亚历山大的目的仍和过去一样，想用各种办法来扩大征服地区并巩固对所征服地区的统治，但无论是屠杀或怀柔，对某些印度人，特别是印度的婆罗门都不起作用，不少印度人的反叛都是由婆罗门煽动的。例如，穆西卡那斯，在亚历山大大兵压境下投降了，亚历山大让他继续享有主权，并派军队驻守其首府。但后来，在婆罗门的教唆下又反叛了，亚历山大采取了极其严厉的手段惩罚反叛者，一些支持反叛的城市被夷为平地，居民被贩卖为奴。穆西卡那斯和那些教唆他反叛的婆罗门都被押到自己的国土绞死。婆罗门是印度人的精神领袖，是古老的印度文明的代表者，是古代印度宗教的代言人，他们对不同的希腊文明抱有无法消除的敌视情绪。亚历山大对以婆罗门为代表的印度文明既敬又惧，因为他难以把这两种文明融合在一起，也无法使婆罗门屈服于他的统治。有这样一个很难确定真假的故事：
亚历山大捉住了10个被称为裸身大智者的印度哲学家，据说，他们对难题对答如流，亚历山大可能想借机打击一下他们，也可能是出于好奇，决定出几道题让他们回答，答错者处死。为了显示公平，他让一个年纪最大的裸身大智者做裁判人。
亚历山大问第一个人的问题是：“生者多还是死者多？”答：“生者多。因为死者已不复存在。”问第二个人的问题是：“最大的兽在陆上还是在海上？”答：“陆上产大兽，因为海只是地球的一部分。”第三个人被问：“什么动物最狡猾？”答：“人尚未发现的动物。”第四个人被问：“你为什么要煽动土王造反？”答：“因为我希望他或是活下去，或是体面地死去。”第五个人被问：“昼与夜何者长些？”答：“昼长，但仅指一日而言。”亚历山大对这一回答非常惊讶，印度人解释说，对于难答的问题应当答以深奥的答案。亚历山大接着问下一个人：“一个人必须怎样才能真正被人敬爱？”那个印度人回答：“此人必须非常威严但又不使人畏惧。”第七个人被问：“一个人怎样才能成为神？”答：“为他人所不能为。”亚历山大问第八个人的问题是：“生命与死亡，何者更坚强？”这个人回答：“是生命，因为生命将忍受极多的苦难。”最后一个人被问的问题是：“人活多久最为适宜？”答：“活到死亡比生命看起来更称心如意。”问完了，也答完了，亚历山大转向那个被指定做裁判的人，令他作出判决。这个印度人说，依他之见，回答得一个比一个糟。这些印度智者的回答，如果不评说错和对，的确个个都闪耀着智慧的光芒。他们在面临生死抉择的关头，仍从容不迫、对答如流，他们这种无畏的态度，他们的睿智，可能也打动了亚历山大。亚历山大不仅把他们全都放了，还送了些礼物给他们。
4.惊涛骇浪：艰难的“南极”之旅
亚历山大派克拉特拉斯率领一部分部队，包括大部分辎重队、老兵、伤兵和大象，经阿拉科提亚人和扎兰迦亚人的地区，到卡曼尼亚去。他自己则继续在河上航行，来到帕塔拉地区，也就是印度河三角洲，发现这里的城镇和乡村都空无一人，原来这里的人得知亚历山大要来，早逃走了。亚历山大一面派部队把逃亡的人赶回来，要他们照旧居住和生活，一面令人在帕塔拉城的要塞上修筑工事，并在这里修建港口和船坞，同时还派部队到附近的沙漠地区去打井，以便使那些地方适宜于人们生活。显然，亚历山大是要把这里作为他的帝国最东南的重要据点。
印度河在帕塔拉分为两条大河入海，亚历山大带着船队里最好的水手，分别驾着一批一排半桨船、全部三十桨大船和一些轻快船从右边的那条河下驶入海。由于附近的印度人都逃走了，找不到熟悉河道的领航员，船队航行困难重重，起航的第二天，碰到了一场猛烈的暴风雨，河面上顿时巨浪滚滚，船只被狂风巨浪抛上摔下、东摇西摆，大都被损坏，还有一些完全破碎了。幸好有一些在被毁前拉到了岸上，才避免了船队全部毁灭的后果。
