后来，张居正又给南京国子监司业屠平石写了一封信，对如何治学作了进一步的阐释：“《记》曰：‘凡学，官先事，士先志。’士君子未遇时，则相与讲明所以修己治人者，以需他日之用。及其服官有事，即以其事为学，兢兢然求所以称职免咎者，以共上之命。未有舍其本事，而别开一门以为学者也。孔子周行不遇，不得所谓事与职者而行之，故与七十之徒切磋讲究。其持论立言，亦各随根器，循循善诱，固未尝专揭一语，如近时所谓话头者概施之也。告鲁哀公曰：‘政在节财’，齐景公曰：‘君臣父子。’在卫曰：‘正名。’在楚曰：‘近悦远来。’亦未尝独揭一语，不度其势之所宜者而强聒之也。”在这封信中，张居正进一步肯定孔子因地献策、因材施教的特点，但他认为孔子之所以与七十门徒探求学问，坐而论道，是因为他周游列国而谋不到经邦济世的差事。对于如何治学，张居正提出了自己的看法，他把研讨学问分为两个阶段：第一阶段是为官之前，此时学习就以“修己治人”为主；为官之后，其研修学问则应以“称职免咎”为主了。总之，张居正的治学观是崇尚务实而厌恶空谈的。
当时的理学大师王守仁，既是朝廷的重臣又是著名的学者，十分热衷于讲学，提倡创办学院，在嘉靖时期书院大盛，王门弟子遍布天下。面对十分盛行的聚党空谈的风气，张居正认为这些人只会空谈，无益于国家，“比来士习人情，渐落晚宋窠臼”。不仅浪费了大批士大夫的精力，也影响了政治的安定。加之当时有些生员包揽诉讼，挟制官府，欺凌百姓，俨然成为“学霸”。更有甚者，利用讲学为名，大敛民财。为了改变这种学风，张居正制定了18条规章，决定严厉整顿学政。
万历七年（1579年）正月，张居正下令“毁天下书院，将书院旧址改为公廨或衙门，书院良田归还当地百姓”。他认为，书院为那些整天空谈的人提供了场所，这些人游手好闲，不仅影响了学业，也会导致经济荒废。在当年，从应天府开始，总共64处书院被封。
不可避免，张居正此举引起许多士人的不满，而且直接激发出一桩“何心隐事件”。
这个何心隐，原名梁汝元，字夫山，江西永丰人。他以诸生的身份，放言时政，品评学术，正是“空谈”的代表人物。他还非常热衷于政治，据说嘉靖年间蓝道行智逐严嵩，就是听从了他的密计，时人称赞“以计去宰相”。后来，他来到张居正的故乡江陵做起了设馆讲学的事业，并且与张居正的父亲张文明关系很好。
其实，何心隐并不是一个反对新政的人，在一些方面，他和张居正的思想还是一致的。他深知明朝的官学这时已经腐败不堪，科考的内容主要就是复述圣贤之言的八股文，这样培养出来的官员从政后，根本就不能适应实际社会。所以，必须改变这种情况。为此，何心隐还专门研究了一种经世致用的学问，并在家中开办书院。
在张居正看来，何心隐的学说和自己的改革是背道而驰的。他下令不许生员议论政治，禁止开办书院和聚众讲学。
何心隐一气之下，写了篇《原学原讲》来驳斥张居正的改革政策，并且还拟伏阕告状，要与张首辅辩论一番。张居正对他非常不能容忍，便授意湖北巡抚陈瑞将其逮捕入狱。后来在万历七年九月，何心隐被定了个通贼密谋造反的罪名而处死。
何心隐一死，名声反而更加响亮。当时，著名的思想家李挚写了一篇长文悼念他，称“人莫不畏死，公独不畏死”，“武昌上下，人几万数，无一人识公者，然无不知公之为冤也”。他高度赞美何心隐“斯道之在人心，真如日月之不可覆盖矣”。当时的武昌城各条大街小巷的墙上，几乎都出现了揭帖。处决何心隐的那一天，成千上万的人聚集在街头为他送行。尽管当时的官府罗列了何心隐的种种“罪行”，但得到的只是老百姓的嘲笑和抨击，甚至有人公开发表言论指责衙门，指责张居正！
虽然遭遇了这样的“难堪”，张居正还是一如既往地坚持实用为本的学风改革。出于维护国家的利益和改革的需要，关闭书院对当时排除改革道路上的障碍，推进改革的深入都起到了积极的作用。
