8月25日，普鲁士的第一次军事会议决定成立两个主力军团，分别由不伦瑞克公爵和霍恩洛厄亲王指挥，另有一个独立军团归吕歇尔将军率领，腓特烈·威廉三世只是名义上的最高统帅，总司令由不伦瑞克公爵担任，此人已年逾古稀。9月初，普鲁士军队开始缓慢地调动，到了月底，才在普鲁士西南边境上集结完毕，摆出一副防守架势。普军共计13万人，分为左、中、右三个军团，左路是霍恩洛厄亲王的军团5个师，4.7万人，部署在耶拿-萨尔费尔德一线，中路是不伦瑞克公爵的6个师，5.8万人，在哥达-埃尔富特一线，右路是吕歇尔的3个师，2.5万人，部署在埃森纳赫。霍恩洛厄军团的5个师中，普鲁士师和萨克森师各一，其他3个师各由一半普鲁士士兵和一半萨克森士兵组成，另有2万萨克森军队归其指挥，这样他的军团和不伦瑞克的军团实力不相上下，他也更自以为是。
不伦瑞克公爵与霍恩洛厄亲王不和，两人存在着战略战术分歧，他俩各自的参谋长沙恩霍斯特和马森巴赫也是话不投机，由此影响了双方的协作。直到9月25日，不伦瑞克公爵才提出了自己的作战计划，他的意图是从埃森纳赫向西南方向推进，越过图林根山地，威胁法军的交通线，但是霍恩洛厄亲王不同意，他有自己的想法。直到10月5日，在魏玛召开的第二次军事会议上，经过一番争论，不伦瑞克公爵的计划才被采纳，但又按霍恩洛厄的意思作了修改。普鲁士军队主力还是向西南挺进，由路易·斐迪南亲王指挥的霍恩洛厄军团的前卫部队则从耶拿南下至萨尔费尔德，陶恩岑将军的一个萨克森师则向耶拿以南偏东方向推进，掩护主力的左翼。
普鲁士军队内部关系复杂，将军意见不一，不伦瑞克公爵对开战持犹豫态度，而霍恩洛厄和吕歇尔则极力主战。普鲁士国王的侄子路易·斐迪南亲王倒是能带兵打仗，他是一个精力充沛的人，可是据说私生活放荡，每天都是喝得烂醉后才上床睡觉，唯一可算得上名将的人，只有64岁的格布哈德·勒布莱希特·冯·布吕歇尔，此人1742年12月16日生于罗斯托克，1760年加入普鲁士军队，是一个优秀的骑兵将领，参加过七年战争和第一次反法同盟战争，他将在拿破仑战争后期发挥至关重要的作用，但在当时的普鲁士军队中说话还没有分量。普鲁士军队的指挥系统就像是一个九头鸟式的怪物，普鲁士国王亲临前线督战，但他自己对战争又是一无所知，所以选定82岁的莫伦多夫元帅当他的顾问，身边还带上了战时内阁，于是什么人都可以提出自己的见解，导致普军任何行动都是争执不决，加之作战计划不明确，部队调动又十分缓慢，结果普军是不战不退，不攻不守，而且位置突出孤立，战争的主动权很快便转交到了法军手中。
与普鲁士军队的迟钝犹豫相反，拿破仑军队的行动相当敏捷。9月初，拿破仑得知俄国沙皇拒绝批准法俄两国使节在7月达成的和约草案后，便打消了准备让法军返回本国的念头，随后又得知普鲁士军队正在向南移动的消息，他立即征召了一批新兵和后备军，驻扎在德意志各地的法军也迅速动员起来。到了10月初，20万大军已在巴伐利亚东北部集结完毕，拿破仑手中握有七个主力步兵军、一个骑兵军、一个近卫军以及同盟国巴伐利亚的军队。法国大军团序列如下：
第一军（贝尔纳多特）2.5万人，位于班贝格
第三军（达武）3.3万人，位于班贝格
第四军（苏尔特）3.5万人，位于安贝格
第五军（拉纳）2.3万人，位于柯尼霍芬
第六军（内伊）2.1万人，位于安斯巴赫
第七军（奥热罗）1.6万人，位于法兰克福
第八军（莫蒂埃）1.5万人，位于美因茨
骑兵军（缪拉）2万人，位于维尔茨堡
近卫军（勒费弗尔和贝西埃尔）1.2万人，位于美因茨
巴伐利亚军（弗雷德）8000人，位于纽伦堡
共计20.8万人
此外，荷兰国王路易还有一支约1.5万人的援军在后方。为了防止奥地利有非分之想，拿破仑要求他的继子欧仁亲王监视奥军的动向。欧仁亲王此时指挥着意大利境内的所有法军，马塞纳元帅的军团有7万人，驻扎在意大利北部；马尔蒙将军的军队在达尔马提亚，有1.2万兵力。
