李密归降后，因为没得到重用，心中一直闷闷不乐。其实高祖对他已经格外关照了，不但称呼他为弟弟，还把舅舅的女儿独孤氏嫁给他。怎奈李密天生狼子野心，不论受了什么恩惠礼遇还是欲壑难平。王伯当被封为左武卫将军，也感到不如意，因此两人经常密谋反叛。有一次朝会，李密向高祖请命道：“臣空蒙恩宠，无以回报，如今山东的草寇大多是臣的旧部，臣愿意前去收降，然后去讨伐东都，托陛下洪威，要胜王世充应当如探囊取物。”高祖当即同意：“朕听说东都的将士好多都跟着王世充造反，本来打算让贤弟空闲时再去讨伐，既然贤弟主动请战，我还有什么说的呢！”李密请求与旧部王伯当、贾润甫等人同行，高祖也都同意，并且亲自为李密赐酒壮行。李密带着王、贾二人即日起程。
李密走后，群臣进谏道：“李密奸诈狡猾，如今派他东征，这不是放虎归山吗？”高祖笑道：“帝王自有天命，不是小人所能取代的，就算他叛变了，也没什么可怕。况且他们二贼相斗，我正可以坐收渔翁之利。”群臣只好退下。
李密出关后，长史张宝德再次上奏，说李密必反。高祖这才有些后悔，传旨李密一个人还朝，共商大计。李密接到圣旨，对贾润甫说：“既然派我去，现在又召我回京，想必是朝中有人搬弄是非。我如果回去，恐怕多有不测。我们不如袭击桃林，就此反了，你们看怎么样？”贾润甫、王伯当等都觉得不妥，一再劝阻，但李密早有反心，现在更铁了心，谁的话也听不进去。李密索性带兵来到桃林县，杀掉县官，又烧杀抢掠一番，然后取道南山，沿着山路向东而去。镇守熊州的右翊卫将军史万宝，听到贾润甫的报告，知道李密叛变，就跟行军总管盛彦师商量：“李密来势凶猛，又有王伯当相助，恐怕不好对付啊。”盛彦师笑道：“我只要几千兵马，就能砍下二贼的脑袋。”史万宝问：“你有什么好计吗？”盛彦师道：“暂时保密，等我杀贼回来，再跟您解释。”说完就率领五千人，翻过熊山，占据要道，在高处埋伏下弓弩手，低处埋伏下刀斧手，然后下令：“等到贼兵过去一半，上下同时夹击。”有个偏将问盛彦师：“李密要去洛阳，您却进山埋伏，这是什么意思呀？”盛彦师道：“李密一向狡诈，他向洛阳是假，要去襄城是真，我料他必定从这里经过。”于是人马静静地埋伏下来。没过多久，李密与王伯当等人果然翻过山向南而来。盛彦师早有准备，等他们过了一半的时候突然冲出。李密的部下不过一千多人，一下子就被冲断，前后两段不能相救。一时间上面的箭好像飞蝗，下面的刀好像削草，插上翅膀也逃不出这张罗网了。不大一会儿，李密的人马就被杀光。李密和王伯当同时被斩。盛彦师高奏凯歌收兵，随后把两个人的首级押送长安。总计从李密起兵到灭亡，不过六年时间。盛彦师立下大功，封爵葛国公，升任武卫将军，仍然镇守熊州。
当时，徐世绩仍然占据着黎阳。高祖曾派降臣魏征去招降，徐世绩不肯投降。等到李密被杀，高祖以李密的人头相示，徐世绩面北痛哭，表示愿意收葬李密，并愿意投降。李渊同意。徐世绩于是令全军戴孝，把李密埋葬在黎阳山南。高祖见他如此忠心，特别封了他一个黎州总管，并赐姓李氏。他本是曹州人，懋功是他的表字，后人也称他为徐懋功。许多小说中过誉徐懋功，说他如何神机妙算，实际历史上并不是那么回事。
