日本文化是多元的，除了神本主义，在日本人的本体思想流变中还经历了从“理”、“气”、“一元气”，到“心”、“孝”、“诚”、“直”的变化。在日本，宋学兴盛之前，僧侣主义的出世之“空”、“无”本体思想占主导地位。藤原惺窝、林罗山等日本朱子学大师，利用德川幕府为巩固自己的统治而重视利用儒学之机，通过对佛教出世主义的批判，倡导朱子“理”、“气”本体之思，打破了“贤士阶层(有空闲的阶层)在哲学思想领域为佛教所垄断”的格局，使宋学在日本大行其道，获得了意识形态上的主导地位。在这一思想流变中，藤原惺窝开创了以中国儒学的入世主义精神彻底取代日本佛教中出世主义世界观的思想路径，从而发挥了决定性的影响。而作为德川幕府钦定官学的祖师，林罗山与安东省庵、贝原益轩等日本朱子学大师一样，批判朱熹的理先气后和太极为理之说，主张理、气合一的本体思想。日本京都学派的“理气一元论”曾在日本盛极一时，但随着林罗山去世后林学的分化，它失去了在日本思想界的主导地位，渐渐地为古学派主张的“气一元论”所取代。随着“气一元论”在日本的广泛流行，它对日本近代思想、社会政治的发展产生了以下重要的影响：一是刺激了日本复古神道及神本主义“天道”本体之思的发展，即以自然神灵崇拜和天皇崇拜，替换了中国思想中抽象的非人格的“天”、“道”本体。二是“气一元论”所内在的时间为无始无终，空间是无边无际的宇宙观逐渐地沉淀在日本思想之中，成为普通日本人认同的宇宙观中的重要组成部分。三是促进了日本唯物主义思想的发展，催生出诸如安藤昌益、山片蟠桃、新井白石、司马江汉、中江兆民、三木清等杰出的具有唯物主义思想倾向的学术大师和马克思主义者。四是促进了近代日本“尊王攘夷”运动和明治维新的发展。近代以来，佐久间象山、吉田松因、西乡隆盛等日本维新志士和“实学”领路人在思想上都深受“仁斋学”、“山鹿学”或“阳明学”的影响。
在认识论和方法论上，中世纪以来，日本思想经历了从禅宗、阳明学之“心”与“孝”，到“儒学”之“诚”与神道之“直”的变化。在世界观与方法论上，根据陆象山和王阳明主张的，“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”的本体思想，日本禅宗强调，“众生之自本的本源”，是“万法唯识，三界唯心”。在荣西、道元开创日本禅宗的同时期，被称之为“近江圣人”的中江藤树成为日本阳明学的开山祖师。中江藤树的学问之旅以“大学之道，在明明德”开始，以“孝德”取代“明德”而结束。除了中江藤树，熊泽蕃山、佐藤一斋及大盐平八郎等日本阳明学泰斗也对日本“心学”和“孝德”的传播作出重要的贡献。
中国儒学在日本大放异彩与开创江户幕府统治的德川家康的思想倾向密切联系在一起。德川幕府推行文治，使儒学从神、儒、佛、老的混合物中独立出来。而日本儒学脱离佛教不仅使佛教失去了思想上的领导地位，它也给神道思想的发展提供了新的空间。由此，日本思想上进入了“神佛儒”相互渗透与融合的新时期。一方面神道变换方向，疏远了佛教，开始与儒学“习合”的更加紧密。另一方面，日本儒学在新的政治风土中把思想发展的重点放在政治伦理领域。在这个进程中，作为日本朱子学集大成者——“山崎学”通过“垂加神道”，开启了日本儒学偏离中国传统儒学的理论内核——“仁义”，而朝着基于“天帝即天皇”之信仰的“诚”与“忠”的方向发展。在日本朱子学衰落后，日本阳明学和“国学”、“复古神道”相继兴起之前，广纳各派神道思想之大成的“垂加神道”，是“长期支配日本全国神道界和思想界的主流势力”。因而，作为对“国学”和复古神道的“反者道之动”，日本怀德堂儒学将道德修养，归之于一个“诚”字。如果说，中国孔子的思想被古代中国人归之于“夫子之道，忠恕而已”，那么经过怀德堂儒学的修正，在很长时期日本人普遍将孔子思想归结为“诚”字而已。