大笔寄宿费。而且那个打钱的户头还在持续不断的累计增长着。
没有了后顾之忧的柯南带着新司机阿笠博士和新助手灰原哀开始前往静冈的大作战计划。
然而有死神保佑的他，来到广田教授家的时候，广田教授已经凉了。
害怕是因为黑衣组织同样查到这里而杀害了广田教授的柯南和小哀一番内心挣扎后，终于还是选择了赌一把，顶风作案查找一下。
于是在顺手破了这起命案后，他们意外的发现了磁盘还在，只是警方还需要带回警局当物证。如果没问题的话，一周以后就可以还给他们。
得到磁盘的柯南仿佛已经抓到了黑衣组织一样，整个人都放轻松起来。然而一旁一路上除了打击他就是沉默不语的小哀却突然抓着他的衣服嚎啕大哭起来。
“你……你为什么不救我姐姐？像你推理能力这么强的人，应该很容易就能看穿我姐姐的事情啊！可是……为什么？为什么啊？”
从小哀的抽泣中，得知她姐姐就是那个之前在她怀里被枪杀的黑衣组织外围成员广田雅美后，思绪又一次被拉回那次十亿日元抢劫案的柯南一声叹息后就这么让小哀抓着他的衣服一直哭到睡着。
而原本对小哀这个做了APTX4869毒药的黑衣组织成员还有心结的柯南也终于彻底放下了心中的那一丝芥蒂，都是身不由己的可怜人。如果这次凭着磁盘抓到黑衣组织的话，他一定求毛利叔叔和妃英理阿姨这两个在侦探界和律师界可以双剑合璧的名人为小哀辩解，放她一条生路。
可惜……
