经过近半月的剿匪清理行动，十三艘由婆罗洲开往番外的船只，在缴纳了保证金后迅速离开。而十艘从番外开往婆罗洲的船只，有六艘及时缴纳了保证金，也平安着陆。而余下四艘船主无力缴纳保证金，船只暂扣，货物和人员被南洋水师征用。按三两每人每月发放报酬。虽然低于普通船员收入，至少把命保住了，而且还有一笔解决温饱的收入，他们应该感到庆幸才对。除了船主，大多数船员们倒也无所谓，给谁打工不一样，何况南洋水师开的薪水还略高于船主付的薪水。
对三艘外籍武装舰船处理，则是枪械和船留下，对于想要离开的人，征用一艘民船让他们回去。而愿意留下继续效劳的人，也给予较好的待遇。按二十两银子每人每月的待遇，毕竟都是扛过枪打过仗，或有修补船舶一技之长的人。这几艘主要是西班牙、荷兰和葡萄牙船舰。西班牙两艘，荷兰两艘，葡萄牙一艘，在半个时辰的战斗中，荷兰和西班牙分别被击沉一艘，葬身海底共六十多人。三艘武装舰船人员合计二百六十多人。另打捞两艘被击沉的船上水手八十多人，总计三百六十多人。最后留下来的占三成，大多船员因语言不通选择离开。
这年代，大海上丢失几只船是很正常的事情，尤其是整船被灭口的情况下，谁讲得清楚，就算是后世的天朝海军，也会时不时的丢几条军舰和潜艇，但找谁讨债去？无凭无据的，只能打掉牙齿往肚子里咽。只求有朝一日扬眉吐气，干扰天眼定位系统，找对方的舰艇练练靶子。
经此一役，想必西班牙、荷兰和葡萄牙不会善罢甘休。毕竟有船员活口离开，刚开始陈绍宽也想着灭口，不过想到三国军火贸易关系密切，且国力日渐式微，也就放他们一马。俗话说“人情留一线，日后好想见”。
在控制了婆罗洲西部和南部沿海一带，由孙仁带领的混编师新一师开始上岸，展开剿匪行动，行动范围都是提前预设的：沿着西南画一个半圆，辐射半径四百公里，西邻大清南海，北接罗芳共和国控制区，南抵爪哇海，东达南部湿地，将婆罗洲西南约十多万平方公里的山地和平原收入囊中。随着五月份雨季的到来，剿匪暂告一段落。
其实，这里也没多少土匪或海盗可以围剿。近一个月的时间，新一师通过拉网式的搜罗，抓到的毛贼不过数百人。大多是朴实的乡民，或因天灾人祸吃不饱肚子，偶尔会客串海盗的角色，能抢就抢一把，抢不着就回家，不会轻易伤人，只要度过那一段青黄不接的时候，又会做山民或渔民的本份。只有极少数的人杀人越货，专门靠抢劫维持营生。
陈绍宽率领的混合舰队震慑了西班牙、荷兰、葡萄牙等国的武装舰艇，三国公使都到南院执政那里去抗议告状了，路途遥远没那么快得到解决，一时倒也没什么武装舰艇过来搞事情。扫荡了沿海的海盗残余势力后，根据南院执政的指示宣布：
同治五年八月初一，大清宣布成立婆罗洲特区。婆罗洲西岸（罗芳国以南水域）到婆罗洲南岸一带，南北四百公里范围，东西四百公里，沿岸三海里属于婆罗洲特区的领水管辖范围。经由此地的贸易船只需要缴纳关税，税率从5%到20%不等。武装船只非经允许靠岸，视为非法船只，当场扣留，如遇反抗者，立即击沉！
同时命总参部蒋百里拟定章程发给混编水师陈绍宽少将，尽快稳定婆罗洲西南部局面，加强附近巡航，保障沿岸商船和陆地港口、关税总署的安全，以及后续的移民安置工作开展。
陈绍宽毕竟是久经考验的水师将领，很快编制了一套部署方案：
“新疆舰”“致远舰”“靖远舰”和六艘小型舰艇和补给舰驻扎在东万律，在罗芳国海上自卫队配合下，负责西北沿海一带的军事防务，重点是防范西班牙人突袭和苏禄岛一带的海盗袭扰。
“西藏舰”“贵州舰”和和四艘小型舰艇和补给舰负责西部沿海防务，重点是勘察沿海一带水文地形，协助陆军建立沿海船坞和港口建设，同时根据实际需要设置关税分署。
“济远舰”“外蒙舰”和“来远舰”和四艘小型战舰和补给舰负责西南沿海一带的防务，重点是防范荷兰和英吉利人袭扰。
三支舰队距离间隔不超过三百公里，通过小型舰艇保持信息传达通畅。
那边水师陈绍宽少将带着混编舰队在海上和码头忙碌，这边陆军孙仁少将带着新一师也没闲着。按照南院执政总参的想法，将部队也分为三拨：
两个炮营和一个工程营分别部署在沿海港口一带，确保沿岸港口建设和安全。七个步兵营部署：一个步兵营定点守卫各港口、税务厅和炮营，确保安全；两个营则负责在沿海服务点五十公里范围内搜索警戒，确保没有漏网之鱼；还有四个山地营则负责进行重点突击，打击和收编附近的山匪和有敌意的土著部落。
再者，设立关税分署，按货物性质收取5%到10%的关税，水稻、香蕉、椰子等粮食水果类，这类利润少的征收较低关税。烟草、橡胶和香料类利润高的，收取10%的关税，相对来讲，这个税率在同时代算是低的，比起广州十三行普遍按15-20%的税率收取低多了。
每个补给点和关税分署按间隔一百公里设置的办法，从罗芳国南部到婆罗洲南部，共设置了五个分署。而靠近婆罗洲南部一带多湿地和浅滩，农业开发较少，商船往来更少，也就在那里设置一个象征意义的分署，彰显大清南院执政的主权，在婆罗洲南部沿海一带的存在。而主要精力，还是投放在开发婆罗洲西部和西南沿海一带的山地和平原一带。
税务分署的人员都是从内地过来的商业开发人员。按照五五分成的办法，税务经营权由这些商人承包，人员和管理自理，收益五五分成，南洋水师提供保护。反过来讲，这些商人征收税务须按照明文规定执行，多征或少征都要受到惩戒，尤其是有过往商人投诉的话，要按十倍到百倍处罚。偶尔走私夹带点私货也就算了，如果关税统计数字差的额度太大，那就不能怪水师衙门不讲情面，毕竟海上过往的船只数量，水师都还是看在眼里的。
补给点的日常供应也一样由商人承包，官兵日用有预算，编制好发给补给点的承包人，按照标准采购提供就是。这些采购的商人在每月结算时，结算报价清单一般都会比预算略微上浮百分之十，考虑到漂洋过海经商不易，也没太多计较。一旦上浮额度超过百分之十，对不起，只能商家自己承担。市场有风险，交易须谨慎。