与此同时，日本古学派中的“山鹿学”为了在思想上重新武装日本的武士阶层，也将孔子的“忠恕”思想偷换为“忠信”，即在保留“忠”这个封建伦理道德的基本内核的同时，将中国普遍主义、理性主义的“恕”(克己、宽容)变换为“信”，从而为日本德川幕府的中兴提供了一定的思想基础。而日本儒学“水户学”派的藤田(东湖)、会泽(正志斋)为了适应日本民族主义思潮的发展需要，进一步在思想上“以大义名分”和“尊王攘夷”取代了“诚”，以鼓励日本人民在新的世界条件下忠于民族、忠于幕府(国家)忠于天皇。虽然“尊王攘夷”在维新运动中被反幕府的西南“强藩”和武士们所利用，变成了“倒幕”运动的行动和思想纲领，但是，“水户学”以“忠”为本的思想和阳明学的行动主义原则方法合二为一，为许多日本明治维新仁人志士提供了思想动力。明治维新后，在大义名分之下得到复兴的日本儒学沿着“忠信”的轨迹进一步发展、强化，并与国家神道合一，蜕变为日本至上主义和“皇国主义”(神国主义)、****。而以“诚”与“忠”为思想内核的日本新儒学经过日本“国师”——元田(永孚)、西村茂树、井上哲次郎等明治思想家的发展，也变得越来越理论化和系统化。这样，日本在建构现代民族国家过程中就以儒学之忠(诚)、阳明学之孝，以及神道之“直”(正)为核心形成了现代的国民道德教育体系，基本上实现了佐久(间象山)主张的，“东洋道德、西洋艺术(技术)”或桥本左内说的“器械艺术取于彼，仁义忠孝存于我”这样一种思想格局。
日本文化中汉字“直”(正)的内涵十分丰富，除了本体论意义上所指的自然—神(皇)及事物的本质外，它在社会伦理道德领域还指古学派的“义”(礼)或先王之道；国学家的“直心”、“直雅”之心及复古神道的神皇之道；武士道的正直之心或义勇之理乃至日本破格的伟大唯物主义思想家安藤(昌益)的“直耕”主义。而统观日本文化思想发展之旅，人们不难发现，在历史的不同时期，一些日本思想家正是通过强调“直”，并不断地扩大、丰富其意涵，而确立了日本自己的不同于中国思想和印度思想的民族文化特性。日本一些思想家自古以来热衷于在“直”字上“大做文章”主要有两个目的：一是通过强调“直”的原本、原初、本真之意，来恢复日本民族与中国、印度等超先进文明国家之间的平等地位，即，通过强调各民族先民所走之道具有共同性，克服自己的低人一等的意识；二是通过说明日本文化中保留的自然原始成分，表明本民族文化特性和优越性。即，通过强调因为其他先进民族已经失去了这种原始性的要素，而日本文化中却大量保存了这些文化要素，来强调自己的优越性。前一个目的通过国学、复古神道而基本达到了；后一个目的在明治维新后，尤其是二战之前皇国主义精神无限扩大中得到了释放。但是，二战的失败表明，这个目标日本并没有真正实现。二战后经济复兴后，日本尽管一度宣扬日本模式，但随着80年代末泡沫经济的崩溃，日本优越论也很快偃旗息鼓。这样，日本人在文化精神上又重新回到了出发点上，站在十字路口徘徊不定。经过20世纪90年代的沉沦，日本迄今没有找到国家未来朝何处发展的明确方向。
日本古时候传说，遣唐僧从中国回国后，在回答人家问他都学到了些什么时说，“其他什么都没有，只是一个柔软心而已。”这简单的一句话，可以说道破了中国与日本文化精神上存在的最大差异，反映了日本文化特性，首先在于其尚武、好战性(武士精神)或原始性、自然性、野蛮性。如日本著名学者梅猛原言：日本文化精神的四重结构性要素的底层，是“绳文时代以来的怨灵和镇魂”。而这种精神层面上的信仰所产生的日本原始神道，又给日本人带来了“尚武的风气”。二战中日军嗜杀成性，以杀为美，就是这种神性文化带来的恶果。换句话说，在流淌在日本人血脉中的无数神话的影响下，人类原始社会中普遍存在过的一般意义上的自然野性，并没有随着日本历史的发展而消失。由于“内心极度不安”，日本人成为世界上“富于攻击性的民族”之一。