亚历山大修补好破损的船，又建造了一些新船，并派人抓了一些印度人做领航员，船队又重新起航了，但在船队驶入一处宽阔的河道时，遭到一股从海上吹过来的狂风的袭击。在滔天的巨浪中，水手连桨都举不起来，为了避风，船队在领航员的指引下，驶进了一条小河汊子。几个小时后，令亚历山大和他的部下大吃一惊的事发生了，他们原来停泊在水里的船只，现在被高高地搁在地上。这是海洋潮汐起落常有的情况，他们在地中海从来没见过。过了一段时间，汹涌的潮水冲过来了，被搁浅的船只又漂了起来，但那些未落平稳的船只，或被潮水冲得互相碰撞，或被冲翻，损失不小。
船只修好后，驶到下游的一个岛边停泊，这个岛很大，岛上还有淡水，亚历山大在岛上祭祀了神，据他说，他祭的神都是阿蒙叫他祭祀的。然后他又驱船驶向大海，据他自己说，他要看看海外还有没有其他国家。亚历山大面向一望无际的海洋，可能认为他已经到了世界的最南端了。他向海神波塞冬献祭，祈求海神保佑他的海军安全到达幼发拉底和底格里斯两河的入海口。亚历山大到达了他所认为的世界最南端，在充满了自豪感的同时，可能会为自己没能到达世界的最东端而遗憾。他现在要真正考虑如何回去的问题了。他已经打发克拉特拉斯率领包括老、弱、残在内的一部分军队从一条较安全的路返回了，他要考虑其余的部队如何回去了。
5.九死一生：恐怖的返航之路
亚历山大从海上回到帕塔拉后，为了考察从哪条河道入海较安全，又组织船队从另一条入海水道驶向大海。这次航行很顺利，中经一个大湖，安全地到达大海。他让船只在海岸停泊，自己带领一部分骑兵，沿海岸走了三天，视察部队返航时附近陆地的情况，令士兵沿路打井，以便部队返航时有淡水供应。他还另派了一支部队到更远的海岸上去视察和打井，完成任务后再返回。他自己率领船队回到帕塔拉，在大湖处修建另外一个港口和其他船坞，并留下军队驻守。他又在这一带征集了全军四个月的给养，为返航作好必要的准备。
返航的时候到了。亚历山大把部队分成两部分，一部分乘船沿海航行，由海军司令尼阿丘斯率领，他们的航行不只是单纯地要回去，而且负有开辟一条从印度河到两河流域的航道的重任。在亚历山大的脑海中，可能时时刻刻都在计划如何扩大他的帝国和如何把他的大帝国连成一个整体。因此这条航道的开辟对于他的帝国来说，具有极其重要的意义。亚历山大自己不乘船，而是率领其余的部队沿海岸前进，既为尼阿丘斯率领的航行于海上的部队挖水井、设粮库，保证舰队的后勤供应，又可征服沿途尚未归顺的部族，开辟一条陆地上的通途。
公元前325年9月，亚历山大率部从印度河三角洲出发了，踏上了他的部下向往已久的归程，跟随他的部队人数不多，可能只有1.5万人左右，随行的还有随军人员、商人、科学家、妇女和儿童。
尼阿丘斯率领的舰队，包括约150艘舰船、5000名水手和一些雇佣兵、弓箭手和投枪手，没有和亚历山大同时出发，因为当时正刮西南季风，不适宜航行。他们等到十月东北季风到来时，才启程返航。
亚历山大率部离开帕塔拉后，走了很远的路，来到阿拉比亚斯河。这里有一个长期独立的印度部族欧瑞坦人，亚历山大打算给他们一个突然袭击，打垮并征服他们。他让赫斐斯申率领一部分部队留守，自己率领一支精兵去袭击欧瑞坦人。他渡过水少河窄的阿拉比亚斯河，连夜行进，天亮时越过了沙漠的大部分，接近了有人烟的地区，然后他让步兵以行军序列前进，而自己则率领分成许多中队的骑兵，分别出击，以便在最短的时间内扫荡尽量多的地区。抵抗的欧瑞坦人不是被骑兵砍杀，就是被活捉。后来进抵欧瑞坦人的一个最大的村庄，亚历山大觉得这个地点很好，将来一定会繁荣，便让赫斐斯申负责在这里建一座新的亚历山大城。
亚历山大继续率军向迦德罗西亚（南俾路支）和欧瑞坦人的边界前进。欧瑞坦人和迦德罗西亚人已经联合起来，在亚历山大必经的峡谷入口扎营，摆好了打一仗的阵势，但一听说亚历山大来了时，大部分人却又都弃阵逃跑了。欧瑞坦人的头目只好前来投降，并代表他们全族表示归顺。亚历山大让他们把欧瑞坦人都召集起来，叫他们放心回家，保证不会伤害他们。亚历山大派阿波罗发尼斯当欧瑞坦人的总督，派近卫军官利昂那塔斯为当地驻军司令，拨给他一部分军队，令他在这里建城，并为即将路过这里的舰队提供其必需的给养。亚历山大就是这样，不断地征服新的地区和部族，建立新的城市。
