赵军忆上校将军正在电视上讲述暗夜组织给社会安全带来的威胁，突然间黎影冲进会议室，伤害了现场的的议员，而且还冒充事神秘特工队。
此时电视上正在报道暗夜攻击军委人员的事，汪琦看到报道立马意识到就是暗夜的阴谋，先派惠子一行人去盐塔找制造生化武器的乌亮，而柯林则负责去暗夜总部找有关生化武器的硬盘资料。惠子和柯林正在讨论事情，何岩冲进来说是暗夜的阴谋。汪琦派玲子和前女友寒梅一起行动，但是寒梅并不愿意。
柯林的哥哥原来就是时光的继承人，看到汪琦如此行事不利，竟然被暗夜组织偷袭，十分生气，要自己亲自出马消灭暗夜组织。
玲子和寒梅两人聊天，不欢而散。何岩正在自言自语，柯林进来。柯林从暗夜组织总部偷来了关于生化武器的硬盘。柯林告知硬盘在运输过程中损坏了，何岩提供帮忙。柯林找到贝尔，希望贝尔能够提供关于她哥哥的信息。贝尔知道柯林的哥哥心狠手辣，并不合作。便偷偷带领柯林一行人到达时光塔，玲子找到乌亮，希望能够看一眼生化炸弹。
神秘局的人发来信息告知玲子，乌亮就是暗夜组织的成员，汪琦十分担心玲子的安全，冲了进去击毙了乌亮。何岩觉得惠子在自己需要的时候离开了自己并刻意疏远自己，不愿意再接受现在的惠子。
汪琦找到柯林哥哥的办公室，通知柯林现在被关押在神盾局的地下室。柯林找到哥哥，哥哥告知柯林杰森是心口不一的人。柯林哥哥告知柯林是暗夜的人杀害了他们的母亲，而汪琦已经和柯林哥哥达成协议，将柯林转交给他，而柯林哥哥答应会帮助神秘特工队摧毁暗夜组织。
何岩和玲子正在翻看之前的资料，玲子发现了和柯林哥哥有交集的黎影。
在时光塔时，黎影被时光飞船带进了时光塔，之后变成了暗夜一名成员，此时汪琦一行人进来和暗夜大打出手，成功干掉对方很多死士。惠子找到何岩，何岩觉得都是因为惠子的到来才让自己变成今天的样子。何岩准备离开神秘特工队，汪琦和他一番交谈。柯林被转交给时光主人，而柯林哥哥也在时光塔公布了自己的妹妹就是时光塔的一员，是时光飞船未来的主人。