由于对日本人的心灵具有重要影响的日本净土真宗、禅宗和密宗等，肯定被佛教教义定为十恶之首的杀生，这就使日本文化形成了一个独特的传统，即为了集团的利益，可以杀人作恶。“在日本，邪恶的英雄不需要任何的美德，他们只要呈现自己就可以了。”“在日本人的思想中，没有绝对的善与恶这回事。”这是日本邪教《奥姆真理教》教主麻原(彰晃)制造1995年3月20“地铁沙林毒气事件”的文化基础。而日本之所以会产生《奥姆真理教》这样的邪教组织，根本原因在于，日本人“不懂得怎样去对待‘恶’的问题。”在哲学本体论上，对日本人来说，“位于‘善’的最高峰上的神只不过是一个大写的‘存在’”，而‘恶’则被理解为是存在的欠缺或者是某种意义上的‘非存在’。而且，“日本人的头脑中并不存在尊重人的生命的哲学”。“在日本人的思想深处，认为‘恶’并不仅仅是单纯的‘恶’”。自古以来诸如日本历史上的“忠臣”的代表人物之一楠木正成和日本前首相田中角荣等“恶党”，实际上被视为通过其强大的能量将原有的关系或秩序从外部进行破坏的人。即是说，日本人从来没有如中国人普遍具有的那样强烈的善恶、是非分明感。而这也是日本人对南京大屠杀的存在及犯罪感不那么强烈的原因之一。也可以说，相对于中国和西方讲究普遍性原则的(男性)文化而言，日本文化的根本底色属于一种“中性”文化。这种“中性”文化使日本人在心理上绝不排斥暴力。由于没有普遍主义文化观念的约束，“力量、血腥、暴力，在日本人眼中也是一种美，他们不会因为道德的因素而拒绝表现邪恶之美。也不介意邪恶之美进入到自己身体之中”。他们将之作为自然而然的事来接受，并基于这种平常心，进一步从血腥中寻求所谓的残阳之美。而切腹这种源于中国古代人的自杀方式被日本武士发扬光大，成为一种日本人偏好凄美的最好的表现形式。
日本人尚武、好战及不畏死等文化秉性与日本文化中根深蒂固的“诸行无常”、“盛者必衰”、“现世为神，来世为佛”等神秘主义“神佛儒”宗教心及观念密切地结合在一起。在相对恶劣的自然环境影响下，在日本无论儿童还是无知的人都深信佛教的无常思想。诸事无常思想深深地影响了日本人的生死观，使日本人的精神世界中对现实人生充满了一种否定的感情。在日本神道“人死为神”思想影响下，日本人的心底深处存在着一种“现世为神，来世为佛”的观念。同时，在所谓武士精神的影响下，“日本社会生活中潜藏着既可以为了‘诚’而说谎也可以为了‘诚’而杀人的道德观念与精神气质”。即是说“日本人头脑中既不存在尊重人的生命的哲学”，同时，在“自己的心情世界中也没有充分意识到他者的他者性”。而这意味着，“日本人对于自我的自我性没有充分的认识，而且也没有将自他之间的关系性作为问题来考虑。”
如果说，日本人尚武、好战的特性主要是由日本武士塑造的，那么日本战略文化中的阴柔、残暴性则反映了日本人的“町人”根性。在日本幕府统治时期形成的特殊的士农工商社会结构中讨生活的城市“町人”，给日本人的心性打上了诸如嗜好变态的血腥，只看重实力，寻求与强者为伍，讲究现世、实用主义及柔韧有余，刚强不足，习惯于妥协等烙印。“町人”根性深深地影响了日本人的生存之道，他们为了生存，普遍养成了崇拜强者，重视实力及寻求与强者为伍的心性与价值偏好。与永远脱却不了原始的、只相信强力的俄罗斯人一样，实力也是日本民族所懂得的唯一语言。历史上无论在个人之间还是在国家之间，日本人不仅常常表现出试图将劣等感颠倒过来的“逞强”，而且喜欢采取“大树底下好乘凉”的生存策略，通过“彻底向对手学习，作为与对手对抗的方法”。即，在对外关系方面，日本自古以来存在两种倾向：一是强调自己落后，而将特定国家理想化；二是强调外国落后，而将自身理想化。“日本人对其他国家的态度犹如一个钟摆，晃动于自卑感和优越感之间”。同时，“日本人会比大多数人都更快地向不可抗拒的力量卑躬屈膝，并与在道德上占有优势者合作”。
