这年的五六月间，已取得进士资格的全祖望在考官吏部侍郎邵基的保举下进入庶常馆，也即世人所说的翰林院。令人啼笑皆非的是，也是在这个时期，他的恩师李绂因保举新进士过多，又在朝班嘱九卿保举，被检察部门找去谈话。《清史稿》载他因认错态度较好——“绂奏：臣多言滋事，今凛承天语训诲，永绝妄言”——对他的处理是，交部察议，降两级使用。刚被训诫的李绂只得寄情于文章学术，与全祖望一起在庶常馆共同研读《永乐大典》。日子又好像重回到了全祖望借住李宅紫藤轩的时候，两人融融泄泄，相与析疑，他们相约，每天各看完二十卷，看到精彩处就插入书签雇人抄录。
初入翰林院的全祖望表现出了在他身上难得一见的谦虚。时任礼部尚书兼国子监祭酒的杨名时有一次入馆视事，称赞他读书广博，全真诚地回答：像东莱、止斋这样高深的学问，朱熹都要评议他们，何况我呢。杨尚书说：你能看到这一点，就已经是进步了。
这一期间，两人就李绂于雍正十一年刊行的《陆子学谱》一书有过一场争论。全考订出了李著中的两处谬误，李绂在钦佩他读书细心的同时，由衷赞叹：方今诏求鸿博，足下真其选矣。但接下去李绂话锋一转，对全祖望的考据提出根本性的质疑，认为圣人之学，并不重在考据：以你这样高的天分，如果去做一些远大的事业，那么对天下苍生的利益就更大，补亡订误，虽不无小补于世，但作用也就仅此而已；历史上的人事有未参详处，我们不妨暂且悬搁起来，凡于理无害的，用不着花费那么大精力去考证，俗话说得好，望远者不见形，听远者不闻声，我这么说并不是看轻考据之学，实在是对你有很大的期望啊！这与全祖望对历史的缜密精神可说是有着原则上的分歧，全这样回答他的老师：史以纪实，非其实者非史也。
到了秋天，博学鸿词科开考的日子越来越近，朝廷已经张榜公示钦点大学士鄂尔泰、张廷玉和吏部侍郎邵基阅卷。鄂尔泰、邵基是不久前刚举行的会试的考官，对全祖望这个已入翰林院的庶吉士自然不会陌生，正当全祖望满脑子盘算着如何在词科考试中一展身手时，让他始料未及的是，他在北京的政治生涯刚刚开了个头就要急转直下了。作为对他简慢狂傲的报复，开考前，张廷玉特奏皇帝：凡经保举而已成进士者，不必再与鸿博试。一百多个考生中，惟独全祖望已取得进士身份，这一条明摆着就是冲着他来的。在资格审查中就被拦路一刀砍下马来，这也真是窝囊透顶。于是嗅觉灵敏的人士马上觉察到，这个人在北京呆不长了。
如同一泼冷水浇在被激情烧灼的身体上，委屈、愤怒、痛苦、失望像无数只小虫子噬咬着他的心。他无可奈何地看着权力在对着自己施暴，却不知种什么因结什么果，自身太过张扬的个性也合谋加入了对自身的扼杀。但这并没有让这个执拗的书生变得聪明起来，反而更加变本加厉地由着性子牵着自己走。
当一百七十余位来自各省的士子在保和殿内参加御试时，场外的全祖望惶惶如丧家之犬，他觉得自己被遗弃了，成了一个零余者。负气使性让他做出了一件在世人眼中更为荒唐的事，为了表明自己的经术和词章不在应试者之下，他照着词科试题也作了一文，呈给有关当事者。这不是明摆着有对抗不满情绪吗？如此不服从组织程序不把领导放在眼里，岂止讨厌，简直可恶了。
