十月，刘铭传奏台湾水师员缺并武职补署章程：台湾绿营额设水陆十八营：水师七营、陆路十一营，共额兵一万四千余人。自同治八年左宗棠奏准裁兵加饷后，存兵七千七百余人。光绪三年，丁日昌复请汰弱留强，暂停募补。截至光绪八年，经台湾镇总兵吴光亮续裁，实存兵数四千五百余人，年支饷银十七万余两。统计水陆现存兵额内，水师七营分隶澎湖、安平各协；除澎湖水师两营兵丁暂照原章，俟总兵吴宏洛接任再议整顿外，其余安平、沪尾、噶玛兰水师五营久无船械，未便任其废弛，拟请改为陆路，仍隶原营。并请将安平副将移驻后山水尾，改为台东协；北路副将移驻埔里社，均作为陆路题补之缺。就现在军营官弁并投效武职之中每月考试，如五枪能命中三、四者，即分别奏咨留标；以后考列在前，准其补署经兵。部议覆：所请安平水师副将移扎后山水尾暨安平以下水师各营均改陆路，应毋庸议。至台东如何设官控制，准在附近水陆营抽拨布置（以上刘壮肃奏议）。
十四年（一八八八）二月谕刘铭传：据总理各国事务衙门奏台湾设局抽收洋商厘金与约不符、请旨遵办一折，台湾为通商口岸，洋商应完出口正税，向不抽厘，既据该使臣等屡次据约陈请，着刘铭传将抽收洋商厘金一事，即行停止。至该省应如何征收落地税厘，着另行设法办理；总应征之华商，彼自无所借口（东华录）。
五月，台湾水陆电线告成。自十三年三月甫将基隆、沪尾合至台北两线动工，八月，怡和洋行承办水线，装由飞捷轮船到台，钢壳四铁叶轮船一只、修理电线机器一副、测量机器一副。各局电报机器由台北沪尾达福州之川石，海程水线妥安，福台两省先行通报。续至澎湖放线，抵台南之安平口。陆路前已勘明，于十一月间由台南接办陆线，取道彰化，迤逦而北。十四年二月，与台北之基隆、沪尾两线接通。统计水陆设线一千四百余里，分设川石、沪尾、澎湖、安平水线房四所。除台南、安平、旗后原设报局三处外，添设澎湖、彰化、台北、沪尾、基陆局五处。一切材料、机器、水线、轮船、木杆工程、勘路、转运、局员经费、洋匠薪资，共银二十八万七千两（刘壮肃奏议）。
初，十三年三月，台湾兴造铁路，经商务委员张鸿禄、李彤恩函招新嘉坡、西贡等岛闽商陈新泰、王广余等，佥称俱愿回籍合办。复经委员集股，订购轮船二只，由英、德两厂购办铁路钢条三百三十里、大小铁桥十一道、火车客车七十具，自基隆至淡水六十里、自基隆至台南六百余里，约需银百万两。惟基隆至淡水山河复杂，须挖山洞九十余丈，大小桥梁百二十余座，挖高填低工程，均由商务局雇夫兴办。禀请巡抚挪用银二十万两，又给头批钢条等款十万两。至是李彤恩病故，各商禀请归官自办；已缴现银三十余万两，愿留快船两只作抵。基隆至淡水，本年内即可完工。由基隆至台东，除大甲溪外，别无大工耗费；复经刘铭传饬工师勘估，需银六十余万两，核之原估百万数目相符。拟尽购到钢条办至彰化，再行量力以筹。奏请将闽省每年协济银四十四万两，至十七年春季止，尚存未解银一百零四万两，暂挪先修铁路；竣工后，即将所收脚价归还成本（同上）。
杨昌君等奏：台湾洋面辽阔，港囗〈氵义〉纷岐，缉捕巡防，关系紧要。部议以经制水师各缺，未便全改陆路，系为专汛防守起见；至安平水师副将，昔年建设，原属要缺；第沿海情形今昔不同，而台东控扼后山，议设武职大员，未便稍涉迁就。臣等往返函商，安平仅距台南府城数里，台湾总兵有水陆兼辖之责，驻扎府城，足可照顾海口；副将一缺，久为虚设。台东为后山扼要之区，非参、游所能镇压，就近营分无可抽拨；现又未便轻议添设，徒糜饷需。若以安平水师副将改为台东陆路副将，所属中、右两营都司等缺随同移拨；其左营游击现驻鹿港，将来中路有抚标两营分布，不虞单弱。应将鹿港游击作为安平水师营游击，隶台湾镇管辖。所有台湾镇属之恒春游击改隶台东，仍使镇、协两标各符原管之数。似此量为布置，饷项毫无所增，于新设地方得有实济，而于水陆营制亦属相符。相应请旨饬部议行。下兵部议奏（东华录）。
