戚继光为了训练一支纪律严明、作战勇敢的军队，决定从兵员着手改革。这时，戚继光想起了处州义兵，更加想起了愤怒杀倭的浙江义士百姓，他决定从与倭寇有深仇大恨的老百姓中去募兵。嘉靖三十八年（1559）八月，戚继光再上练兵之议，提出自己到浙江义乌募兵。恰好义乌县令赵大河也上书胡宗宪，请招募当地矿徒为兵，胡宗宪便同意戚继光前往义乌募兵，并命令赵大河从中协助。同年九月，戚继光来到义乌招募新兵。开始之时，人们不了解募兵的意图，不愿前往。戚继光对其晓以杀倭保国的道理，募兵局面才得以逐渐打开，当地农民纷纷应募入伍。戚继光对应募者精心挑选，终于组成了一支由农民、矿工为主的军队，共计3000多人。这3000多人就是后来驰名的戚家军的最初基干。
到了十一月，戚继光率领队伍回到台州，一边御倭，一边加强训练。首先，戚继光把选入的士兵，立即编成队伍，加以统束。以12人为一队，设队长一人。四队为一哨，设哨长一人。四哨为一官，置哨官统领，每官配备鸟铳手一哨。四官为一总，以把总率领。戚继光自将中军，统率全营。戚家军的编制，以队为基本单位。在训练或实战时，每队则按鸳鸯阵的形式排列。鸳鸯阵是戚继光研究了倭寇的作战特点，发挥了他的严节制和齐力胜敌的军事思想而创造出的一种独特的战斗组合。每队12人，队长居前。次二人执盾牌，一圆一长，前者选年少便捷、手足灵活之人担当，后者选年壮力大且胆量过人者担当。牌手另携标枪二只，腰刀一把。再次二人是狼筅手，选年力健大雄伟老成者担任，持狼筅抵御敌人刀枪，保卫牌手。再次四人为长枪手，后二人持短兵器，他们是主要的杀手，均选精敏有杀气的30上下健壮好汉担当。最后一人为火夫，则以老实有力武艺稍次而甘为人下者充当。训练之时，强调相互配合，以整体力量杀敌。士兵入伍以后，即按鸳鸯阵中所定位置一一编好，不得随意错乱，违者严罚。每哨、每官、每总也都在军中占有特定的位置，整个军队军容整肃，联成一气，进退犹如一人。
其次，戚继光在训练之中极为重视军中号令。他采取的办法有两种：一是使全军上下必须身从号令。戚继光把军中各种金鼓、号炮、旗帜、锣钹、竹筒、灯笼所代表的号令，向军官和士兵们作了详尽明确的说明，命令他们必须准确掌握。同时，还把各种紧要号令编印成册，散发给士兵学习。识字者自己读，不识字者听别人讲读，人人必须熟记，绝对服从。二是做到心从。其办法是赏罚严明，恩威并施。同时，辅以说服教育，启发士兵自愿遵守。戚继光通过这些严明的号令，指挥约束部众，无论住营、行军、操练、出征，都能做到纪律严明，步调统一，使全军俨然—个整体。
最后是练习武艺。戚继光训练士兵学习武艺的特点，一是要求士兵学习防身杀敌的真实本领，决不要那些只在官府面前装饰门面的花架子；二是根据鸳鸯阵的不同需要，按照士兵的年龄、身材、体质、性格的不同情况，分别授予藤牌、狼筅、长枪、短刀等器械，加以精练，并特别强调实战中的相互配合，协调作战；三是不仅士兵要练武，各级军官，直至主将，都必须学习武艺。戚继光本人的武艺，尤其是箭法，极为娴熟，人称“万夫之雄”。戚继光深有体会地说：“军官只有自己武艺精强，平日方可督责士兵认真习武，战时才能身先士卒，以提高全军的战斗能力。”
素质优良的戚家军步兵，经过戚继光言传身教，精心操练，不久便成为当时一支行动快捷、以一当百、军纪严明的劲旅。后来各地的客兵撤离浙江，戚继光所训练的军队便成为浙江前线抗倭的主力。嘉靖三十九年（1560）三月，戚继光被任命为分守台州、金华、严州三府的地方参将，驻守地从宁波移至松海。胡宗宪同时委派唐尧臣为台州、金华兵备佥事，兼督海防，协助戚继光。戚继光在松海一带，除继续训练步兵外，又练成了一支精强的水师。戚家军步兵、水师的练成，使浙江的海防力量大大增强。
3.将计就计，大显神威
