费扬古遥望敌阵后部人马不动，察知为妇女驼畜所在，于是，他立即命令沿河伏骑分为两队，一队横冲入阵，一队袭击其辎重，噶尔丹腹背受敌，终于溃败，噶尔丹之妃可敦阿努，身披铜甲，腰佩弓矢骑异兽冲杀，凶猛非常，她手下有数百悍兵，也是勇猛善战，被清军居高临下以枪炮乱轰，将其击毙。噶尔丹叛军仓皇北窜。
费扬古挥师向北穷追赶三十里，斩首数千级，收降三千人，获得驼马牛羊庐帐器械无数。噶尔丹仅以数十骑逃遁。
玄烨得到捷报大悦，慰劳有加，命费扬古留守漠北，亲自撰文铭功勒石于察罕拖诺山及昭莫多山，然后班师还京。
削平内乱，三征葛尔丹
玄烨深知，噶尔丹不除，西北边疆永无安定之日，决意再次亲征，务必歼灭噶尔丹叛军，康熙三十六年（1697年）二月，玄烨再次亲征，这之前，噶尔丹遣使乞和，玄烨命噶尔丹亲自来降，限70日内来投，噶尔丹拒不奉命。
玄烨率大军渡黄河，驻宁夏，命内大臣马思哈、将军萨布素，会同费扬古大举深入，并命策妄阿布坦（噶尔丹之侄）助剿。噶尔丹已不知所措，欲奔西藏，但道路早被清军断绝，噶尔丹派其子塞卜腾巴珠到回部借粮，被回人拘留，囚献清军，噶尔丹又欲北投沙俄，沙俄不欢迎他，因为他已失去利用价值，他那五、六百残兵败将纷纷投降清军，作了向导来抓噶尔丹，绝望之中的噶尔丹只好服毒自尽了。
策妄阿布坦得到噶尔丹的尸体，献给清军，玄烨命喀尔喀蒙古土谢图、札萨克图、车臣三部回归漠北游牧，然后，勒铭于狼居胥山纪功。五月，班师还京。
噶尔丹在沙俄支持下发动的分裂祖国的叛乱，至此，被清政府平定。
玄烨为什么不辞劳苦，连连御驾亲征，而不单独派大将出征？因为当时的情况是诸王和大臣都希望与噶尔丹和谈，第一次战役胜利，裕亲王福全就放跑了噶尔丹，说明他们与玄烨的认识不统一，行动上就协调不周，为了表示战胜敌人的决心和鼓舞士气，玄烨不得不如此，常言说：“居安思危。”何况国家的安全已经受到了严重的威胁，明朝皇帝对边患不能给予足够的重视，只图眼前安逸，使边境战争拖廷数十年而不胜，最终失去了江山社稷，就是极惨痛的教训，玄烨的英明之处就在于他看准问题后就及时解决，决不拖延。
6.奖励农耕，扶持工商，发展经济
经过明末清初的社会动乱，清朝初年，社会经济凋敝，人民生活十分困苦。
康熙皇帝在位期间，为了恢复残破已极的社会经济，首先实行了重农恤商的政策，奖励农耕，整顿赋役，扶持工商。经过他的不懈努力，农、工、商业都渡过了几十年来的低谷，而进入了一个全面恢复和迅速发展的新的历史时期。
从重农思想到重农措施
康熙皇帝亲政以后，比较系统地接受了儒家传统的治国思想。通过对历代王朝兴衰治乱历史经验和教训的总结，他认为，“前史之乱率起于饥”。因而，“国家久安长治之谟，莫不以足民为首务，必使田野开辟，盖藏有余，而又取之而不尽其力，然后民气和乐，聿咸丰亨豫大之体”。在他看来，经济发展，社会安定，统治巩固，样样都离不开农业。在这些认识的基础上，康熙皇帝形成了自己的重农思想。
认识到农业的重要性，康熙皇帝在位期间就采取各种措施，奖励农耕，恢复和发展残破的社会经济。康熙皇帝奖励农耕的措施，大致有以下几个方面。