张居正的反对空谈，并不是仅仅局限于学派之见，更多的是着眼于对官员执政作风思想的整肃。因为士大夫是后备的官员，今日之学风即是明日之政风，只有杜绝这种脱离实际的学风，才能为国家培养出更多更有执政能力的官员。他说：“学问既知头脑，须窥实际。欲见实际，非至琐细、至猥俗、至纷纠处，不得稳贴。”在张居正看来，学问要做到关心琐细、猥俗这一步才算到家。因此，他大力提倡“人情物理不悉，便是学问不透”。他要求必须改进读书的内容，要求士人不仅要攻读明太祖规定的四书五经，还把历代名臣奏议、治国经世之论、典章制度的沿革列为教材，大大突破理学的禁锢，这是他尊崇实学的重要内容。除此之外，他还要求做学问、当官的要走出书斋和衙门，面向实际，把治学理政与解决国计民生结合起来。这一理论的提出，深刻地影响了当时人们的思想。
作为皇帝的老师，张居正也是坚持实用为本的教育，他不主张死读四书五经，而是积极引导小皇帝参悟经书背后的内容，契合孔子发言时的心境与语境。
张居正大力提倡扫无害之虚词，求躬行之实效，不仅出于当政的需要，也出于他务实的事功观念，这就是“祛积习以作颓靡，振纪纲以正风俗，省议论以定国是，核名实以行赏罚，则法行如流，而事功辐辏矣”。面向实际，力求务实，是张居正精明强干、重视实绩的禀赋，他立足于现实政治的需要，重视对历史的借鉴和阐发，形成了许多极具价值的历史思想，诸如变通思想、经世意识以及安顿民生、严肃吏治、重视教化、反对迷信的务实精神等。这些不仅与当时的空谈学风形成鲜明对比，也对后世产生了积极而深远的影响。
张居正的务实思想具有深刻性，他对各家思想广纳博采，兼收并用，并将历史进化论和朴素的唯物主义思想结合当时的社会变迁和发展。这就促使其对明朝的统治危机有了比较清醒的认识，而且在改革中始终保持着治国兴邦的坚定信念和经世济民的深谋远虑。正因为他有符合历史发展的进步思想，并形成了自己的理论系统，在与反对派的斗争中，能够以犀利的锋芒、雷厉风行的魄力，破除阻挠，把改革推向前进。
正是他这种“万事务实”， 大力倡导的务实精神，使他的十年改革一扫积弊，使国家出现了令人鼓舞的中兴景象。
在张居正身死名毁后不久，各地书院便纷纷复兴，最终汇成明末的清流大潮，但这并不影响张居正的学风改革对当时乃至后世的影响和他伟大的改革成就。
父亲去世，夺情之理惹争议
身在官场，才知道有如此之多的无可奈何，就算是高高在上的首辅张居正也感到无能为力。他是大明朝的重臣，更是张文明的儿子，可在此时却陷入“忠孝不能两全”的争议之中，这也许是他执政后唯一一次感到彷徨吧！
万历五年（1577年）九月十三日，张居正的父亲张文明因病去世。几天后，张居正在内阁中接到父亲病逝的噩耗，不禁泪流满面，失声痛哭。对19年没有见过面的父亲的忽然去世，张居正心中的内疚和思念可想而知。
张居正的父亲张文明，原是一位学无所成、屡试不中的乡间穷秀才，乡试一连考了七回都是名落孙山。直到儿子张居正有了出息，被点入翰林，他才把功名看淡了，在家里享起清福。看着儿子的官越做越大，张文明感到由衷的欣慰。儿子日理万机，没有时间回乡看望自己，张文明也非常理解。在年初的时候，张文明生病卧床，张居正本来是要请假回家，可当时正忙着准备皇帝开春的结婚大典。李太后听说张先生的父亲生病了，就马上派太监带了大量御赐的礼品不远千里地赶到江陵去看望张文明。看到太后这样重视自己的儿子，张文明硬是从病床上爬起来，提起笔给张居正写了一封信，信上说道：“肩巨任者不可以圭撮计功，受大恩者不可以寻常论报。老人幸见未衰，儿无多没不然之虑，为老人过计，徒令奉国不专耳。”就是告诉儿子要以国事为重。