嘉靖四十年（1561）夏，成千上万的倭寇自浙江宁波、台州、温州沿海登陆，大肆骚扰，远近为之震动，台州则是倭寇进攻的重点。四月十九日，倭船16艘经象山自奉化县西凤登岸，窜至宁海县的团前。这路倭寇的目的在于吸引松门、海门的明军主力，然后乘虚突袭台州。戚继光早就料到倭寇会有这么一着，但因侵犯宁海之倭越聚越多，宁海告急，便命把总楼楠等率领一支军队前往台州，百户胡守仁等率领—支军队屯在海门，协助唐尧臣防守，他自己则率领军队驰击宁海的倭寇。
四月二十三日，有数千倭寇自周洋港、健跳所等处登岸，移向桃渚。当天夜里，其中的700多名倭寇突然袭击戚继光家属所住的新河所，唐尧臣率军与楼楠、胡守仁一起击败了倭寇的进攻，残余倭寇逃往温州。戚继光率军北驰，抵达离宁海30里的梁王铺时，宁海之倭闻讯逃跑。这时，唐尧臣遣使送信而来，告知新河倭寇已被击退，但侵犯桃渚的数千倭寇则焚舟南窜，意欲乘虚袭击台州，已经到达精进寺，形势甚为危急。戚继光得知这一情况之后，乃分兵三路，擂鼓疾行，回师台州。戚家军行至距离台州城二里路的花街之时，便与急急而来的倭寇相遇。
倭寇排成一字大阵迎战，戚继光督前锋炮手，一阵鸟铳射过去，火弹横飞，倭寇纷纷退避，戚家军整队前进。这时，一名倭寇首领左手挟矛，右手挥刀，耀武扬威，跳上前来向明军挑战。戚继光当即脱下身上所穿的银铠甲，说道：“谁能杀此贼，即以此铠甲相送，作为首功之赏。”壮士朱钰应声而出，挥臂直冲。一铳摧敌长矛，再击折敌白刃，奋步手起刀落，砍下了那个倭寇的首级。接着，又一连劈倒七个倭寇。倭寇急忙以右哨兵冲上来，把总丁邦彦、哨官陈高远率戚家军左哨截住厮杀。倭寇左哨也冲了上来，把总陈大成、哨长王如龙率戚家军右哨接战，戚继光坐镇指挥。只见旗幡招展，鼓角声声，戚家军正兵对敌，奇兵、伏兵一齐冲杀过来。倭寇抵挡不住，只得使出老伎俩，把抢到的金银抛到地上，以引诱戚家军。哨长楼集全然不顾，举刀砍杀，倭寇吓得魂飞魄散，纷纷败退逃命。
戚继光将队伍整顿好，只见敌人一个劲地向南溃退。他立即明白了敌人的用意，倭寇意在吸引明军也随之开出，以便他们再次乘虚袭击台州，于是，戚继光佯转宁海，然后出敌不意，再杀个回马枪。当天夜里，戚家军奔至桐岩岭，倭寇果然又来袭台州，当时台州久雨，城墙多处倾塌，兼之兵将尽出，防守空虚。倭寇偃旗息鼓急奔而来，城中居民都在做逃难的打算。四月二十七日清晨，戚继光率领戚家军突返台州，正欲埋锅造饭，闻知倭寇又至花街。戚继光立即号召杀敌报国，将士们虽然饿着肚子，仍旧奋勇争先，五战五胜，生擒倭酋二人，斩敌首308级，余寇都淹死在水中，并且救出被俘百姓5000多人。
四月下旬，2000多名倭寇自健跳所的圻头登陆，五月初一，抵达台州东北的大田，欲犯府城。这时，戚继光因多处设防，身边只有丁邦彦、陈大成两部及亲兵共1500人。临战之时，戚继光召开誓师大会，约法三章说：“以往作战，我们是以众击寡，此番是以寡敌众。希望你们做到三件事：第一，不要争割敌人首级；第二，不要抢掠敌人辎重；第三，不要轻易杀害胁从。”戚继光还命军中准备一面白旗，战斗一开始便竖立起来，号召倭寇中的胁从者空手投降旗下，可免死送还，以分化敌军。动员一完，戚继光便率部开赴大田。因大雨倾盆，无法作战，双方伏兵待机相杀。倭寇得知明军已有准备，不敢再犯府城，相持了一天多，便欲趁雨袭劫处州。戚继光料敌必过上峰岭，便命哨官赵记率所部尾随敌人，观敌动向。自率主力抄近路疾驰上峰岭设伏。五月初五，倭寇来到上峰岭下，只见丛林密布，不见有兵，遂放心过岭。待倭寇过峰将半，戚家军火铳突发，冲往山下击敌。倭寇被杀得狼奔豕突，坠岩而死者无数。余寇攀岩而下，逃到白水洋，被明军围了数重，最后全被歼灭。上峰岭之战，戚家军斩倭首344级，生擒头领5人，救出被俘百姓1000多人。第二天，戚家军凯旋，台州居民出城20里相迎，一时间欢声雷动。
同年九月，戚继光升任都指挥使，又在义乌募兵3000，使戚家军人数达到6000。在戚家军的沉重打击之下，倭寇再也不敢来浙江沿海抢掠，人民的生命财产得到了保证，戚家军的威名天下传扬。
4.激将励兵，扬威福建