拿破仑并不知道普鲁士—萨克森联军的作战计划，但他有自己的战略意图，即包抄敌军的左侧翼，切断他们与柏林和德累斯顿的交通线，趁俄军尚未动员之前，先打垮普鲁士—萨克森联军。法军一旦集结完毕，便立即行动，不折不扣地执行拿破仑的伟大战略计划。由于对敌人的动向、实力和意图仍不很清楚，法军四处侦察，搜集到了不少有价值的情报。有一名军官更是胆量过人，竟敢身着军服骑着马，大模大样地直闯普鲁士军队的防线，普军士兵还以为他是萨克森军官，竟糊里糊涂地让他过去了，此人经萨尔费尔德、耶拿，直跑到了萨勒河上的要塞瑙姆堡，在那里发现了普鲁士国王和不伦瑞克公爵的大本营。在成功地探明普军的主力所在之后，他又安全地返回。
通过情报工作，拿破仑对敌人的兵力部署有了颇为清晰的了解，普鲁士军的主力在埃森纳赫至耶拿一线，其左翼的图林根山林只有一支弱小的兵力掩护，现在他准备出击了。拿破仑无须再找什么借口，战争即从法国拒绝普鲁士的最后通牒那天开始。法军以缪拉元帅的6个骑兵师作为先导，主力分为三个纵队，苏尔特元帅的第四军、内伊元帅的第六军和巴伐利亚军在右，贝尔纳多特元帅的第一军、达武元帅的第三军和勒费弗尔元帅、贝西埃尔元帅共同指挥的近卫军在中路，拉纳元帅的第五军、奥热罗元帅的第七军在左，18万大军在30英里宽的正面上平行推进，各军都能互相支援。法军组成的“营方阵”集团像推土机一般向普鲁士军队碾来。按照拿破仑的意图，不管敌军的位置在哪里，它向何处前进，他都可以用营方阵的一部分兵力对其采取攻势，另用一部分兵力来迂回其侧翼或后方，而第三部分兵力则保留为预备队，这是一种相当积极而又灵活的部队组织形态。
为了实现拿破仑的大迂回包抄战略，法军在崎岖的山林中艰难行进，距离最远的奥热罗第七军平均每天不得不行军24英里，并且要连续行军9天。10月8日，右路苏尔特军的前卫部队在萨克森边境同陶恩岑将军的一个师遭遇，将其击退，随后又在贝尔纳多特军前卫部队的支援下，把这支军队打得落荒而逃。10月10日，路易·斐迪南亲王率领的一支普鲁士先头部队在萨尔费尔德与左路的拉纳军狭路相逢，结果这支军队也被彻底打败，年轻的亲王在激战中丢了性命。普军的左翼现已出现空虚，法军主力便乘胜前进长驱直入，10月12日夺取了耶拿。随后拿破仑命令缪拉的骑兵会同达武军、贝尔纳多特军继续包抄敌军的左翼，深入其后方，切断敌军通往易北河的退路，自率大军准备在耶拿迎战前来救援的普鲁士军主力。如果普军继续退却，则拿破仑的主力随即可以发动追击，右翼的法军也可以断其后路，迫使其接受决战。
初战失利的消息传来，普鲁士军队上下十分惊慌，尤其是斐迪南亲王的战死，更是在军中造成了一种恐怖不安的气氛。由于左翼和后方已经暴露在法军面前，特别是得知瑙姆堡要塞落入法军手中之后，普军已是全线动摇，不伦瑞克公爵只好命令全军撤退，在埃尔富特的主力退往易北河一线以掩护去柏林的退路，停留在哈勒的预备队同其会合。霍恩洛厄军团则奉命将其兵力集中在耶拿附近保护主力军团的侧后方，在魏玛的吕歇尔军负责对其提供支援，这样霍恩洛厄军就要同刚刚夺取耶拿的法军遭遇，将直接面对拿破仑即将发动的进攻。霍恩洛厄并不知道当面的法军为第四、五、六、七军和近卫军，有7.5万多人，由拿破仑亲自指挥，蒙在鼓里的他还以为拿破仑和他的主力已经前往莱比锡、德累斯顿方向，此地并无大危险。而拿破仑也不知道面前的敌人并不是主力，而只是霍恩洛厄军团的4.7万人，他还误认为普鲁士国王也在军中，于是决心立即打一场包围歼灭战。为此他还要求参谋长贝蒂埃指示右翼的达武军从侧后方攻击敌军。
10月14日拂晓，拿破仑就像在奥斯特里茨战役中那样，又骑着马到前线去视察部队，与一些官兵亲切交谈，为部下作战前动员，极大地鼓舞了法军的士气，士兵们再一次向他欢呼致敬。听到法国人的欢呼声，萨克森军队不禁胆寒。上午6时，拿破仑发布了攻击命令，耶拿之战打响。在浓雾掩护下，法军步兵先是驱散了躲藏在附近村落里的敌军，巩固了自己的阵地，然后面对前来进攻的敌人援兵，他们巧妙地利用房屋、果园等掩蔽物，以散兵战术对付呈密集队形冲锋的普鲁士军队。接着就发生了一件怪事，这是军事史上最出奇和最不幸的怪事：一支2万人的普军步兵队列，外表极为壮观，却整整两个小时站立在开阔地里，暴露在猛烈的火力之下，成了法军步炮兵的活靶子，而法军则躲在垣墙后面，使敌人几乎找不到可以还击的目标，结果到处都是普军死伤枕藉，只剩下少数人还在继续射击。
