年羹尧被削去军权以后，镇守西北的重任落到岳钟琪身上。岳钟琪（公元1686～1754年）字东美，祖籍临洮（今甘肃岷县），其父岳升龙任四川提督，举家徙居成都，故算成都人。岳钟琪青年时代酷爱武事，主动从军，当过中军游击和副将，随清军入西藏，出任前驱，平定策旺阿拉布坦叛乱，因功被授为左都督，擢为四川提督，受赐孔雀翎。雍正帝即位后，年羹尧器重岳钟琪的才干，请为参赞军事，共同镇压罗卜藏丹津叛乱。岳钟琪“沉毅多智略，御士卒严，而与同甘苦，人乐为用”。他在青海前线，“临阵挟二铜锤，重百余斤，指麾严肃不可犯”，多次率兵出击，每战必胜。雍正二年（公元1724年）被授为奋威将军。在追击罗卜藏丹津的战役中，他率本部兵马，半个月内，转战千里，斩杀叛军八万余人，生擒罗卜藏丹津的母亲和妹妹。罗卜藏丹津装扮成妇人模样逃入准噶尔部。青海基本平定后，雍正帝授予他为三等公，赐予黄带。岳钟琪继续剿灭叛军的残余势力，兼任甘肃提督，再兼甘肃巡抚。雍正三年（公元1725年），年羹尧获罪，岳钟琪代理川、陕总督，继正式出任川、陕总督，并加兵部尚书衔。岳钟琪就安定青海的社会秩序、发展生产、互市贸易、摊丁入亩、驻军防守等提出了一些建议，雍正帝表示同意，一一批准施行。
雍正四年（公元1726年），四川凉山一带少数民族的土司发动叛乱。雍正帝命岳钟琪和云贵总督鄂尔泰一起，率兵镇压，继续在那里实行“改土归流”政策，把很多少数民族世袭的土司改设为流官，地域涉及四川、贵州、云南和广西等地。在其后的五年里，由土司改成流官的地区共有三百零九处之多，大大削弱了土司的割据状态。
这时的岳钟琪，驻军川、陕、甘三省，位高权重，引起了许多人的疑忌。成都传言，岳钟琪将要谋反。岳钟琪襟怀坦荡，把传言如实报告朝廷。雍正帝信任岳钟琪，说：“数年以来，谗钟琪者不止谤书一箧，甚且谓钟琪为岳飞后裔，欲报宋、金之仇。钟琪懋著勋劳，朕故任以要地，付之重兵。川、陕军民，受圣祖六十余年厚泽，尊君亲上，众共闻之。今此造言之人，不但谤大臣，并诬川、陕军民以大逆。”他命当地的督、抚严厉查处谣言制造者，一个叫做卢宗的人，因造“蜚语”被斩首。湖南的曾静、张熙，受已死老师吕留良的思想影响，千里迢迢来见岳钟琪，列举雍正帝九大罪状，鼓动起兵反清。岳钟琪还是如实上奏。雍正帝大怒，命将吕留良家属、师徒，以及其他有关人员全部治罪，死者戮尸，活者斩首，造成一大血案。
罗卜藏丹津逃亡至准噶尔部，被领主策旺阿拉布坦收留。策旺阿拉布坦的儿子噶尔丹策零，盘踞伊犁（今新疆伊犁），侵扰蒙古各部，使天山北路陷入混乱。雍正帝命岳钟琪为宁远大将军，屯兵巴里坤，命傅尔丹为靖边大将军，屯兵阿尔泰山，分别出西路和北路，进行讨伐。整个清朝，汉族将帅官拜大将军，满洲士卒麾下受节制者，惟岳钟琪一人。为此，雍正帝加岳钟琪少保衔。雍正八年（公元1730年），雍正帝将岳钟琪和傅尔丹召回京城，面授征讨机宜。其间，噶尔丹策零兵犯巴里坤，打败参赞军务的纪成斌，掠去很多骆驼和战马。岳钟琪紧急回到前线，请求移军驻屯吐鲁番和巴尔库尔，以便进军伊犁，直捣敌人巢穴。雍正帝不大放心，谕旨说：“钟琪前既轻言长驱直入，又为敌盗驼马，既耻且愤，必欲进剿，直捣巢穴，能必胜乎？”接着，岳钟琪得到情报，说敌人将自吐鲁番侵犯哈密、安西等地，遂改变主意，建议坚壁固守。这一改变，使雍正帝大为恼火，他谕旨批评说：“前以钟琪军寡，谕令持重坚守，今已有二万九千人，另有马步军二千，敌彼二万，转战七昼夜，犹足相当。乃以二万九千人而云众寡莫敌，何怯懦至此？钟琪于地势军机，茫然不知，朕实为烦忧。”