七月，澎湖、基隆等处修造炮台，并购造各船炮。各口自十二年正月兴工，分筑炮台。惟安平旧台尚可修葺应用，其余基隆、沪尾、澎湖等处，皆择地另造新台。旗后本有炮台一座，后在太平山添筑一座。本年春夏，各军陈报，濠沟、兵房并外围均已完工；因炮位未到，子墙宽窄高低，须视炮架部位，方能定筑。澎湖筑台四座，基隆、沪尾各二座，因地势土松沙湿，各兵房俱仿外洋图形，用铁水泥三万六千桶。又由英商议购新式后膛钢炮三十一尊，随配炮弹架具，包运到台，共规平银六十万两。先运到大炮十七尊，其余由上海续运。据监工洋人鲍恩士并炮厂派来总兵闻德详勘，各台均能合度：惟子墙炮基亟须铁水泥，用石子与铁水泥参合，须用十二万桶。计澎湖、基隆、沪尾、安平、旗后五海口共造炮台十座、沈雷六十、碰雷二十，配齐雷线及应用各机，约银二万两，硝磺火药约银万两。又购钢快船二，曰斯美、曰驾时。前法事急时，购威利轮船一，南通、北达、前美、如川小轮船四。十三年购威定轮船一。十四年工作，复造小轮驳船一，挖泥机器船一（刘壮肃奏议）。
九月朔，施九缎围彰化县城，索焚丈单。九缎，二林上堡浸水庄人；耕作营生，家颇饶。性呆戆，信鬼神，常仗剑破额，作战童状。先是，彰化知县蔡麟祥率巡检黄文瀚、吴云孙等从桥仔头丈起，大约每甲田止长加一，若有错误者改之。嗣李嘉棠接篆，奉令催迫，尽变旧章。各堡派员清丈，不计田之肥瘠，一年间尽行丈完；催各堡领丈单，每甲纳丈费二元。计彰邑原赋额三万有奇，至是清丈约有二十余万；各委员在县署分给丈单，领者寥寥。时西门民家有鸡，雌化为雄，谣言颇起。嘉义县亦催领丈单，民间骚动，会盟纠众。统领武毅右营提督朱焕明（安徽人）本驻彰邑，刘铭传檄往嘉义弹压；拨栋营副带林超拔驻彰城。焕明到嘉义，焚庄社，赶散余党；有李盘同余众入彰属，住湖仔内杨中成家。彰邑二林、马芝一带，或居海滨、或界溪边，沙埋土瘠，领者更少。嘉棠见嘉义知县罗建常收缴丈费起色，为上游优擢，因此倍加操切。八月，将禀准正法之犯林武、林番薯二名带往北斗、西螺两处钉死；又将未详办之简灿捏报病故，带到鹿港大桥钉死。传者误指简灿为在押之许猫振；伊弟得龙谋夺不遂，乘间拥抢鹿港盐馆，从者有湖仔内杨中成、番薯庄施庆并余匪二百余名。嘉棠回彰，闻报往勘；许得龙、施庆等纠众在大路伏截。嘉棠在鹿港游击郑荣（绍兴人）署请鹿绅为导，由小路回邑；鹿绅施家珍一时召勇不及，取恨嘉棠自此起，时八月二十八日也。二十九日，有人入城，分黄布为号；翌日，九缎立神轿后如战童，率杨中成、许得龙、李盘等并余匪数百，以索焚丈单为名，旗书「官激民变」，下令不准抢劫人家财物。西门外六庄总理王焕派给众食，驻扎南瑶宫；至日晡，不期而临城下者数千人。登城弥望，草木皆兵。自晨至午，发电数十次；旋电杆尽斫断。嘉棠在城，率都司叶永辉、栋营副带林超拔、都司洪盘安分守城上，清丈委员知县龙赞冈、县丞林锡圭、都司刘韶华亦上城防守；并扎饬各堡绅董，每堡召勇二百名，仓猝写二百作二名，兼以道路不通，各堡惊疑，无人入援。鹿港郑荣惟数十名兵守土城，绅商连结，仅能自保。二日，提督朱焕明在嘉义闻报回援；至东螺、北斗街，绅董告以人情汹汹，途中恐有阻碍，弗听。是日拔队至大埔心，便有匪类尾其后，沿途截杀；营勇死者十余人，鎗子俱竭。