顾顺章一被捕，当即叛变，供出中共中央在上海的5个秘密机关的地址，即向忠发、周恩来、瞿秋白的住处以及中共中央秘书处、中共中央特科所在地。这一重要情报用密电发往南京国民党中央组织部调查科，却落在潜伏在那里的中共特工钱壮飞手中，迅即告知周恩来等转移，才使中共中央在上海的机关避免了被一网打尽的灾难。
顾顺章的叛变，使中共中央极为震惊，决心调派最为可靠的人负责特科。周恩来把这一重任交给了陈云。
这样，陈云在危难之际，担任了极为重要的职务，即中共中央特科书记。
特科，中共专门负责惩处内奸、叛徒及保卫中共中央机关的工作，是中共中央的要害部门。
特科是这样建立起来的：
最初，在1927年6月，中共江苏省委机关的会议刚散，便被国民党特务包围，使陈独秀之子、中共江苏省委书记陈延年被捕。紧接着，又因原共产主义青年团江苏省委宣传部长兼秘书长韩步先和上海总工会书记张保臣的叛变，使继任者中共江苏省委代理书记赵世炎被捕。
陈延年和赵世炎双双被杀害，促使中共考虑成立一个专门的机构，去对付国民党的特务，对付叛徒和内奸。于是，中共江苏省委便建立了一支“红队”。
不久，中共中央机关从武汉迁来上海，也建立了“红队”。
1928年秋，周恩来把这两支“红队”合并在一起，成立了一支“红色恐怖队”。
这支队伍最初由从苏联学习回来的谭保全负责。
“红队”，又称特务工作科，科长为顾顺章，直属中共中央军委领导。据当时参加过这一工作的周惠年回忆，特务工作科下属四个股，即特务股、情报股、保卫股和打击土匪的“土匪股”。
特务工作科后来简称特科。
1928年11月14日，中共中央常委会作出决定，成立由向忠发、周恩来、顾顺章三人组成的“中共中央特别委员会”，专门负责反奸工作和中共中央机关保卫工作。
中共中央特科改由中共中央特别委员会领导，由周恩来直接指挥，顾顺章负责。
这时的特科，下分四个科：
第一科为总务科，负责总务，例如租住房、选择会议地址和掌管财务等。
第二科为情报科，负责搜集情报，掌握敌情，对敌方的侦控机构进行反间谍工作。陈赓为科长。那时，陈赓化名王庸，人称“王先生”。
第三科为行动科，负责打击对中共中央机关构成威胁的叛徒、特务，负责中共中央机关的安全工作。实际上就是原先的“红队”。以顾顺章为科长。
第四科为交通科，主要任务是保障上海及全国各地秘密交通网的正常运行，也负责中共中央的地下无线电台的报务工作。科长为李强。
其中，第二科建立后，便开展反间谍工作。1928年，杨登瀛便成了第一个中共特工。杨登瀛，又名鲍君甫，他是陈立夫的亲信，是国民党中央驻上海的特派员。他为中共提供了大量机密情报。
紧接着，在1929年底，第二科又派出三员干将，潜入国民党高级特务机关。这三名干将便是李克农、钱壮飞和胡底。其中，钱壮飞担任了国民党中央组织部党务调查科主任徐恩曾的机要秘书。
在顾顺章叛变千钧一发的关头，正是钱壮飞发挥了重要作用，才使中共避免了重大损失。
顾顺章叛变后，中共急令钱壮飞以及李克农、胡底，还有陈赓，立即撤离上海。主管情报工作的周恩来着手重整特别委员会。
周恩来点将，调来陈云主持特别委员会。在新的特别委员会会议上，周恩来宣布，由陈云、康生、潘汉年三人领导，陈云负总责，康生为副。
周恩来还宣布：
陈云兼一科科长，直接领导总务、财务、交通等工作；
潘汉年任二科科长，负责搜集情报、侦察敌情和反间谍等工作；
康生兼三科科长，负责指挥、执行保卫及警报等工作。
这样，特别委员会在陈云领导下，重整旗鼓，开展工作。
向忠发叛变供出了陈云
一波刚平，一波又起。就在这时，叛变了的顾顺章仍在上海秘密跟踪，终于发现了向忠发的行踪。