倭寇在浙江受到戚家军的沉重打击之后，便日益向南掳掠，使得福建、广东一带的倭寇更加猖獗。特别是福建，北自福宁、南及漳泉，沿海千里，尽为贼窟。福建巡抚游震得上疏朝廷，请求速派浙江能将劲旅增援。嘉靖四十一年（1562）七月，胡宗宪乃派戚继光为上将，率本部6000人，另以督府中军都司戴冲霄率部1600人协助，往援福建。
在福建境内的倭寇巢穴极多，其中最为集中的有两处：一是宁德境内的横屿，这里是倭寇经营多年的老巢；另一是福清境内的峰头，新来的倭寇多屯集于此，连营数处，互为声援。戚继光率部南下，横屿正当其冲。他听说福清的官军与倭寇对垒，相持不下，而宁德日日告急，遂决定先克横屿，继往福清。由于横屿是一座小岛，隔十里浅滩和大陆相望。这片浅滩潮来成海，潮退则为泥洼。用步兵攻打则难于涉渡，用水师进攻则船易搁浅。倭寇在岛上已经营三年，筑城建垒，加固设防，经常驾小舟出外，饱掠而归。离海岸10余里有个名叫章湾的村子，是倭寇在陆上的一大据点。村民数千都被倭寇裹胁，被迫做倭寇的向导和哨探，明军稍有动静，顷刻便知。这帮倭寇自恃天险，气焰十分嚣张。
这一年的八月，戚继光率领戚家军开抵宁德。戚继光研究了敌情和地形，预先进行部署，首先下了招抚令，免胁从之罪，使得章湾等地的大批胁从分子接受了招抚，分化瓦解了敌人，孤立了横屿的倭寇。倭寇派遣李十板、张十一，两人前来伪降，暗做奸细。但李、张二人见戚继光一意杀倭，对被迫胁从的百姓以诚相待，深受感动，便亮明了他们的身份，甘愿为明军效劳。
八月七日，戚继光先遣两支人马分屯金垂渡和石壁岭，防敌逃逸，自率大部人马进军章湾。戚家军进村，不杀一人，不烧一房。曾经从敌的居民前来跪伏请罪，戚继光说：“你们既然离开倭贼，就是中国的百姓。我既诚心让你们来归，定给你们一条自新之路，决不会因为从前之过而断绝你们的从善之心。”这些人听后深受感动，表示愿为官军效力。经他们入山相劝，又有1000多胁从分子离倭来归。这样一来，横屿之倭便形成孤立。
等到了第二天五鼓，戚家军开赴前线，戚继光留王如龙率兵两支屯港尾一带海岸边，截杀漏网之贼。然后用激将法进行战前动员，戚继光召集部下军官说：“从这里往横屿，现在是落潮，到了对岸就会涨潮。因此，必须全歼敌寇，才能在对岸等候落潮而回，否则就退无所归了。如果无此胆力，就不要到对岸去作战，我实在不忍心离弃你们。”
众将的情绪激动起来，争着说道：“我等不远千里而来，所为何事？难道能面对倭贼而心示胆怯吗？”
戚继光进一步激诸将说：“只怕力不从心。”
诸位将领的情绪更加激动，个个摩拳擦掌，跃跃欲试。戚继光看士气已经鼓得够足的了，于是大声说：“果真如此，我当为诸位擂鼓助威！”戚继光一声令下，戚家军列成鸳鸯阵式，冲向浅滩，每人背草一捆，铺在泥滩地上。壮士们赤裸上身在阵阵军鼓声中，艰难地匍匐前进。每走百步，休息片刻，待队伍齐整再继续前进，终于排除天险，越过浅滩到达对岸。此时，岛上的倭寇早在沿山南麓一带列阵待战，还有大批倭寇据木城死守。戚继光命吴惟忠率部攻木城，陈子銮、童子明率部冲向敌阵，陈大成率部沿山脚潜往敌人背后，准备前后夹击。戚家军背水大战，倭寇也知不战即死，故拼命相抗。双方恶战，杀得天昏地暗，难解难分。虎将王如龙在对岸遥看形势紧急，大吼一声，挥师杀过滩去。王如龙所部一到，并力夹击，倭寇支撑不住，大败溃逃。明军追歼败敌，刚过午后，岛上倭寇已被消灭得干干净净，共斩首2600余级。被倭寇盘踞多年的横屿岛，终于被威家军一举收复。
第二天，戚家军凯旋回到宁德，暂作休整。当时，福建地方后勤供应不上，戚家军物质生活十分艰苦。士兵屯居野外，八天不知盐味。八月十五是中秋节，为鼓舞士气，克服物质贫乏的困难，戚继光召集数百吏士，口授所作凯歌。一唱千和，还配以合拍的鼓声，歌词是说：
万人一心兮，泰山可撼。
惟忠与义兮，气冲斗牛。
主将亲我兮，胜如父母。
干犯军法兮，身不自由。
号令明兮，赏罚信。
赴水火兮，敢迟留？
上报天子兮，下救黔首。
杀尽倭奴兮，觅个封侯。
这一天夜里虽然没有酒，戚继光却和三军将士以歌代酒，共赏明月，过得非常愉快。一来为中秋而歌，二来为胜利而歌。
