郑成功正要进攻南京，中军提督甘辉谏阻说：“我军深入南京，清廷必定发兵来救，到时前有守兵，后有援兵，我军孤处中间，不就陷入重围了吗？现在不如将我军分作两路，一路进取扬州，堵住山东来军；一路进据京口，截断两浙漕运，严扼咽喉，南京不战自困，那时便唾手可得了。”郑成功说：“此计未免太迂腐。南京的清兵基本上已经调到云、贵去了，现在不乘胜攻取，更待何时？况且清提督马进宝已从松江派人来支援南京，此时南京城虚援绝，还有多大能耐？所以我军杀过去自然是马到成功了。”便不理会甘辉的建议，挥军直上，直逼南京。并让张煌言率部由芜湖进取徽、宁各路。
两江总督郎廷佐听说郑军已到，急忙派各将分守要害。郑成功围攻许久都没有攻陷南京城，但接连得到张煌言的捷报，说是太平、宁国、徽州、池州等府都已被攻克，郑成功不胜欣喜，料想不用多久就可以拿下南京了。忽然听说郎廷佐派人送信给他，郑成功将来信一看，上面写着：愿献城池。只是城内人心不一，请给半月个时间慢慢劝导城内百姓，到时一定献上南京城。郑成功非常欢喜，立即同意。其实郎廷佐用的是缓兵之计，他已得知云、贵获胜，桂王远逃，清兵可以由西向东前来支援南京，因此借口献城，拖延时日。郑成功不知有诈，竟中了他的计，于是按兵不动。
云、贵获胜的事情还要从头说起。那天，孙可望向洪承畴投降后，仔细描述桂王庸弱的情形，洪承畴便上奏清廷，请求乘机大举。清政府本无心西掠，正想放弃云、贵两省，等到看了洪承畴的奏章，又决定西征。任命贝子洛托为宁南靖寇大将军，令他会合统帅洪承畴，从湖南进发；任命平西王吴三桂为平西大将军，令他与都统墨尔根、李国翰从汉中、四川进发；任命都统卓布泰为征南大将军，令他率提督钱国安向广西进发。三路兵马约定在贵州会合，一同进攻云南。洛托、洪承畴一军出靖沅、镇远，到贵阳赶走守将马李进忠，接着入据贵阳城。吴三桂一军由重庆到遵义，击退守将刘镇国，接着占据遵义城。卓布泰一军也接连攻陷南丹、那地、独山诸州，赶到贵阳。三路告捷，清廷又授豫亲王子信、郡王铎尼为安远大将军，令他们率劲旅到贵州统领三路兵马。铎尼令洛托、洪承畴屯兵贵阳，筹办粮饷，自己亲督诸军兵分三路入滇。每路大军有五万人马，各自带足半月的粮草，浩荡前进。
此时，桂王的部下刘文秀已死，军政都归李定国执掌。李定国听说贵州已被攻陷，马上派白文选到七星关，抵挡西路的清军；冯双礼到鸡公背，抵挡中路的清军；张光璧到黄草坝，抵挡东路的清军；自己则守在北盘江铁索桥，居中援应。七星关是滇、蜀交界的险要之地，峭岸阻江，山同壁立。吴三桂到了关外，见关内已有人把守，料想难以攻入，他便假装进攻，另外派部将绕出苗疆，攻打白文选背后。白文选只防着前面，不料清兵在背后出现，顿时惊溃，窜入沾益州。黄草坝在南盘江右岸，由张光璧率军扼守，将江中的船只全部击沉，拦阻清军渡江。卓布泰到了左岸，无船可渡，便在岸上扎营。先是隔江发炮，而后趁夜行军，在下游潜渡，直指北盘江。李定国听说清兵过河，急忙率三万兵士堵住双河口。清兵杀奔前来，李定国挥军死战，击退清兵。到了第二天，清兵又来了，乘风纵火，火随风卷，野燎烛天，李定国抵挡不住，只得退走。到了北盘江见冯双礼也狼狈奔回，报称：“清兵势大，抵挡不住，鸡公背已被夺去。”李定国大为惊惧，烧断江内的铁索桥，与冯双礼赶回云南，清兵追到北盘江，见对岸已无明军，便搭造浮桥，逾江而进。
