实际上，大流士开始逃跑时，波斯方面并没有完全失败，希腊雇佣军仍在拼命坚持，帕米尼欧的左翼在波斯军的压迫下后退，但大流士逃跑的消息一传开，波斯军便全军溃散，人人争相逃命。大流士的逃跑使波斯人失去了一切获胜的可能。战斗变成了马其顿人追杀逃跑的波斯人，夜幕降临，马其顿人才停止了追杀。战斗结束，战场上尸骸遍地，其中绝大部分是波斯人的。
在这次战役中，波斯大军伤亡惨重，据托勒密说，追赶大流士的马其顿部队路上经过一条沟壑，沟壑被波斯军人的尸体填满了。有人说，波斯方面有10万人战死，其中包括1万名骑兵，这当然是夸大了的、不确切的数字。和波斯参战的人数一样，伤亡的人数，也没有一个确切的数字，但战场上留下了上千具波斯人的尸体是毫无疑问的。根据记载，亚历山大的军队死亡了450人，负伤4500人，这个数字可能是真实的。
3.优待俘虏：超人的政治智慧
据普鲁塔克的叙述，亚历山大返回伊苏斯后，他的部下把他引到大流士的大帐里。帐内摆满各种珍宝，琳琅满目，美不胜收。亚历山大一走进大帐，立即被华丽的陈设所吸引，惊叹不已。随后，他脱去铠甲，走向浴室，并边走边说：“让咱们到大流士的浴室去洗掉战斗中的汗水吧！”他的一位朋友说：“不对，应该说是你亚历山大的浴室，因为被征服者的财产是属于征服者的。”走进浴室，又为浴室的奢侈和华丽而惊叹。浴室的水管、大水罐和首饰盒都是造型优美的金制品，浴室里弥漫着香料和膏脂的氤氲香味。
浴后众人把他带到大流士的专用宴会厅，桌上已摆好丰盛的菜肴和精美的各种餐具，亚历山大转身对朋友说：“看来这才像个国王的样子啊！”他如此感叹是触景生情，他在马其顿的朴素生活和波斯国王的奢侈豪华生活真有天壤之别！
亚历山大正要进餐，士兵报告说，被俘的大流士的母亲、妻子（同时也是他的妹妹。波斯还有埃及，王室兄妹或姐弟结婚是平常事，甚至是理所当然的，目的是为了保持王室血统的纯洁）和两个未婚女儿看到了被缴获的大流士的战车、斗篷和弓箭，以为大流士已死，啼哭不止。原来大流士逃跑时，不仅弃军队和辎重不顾，他的几乎所有的家属也都被他抛弃了，成了亚历山大的俘虏。据说，亚历山大听了士兵的报告后，派人去给她们传话，告诉她们大流士还活着，大流士逃跑时把武器和斗篷留在战车里了。还告诉她们，亚历山大允许她们保留皇家的地位和一切皇家特有的东西。因为他和大流士打仗不是出于个人恩怨，而是依法为亚洲的主权而战。
亚历山大如此礼待大流士的家眷，目的显然是为了减轻波斯人的敌对情绪，数年之后，他为使自己的统治地位合法化，甚至和大流士的一个女儿结了婚。大流士的这个女儿是他的第二个妻子，在娶她之前，也是出于政治目的，他娶了一位有权势的伊朗贵族之女罗克珊娜。亚历山大不是个好色之徒，他对大流士的妻子从来就没有非分之想，尽管马其顿人把她看作是亚洲最美丽的女人。亚历山大也从未有过情妇，这可能是因为他日理万机根本无暇接近女色。普鲁塔克说他虽生性急躁，常常暴跳如雷，却并不沉溺于肉欲之欢，在这方面，他是极有节制的。
胜利的第二天，亚历山大不顾自己的腿伤，亲自探视和慰问了负伤将士，向那些作战突出的人发了奖品，组织掩埋了双方死亡将士的尸体，为自己一方的死者举行了隆重的祭礼，并设祭台向诸神感恩。
4.如愿以偿：这只是第一步
伊苏斯会战的胜利改变了亚历山大的财政状况。会战结束后，亚历山大派帕米尼欧到大马士革夺取了大流士的金库。从这次战役中他获得了2600枚金塔伦特和2500公斤的白银。
伊苏斯会战的胜利改善和加强了亚历山大的政治和军事地位。这一胜利使整个希腊世界受到极大的震撼，斯巴达王与波斯舰队合谋解放希腊的计划流产了，亚历山大摆脱了两面受攻的处境，波斯人对东地中海的控制结束了。亚历山大对所征服地区的统治也因此得到巩固。
