西汉晚期，敖仓在全国粮运系统中的作用依然十分显著。汉元帝时，翼奉上疏建议靠近敖仓建立新的政治中心：
臣愿陛下徙都于成周，左据成皋，右阻黾池，前乡崧高，后介大河，建荥阳，扶河东，南北千里以为关，而入敖仓；地方百里者八九，足以自娱；东厌诸侯之权，西远羌胡之难，陛下共己亡为，按成周之居，兼盘庚之德，万岁之后，长为高宗。
“足以自娱”之说，“东厌”、“西远”之说，其实都考虑到敖仓及其所在地区的交通形势（《汉书·翼奉传》）。王莽出师镇压关东各地民众起义，曾“遣大将军阳浚守敖仓”（《汉书·王莽传下》），也说明敖仓战略位置之重要。
可以说，终西汉之世，敖仓始终作为规模最大的最重要的国家粮仓为维护中央专制政权发挥着作用。《淮南子·说林》：“近敖仓者不为之多饭，临江河者不为之多饮。”高诱注：“敖仓，古常满仓，在荥阳北。”又《淮南子·精神》：“今赣人敖仓，予人河水，饥而餐之，渴而饮之，其入腹者不过箪食瓢浆，则身饱而敖仓不为之减也，腹满而河水不为之竭也。”也将敖仓与江河相比列。高诱注：“敖，地名。仓者，以之常满仓也，在今荥阳县北。”实际上，敖仓在西汉时代正是集纳关东粮运，及时转输关中，又不断得到新的补充的“常满仓”。
《后汉书·隗嚣传》记载，隗嚣移檄告郡国，说道：“今山东之兵二百余万，已平齐、楚，下蜀、汉，定宛、洛，据敖仓，守函谷，威命四布，宣风中岳。”“据敖仓”仍然是争夺中原，取得战略优势的重要条件。光武帝刘秀初即位，曾以建威大将军耿弇“与骠骑大将军景丹、强弩将军陈俊攻厌新贼于敖仓，皆破降之”（《后汉书·耿弇传》）。建武二年（26），又封盖延为安平侯，“遣南击敖仓”（《后汉书·盖延传》）。可见敖仓之攻守，战事激烈且多有反复。
据《后汉书·虞诩传》，汉安帝永初年间，“朝歌贼宁季等数千人攻杀长吏，屯聚连年，州郡不能禁”，虞诩任为朝歌长，故旧多往吊勉。虞诩则分析形势说，“朝歌者，韩、魏之郊，背太行，临黄河，去敖仓百里，而青、冀之人流亡万数。贼不知开仓招众，劫库兵，守城皋，断天下右臂，此不足忧也”。可见敖仓尚藏谷甚多，若“开仓招众”，则可以救济流民，鼓舞士气，在“其众新盛，难与争锋”的情况下，如策略选择不误，则有可能产生牵动全局的影响。
汉安帝永初七年（113），据《后汉书·安帝纪》记载，“蝗虫飞过洛阳”，“郡国被蝗伤稼十五以上”。于是“九月，调零陵、桂阳、丹阳、豫章、会稽租米，赈给南阳、广陵、下邳、彭城、山阳、庐江、九江饥民；又调滨水县谷输敖仓”。李贤注：“《诗》曰‘薄狩于敖’，即此地。秦于此筑太仓，亦曰‘敖庾’，在今郑州荥阳县西北。《东观记》曰：‘滨水县彭城、广阳、庐江、九江谷九十万斛，送敖仓。”彭城、庐江、九江三郡国前谓受赈，后谓调输，当有一误，但敖仓灾年赈恤饥民的历史作用，自不可否认。“谷九十万斛送敖仓”的记载，有助于人们大致认识敖仓的仓容量。而所谓“调滨水县谷输敖仓”，反映敖仓联系的交通运输线路中水路的重要。“谷九十万斛”，以船载500斛计，仍需调用运船1 800艘，由此亦可体现东汉时以敖仓为中心的水路交通网的运输效能。
在东汉末年的军阀战争中，敖仓的地位依然受到重视。汉献帝初平元年（190），袁绍、张邈、袁术等起兵讨董卓，因董卓兵势强而莫敢先进，曹操力促进取，建议“使勃海引河内之众临孟津，酸枣诸将守成皋，据敖仓，塞辕、太谷，全制其险；使袁将军率南阳之军军丹、析，入武关，以震三辅”，“以顺诛逆，可立定也”。建安四年（199），曹操进军临河，斩睦固，“遂济河”，又“还军敖仓”（《三国志·魏书·武帝纪》）。《后汉书·袁绍传》载袁绍宣示征讨曹操檄文，内中有“屯据敖仓，阻河为固”语。李贤注引《献帝春秋》曰：“操引军造河，托言助绍，实图袭邺，以为瓒援。会瓒破灭，绍亦觉之，以军退，屯于敖仓。”
据《续汉书·百官志三》，大司农属下有：
太仓令一人，六百石。本注曰：主受郡国传漕谷。
东汉定都雒阳，自有直属中央的太仓，敖仓位置虽临近都城，却不再作为国家粮库。据《续汉书·百官志三》记载，“敖仓官”与“盐官”、“铁官”同样，建制已归于地方：
本注曰：郡国盐官、铁官本属司农，中兴皆属郡县。又有廪牺令，六百石，掌祭祀牺牲雁鹜之属。及雒阳市长、荥阳敖仓官，中兴皆属河南尹。
尽管如此，敖仓在全国经济结构中的地位及其对于维护专制主义政体的作用，均非一般郡国仓庾可以比拟。与敖仓相关的交通运输的意义，也依然影响着汉王朝经济政治的全局。