霍恩洛厄军团虽然顽强抵抗，但因战术陈旧、指挥笨拙，造成人员无谓牺牲，到了下午，已经支持不住，即使吕歇尔的军队前来救援也无济于事。眼看胜利在望，拿破仑命令法军全线进攻，法军援兵迅即投入了战斗，普军终被优势的法军击溃，残部开始四散奔逃。战前被拿破仑召回的法国骑兵现在有了大显身手的良机，在法军步骑两军的合力追击下，普鲁士人、萨克森人溃不成军，毫无斗志的士兵大批投降或被俘，局面不可收拾，吕歇尔也在激战中受了致命伤。到了下午4时，会战已经结束，此战告捷，使拿破仑以为他已打败了整个普鲁士军队，但他错了，他只不过粉碎了普军两支部队而已。法军伤亡五千余人，而普鲁士军先后投入了5.3万多人，结果却打得只剩1万多人，法军追击时，沿途到处都是毫无斗志的降卒，普军炮兵也全部投降。
耶拿大战的同时，北面不远处也在进行着一场激战。法军主力在夺取耶拿之后，达武的第三军和贝尔纳多特的第一军奉命继续向纵深推进，以断敌退路。10月13日两军已经占领了萨勒河上的重镇瑙姆堡。在此地，达武接到拿破仑的参谋长贝蒂埃元帅的通知，要他奉拿破仑之命与贝尔纳多特一起行动，渡过萨勒河向耶拿方向攻击前进，以包围敌军的左翼。达武马上去与贝尔纳多特商量，建议两军一同前进，并大度地表示愿意接受贝尔纳多特的指挥。谁知贝尔纳多特拒绝了这个建议，可能是他与达武不太和睦的缘故。他声称此前另有拿破仑给他的进军命令，要他向多恩堡前进，所以他仍要执行以前的命令，宁愿单独行动。结果两个军只好分头行动，各自沿着萨勒河两岸向耶拿方向前进。贝尔纳多特的这种不顾大局、拘泥成命的顽固态度，差点儿葬送了法军到手的胜果。
尽管贝尔纳多特拒绝合作，达武还是毅然率军前去迎击普军，虽然他相信敌军有7万之众，但他毫不退却。他的军队于10月14日渡过萨勒河后，刚走了不多远，就在一个名叫奥尔施塔特的村庄附近，撞上了大批敌军，这正是从埃尔富特和魏玛方向撤退过来的普军主力。达武只有三个师2.6万人，而对方不伦瑞克公爵的军团却有5万兵力。
甫一交战，两军就都迅速地将后续部队调上来做殊死一搏，达武自知兵少，便采取死守态势，力图封锁住敌军的退路，普鲁士军则拼命要杀开一条血路，战斗空前激烈。普军仍是采用线式战术，以密集队形进攻法军，伤亡不小，进展却不大，于是主帅不伦瑞克公爵亲自上阵率领一个团的榴弹兵冲锋，谁知竟被子弹击中双眼，造成致命的重伤，当即被抬出战场，于11月10日不治身亡。另一师长也在战场上阵亡。普军的士气遭受重创，一时间指挥失灵，各自为战。普鲁士国王见冲不过去，只好下令西撤至魏玛。不料撤退途中又碰上了从耶拿战场上逃出来的数千残兵败将，他们正遭到缪拉骑兵的无情追杀。于是普鲁士军队秩序大乱，大家各自逃命。一天之内，普鲁士三个军团都已溃不成军。达武军以寡击众，却击溃普军主力，打死打伤1万人，取得了令人赞叹的战果，为此他也损失了7000人，占兵力的四分之一。拿破仑在夜幕低垂之时才回到他的大本营，达武的一名参谋军官已在那里等候皇帝，并向他报告说第三军已经单独地击败了7万普军，地点是在奥尔施塔特附近，率领普军的主将即为普王本人和不伦瑞克公爵。这个消息使拿破仑大吃一惊，他不禁对参谋军官说：“你的元帅一定是把一个人当两个人来看的。”但是不久他就搞清楚了这个事实，于是对他最能干的将领和他的部下大加赞扬。在战役公报中他曾经这样说道：
耶拿会战扫除了罗斯巴赫的耻辱。在我们的右翼方面，达武元帅的军团表现最为优异。不仅阻止了敌军的前进，而且击败了敌军的主力。这位元帅表现出来其过人的英勇和坚定的性格，这都是战士的第一流品性。
