三月壬申（初四日），游击郑嵩、千总徐景庆、徐联升、邱安国、王奕魁、把总郑日新、徐庆、吴必捷、外委许飞鹏、涂仕录、陈必高、谈有旺、汤贵、陈烈、黄振元、杨大斌等带兵六百名接应瑚图里。行至硫磺溪，贼众先伏溪尾，俟官兵半渡，横截之，四面围逼，官兵惊溃，郑嵩单骑溃围出。时郝壮猷又遣兵三百人接应，始得归。郑嵩仅以身免，千总徐景庆以下十五员皆失散，或被贼害。瑚图里闻援兵至，急赴九曲塘，而援兵先已败绩。见贼拥至，与贼战，不胜，引退，兵丁死者十余人。瑚图里仍回下淡水。甲戌（三月初六日），贼目庄锡舍领贼众三千人，首犯凤山营盘。郝壮猷敛兵入城内，屯城西龟山顶，分兵守城门。丙子（初八日）黎明，庄大田率大队至，攻城。官兵发枪炮御之，佯退。日午，贼埋锅造饭，官兵出城逐贼。贼复起合围，官兵急退入城。贼以硫磺溪所得官兵衣帽着之，随入。须臾，南门火起，贼攻城急。郝壮猷望见火起，单骑从西门出。官兵闻主将遁，皆溃，竞赴打鼓港。贼急乘之，官兵挤于海死者大半。总兵郝壮猷、参将那穆素里，都司罗光照、守备黄乔皆夺渔船逃回郡城。千总以下，卢思聪、廖朝兴、林芳、施得升、谢得明、姚登、许志兴、林为瀚、刘天云、黎士高等，先后逃回。游击郑嵩、延山、陈元死之。有随营同知王隽同经历罗伦谋走打鼓港。王隽年老足蹇，不能行，被执见庄锡舍，叱令跪，不屈，锡舍杀之佛头寮。经历罗伦脱归。是役也，千总以下溃散无着二十一员、兵三千，溃回者共六百余。后经将军常青查明，阵亡官二员：甘瑞龙、江顺宝；无着官十八员：柴景冈、高达、杨朝龙、朱光正、郑希宝、潘朝培、俞成龙、周文锦、郑朝梁、吴元照、袁正清、白大勇、李升、廖鸿飞、王旺、刘其连、余殿侯、郑元彩，惟外委陈朝瑞陷于贼，至六月内逃回府城。凤山既陷，贼益猖獗不可制矣。
初，黄仕简、任承恩领兵万人渡海，势甚盛。既而迁延两月，无成功，民大失望，于时民间谣曰：『黄公大臣，提督军门，一策莫展，寸步不行』。好事者书而揭之通衢，仕简知而不问。由是上知二人不足恃，屡诏询状，二人皆饰辞奏，上切责之。随乃诏江南提督蓝元枚驰驿赴泉州，署陆路提督事，令任承恩以事交普吉保，内渡赴京。又诏湖广总督李侍尧调任闽浙，常青以湖广总督渡海督师，授革职山东按察使杨廷桦为台湾府知府，随常青之任。
正月甲申（十五日），蓝元枚至泉州。二月乙卯（十七日），李侍尧至。壬申（三月初四日），常青发泉州，参将特克什布以兵五千人从。三月丁丑（初九日），湖广总督常青至自泉州，而凤山再陷已一日矣。常青赍谕旨招提督黄仕简至幕府听宣，责以坐守郡城之罪。仕简伏谢不能起。于是常青察看情形，疏劾仕简等。又请添调闽、浙、粤兵七千名。奏未发，而上已洞悉黄仕简、任承恩株守之罪，有旨逮问矣。惟总兵柴大纪以保守府城功，赏戴花翎，暂署水师提督。又特授守备易连为台镇左营游击，守备邱能成为台镇中营游击，千总陈邦光为北路协中军都司，嘉其复诸罗、克彰化、守艋舺之功也。常青分送黄仕简、任承恩回内地，听总督李侍尧解京。戒副将丁朝雄监守郝壮猷候旨。
先是凤山既陷，官兵枪炮器械尽为贼有，贼益横。邀结北路大武陇、南雅仙贼目许尚等谋寇郡城，又告捷于林爽文。于是南路贼众皆合。常青患之，急令道府浚沟濠，修城栅，奖励义民以备不虞。
三月辛卯（廿三日），庄大田犯郡城小南门，桶盘栈官兵御之，退屯上中洲。壬辰（廿四日），贼目陈灵光、谢桧率众焚郡城东路新化里，掠竹篙厝，逼草店尾。乙未（廿七日），大武陇贼目许尚、陈聘率贼众犯小北门、柴头港，退屯洲仔尾。是日，林爽文遣其弟林永率众千人至大穆降，郡城戒严。庄大田大喜，遣信告林永曰：『今四路兄弟大集，而城内官兵闻不过数千，明日愿将军助一臂力，保为将军破之』。林永许诺。于是各路贼目皆曰『敬受令』。乙未，庄大田攻桶盘栈，别遣其党庄锡舍攻小南门，谢桧、陈建平攻草店尾、又分众攻大东门，林永攻大北门，许尚、陈聘攻柴头港，又分众攻小北门。当是时，南北贼众会合，号称十万。
