清缅之战正酣之时，西藏班禅送来鸡毛信：廓尔喀人入侵，请求紧急增援。
廓尔喀在喜马拉雅山的西面，原是莫卧儿帝国的一个部落，自从数十年前英吉利人在印度海岸登陆后，沿海岸线深入内陆的北部，接触到一些部落头领，其中就包括廓尔喀王国的国王沙阿，刚开始也看不起这些西洋人，接待态度不咸不淡，这些西洋人相貌奇特语言不通，放驿馆呆了几天。不过在见识过洋人带来的枪炮后，态度是一百八十度转变，双方还签订友好互助合约。在英吉利人的大力扶植下，声势逐渐壮大，不仅从当地部落脱颖而出，甚至有驾驭南亚群雄的野心，只是这沙阿过分狂妄，直接拿东边的西藏开刀，称西藏关税太高，讨伐班禅喇嘛们。
早在圣祖康熙时就划下道：西藏属于我大清领土，外人不得干预，否则后果自负。前些年这些部落头头都还老实，自从来了洋人，有了先进枪械后，自认为有称王称霸的资本，再说西藏高原那么高，大清习惯平原生活，能不能爬上来还是个问题，更别说抗枪打仗。
要说廓尔喀人也是作战勇猛，一个月不到，就把班禅喇嘛赶出拉萨城。班禅无处安身只能跑到昌都避风头。廓尔喀人追不上，也懒得追。廓尔喀人占领拉萨城后，开始挨门挨户的收保护费。拉萨城街头贸易凋零，只看到一些廓尔喀大头兵，三五成群的满街乱窜，而他们的头领则占了班禅庙，每天大碗的喝青稞酒，大块的吃牦牛肉，打算等班禅们回来交保护费。
同治二年三月，从缅甸撤回的三万兵丁已经开始高原作战训练。还真别说，海拔两千米和四千米确实不一样，四千米的高度，呼吸时感觉嗓子和胸口堵着什么东西一样，一些体质较弱的兵丁，扛不住头痛，耳鸣，甚至没跑多远就晕过去。
南院三万新军的队伍，最后挑选出一万名体格适合高原作战的勇士。另从缅甸老兵里选出三千人，作为突击队使用。这些缅甸老兵攀爬和突击能力都比较强，可以作为一支奇兵使用。临出发特意做了总动员：如有斩获，按普通敌兵首级二十两，敌酋首级赏银一百两。胜过缅甸寻常人家辛苦两年的劳作，这也是缅甸雇佣兵的由来。
同治二年五月初五，端午节。
一万三千名精兵强将在孙仁的带领下，从云南丽江出发。粮草武器弹药由云南布政使安排运往西藏，并加派辎重部队防护，任何人没有准许靠近粮草弹药者，杀无赦。流动警戒哨都放在两百米开外。打仗不容易，拼的不单是前线部队的战斗力，还有辎重部队的粮草弹药供给能力。不管是人还是武器，总不能饿着肚子打仗。
出发前，已经派人联系班禅喇嘛，将廓尔喀占领军的情况了解个大概：这次廓尔喀占领军只有八千多人，但火器先进，甚至带了十门火炮壮大声势，喇嘛武装人数虽然有两万多兵马，但分散在多处，且武器装备落后，这才被打的仓皇逃窜。现在廓尔喀人只是占领拉萨，日喀则等几个主要城镇。一些拉萨地方头人，打算从中说和，以谈判解决问题。廓尔喀人谈判要求很明确：一是割让土地，把日喀则和藏南地区交给廓尔喀治理；二则赔款一百万两白银。否则，会继续占领拉萨，直到接受条件为止。
六月十五这天，孙仁带领的征讨大军前锋抵达拉萨城东三十里处。
打仗向来是以多胜少，有充分准备的打赢，不论是人力，财力还是计谋，以多算胜少算。那些所谓的以少胜多，是战争史中的沧海一粟，正因为以少胜多的战例太少，也才会这么突出。不然大家都去以少胜多。真拿他人白痴啊。
即便是古代军事家孙膑，也提倡以多胜少。或者说，即便兵力相当，也要创造条件，让对方分散兵力，而己方抓住战机，集中兵力剿灭对方其中一部分，从而瓦解对方的战斗意志。
孙仁在出发前就已派人汇报廓尔喀人的人数和武器装备情况，同时命侦察营先行一步，核实兵力配置，并勘察当地地形，每日将战报传递到后方大本营。抵达拉萨城外的那一刻，成败已经不那么重要，重要的是如何安置这些即将被俘虏的人，喏，地方找好了，就在藏南矿场做廉价矿工吧，做满三年回家。
此行一万多人，带了两个炮营，对拉萨和日喀则城池展开攻击。从北，东，南三个方向开始轰击，围三缺一，特意留一条路，放他们跑，然后命令缅兵跟在廓尔喀人后面收割。这些缅兵看到的不是人，而是白花花的银子，若不是看在廓尔喀人可作为廉价劳动力的份上，很可能会清零。战局进行到一半修改规则：只要割掉敌人一只耳朵，同斩首算功。就这样踩着赶鸭子的节奏，一路把廓尔喀人赶出了西藏。
前面是廓尔喀人在跑，后面是缅兵不停的追，最后是大清的兵丁吃着火锅唱着歌。
等廓尔喀人回过味来，正待反手一击缅兵的时候，两翼已经被大清的铁骑重重围上，只得转身继续跑。只是这茫茫的西藏高原，哪有那么容易就跑出去。正所谓进来容易出去难，除数百名廓尔喀将领和亲兵骑着快马逃走，六千余人大多被割了耳朵。相比那些已经由秃鹰分食“天葬”的廓尔喀战死者，失去耳朵的俘虏们应该庆幸才是。
随着廓尔喀人被逐出西藏，战事暂时告一段落。孙仁命各营收缴战利品，清点廓尔喀俘虏，等候福康安新的作战指令。