亚历山大从越过赫勒斯滂海峡以来，只用了一年半的时间和两次对阵战就大败不可一世的波斯军队，驱逐了沿海城市的波斯驻军，收服了无数的山区部落，征服了一块其面积略小于现在的土耳其的地区，他在其占领区内，恢复了大多数城邦的民主政体，并开始建立起一套行政管理机构。他把波斯人统治时总督独揽大权的制度改成由不同的人分管军、政、财，总督既有马其顿人，也有亚洲人。为了促进经济繁荣，他也开始从事大型公共建筑的重建工作，例如，他下令重建了以弗所的阿耳忒弥斯神庙，这座庙是在他出生的那天晚上烧毁的。
亚历山大18个月所取得的成就是惊人的，也是空前的。他的父亲腓力在赫勒斯滂海峡就停步不前了，他似乎已完成了他父亲的未竟之业，实现了他的梦想。但他并不想就此止步，他在鼓动战士勇猛作战时，曾说伊苏斯是最后的一场大仗，实际上，他远征的路还长得很，好像才只走了第一步。亚历山大下一步向何处去，没人知道，但有一点大家很快就清楚了，那就是他拒绝和大流士和谈。
5.拒绝和谈：冲向亚洲霸主
大流士从伊苏斯逃跑后，不久就派使者给亚历山大送来了一封信，请求亚历山大把他的母亲、妻子和孩子们还给他。他的信中并没有丝毫自责之辞，也没有提出用什么来交换他的亲人，反而对亚历山大和他父亲腓力的不友善态度和挑起事端颇有微词。信中说，自从大流士继位为波斯国王之后，亚历山大也没派使者到他那里去重修两国旧谊和盟约，反而率领全军越界侵入亚洲，已给波斯臣民造成极大危害。因此，大流士不得已才率军前来保卫国土和祖传的主权。现在，他作为一个国王，向另一个国王请求把他那被俘的母亲、妻子和孩子们放回，并愿意和亚历山大修好结盟。他还提出，让亚历山大派全权代表跟随他的代表到他那里去，接受他提出的保证，同时，也代表亚历山大向他作出保证。
大流士这封信显示，他虽在战场上被打败了，在外交上，他仍要以一个国王的身份，平等地和亚历山大谈判。他无法通过战争取得的，或他在战场上丢掉的，他想通过外交手段得到或要回来。他甚至把战争的责任完全归于马其顿。
亚历山大怎能容忍战败逃跑的大流士在信中以平等者的口吻和自己谈话，并责备自己无故率兵侵入亚洲。他写了一封言辞严厉的信，派了一个使者给大流士带去。这不是一封讨论问题的信，而是战胜一方给战败者一方的最后通牒。
他在信中，首先开宗明义地指出：“虽然我国从来都未曾侵略过你们的祖先，但你们的祖先却侵略过马其顿和希腊其他地区，对我危害极大。我已经正式被任命为全希腊总司令，并已率军进入亚洲，目的是攻打波斯，报仇雪耻。”亚历山大在这里说得很清楚，他是为报仇雪耻而来。接着，亚历山大进一步指出，战争是由波斯人挑起的，他列举了波斯挑起战争的各种事例，其中包括入侵色雷斯、鼓动并用金钱贿赂希腊人来反对马其顿、收买并腐蚀他的朋友来破坏他在全希腊建立的和平局面等确有其事的事情，但也有诸如指使人刺杀腓力、大流士非法占有王位的莫须有罪名，当然，欲加之罪，何患无辞。结论便是，挑起争端的是大流士，他是在忍无可忍的情况下才出兵的。出兵是被迫的，打胜仗和侵占对方土地则是天意。“因此，你应当尊我为亚洲霸主前来拜谒。如果你担心来到之后我会对你无礼，那你就可以派你的亲信前来接受适当的保证。等你前来拜谒时，提出请求，就可以领回你的母亲、妻子和孩子以及你希望得到的其他东西。只要我认为你提的要求合理，就可以给你。将来，不论你派人来还是送信来，都要承认我是亚洲的最高霸主。不论你向我提出什么要求，都不能以平等地位相称，要承认我是你的一切的主宰。”
这就是亚历山大的要求，他要主宰波斯的一切，他要把整个波斯都置于他的统治下。他在信的最后威胁说：“不然，我就会把你当作一个行为不正的人对待。如果你想要回你的国土，那你就应当据守阵地，为你的国土而战，不能逃跑。因为，不论你逃到哪里，我总是要追的。”
这就是亚历山大给要求结盟修好的大流士的答复。显然，亚历山大在伊苏斯一役后，已下决心侵占整个波斯了，要当亚洲的最高霸主了，这里的亚洲霸主其实就是他心中的世界霸主。他说霸主而不说皇帝，说明这个时候，在他的心中，他所要建立的帝国还是希腊式的，而不是波斯式的。但他已不能容忍任何人以平等地位和他相称了，这已有点皇帝的味道了。亚历山大的信彻底打破了大流士企图通过外交方式停止战争的幻想，他现在只有两条路，要么屈辱地投降，要么继续战斗，和平解决已不可能。