明朝桂王听说李定国大败而回，便打算连夜出逃。任国玺请求死守，桂王还在犹豫，只见李定国进来，哭着奏明一切，桂王忙与他商量。李定国说：“任国玺说得是，但皇上不如先暂时离开，来日我们可以卷土重来。”桂王听了这话，马上前往永昌，令李定国断后。还没走多远，白文选从沾益追来，李定国把断后的军队交给白文选，自己则率精骑护驾而去。清兵三路会齐，直入云南城，洪承畴也从贵阳赶到云南。铎尼令诸军追击桂王，在玉龙关遇着白文选军，乘势猛扑。白文选的几千人马，哪里禁得住三路大军的进攻？一场苦战后，忙拍转马头，率领残卒逃到右甸去了。
警报传到永昌，桂王再次匆匆逃走。李定国令总兵靳统武带四千兵士护驾，自己率六千精兵守住磨盘山。磨盘山在永昌城东，又名高黎贡山，是西南第一岭，山路崎岖，仅通一骑。李定国料知清兵穷追猛打时必从此山经过，便令部将窦名望率两千兵士埋伏在山口，高文贵率二千兵士埋伏在山腰，王玺率二千兵士埋伏在山后。自己高坐山巅，管着号炮。远远地望见清兵迤逦而来，漫山遍野，数不清有多少，李定国自言自语：“就算你有无数人马，到了此地恐怕是虎落槛阱，无能为力了。”
歇了半晌，见清兵已从山口进来，因山口狭隘，将横队变作直队，鱼贯而进，李定国不禁大喜。大约过了一个多小时，清兵才不过一万多人入山，猛听到一声炮响，清兵个个下马，停止前进。接连又是无数炮声，霎时烟雾迷蒙，只觉得鼓角声、喊杀声、兵器碰撞声，和着天上的风声、山谷的回声闹成一片。李定国正惊疑不定，突然来了一颗飞弹，不偏不倚在他头上落了下来，吓得李定国心惊肉跳，急忙把头一偏，那飞弹刚刚好在从他身边擦过，坠落脚边。前面的尘土被这飞炮一激，扬起空中，就算李定国再怎么智勇，此时也镇定不住，忙转身逃下山，向西奔逃。到了半路，才看到高文贵踉跄奔来，身后只跟着一千多名残兵，报称：“清兵接连放巨炮，烟火满山，我军没办法埋伏，不得已只好出来迎战，无奈清兵势力强大，窦、王二将已经阵亡，六千人已损失了四千，我只得杀出重围，前来向您汇报。”李定国说：“可恨可恨，不知是谁泄露了消息。”随即合兵而去。
原来是明朝大理寺卿卢桂生因贪图富贵，跑到铎尼军面前说山上有埋伏。铎尼预先做好准备，清兵才转败为胜。
那时桂王已在从官李国泰、马吉翔的怂恿下，逃往缅甸。到了缅甸，缅人令从官丢下所有兵器，才可以放他们前行。桂王无奈，令从官扔下兵械，雇了车马，进入缅甸境内。缅人用四只小舟来把他们接走。走了三天，到达缅甸首都，却不准桂王登岸。又走了五天，到达赭硁才带桂王一行人登陆，将他们带到草屋中。屋外编竹为城，附近都是缅甸妇女在做生意。缅人大多短衣赤足，桂王入乡随俗穿戴缅人的服饰，不久便忘了自己是谁，混入缅甸妇女中，坐在地上和她们调笑。真是孱君无志，徒成失国之寓公；从吏贪生，甘做穷途之丐卒。
清朝的信郡王铎尼因桂王已逃到缅甸，向北京报捷，朝廷降旨：“令大军回朝，留吴三桂镇守云南，封吴三桂的妻子为福晋，令其子吴应熊在京供职，并娶太宗第十四女和硕公主为妻。”顺治帝正想赐宴赏赐荡平云、贵的功臣，没想到江南警报纷纷传来。顺治帝大惊，忙召满朝文武大臣商讨退敌之策，说：“朕即位十几年，南征北讨，没有过过一天安定的日子，现在中原大致统一，朕以为可以安享太平盛世，不料这个郑成功又出来作祟，看来朕还是不能安枕。朕以为做皇帝也没什么趣味，倒不如做个和尚，像西藏的达赖、班禅一样，安闲也安闲，尊荣也尊荣，又快活又自在！”当时文武百官都跪奏道：“天子英武圣明，古今无二，区区一个小丑，不久就可以抚平，皇上不用多虑。”顺治帝又说：“朕打算率六师亲征，把那群逆贼铲除干净，然后挑个安静的地方享享清福。明天请各位王公大臣随朕前往南苑阅师，不得有误！”文武百官齐声遵旨。第二天，各官陪在皇帝身边，令满汉健儿、八旗劲旅整整操练了一天。第三天早上，顺治帝上朝时，说打算择日出军。正好兵部尚书呈递江南总督郎廷佐的奏折，说崇明总兵梁化凤击退郑逆，阵斩贼将甘辉等人，镇江、瓜州都已收复。顺治帝大喜，将梁化凤升为江南提督，并授内大臣达素为安南将军，让他与闽、浙总督李率泰进击厦门，务必斩草除根。此后，顺治帝不再提出征之事。
