1954年，胡先骕在写作《植物分类学简编》一书时，针对李森科的“小麦变黑麦”的论点做了严厉的学术批判，指出其不符合现代遗传学的实际，是反达尔文演化学说的非科学理论，并批评李森科是靠政治力量来支持其反科学的理论的。他在书中告诫中国的生物学工作者，尤其是植物分类学工作者：“必须有深刻的认识，才不至于被引入迷途。”虽然那时苏联也有科学家对李森科的非科学理论进行了批判（如苏卡高夫等），但在中国科学界，公开对李森科理论进行批判，胡先骕还是第一次。
过去认为，这是胡先骕没有成为学部委员的主要原因。但胡宗刚在一篇未刊的文章中却有不同的看法。他说：“胡先骕批判李森科伪科学的言论，是写于其专著《植物分类学简编》之后，该书于1955年3月由高等教育出版社出版。科学院向中央报呈学部委员名单在1955年5月9日，中央审批在5月15日，《简编》一书出版仅两个多月，还没有引起反响，两事没有关联。指出《简编》有‘严重政治性错误’的始作俑者，是北京农业大学六位讲师助教于是年夏给出版社的信函，要求停止《简编》的发行，随后在高教部的苏联专家提出‘严重抗议’，说‘这是对苏联在政治上的诬蔑’。继而中科院在纪念米丘林诞辰一百周年的纪念会上，对胡先骕的观点进行了批判，这些都在中科院学部成立之后。”胡宗刚认为胡先骕没有成为学部委员主要是因为他过去的政治观点。陆定一当时是中宣部部长，当时学部委员的选举工作主要是由中宣部负责的。[29]
胡先骕没有成为学部委员的主要原因，确是因为他反对李森科的非科学理论。科学院在最初上报的一个二百三十八名学部委员名单中本来是有胡先骕的，但在最后确定的二百三十三人名单中拿掉了胡先骕等几个人。[30]李真真认为：“他们最终由于政治上的原因而落榜。”所谓“政治上的原因”，具体到胡先骕，就是上面说到的那些原因。不过近年发现的档案说明，胡先骕没有成为学部委员可能还有其他原因。
1956年4月27日，陆定一在中央政治局扩大会议上讨论《论十大关系》时，做过一次发言。他讲到了胡先骕：
从前胡先骕那个文件我也看了一下，看一看是不是能够辩护一下，那是很难辩护的。那个时候我们给他加了几句，就是着重他的政治问题，因为他那个时候骂苏联，所以我们就气了。他讲的问题是生物学界很重要的问题，这个人在生物学界很有威望。（毛泽东插话：不是什么人叫我们跟他斗一斗吗？）后来我们把那个东西和缓了，报纸上没有提他的名字，是在一个什么米丘林的纪念会上有几个人讲话讲到他，我们掌握了这一点，就是报纸上的一个名字都不讲，因此没有和他撕破脸。（毛泽东插话：胡先骕的那个文章对不对？）他批评李森科的观点很好，那是属于学术性质的问题，我们不要去干涉比较好[康生插话：我问了一下于光远，他觉得胡先骕是有道理的。胡先骕是反对李森科的。什么问题呢？李森科说，从松树上长出一棵榆树来，这是辩证法的突变，松树可以变榆树（笑声），这是一种突变论。毛泽东问：能不能变？康生答：怎么能变呢？那棵松树上常常长榆树，那是榆树掉下来的种子长出来的。这件事情胡先骕反对是对的。但胡先骕说李森科可以吃得开是有政治支持着的，其实，斯大林死了以后，苏共批评了李森科，没有支持李森科，所以胡先骕这一点没有说对。但整个的来讲，胡先骕讲得还是对的，他只讲错了一个例子，我们不应该去抓人家的小辫子，就说他是错误的]。那倒不一定去向他承认错误（毛泽东插话：那个人是很顽固的，他是中国生物学界的老祖宗，年纪七八十了。他赞成文言文，反对白话文，这个人现在是学部委员吗？）。不是，没有给（毛泽东插话：恐怕还是要给，他是中国生物学界的老祖宗）。[31]
这些材料大体可以把问题说清楚。
第一，最早反对胡先骕的正是他的同行，也就是当时北京农业大学那些赞成李森科理论的人，以后就是苏联专家，是他们给中宣部写信告状。中宣部认为胡先骕在政治上是有问题的，“很生气”。中宣部从策略考虑，没有点胡先骕的名，但对他已有了很坏的印象，用陆定一的话说就是“没有和他撕破脸”。
第二，毛泽东对胡先骕是有印象的，但并不了解具体情况，知道他在五四时期反对过白话文，那时胡先骕是《学衡》的主将之一。毛泽东说胡先骕“年纪七八十了”，其实那时胡先骕只有六十三岁，比毛泽东还小一岁。
第三，中宣部对胡先骕产生坏印象时，正是学部委员由中宣部认定的时候，因为有那样的印象，所以就有陆定一口气很硬的回答：“不是，没有给。”这一点也符合1957年陆定一对胡先骕的评价：“胡先骕是不用戴帽的右派。”[32]
第四，毛泽东没有反对胡先骕成为学部委员，是那些具体操作者对胡有成见。
第五，胡先骕批评李森科，说他靠政治来支持自己的理论，这一点虽然在时间上有一点出入，但胡先骕对李森科的批评从根本上说没有错，李森科就是一个靠政治吃饭的科学骗子。
第六，在对胡先骕的问题上，虽然承认了他是对的，但最后的态度却是：“那倒不一定去向他承认错误。”
第七，陆定一在对胡先骕的态度上很不宽容。
还有一个历史细节是，胡先骕在政府接收静生生物调查所时提过条件。当时胡先骕是静生生物调查所所长，他不愿意把静生生物调查所并入北京农业大学。因此北京农业大学的负责人乐天宇说过胡先骕曾有“不愿意受谁领导”的话。科学院接受了胡先骕的意见，但特别提出：“决定接管静生生物调查所，以一切工作听由本院领导为前提条件。”[33]
当时，对静生生物调查所的评价是：“本院鉴于静生生物调查所有二十多年的工作经历，过去研究工作虽有表现，但在国民党反动统治之下并未得到合理的发展，现在人民政府重视科学工作，但对过去科学工作机构必须做合理的调整，现在静生生物调查所整理委员会，即本此原则进行，拟定委员人选已得文委同意，即可开始工作。”