回想起父亲在世时对自己的支持和理解，张居正更是难过。他擦干眼泪，准备向皇帝辞别，尽快赶回家为父亲布置灵堂。
可是，就在踏出内阁大门的时候，张居正忽然意识到一个重要的问题——现在自己能离开吗？按明代礼制，张居正的父亲死了，他必须辞职回家守制两年。明代，内外官吏人等都有丁忧的制度，在遇到重祖父母、亲父母的丧事时，自闻丧之日起，守制27个月，期满起复。除非碰到特殊情况，尤其是在朝廷需要的时候，可以由皇上特别指定，不许辞职，这也就是所谓的“夺情”，夺了理学认为最重要的孝道和情感。按照规定，张居正要在长达27个月的时间里离开内阁，远离政治。
这对张居正而言，不能不说是个巨大的挑战。万历皇帝年纪还小，他们母子都离不开他这个深谋老练的顾命大臣，整个朝廷的运转也离不开他这个内阁首辅。而且自己多年的改革梦想已经到了关键时刻，推行开的尊主权、课吏职、行赏罚、一号令的举措及准备着手进行的在全国范围内丈量土地、改革赋税制度、推行一条鞭法等改革方案还有待进一步谋划和执行。如果现在自己忽然离开，政敌就会趁机把他从相位上拉下来，以终止新政，自己的心血也会功亏一篑。想着自己数十年从湖广江陵的乡间奋斗到现在的权倾朝野的地位，看着来之不易的成功，张居正实在不甘心就这样放下。
这时候的张居正面对着的是两座难以跨越的大山，一座是血浓于水的父子亲情，一座是终生奋斗的政治梦想。他的心开始彷徨，开始犹豫。
此时的朝野也是一片慌乱，所有人听到张居正的父亲去世的消息后，反应都非常强烈。
内阁的两位辅臣吕调阳和张四维考虑到如果张居正离开，他们无法控制朝中的局面，于是引用先朝杨溥等夺情的旧例，请求皇上准许张居正继续任职。几乎同时，朝中支持新政的官员纷纷上疏请留首辅。万历皇帝和李太后当然也明白，现在朝廷根本离不开深谋老练的张居正。
反对改革的人在得到这个消息后，则盼着张居正赶快离开。心想就算皇帝再怎么重用他，也不能坏了规矩，而张居正身为首辅，更不能公然违背伦理道德，定会辞职回乡。
当朝中两派人士争论不休的时候，张居正也在犹豫。此时，万历皇帝下一道圣旨：“安定社稷，朕深切依赖，岂可一日离朕？父制当守，君父尤重，准过七七，不随朝，你部里即往谕着，不必具辞。”至此，最终的结果是——坚决不能让张居正走！
接到皇帝的圣旨，张居正的心里感到一丝轻松，因为就在他因丧没有上朝的第四天，官员竟都去祝贺次辅吕调阳。根据明朝不成文的规矩，首辅去位三日以后，次辅便可把座位从右边移到左边。这天，内阁僚属和翰林院的学士、侍讲读学士、修撰、编修、庶吉士们纷纷穿上红袍到内阁道贺。这让张居正感到非常气愤，自己的去留还未最后确定，他们却向次辅吕调阳道贺，真是人未走茶已凉！心想如果自己离开两年之久，那地位就更不保了。所以，在得知皇帝的心思后，张居正决定暂时把感情放在一旁，相信父亲的在天之灵也会理解自己的苦衷。
可是，摆在夺情面前的是祖宗传下来的伦理道德，张居正知道那些士大夫和卫道士是不会这样轻易放过自己的。但令他万万没有想到的是，第一个站出来反对他的竟是自己的得意门生——礼部尚书张瀚。身受张居正知遇之恩的张瀚虽然很感激张居正的赏识，对恩师的才华也非常佩服，但张居正“夺情”之事还是让他不能接受。历代讲究“百事孝为先”，“以孝治天下”，张瀚认为张居正身为首辅，更应该在伦理道德方面做个表率。所以，当皇帝要他出面参与夺情之事的时候，他不仅死活不肯遵旨，更是带动一大批吏部官员联合起来反夺情。这事不仅惹恼了张居正，更让万历皇帝深恶痛绝，心想张瀚竟敢明目张胆地挑战自己的权威，一气之下就勒令他回家休息了。
要知道，这个张瀚身为礼部尚书，按明代的官僚制度算起来，那可是百官之首。可是，他却因为反对张居正夺情，就被辞退了，这无疑是给朝廷扔了一个炸弹！