原来郑成功进军南京时，中了郎廷佐的缓兵计，按兵不攻。郎廷佐正好四处调兵，梁化凤立即奉命支援。两边相持几天，梁化凤登高望敌，远远望见敌营不整，军纪不严明，便打算趁夜偷袭。当晚，梁化凤带了五百名劲骑，出其不意地冲入前锋余新的寨内。郑成功得到消息后，来不及救援，余新被掳入城中。第二天早晨，郑成功因郎廷佐失信，令甘辉守营，自己去江上调发水军，夹攻南京。不料郑成功离开后，清兵倾城出动，大胜郑军，甘辉阵亡。
此时，郑成功正在江上，见败军陆续奔来，才知大营已破，长叹一声，令残兵依次下船，自己也匆匆下船。还没坐定，梁化凤已率水军追到，将火箭、火球抛掷过来。郑成功无心恋战，急忙出海逃回厦门。张煌言还在徽宁，得知郑军撤退，还在惊疑。忽然长江上游，来了一支清兵，从贵州凯旋，赶来支援江南。张煌言挥兵奋击，击退清舰。没想到夜间炮声震天，张煌言登舟四望，前后左右都是敌舰，连忙换坐小船偷偷逃出重围。回头一瞧，自己的舰队都被火烧了，也无暇顾及慌忙逃到了海上。后来听说郑成功丢了厦门去夺台湾，张煌言顿足长叹，写信给郑成功，惋惜明朝最后一片土地也荡然无存。
原来闽海中有一大岛，名叫台湾，长两千五百里，横阔五百里，倒是一个海外桃源。郑成功的父亲郑芝龙当海盗时，曾以此岛为根据地，郑芝龙投靠清廷后，此岛被荷兰人占据。荷兰人向来被称为红毛夷，在岛，筑有几十处土城，屯住侨民。郑成功自江南大败，因进退两难就想夺下台湾作为自己的安身之所。正在这时，清靖南王耿继茂从广东移镇闽地，与将军达素、总督李率泰分别自漳州、同安，联合攻打厦门，却被郑成功一鼓击退。郑成功随即移师台湾。巧逢潮涨风顺，麾舰进入鹿耳门，荷兰人仓促之下招架不住，只得与郑成功议和，愿意立即迁出。荷兰人走后，郑成功入居台湾，将金、厦作为掎角。只是张煌言怕他元心重整旗鼓，便写信相劝；等了几天，不见回音，便赶往台州，在南田岛停泊，入居岛中。
这边，吴三桂留守云南，本可以安稳度日，他偏想灭了明宗，便上了一本奏章，叫做“三患二难疏”。奏章中说：“应当及时进剿，斩草除根，才可以一劳永逸。”顺治帝因中原混乱，已存厌世之心，不想再劳师动众。但朝上一群大臣都赞成吴三桂的看法，顺治帝便任命内大臣爱星阿为定西将军，赴滇会剿。爱星阿到滇后，与吴三桂进兵木邦，捉住白文选，直入缅境。一面要求缅甸酋长献上桂王，一面向京都汇报战绩。
顺治帝得到捷报后，料知大功即将告成，便有心皈依佛门，不闻世事。只是宫中有位董鄂妃，是南中汉人，被掳入皇宫，顺治帝见她身材窈窕，秀外慧中，格外宠幸她，将她封为贵妃。“回头一笑百媚生，六宫粉黛无颜色。”少年天子未免多情，为了这一缕情丝，不忍远辞红尘。偏这老天定要成全顺治帝最初的心愿，竟降下二煞，陪在董妃左右，从此董妃日渐瘦弱，一病不起，不久就病入膏肓。可怜一朵娇花，竟与流水同逝。顺治帝十分悲痛，辍朝五日，追封董妃为皇后。这一年是顺治十七年。
梧桐叶落，翡翠衾寒，顺治帝从此看破红尘，在第二年的正月脱离尘世，只留下一纸遗诏。遗诏一传，王公大臣们非常惊疑，都说昨天早朝皇上还康健如恒，怎么今天就晏驾了呢？且遗诏上面也没有说起病源，真是奇怪得很。当下照例哭灵，辅政四大臣及信郡王铎尼、洪承畴等人辅佐八岁的新主即帝位于太和殿，这便是三皇子玄烨。定年号为康熙，第二年改元，尊为清圣祖仁皇帝。