第一，废除藩产变价，无偿给予耕种农民。清朝建立后，这些废藩田产的所有权转归国家，垦种者按藩产租额缴租，同时要按民田额赋纳粮，负担沉重，积极性不高，垦种效果也不好。为此，早在四辅政时期，清政府即陆续将部分地区废藩田产的“加增额赋”或“增租”蠲除。但因藩产名义犹存，一切蠲免只是临时性的，所以不仅未开垦者仍然无人问津，即使已经开垦者也有被撂荒的。康熙七年十月，清朝政府又被迫下令革除“废藩名色”，改变废藩田产所有权，归耕种者所有。然而清政府在推行这一规定时又留了一个大大的尾巴，下令农民必须用钱购买那些已归农民所有的废藩田产。当时，广大农民极其贫困，国家正项钱粮都难以缴纳，哪里还能有钱来购买田地？因此，藩产变价的措施受到了人民的激烈反对。为了安定社会秩序，发展农业生产，康熙皇帝决定撤销藩产变价的命令，把土地无偿分给耕种之人。
这彻底肯定了明末农民战争后广大农民夺得一部分土地所造成的土地占有关系的新现实。这种奉旨免其变价、改入民户的废藩田产，就是为后人称道的“更名田”。“更名田”的实行，鼓励了农民继续垦荒和耕种，也培养了一大批自耕农，对于当时生产的恢复和发展，无疑起了重要的促进作用。
第二，采取各种措施，奖励荒地开垦。连年的战争，使大量的土地撂荒，无人耕种。显然，垦荒已是发展社会经济、保障人民生活、进而稳定封建统治的急务。康熙皇帝认识到了垦荒的重要性，采取了一系列措施加以提倡和鼓励。首先是官贷牛、种。其次是放宽起科年限。
朝廷既不急于起科增赋，人民垦荒的积极性自然高涨。康熙时期与顺治时期相比，垦荒有了较大的进展。再次是奖励地主乡绅及在职官员进行招垦。面对土地抛荒、流民四布而封建国家又一时财政紧张的现实，顺治年间采取了奖励地主乡绅及在职官员进行招垦的措施，即利用地主、官员们在地方上拥有的实力，鼓励他们招民垦荒，而由国家给以种种政治、经济特权，然后国家再从他们的地租剥削中征取一部分作为赋税。康熙年间，康熙皇帝继续采取这一措施。
对于那些虚报垦荒成绩以图幸进的地方官员，康熙皇帝也制定出详细而严格的措施，从而保证垦荒的正常进行。
第三，重视边疆地区的开发。在大力提倡内地垦荒的同时，对于边疆的开发，康熙皇帝也十分重视，在他的关心下，康熙前期，结合抗击沙俄、保护东北边疆，在黑龙江南北进行了大规模的军事屯田活动。
康熙后期，随着噶尔丹叛乱的平定，西北边疆各地的屯田活动也次第开展。为了提高边疆地区垦荒效果，康熙皇帝还特别强调因地制宜。
第四，提倡和推广优良品种。这方面突出的例子，是康熙皇帝对御稻种的培育、提倡和推广。康熙皇帝于听政之暇，在宫内的丰泽园（今中南海内）开垦出水田数畦，种上玉田产的稻种，每年九月成熟收割。某年六月下旬的一天，康熙皇帝又照例来到地边视察苗情。其时，水稻刚长出穗子。忽然，他发现众株之中有一棵稻杆高出许多，稻穗也已成熟。康熙皇帝很是惊奇，便将其收藏作种子。次年试种，果然又在六月成熟。从此生生不已，“岁取千百”，终于用“一穗传”的方法培育出早熟新稻种。因其生于禁苑之田，故称之为“御稻米”。“御稻米”色微红而粒长，气香而味腴。由于生长期短，所以适于北方栽种，南方则可一年两熟。康熙五十三年，康熙皇帝首先把一石御稻种发给苏州织造李煦，令推广，同时试种双季连作。两年以后，御稻种又迅速传播到江苏、浙江、安徽、两淮及江西等地，结果获得成功，粮食产量大幅度提高。在北方，康熙皇帝推广御稻种，也取得了满意效果。