总督常青闻贼至，命游击蔡攀龙固守桶盘栈，游击邱维扬、守备黄象新固守柴头港，守备曾绍龙固守草店尾，而自佩弓弩赴大东门督战。仍令守备王天植守小东门，参将那穆素里保护春牛埔城脚，都司罗光照守小南门，参将朱鼎、左渊等防守大、小北门。齐集义民万人出城助战。
贼人环攻官兵，自黎明至日午，战益力。官兵枪炮齐发，贼旋退复进。游击蔡攀龙防守桶盘栈，与贼战，贼兵东移，蔡攀龙亦引兵东移；贼围之，左右驰突不能脱，所乘马被枪倒地，徒步更战。常青在城上见之，令参将特克什布驰兵往救，蔡攀龙亦引兵回击，围始解；把总余典、王泽高战死，兵丁死者一百余人。贼目谢桧等又压小东门城脚纵火，守备王天植急击贼救火，灭之。维时义民将万人，见官兵与贼战竟日，不退，饥疲无人色，皆退入城，城中大扰乱，谓贼已破城，皆逃至海口。无何，贼目庄锡舍投戈请降，单身入城见常青。常青大喜，立予锡舍六品顶戴，赏银二百两，仍令锡舍出城击贼立功。大田战正酣，闻锡舍降，大骇，恐变生，急收众回南潭。林永、谢桧、许尚等闻庄大田退，亦解去。
庄锡舍，晋江人，渡海家凤山县陂头庄。林爽文倡乱，庄大田纠漳人，庄锡舍纠泉人，其势相埒。继而共推大田为主，凡号令皆大田出，锡舍已不能平。自再破凤山，锡舍力居多，益负功不相下。锡舍有亲属充台湾道吏，通信往来不绝，大田疑之，使人讽锡舍以所隶泉人归大田，而以漳人归锡舍，益恚。台湾道永福闻其相猜忌也，嘱其亲属以书招降，锡舍诺之。至是果降。
庄大田既退，锡舍请赴南路竹沪招集义民，绝大田归路。常青犹豫未许，知府杨廷桦力保其无二心，乃纵之去。
初，大田围府城急，常青日夜督将士堵御。见将士不足恃，疏请侍卫巴图鲁八员领兵到台协剿。时飓台大作，自三月以来，几二旬不得内地文报，常青盼望援兵，至废寝食。四月丁巳（二十日），诏至，以常青为将军。常青受命讫，又闻恒瑞（福州将军）、蓝元枚（陆路提督）授参赞大臣，领兵将至，心乃安。而广东先调兵四千名已连樯并至矣。势大振。有旨治失陷凤山之罪，殛郝壮猷于台湾市。参将那穆素里以下逃回各官，悉革职留军前效力。总兵柴大纪、普吉保戴罪图功，以责后效。
维时常青意在先靖南路，屡遣人侦大田所在。先是庄锡舍既投诚归凤山，为庄大田所得，大田欲诛之。其党许光来等皆泉人，为锡舍左袒，言锡舍实无降意，为人罣误，今既归，不宜自伤羽翼，致散人心。大田亦以泉人多，恐杀锡舍，泉人心变，因留锡舍居左右，每行与偕。锡舍请自效皆不许。顷之，林爽文寇诸罗，乞众于大田。大田遣陈灵光、张基光等率众往助，而自与锡舍居南潭。锡舍乘机遣心腹赴陂头取家属，由海道抵郡城，而别遣人密报常青，言大田在南潭，众贼皆赴北路，宜乘其无备取之。
五月戊寅（十二日），常青督将士三千人亲赴南潭，庄大田闻风先遁。常青获番妇金娘、贼目林红以归。金娘，下淡水番妇，习符咒，为人治病。庄锡舍攻凤山时，请为军师，临阵令其诵符咒祈神佑，军中皆称曰「仙姑」。凤山再破，皆推仙姑之功。林爽文伪封一品柱国夫人。林红者，无他技能，与番妇私，每迎敌，随番妇左右而已。庄锡舍既投诚，番妇归大田。会大田遁走，锡舍诱林红、番妇同行，遂擒之以献常青，槛送京师伏法。
五月己卯（十三日），参赞恒瑞至台湾，总兵梁朝桂、魏大斌等亦先后继至，大兵齐集。常青乃大张文告，晓谕百姓曰：『林爽文罪孽滔天，庄大田同恶相济，本将军奉命督师，扫除元恶。怜尔无辜百姓，受其诳惑，凡兹胁从，咸与维新，有能倒戈效顺者概原不问，或能擒献渠魁，更当宥罪论赏』。