宇文化及和朱粲、窦建德等人谋反之后，气焰越来越嚣张。李渊本想出兵讨伐，却有一个女婿在剿匪时被尧君素所杀。李渊为给女儿报仇，又想剿灭尧君素，所以派重兵一边围困一边招降。尧君素宁死不降，直到粮食吃光，才被属下杀害，提着他的脑袋前来投降。大隋唯一的忠臣尧君素终于灭亡。
高祖除掉李密，又灭了尧君素，正准备出师东征，忽然从幽州传来一封降书，原来是罗艺前来投降。李渊很高兴，立即下诏封罗艺为幽州总管。罗艺手下的大将薛万彻、薛万均等人也都封了官职。罗艺是襄阳人，曾做过大隋的虎贲郎，多次立下战功。但罗艺生性暴躁，其他将领都不喜欢他。罗艺于是找借口捕杀了涿郡地方官，又把府库的财物赐给手下，把官粮分给穷人。一时间百姓交口称赞，柳城、怀远等州城也纷纷归附，于是罗艺自称幽州总管，雄霸一方。宇文化及到山东的时候，曾派人招降罗艺，罗艺愤然道：“我本是隋朝臣子，怎能投降贼人呢？”当即斩掉来使，又为隋炀帝发了三天的丧。后来窦建德、高开道等人也都派人招降过罗艺，罗艺对手下众将道：“窦建德等人都不过是贼寇罢了，不足以辅佐。只有唐公起义是众望所归，必定成就大业，我们不如归附唐公吧。”温大临极力赞成，罗艺就让他起草了一封降书，送到长安。
罗艺接到李渊的诏书后，听说窦建德率领十万人马来攻打幽州，当时就要出城迎战，薛万均献了个计策：“敌众我寡，交战恐怕要吃亏。不如安排老弱残兵在城外河边列好阵势，暗地里由我带领精兵强将埋伏在城边，等敌人渡水来攻，渡过一半的时候出兵攻击，定可得胜。”罗艺按照他的计策安排妥当。不出所料，窦建德果然带兵渡河来攻，刚渡过一半人马，罗艺的伏兵从天而降。薛万均持槊跃马，领着精兵数百人截击窦建德。窦建德这才知道中计，急忙退兵，却已经伤亡无数。此后窦建德又分兵侵犯附近的几座城，都被罗艺的人打败，窦建德只好回到乐寿城。
乐寿是窦建德的根据地，又被称做金城宫。窦建德本是漳南的农民，投军后由于作战骁勇当了队长。后来因为庇护罪犯，与各郡县的地方官反目成仇。后来，张金称在河曲造反，高士达在清河起兵，二人四处抢掠，唯独不抢窦建德的家。县官更加怀疑窦建德私通盗贼，于是捕杀了窦建德的家人。窦建德一个人投奔了高士达，高士达特别欣赏窦建德，委以重任。隋朝涿郡太守张绚出师讨伐高士达，被窦建德设计击毙，从此窦建德威名远扬。后来高士达战死，窦建德率领一百多人马逃走。前来征讨的隋军退兵后，窦建德返回来为高士达发丧，招集旧部，又恢复了元气。于是自称长乐王，占据乐寿为都城，设置文武百官。不久有五只大鸟飞到窦建德的宫前，几万只鸟跟随，绕了一天才离开。窦建德认为这是个好兆头，于是改元五凤。又得到一块奇异的宝玉，窦建德更得意了，竟然把自己比作夏禹，改国号为夏。此后窦建德大破隋将薛世雄，杀死号称魏帝的魏身儿，夺取了冀、易、定等州，手下人马达到了十多万，声势浩大。不料这次与罗艺对仗，竟然大败而回。