事后看来，这次词科，他试与不试都是一样的结局。身不由己被卷入权力角力场的小人物，被牺牲掉几乎是理所当然的。经李绂、方苞旦月品评再荐举的那些士子，尽管一个个都学问满腹、品行高尚，但在主持其事的政敌张廷玉的百般刁难“苦绳隘取”下，几乎没有一个得中的。最后公布考中者，除了杭世骏、齐召南几个名流有幸挤了上去，大多数都被淘汰出局了。对此杭世骏有如此之叹：“是科征士中，吾石友三人，皆据天下之最，太鸿之诗、稚威之古文、绍衣之考证，近代罕有伦比，皆不得在词馆，岂非命哉！”七年后，翰林院编修杭世骏因向朝廷建议用人不分满汉，因言获谴，也被罢官南归。时人讥诮他是“新妇初婚议灶炊”。
但在当时，全祖望不这么看，结果已不再重要，他要的是公平，是一个理字。这一打击对他自尊心的伤害太大了，不得与试的屈辱让他多年以后一想起来还隐隐作痛。他以后行事的更加乖张、疏澹狂放，不讨人喜，这一事件可以说是起了一个助推器的作用。
来自杭州的实力派诗人厉鹗（字樊榭）在这次鸿博试中也铩羽而归。十月的一天，全祖望与已入翰林院授编修一职的杭世骏等几个友人在京城烂面胡同的接叶亭为老友南归饯行。那天全祖望喝醉了，忽歌忽哭，还吐得一塌糊涂。临别之际他握着厉鹗的手吟咏起了多年以前在扬州厉的赠诗“故人四明客，含香识名字，太学待何蕃，少年推贾谊”，还一个劲地说兄弟先行一步我随后就来。他已经预感到，自己在京城呆的时间不会太久了。时隔不久，一个来自湖北省的应鸿博试的孝廉因考场失利，既愧且怒，在旅馆病死了，全祖望和几个留京的考生同去料理后事。眼看着那人昨日还是意气风发今日已作他乡游魂，同去的朋友作的挽诗“同作公车客，须眉同老苍”怎不让全有狐死兔悲之感，而“腹痛谁浇酒，肠回独转环”这样伤怀的句子更是让去乡多年的游子惊悚于世事幻灭的苦涩了。
到了来年五月，庶常馆散馆，馆员按评定等级按级录用，优异者或进入中央各部院，或主试各省，差一等的则外放州县。全祖望被评为最下等，归吏部去候补知县。尽管这一糟糕的结局几乎在预料之中，但当它真的降临了还是让全祖望万念俱灰。更让他心生愧疚的是受他牵连，好不容易考中进士的娘舅蒋拭之也同时遭黜了，终结了他短暂的政治。他不欠京城什么，京城也再与他无涉。他已决意辞官归里，永远离开这个让他尝够了人生苦涩的名利场。至于辞官回乡之后下半生的衣食从何而来暂时他还无暇也不屑顾及。在以后的文章中他将一再用“放废湖山”、“左降出都”、“左迁”等词语表达北京对他的伤害。
只因妻子分娩在即，他才没有即刻动身，时常和流落在京城风尘委顿的赵谷林等几个朋友聚在一起，喝酒酬唱，挨得一日是一日了。他这样的行径在欣赏他才华的师友眼里不啻自暴自弃，时任“三礼”义疏局副总裁的方苞准备荐举他担任纂修之席，他也毫不犹豫地拒绝了，另荐了福建兴化的一个通判吴廷华顶了上去。他还是那么地骄傲，认为自己虽专于经术，文采词章同样也不见得比别人差（“至词章则似不在同年诸公之下”），“今以明试词章被放，岂敢以经术求进乎？”（《奉望溪先生辞荐书》）北京已经伤透了这个南方书生的心，连留在此处再食一份俸禄他也觉得委屈了自己。
到了十月，妻子分娩生下一个女儿，他就迫不及待地准备动身。因女儿尚幼不便旅途劳顿，他便把娘儿俩扔在北京一个人上路了。自1730年春天初入国子监到此番离开，屈指算来，他已在北京呆了七年多。这七年，多么失败。这七年，长过了七个世纪。三十三岁的全祖望，望着寒风中灰色的城墙，真是五味杂陈，既酸且涩。
1737年冬天，一场纷纷扬扬的大雪中昂首出城的全祖望，于一种近乎自谑的自我放逐中，体验并陶醉于道德胜利的光荣，雪地上的每一步，都是那么吃力，那么地决绝和悲壮。