重视恢复工商业的发展
在采取措施恢复农业生产的同时，对于工商业的恢复和发展，康熙皇帝也十分重视。
康熙皇帝即位之际，由于经过几十年的战乱，工商业同样是个烂摊子。康熙皇帝在位期间，为了发展工商业，繁荣经济，提出了“利商便民”、“恤商”的口号，并先后采取了以下措施：
第一，废除匠籍。所谓匠籍，就是封建政府为手工业者专立的户籍。元朝把手工业者编为“匠籍”，使之沦为工奴，子孙世承其业。明朝时期，手工业者的地位有所提高，在籍的工匠按国家规定每年定期服役外，可以独立经营自己的手工业，产品也可自由出售。明朝中期以后，匠籍制度又加以改革。嘉靖八年，明朝政府下令匠户向政府交纳班匠银，取消工匠轮班服役的制度。清初，匠籍混乱，政府无法按籍征收班匠银。因此，顺治二年宣布除豁直省匠籍，免征京班匠价。但至顺治十五年全国即将统一之际，清朝政府又下令恢复班匠银。康熙皇帝即位以后，面对全国各地匠户逃散、匠籍名存实亡、班匠银无法征收的现实，毅然决定将班匠价银改入条鞭征收。令下之后，各地陆续将班匠银摊入地赋中征收，匠籍也就随之废除。废除匠籍表明手工业者对国家的人身依附关系的进一步松弛，有利于手工业的发展。
第二，禁止官吏苛索商人。封建官吏为了一己之私，往往利用手中的权力，对工商业者肆行勒索，从而影响了工商业的发展。为此，康熙皇帝陆续颁布了一些法令，保护工商业者免受不法官吏的盘剥，对违反法令的官吏则加以惩治。他勒石于桥，禁关津口岸杂税；取消官吏征税溢额加级的规定，令税课照常额征收；禁止官吏扰害行户，并以之作为整饬吏治的一条标准；禁止官吏封借商船运兵作战，而允许漕船捎带商人货物；停止各地的房号银；官吏扰害商人者，允许商人首告，提倡官吏互相参劾。官吏扰害工商业者而被治罪的例子在康熙朝有不少，如康熙六年有安徽滁州全椒县知县因克扣铺户（杂货铺、布铺、酒铺、猪肉铺）银五十九两零七分而被发配宁古塔，康熙四十二年，山西河东盐院承差景仕诈害商民被参革职，还有恭顺侯吴维华因请征房号银而被下刑部议罪。
第三，一定程度上取消贸易和生产限制。封建社会里，一向官营的盐、茶，康熙皇帝也允许一定数量的私贩煎煮，以至于当时盐、茶私贩“千百成群，公然开店”；云贵等省，康熙皇帝还允许商人贩卖铅、硝、硫磺；统一台湾以后，他甚至允许商人带火药、兵器出洋。康熙皇帝——定程度上取消贸易和生产限制的措施，在其开海和开矿政策中有更明显的体现。对此，另有专节论述，这里不再赘言。此外，在纺织业方面，康熙皇帝取消了机户不得拥有百张以上织机的禁令，同意有力者“畅所欲为”，自由地扩大生产规模，等等。
第四，统一度量衡。康熙二十三年，康熙皇帝下令统一制钱的重量，规定每钱约重一钱，每钱一串值银一两；康熙四十三年，康熙皇帝宣布废盛京金石、金斗、关东斗，规定各省一律改用底面平准的升斗；康熙五十八年，他还下令秤以十六两为一斤，升以十三号砝码为准。这种度量衡的统一规划，也一定程度地促进了全国商业的繁荣。康熙制钱，南起云、贵，北至喀尔喀蒙古、黑龙江两岸，皆畅通无阻。内河上下，商贾船行不绝。