窦建德非常郁闷，打算再选精兵攻打幽州。可巧宇文化及到了魏县，来信招降窦建德。窦建德召属下商量道：“我本是隋民，如今宇文化及胆敢杀了隋帝造反，就是我的大仇家，我要为天下诛逆，怎么样？”大家一致赞同。纳言宋正本道：“大王您起兵漳南，那些隋朝的州城陆续依附，大都是仰慕您的忠义才来的。如今宇文化及竟敢弑君篡国，就是我们大家不共戴天的仇人。大王应当即日发兵声讨，才不愧为义军！”窦建德于是亲自督战，讨伐宇文化及。
此时大唐的淮安王李神通也奉了李渊的旨意进击魏县。宇文化及一看大势不好，往东向聊城逃跑。李神通攻破魏县后，一路追赶宇文化及。宇文化及感到自己力单势孤，就把从隋宫中抢来的珍宝送给了海曲的草寇王薄，求他援助。王薄贪财，得了贿赂就带兵来到聊城，和宇文化及合力守城，支撑了好多天。突然听说窦建德也领兵来攻，城中非常恐慌，再加上粮食将要吃完，士兵们生出很多怨言。宇文化及不得已，只好写信给唐营，情愿归降。李神通见信大怒，骂道：“弑君的逆贼，也想屈膝求生吗？”于是不顾手下反对，指挥人马继续攻城。此时，宇文士及从济北运粮进城，宇文化及得了军粮，开始猛烈抵抗。贝州刺史赵君德在李神通的指挥下，奋勇登城。李神通却在关键时刻鸣金收兵，赵君德孤掌难鸣，只好退下来。回来责问李神通为什么收兵，李神通道：“窦建德的人马就快到了，我们不便继续攻城。”赵君德向东远望，并没有人马赶到，就知道是李神通忌妒自己的战功，只好叹息着作罢。又过了一夜，才听到鼓声震天，窦建德领兵赶到。李神通见窦建德来势凶猛，竟然带兵撤退。
宇文化及见唐军退下，只剩下窦建德一个对手，就放心大胆地出兵与窦建德交战。不到几个回合，就被窦建德杀得七零八落，纷纷败回，于是又闭门坚守。窦建德带兵围攻，城上由王薄等人抵挡，相持到了晚上，还没有攻破。窦建德加紧攻城，王薄担心自己有闪失，忙派人去请宇文化及一同来守城。派去的人回报说宇文化及已经和萧后睡下。王薄气得大骂：“这都什么时候了，还有心思睡觉！这等酒色之徒如何成事，我还管他干什么！”说完就命令部下大开城门，放进夏军。窦建德带兵进城，马上搜捕宇文化及。宇文化及正搂着萧后酣睡，猛然听到外面喊杀声连天，二人这才披衣起身，逃出大门，一通乱跑。刚巧窦建德兵马赶到，一把抓住二人，捆了起来。宇文智及、杨士览等人有的催马狂奔，有的拼死搏斗，结果都被捉住。窦建德清剿了宇文化及的残兵败将，请萧后出来拜见。萧后见没处躲避，只好厚着脸皮出来。窦建德对萧后恭恭敬敬地行了臣礼，又恭恭敬敬地安抚了一番，接着立起隋炀帝的灵位，穿着孝服办了丧事。又把宇文智及、杨士览、武元达等五个人推到隋炀帝的牌位前斩首示众。然后找到传国御玺，带着萧后等人回乐寿城。到了乐寿城，窦建德将宇文化及父子一并处死。
窦建德生性不好色，妻子曹氏从不穿华丽的衣服，婢妾只有十几个，得了隋朝宫女几千人，全部遣散。只是萧后没法安顿，凑巧隋朝有个义成公主曾嫁到突厥和亲，这时从突厥回来迎接萧后。窦建德问萧后是否愿意出塞，萧后满口应承，于是窦建德派人送萧后去了突厥。
送走了萧后，窦建德马上写信给当时的隋主杨侗，上报诛杀宇文化及的情形。杨侗封窦建德为夏主，窦建德向北下拜谢恩。谁知两三个月后，隋主杨侗竟被毒死了。
