安妮·弗兰克从一九四二年六月十二日到一九四四年八月一日之间写日记。最初，她只是为自己而写。一九四四年的一天，荷兰流亡政府的成员博克斯坦大臣在伦敦的广播中宣布，希望战后收集有关的第一手资料，以此见证荷兰人民在德国占领之下饱受的折磨。他特别提到了信件和日记。
听到这段话后，安妮决定战后以日记为基础，出版一本书。于是她开始重写、修改日记，润色文字、删除不够有趣的段落，凭记忆增加一些内容。同时，她也保留了原始日记。具有学术价值的《安妮日记：评注版》（一九八九年），将安妮第一次写下的、未经编辑的日记称作A版，以此区分她第二次写成的、经过编辑的日记（B版）。
安妮的最后一篇日记写于一九四四年八月一日。一九四四年八月三日，密室中的八人被捕。两个在大楼里工作的秘书弥普和贝普·吉斯，发现了散落一地的安妮的日记。弥普·吉斯将日记一页页拾起来，藏在一个抽屉之中。战后，安妮的死讯被确认，她把这些还未阅读的日记交给了安妮的父亲：奥托·弗兰克。
经过再三考虑，奥托·弗兰克决定完成女儿的心愿，出版她的日记。他从A、B两个版本中选取材料，重新编辑成较短的版本（C版）。全世界读者熟悉的《安妮日记》就是这个版本。
奥托·弗兰克选材时遵守了如下几点。首先，篇幅简短，以符合荷兰出版者的一系列要求。另外，日记中有关安妮性方面的内容必须删除。一九四七年《安妮日记》首度出版，当时公开描写性不合时宜，不适于青少年阅读。作为对死者的尊敬，奥托·弗兰克也删掉了日记中对他亡妻和密室中其他人不敬的段落。安妮十三岁时开始写日记，最后结束是十五岁。日记中她对自己的好恶直言不讳。
一九八〇年奥托·弗兰克去世时留下遗言，将女儿日记的手稿赠予位于阿姆斯特丹的荷兰战争文献资料所。因为日记出版后，有人质疑其真实性。于是荷兰战争文献资料所下令彻底调查。一旦证实属实，将日记的全部内容连同详细的调查报告一并出版。《安妮日记：评注版》不但包括A、B、C三个版本，还包括弗兰克家族的背景资料、他们被捕与押解的情况、对安妮笔迹的研究以及研究时使用的资料文件。
奥托·弗兰克的所有遗产由位于巴塞尔（瑞士）的“安妮·弗兰克基金会”继承，该基金会还拥有他女儿的版权。后来该基金会决定为广大读者出版一种全新的增补版本。新版本包括了奥托·弗兰克修订的旧版的所有内容，让数百万人读到这本日记。作家兼翻译家的米杰·帕斯勒担任新版本的编辑修订工作，对奥托·弗兰克的原版进行补充，同时选取A、B两版的内容。米杰·帕斯勒的最终版本经安妮·弗兰克基金会的同意，增加了大约30%的内容，使读者更加了解安妮的内心世界。
在安妮写下的第二版（B版）时，她为日记中的人物冠以假名。最初她想自称安妮·奥利斯，后来又改成安妮·鲁宾。奥托·弗兰克决定将家人的名字改为真名，其他人则沿用安妮起的假名，以满足她的愿望。这么多年来，人们早已熟知帮助密室成员的几个人的真实姓名。在这个版本中使用他们的真名，因为他们给予了无私的帮助，这是他们应该获得的。对于不愿暴露身份的人，则使用荷兰战争文献资料所为他们起的姓名首字母缩写。
密室中其他人的真名：
凡·皮尔斯一家
奥古斯特·凡·皮尔斯（生于一八九零年九月九日）
赫尔曼·凡·皮尔斯（生于一八九九年三月三十一日）
皮特·凡·皮尔斯（生于一九二六年十一月八日）
在安妮的手稿中，以上三人被称为：皮特呢拉、汉斯、阿尔弗烈德·凡·丹；在本书中则是：皮特呢拉、赫尔曼、皮特·凡·丹。
弗瑞兹·佩尔（生于一八八九年四月三十日，德国基森）
在安妮的手稿中以及本书中，被称为：阿尔福德·杜塞尔
读者请记住，该版本是根据安妮在大约十五岁时写下的B版。有时安妮会回顾过去，对之前写下的日记附加评论。这些评论都以斜体字加以标注。安妮拼写和文字上的错误也被改正。此外本书忠于原作。因为修改、澄清历史资料，是不当的做法。