雍正九年（公元1731年），噶尔丹策零果然发兵进攻吐鲁番。岳钟琪一面派兵增援，一面建议进袭乌鲁木齐。雍正帝谕旨说：“今年秋间袭击，是第一善策；援吐鲁番，乃不得已之举。若但筹划应援，而不计及袭击，是舍本求末也。”雍正帝和岳钟琪就用兵方略问题，明显产生了矛盾，这决定了岳钟琪倒霉的命运。秋天，岳钟琪在傅尔丹北路军大败敌军的情况下，再次建议进袭乌鲁木齐。雍正帝命令他“勿贪功前进，勿坐失机宜”，只需“略行袭击，即撤兵回营”。雍正十年（公元1732年）初，岳钟琪部将云倬违背命令，没有乘胜追袭逃跑之敌，被逮至京师治罪。雍正帝再发一道谕旨，说：“岳钟琪素谙军旅，本非庸才，但以怀游移之见，致战守乖宜。前车之鉴，非止一端。嗣后当痛自省惕，一号令，示威信，朕犹深望之。”
从实而论，岳钟琪用兵并无什么大的过错。雍正帝两次指责他，无非是怕他成为又一个年羹尧。大学士鄂尔泰等揣摩皇帝的心思，赶忙上书，奏劾岳钟琪“专制边疆，智不能料敌，勇不能歼敌”。雍正帝因此把岳钟琪降为三等侯，削去少保衔。六月，岳钟琪被召回京师，由张广泗代理定远大将军。张广泗奏劾岳钟琪“调兵筹饷，统驭将士，种种失宜”。雍正帝因此尽夺岳钟琪官爵，交兵部拘禁。雍正十一年（公元1733年），新任定远大将军查郎阿又奏劾岳钟琪“骄蹇不法”。次年，鄂尔泰等给岳钟琪定了罪名，拟斩立决。雍正帝法外“开恩”，改为斩监候。
雍正帝死后，清高宗乾隆帝继位。乾隆二年（公元1737年），岳钟琪得以获释，回归老家。乾隆十一年（公元1746年），地处四川西北部的大金川土司莎罗奔发动叛乱，朝廷损兵折将，久征无功。次年，乾隆帝想到了岳钟琪，重新起用，授为总兵，再授为四川提督，赐孔雀翎，命其统兵平叛。岳钟琪熟悉四川的地理形势，很快提出了平叛的方略。但是，统帅纳亲、四川总督张广泗不予配合。乾隆帝信任岳钟琪，把纳亲和张广泗调离，改以大学士傅恒为统帅，全力支持岳钟琪。岳钟琪很受感动，决心一年内平定叛乱，豪壮地说：“臣虽老，请肩斯任！”
岳钟琪统领清军，采用正确的进军路线，步步为营，深入沟壑丛林作战，屡战屡胜。莎罗奔的地盘越来越小，请求归降。岳钟琪征得傅恒的许可，仅率十三骑去到莎罗奔的军营。莎罗奔头顶佛经发誓，降附朝廷，永不作乱。岳钟琪带领莎罗奔拜见傅恒。傅恒高坐于帅帐，岳钟琪戎装佩刀，侍立一旁，威风凛凛。莎罗奔惊骇地说：“我曹仰岳公如天人，乃傅公俨然踞其上，天朝大人诚不可测也！”乾隆帝接到捷报，深感欣慰，赞赏岳钟琪独到的军事才能，给他加太子少保衔，复封三等公，赐号曰“威信”。岳钟琪入觐，乾隆帝命在紫禁城骑马，赋诗表彰其功绩。
岳钟琪还镇四川，实行“改土归流”政策，巩固了朝廷对西南少数民族地区的统治。其后，西藏的珠尔默特、杂谷的土司苍旺、重庆的流民陈琨相继作乱，均由岳钟琪率兵平定。乾隆十九年（公元1754年），岳钟琪在平定陈琨之乱后，病死于回军途中。乾隆帝赐祭葬，谥襄勤。后来，乾隆帝曾赋诗怀念五位功臣，称赞岳钟琪为“三朝武臣巨擘”。
