1303年8月，两位宗王的使者到北京宫廷表示效忠，这是十分重要的一步，它再次把窝阔台和察合台的兀鲁思置于拖雷家族的藩属地位而恢复了蒙古的统一。接着，都哇和察八儿之间发生争吵；都哇囚禁了察八儿，逼他交出东、西突厥斯坦。都哇死后，察八儿约于1309年进攻都哇之子、继承者怯伯汗，企图以此恢复窝阔台兀鲁思对察合台兀鲁思的霸权，但是，他被怯伯开打败，除了逃到中国大汗处避难外，别无选择。窝阔台兀鲁思就这样结束了。40年来，窝阔台家族在它的基地塔尔巴哈台的叶密立河畔统治着中亚，并与拖雷家族的命运抗衡。忽必烈的王朝，即中国的元朝，作为其他蒙古汗国的唯一的宗主而存在。北京成为远至多瑙河和幼发拉底河的世界之都。
在当时忽必烈为了加强对海都的防备，同时也为了使察合台汗国重新归附在中央政权的直接控制之下，于公元1271年，命驻守在和林地区的北平王那木罕，将其所统率的军队推进至至天山北路，驻扎在阿力麻里。这一决策虽然加强了西北边防，但同时也削弱了漠北的守旧势力，但却便拖雷系的反对派诸王得以云集在平叛的前线。据后来驻屯军的阵容部署，驻屯军右翼诸王有蒙哥庶子昔里吉、蒙哥嫡孙撒里蛮、阿里不哥长子药木忽儿、阿里不哥二子明理帖木儿与岁哥都之子脱帖木儿等，他们几乎都曾经属于过阿里不哥派。忽必烈低估了这些势力对自己的不满与反感，低估了他们有可能利用平叛前一触即发的形势，进而扩大反叛朝廷活动的危险性。这样便为昔里吉之乱留下了可乘之机。由于当时伯颜不能移军北征，忽必烈担心那木罕孤悬敌中，所以经过再三思量采取了重臣驭边之策。在公元1275年科，派右丞相安童以行中书省、枢密院事衔，前往阿力麻里，辅佐那木罕。
不料，安童虽然为人厚重，但其绝非治边之才，缺乏直辖市视师的经验，加上那木罕少不更事，年轻识差，在波云诡谲和复杂多变的前线，他们显然难以应付。公元1276年夏，安童协助那木罕，发兵攻袭海都党羽，诸王忽部曲，掠其辎重，海都恼怒，忽必烈遣使招谕未果。海都当时的势力转盛，那木罕部下诸将多与海都相通，相继引兵离去。就是在这种紧要关头的时候，反叛诸王借口安童在供应军饷的时候没有分给他们，在这一年的秋天，乘夜劫了北平王的王营将那木罕与他的弟弟阔阔出以及丞相安童一齐逮捕。
蒙哥的庶子昔里吉早就心存异志，对忽必烈夺取汗位一直心存不满，又使他们听命于那木罕，并受安童的钳制，更加的愤愤不平，他欣然领头发动了叛乱，就是想借助海都的势力，以使齐心协力，反叛元朝，所以他们主动与海都等通好，将那木罕和阔阔出交给了钦察汗忙哥帖木儿，将安童交给了海都。他们满心以为海都一定会出兵，不料海都当时采取的是坐山观虎斗的立场，根本就没有答应出兵。昔里吉在得不到西北叛王的支持下，只得引军东窜并且散布了谣言，说海都、忙哥帖儿与自己结盟，将随后一起出动。并且突然发起了进攻，攻占了谦谦州，袭杀了万户伯八，挽留了五部断事官刘好礼。在第二年，又进围和林。
在这次叛乱当中，过去支持过阿里不哥的守旧诸王，包括阿里不哥系、蒙哥系和阔列坚系的诸王，除牙忽都外，几乎全部参与进去。叛乱一度蔓延至北边的翰亦剌部、应昌的弘吉剌部，以及河西、六盘山等地，也有一些诸王举兵反叛响应。忽必烈感到事态紧急，急调征宋主将伯颜、阿术、别吉里失等回师北征，分别击溃了各支叛军，稳定了漠南北的局势。不久，遭到拘捕的皇子那木罕、阔阔出和丞相安童分别被礼送回朝。随着昔里吉大军的大败西逃，远军相继收复了和林地区。在公元1281年二月，鉴于北边的防御体系空虚，忽必烈又是命皇太子真金抚军漠北。
并派伯颜随从。当时北边急待整理恢复，尤其需要建立一个直接受命于中央政府的有权威的军政管理机构，因此，和林宣慰司的设置，当是真金此行的结果。在十月，他们在驻边半年之久后，便回到了大都。经过这次叛乱之后，忽必烈吸取了了深刻的教训，决心把蒙哥系、阿里不哥系诸王从蒙古本土清洗出去，为此，他又恢复了初期实行的宗王出镇制度，改派自己的直系宗王驻守漠北地区。在第二年，忽必烈将获释的那木罕，从北平王改为北安王。在公元1284年，又授他北安王印，并再次派他镇守蒙古本土。从此形成了由忽必烈直系宗王带兵镇守北边，直接控制蒙古地区的政治体系。
正当西北叛乱的时候，诸王乃颜又在辽东发动了叛乱。乃颜出生于一个有功于元朝，享有很高声誉的家族。他是成吉思汗小弟铁木哥翰赤斤的后代。他的祖父就是率先拥戴忽必烈为大汗的塔察儿国王。乃颜家族不仅在实际上取得了镇守辽东的藩王地位，而且还攫取了大兴安领东边的大片地区作为自己的直属分地。其权势之重，时所仅见。封地之广，属民人户之众，位居诸王之冠。在东道诸王中，其地与户，以二十为率，其乃颜得九。自翰赤斤至乃颜已历五世，父子祖孙兄弟雄踞辽东，前后已经有五六十年之久，早有轻慢朝廷之心，形成了一股同中央政权相抗衡的地方割据势力。及少年气盛的乃颜继位为国王，尤其狂妄之极。乃颜家族在辽东的割据统治，造成了中央政令难以顺利通行，以致使者传旨意，由于辽东多亲王，地方官吏只得站在一旁立听。