帕米尼欧在大马士革除截获了大流士的财宝外，还俘虏了来向波斯人求援的斯巴达、底比斯和雅典的代表。亚历山大令人将底比斯和雅典的代表无条件地释放了。因为亚历山大把底比斯的居民都贬为奴隶，他们派代表来向大流士请求帮助情有可原。他私下还对人说，因为底比斯的两个代表，一个是贵族，让他回去照顾家庭，另一个则是奥林匹亚运动会的优胜者。释放雅典的代表是因为这个代表是伊索克拉底的儿子，而伊索克拉底是他父亲腓力的拥护者。其实，他是用这种手段来安抚希腊人。对于希腊人，他有时显露严酷的一面，有时又显示仁慈的一面。他就是用这种又打又拉的办法来稳定希腊，稳定他的这一后方。对于斯巴达的代表则没有这样仁慈，下令把他关了起来。
不久，大流士又一次派使者来求见亚历山大。这一次大流士不再以平等的地位和亚历山大讲条件，而是以战败者的身份向战胜者求和。他提出他出1万塔伦特，赎回他的母亲、妻子和孩子们。他还提出两国以幼发拉底河为分界线，把河以西直到爱琴海的所有亚洲地区都割让给亚历山大。他请求亚历山大娶他女儿为妻，互相修好，结成盟邦。
大流士提出的条件太诱人了，占有幼发拉底河以西的全部亚洲地区，这是希腊人想都没有想过的。我们不知道亚历山大读这封信时是如何想的，但他的部下，跟他出生入死的将士中的不少人肯定愿意接受这样的条件，仗打完了，他们可以回家享乐了。他父亲的老臣、他的副手、战功卓著的老将帕米尼欧，没有等亚历山大表态，便站出来发表自己的意见。他提醒亚历山大，波斯船队仍在活动，并可能在希腊煽动人们反对马其顿，大流士仍有很大的力量，而大流士提出的条件，使东征取得所有能够合理预期的最好结果。他肯定地说，如果他是亚历山大，他就会同意这些条件，停止战争，不再冒险。
亚历山大此时的目光已不在他所占领的地方，他看得很远很远，他已经看见了他的帝国的远景。他的部下没有他那么深邃的目光，看不了那么远。亚历山大对帕米尼欧的意见不屑一顾，他有点嘲弄意味地回答说，如果他是帕米尼欧，他也会同意这些条件。
亚历山大和帕米尼欧的对话后来成了常被人引用的名言。对话不只是显示了亚历山大的幽默，也显示了亚历山大和他的亲信之间已出现的裂痕。亚历山大东征开始时所提的目的，复仇和解放小亚细亚的希腊城邦，都已达到了，马其顿所取得的成就和所拥有的威望已远远超过了过去，在以帕米尼欧为代表的马其顿人看来，该满意了，战争该结束了。亚历山大本人不是也说过伊苏斯会战是最后一场大战吗？他们不知亚历山大要把他们带到何处去，他们开始不理解他们国王的行动了。
亚历山大给大流士回了一封十分傲慢的信，信中说，他不需要大流士的钱，也不愿意只得到他国土的一部分而非全部，因为大流士的全部财产和整个国家都已经是他的了，假如他愿意的话，他当然可以娶大流士的女儿，大流士不给，他也可以娶。至于大流士本人，如果他愿意从他手里得到友谊的话，那他就应当亲自前来。
亚历山大这封信完全关上了和谈的大门，杜绝了和解的一切可能。亚历山大给大流士的第一封信，还只是把已占领的地区看成是他的，并没提出另外的土地要求，而这封信，竟把波斯的全部国土和所有财产都视为自己的囊中之物，其思想变化之快，非常人所可想象。
亚历山大的回信打碎了大流士和谈的一切幻想，他开始准备和亚历山大再决一死战。
三、争夺制海权：控制东地中海
1.南下计划：制敌海军的秘诀
伊苏斯战胜后，亚历山大虽一再拒绝大流士的和谈要求，却也没有贸然率兵去追击败逃的大流士。亚历山大虽然在战斗中神勇非凡，往往冒着生命的危险，身先士卒，但在战略上，他却是非常稳重的，决不轻易冒险。他的作战计划都是深思熟虑的结果，都是建立在对形势正确判断的基础上的。当时，摆在亚历山大面前的有两条进军路线：一是东进，追击大流士；二是沿腓尼基沿岸南下，占据沿岸城市，打击并摧毁波斯海军，控制整个东地中海。