于是，发生了静安寺探勒汽车公司前的那一幕……
向忠发被捕后，迅即叛变，使任弼时夫人陈琮英以及中共中央工作人员张纪恩等被捕。
1992年7月2日，在笔者采访张纪恩时，他给笔者看了一本如今颇为鲜见的书，书名曰《转变》。这是国民党中统局编印的内部用书，供那些反省院中的中共被捕者“学习”使用，出版于1933年12月。书中收入80份中共高中级领导人被捕后所写的自首书。其中，便有《前共党中委兼总书记向忠发的自供》。
向忠发的自供中，有两处提及陈云。
一处是他交代了“特务委员会”（即中共中央特科）的组织情况，指出陈云为“总负责”（亦即中共中央特科书记），原文如下：
三、特务委员会。
从前是我和周恩来、顾顺章，但自顾顺章被捕后，经人报告，闻已自首，遂施行改组了。前由顾顺章负责，现改为廖成云（笔者注：即陈云）负责，其组织如下：
1.廖成云，总负责（前江苏省委）
2.赵云（笔者注：即康生）（第三科——红队）
3.潘汉年（第二科——侦探）
4.杨森（第一科——社会及各种技术）
5.陈寿昌（第四科——交通）
向忠发的自供另一处这样提到陈云：
赤区接济者：在赤区中所没收或抢掠的财物，统统都换成现金，再由在芜湖开设金铺子的同志张人亚兑换成现洋及钞票，交来上海给中央。前后由我经手有两次：第一次，1930年6月由闽西运来700两；第二次1930年底，由赣西南运来2007两。由这两批款内提出800元组织商业机关，派陈绍禹做老板——现由廖成云负责支付。此外尚有许多大批现金由赤区运来，但都不是我经手的。
向忠发还供出了交通主任喻泽时住上海戈登路戈登里，共青团总书记秦邦宪（博古）住上海古拔路横路3号，等等。幸亏陈云及时获悉向忠发叛变的消息，通知中共中央机关及有关人员大转移。不然，连陈云自己也难以逃脱这场大搜捕……
向忠发虽然叛变，仍于被捕后的第3日——1931年6月24日——被枪决于上海龙华。向忠发曾跪下来苦苦哀求饶他一命，也无济于事。
向忠发一命呜呼，使王明惊惶失措。
本来，王明早就想当中共中央总书记，而向忠发之死，为他当总书记提供了最好的机会。然而，王明深知留在国内工作，每时每刻都有人头落地的危险。于是，王明宁可不当总书记，而向共产国际表示，要去莫斯科，担任中共驻共产国际代表团团长。王明想坐在莫斯科进行“遥控”。
向忠发已死，王明又要远走，中共中央不能不进行改组。
经王明提出，经共产国际东方部批准，在1931年9月，中共中央临时政治局成立，成员共6人，即博古、张闻天、卢福坦、李竹声、康生、陈云。这6人之中，不设总书记，只指定博古为总负责。
这样，陈云进入了中共临时中央领导核心。
1931年10月中旬，王明离开上海，前往莫斯科。
1931年12月上旬，周恩来因工作需要离开上海，前往江西红区，亦即江西“苏区”。
1932年3月，27岁的陈云在上海担任中共临时中央常委，兼中华全国总工会党团书记。
在“一个深晚”会见了鲁迅
1932年12月11日夜晚，在上海北四川路拉摩斯公寓3楼4室，鲁迅设家宴招待客人。据当天的《鲁迅日记》载：
治馔六种邀乐扬、维宁及其夫人。夜晚，三弟亦至。
“维宁”，即瞿秋白，而“乐扬”则是冯雪峰。
那时，国民党政府悬赏2万元捉拿瞿秋白。在1932年11月下旬，瞿秋白和夫人杨之华不得不躲避到鲁迅家中。当时，鲁迅因去北京探望生病的母亲，不在家。许广平曾这样回忆瞿秋白的到来：
我还记得：他和杨大姐晚间来到的时候，我因鲁迅不在家，就把我们睡的双人床让出。
11月30日，鲁迅回到上海家中，就安排瞿秋白夫妇住在公寓中的另一房间。
瞿秋白夫妇在鲁迅家住了半个来月，中共地下组织派出“史平”前来接出他们，以便转移到另一安全的处所。
这位“史平”，也就是陈云。
在一个细雨蒙蒙的夜晚，陈云来到鲁迅家里，见到了鲁迅。陈云陪着瞿秋白夫妇在雨中离开了拉摩斯公寓。
1936年10月26日，为了纪念鲁迅，陈云写了回忆文章《一个深晚》，记述这个难忘的夜晚。这篇文章署名“史平”，最初发表于中共在法国巴黎创办的《救国时报》第64期。
陈云写道：
1932年阴历十一月的某一天，大约是深晚11时许了，我坐着一辆黄包车，把戴在头上的铜盆帽挪低到眉毛以下，把吴淞路买来的一件旧的西装大衣的领头翻起盖满两颊，由曲曲弯弯的小路到了北四川路底一路电车掉头的地方就停下了黄包车。付了车钱，往四边一看，没有人“盯梢”，我就迅速地走进了沿街的一座3层楼住宅房子的大门。这是一座分间出租的住宅，走进大门就是楼梯。大约是在3层楼的右首的那间房间的门口，门上有着一个同志预先告诉我的记号。我轻轻地扣了两下，里面就出来了女主人。我问：“周先生在家吗？我是×先生要我来，与×先生会面的。”女主人就很客气地请我进去。
秋白同志一切已经准备好了，他的几篇稿子和几本书放在之华同志的包袱里，另外他还有一个小包袱装着他和之华的几件换洗的衣服。我问他：“还有别的东西吗？”他说：“没有了。”“为什么提箱也没有一只？”我奇怪地问他。他说：“我的一生财产尽在于此了。”
他问我：“远不远？”“很远，我去叫3辆黄包车。”我说着，正想下楼去叫车子，旁边那位50以外庄重而很关心我们的主人就说：“不用你去，我叫别人去叫黄包车。”说着就招呼女主人去叫黄包车去。这时候，秋白同志就指着那位主人问我：“你们会过吗？”我和那位主人同时说：“没有。”秋白同志说：“这是周先生，就是鲁迅先生。”同时又指着我向周先生说：“这是×同志。”“久仰得很！”我诚恳地尊敬地说了一声。的确，我是第一次见鲁迅。
他穿着一件旧的灰布棉袍子，庄重而带着忧愁的脸色表示出非常的担心，恐怕秋白、之华和我在路上被侦探、巡捕捉了去。他问我：“深晚路上方便吗？”“正好天已下雨，我们把黄包车的篷子撑起，路上不妨事的。”我用安慰的口气回答他。我是第一次与鲁迅会面，原来不知他哪里人，听他的说话，还多少带着绍兴口音。后来我把秋白、之华送到了他们要去的房子里，问起秋白同志，才知道鲁迅确是绍兴人。
一会儿女主人回来说：“车子已经停在门口。”我说“走吧”，就帮助之华提了一个包袱，走到门口。秋白同志向鲁迅说：“我要的那两本书，请你以后交××带给我。”又指着我向鲁迅说：“或者再请×同志到你这里来拿一下。”我就顺便插口：“隔几天我来。”
正想开门下楼去，之华还在后头与女主人话别。我们稍微等了一下，鲁迅就向秋白同志说：“今晚上你平安到达那里以后，明天叫××来告诉我一声，免得我担心。”秋白同志答应了。
一会儿，我们三人就出了他们的房门下楼去，鲁迅和女主人在门口连连地说：“好走，不送了。”当我们下了半只楼梯的时候，我回头去望望，鲁迅和女主人还在门口目送我们，看他那副庄严而带着忧愁的脸色，表现出非常担心我们安全的神气。秋白同志也回头望了他们一眼，说：“你们进去吧。”他们默不做声地点了点头。当我们走到了二层楼梯口，才听到三层楼上啪的一声关上了房门。
秋白同志自从1932年××同志被捕以后，侦探到处在追逐他。他病得又很重，住在鲁迅家里已经好久了。虽然鲁迅当时也为暗探四面跟踪着，但是鲁迅终于把秋白同志安全地保护了几个月。后来因为外面已经有些“风声”，所以我们就把秋白同志搬到另一个地方。
我们本来还要到鲁迅家去替秋白同志拿那几本书，我也很想再去会会鲁迅，后来因为别的原因，很快地离开了上海，所以没有再去。我这第一次的会见鲁迅也就成了最后一次的会见鲁迅了。