焕明奋勇夺路，手刃十余人，奔至口庄竹巷尾，九缎拥众迎杀。焕明在水流观音庙桥头殉难，其马被李掽夺去，余勇奔散入城；同殉难者，陈鸣魁、陈明良、王得胜、李海山、萧云华、李太和等。三日，嘉棠请教谕周长庚暨局绅吴景韩、总理蒋攀龙、吴维邦至平和厝开道解围；九缎不敢加害，然必欲焚丈单。长庚等回城，嘉棠犹豫未决；旋备焚丈单告示发贴，以为缓兵之计。四日，外援不到，油米告竭；嘉棠饬筹安局绅将游手丁壮，半收作义勇、半驱出城外，其余老幼乏食，开绥丰仓发米，城中恃以无恐。五日，匪党迫城，嘉棠亲持令箭上城，日夜防守，衣不解带。林超拔鎗发皆中，守御无少疏懈；叶永辉亦率兵堵御，城赖以不破。七日，栋营统领林朝栋自台北闻变，回雾峰，至田中央调拨兵勇，夜带同从九林福浚、县丞林文荣募土勇八百名分扎市仔尾；副将余保元卫队林青云偃旗息鼓，一拥登陴，斩首十七级。林超拔亦于城上夹击，顺势夺八卦山。嘉棠率洪盘安土勇夺回南瑶宫番社，各匪如鸟兽散，尽奔西门而去，退住平和厝王焕庄中；彰化围解。十一日，朝栋派都司洪盘安、李定邦等分剿南路浦尾、大岸头、瓦窑等庄，知县龙赞冈分剿中路顶仑仔、平等庄。其北路砖仔窑及中路平和厝两庄，以林文荣带领练勇攻取，已革甘肃知县张纪甫随同林青云带队策应。林福浚带栋前营由三块厝等庄至平和厝，文童林朝瑞、林超拔带队策应。匪众驻平和厝，出围接仗。朝栋督超拔向前包抄，余保元由后掩袭，环战二时之久，阵斩三名，并先锋一名；各党弃庄奔溃。砖仔窑亦经文荣、青云等同时攻破，并由各营连破竹围二十一处，斩首四十一级、生擒八人，随时枭示；余匪尽奔浸水庄而去。朝栋备文禀获胜情由，请一面解散胁从，惟为首者罪在不赦。十二日，巡抚委台东州吴本杰、福宁镇曹志忠、藩司沈应奎往查激变情形。又驻鸡笼总兵窦如田带铭字三营、都司郑有勤带隘勇二营，于七日至大甲、八日至牛骂头，勇丁与街众滋事，毙数人；庄民蔡访鸣锣聚众，窦勇退守牛骂头山。绅士蔡占鳌接济粮食始散，带蔡访到彰化正法。十四日，各统领到，嘉棠倡攻二十四庄。是夜已发令矣，浙人凌云在幕，知二十四庄之冤，向郑有勤曰：朱焕明一队遇害，始自武西堡、大埔心沿途截杀，至燕雾、下堡、茄冬林，兵勇损伤过半。游击丁广龄死在其处，距二十四庄十余里；至茄冬脚庄，始为二十四庄界。是杀官军者，不独二十四庄也；缘朱焕明殉节在口庄尾耳。郑遍告各统领，始收令。周长庚、叶永辉代限至翌日酉刻，如二十四庄不领义旗者，即行剿办。是夜差人着二十四庄绅董入城领旗；至酉刻，无一至者。长庚、永辉到筹安局，嗟叹不已。局员吴德功恳向统领再限一天，泣告二十四庄生员陈捷华、总理沈大英等十余人，由小路至邑，泥淖没胫，夜同德功、长庚、凌云带谒统领及嘉棠，限以捆送李椪等。于是线东西数十庄、猫罗三十五庄及东西螺各领义旗，民心始定。嘉棠以鹿港郊商抗领丈单，甘心助贼，宜攻毁；沈应奎不允。鹿绅蔡德芳、许士昆等到彰见应奎，面陈激变情由，语碍嘉棠；应奎禀撤嘉棠任，嘉棠恨鹿绅益深。十六日，嘉棠请澎湖镇吴宏洛攻鹿港。附鹿庄民，扶老携幼，露宿街中；蔡德芳秉烛危坐，达旦不寐，以安民心。沈应奎止宏洛，不可；爰电请刘铭传，以一攻鹿港，其白沙坑二十四庄、线西五十三庄皆望风而变，地方何堪设想，铭传遂电令宏洛归应奎节制。二十三日，探报施九缎、杨中成回家。宏洛会商应奎，督军分道围捕；鹿港游击郑荣、廪生施家珍亦率勇。会九缎逃去，至湖仔内围；中成亦无踪迹。嘉棠遂禀巡抚，以家珍等通知九缎，致令大兵围捕无迹，请加之罪，令家珍等跟出九缎等匪。二十八日，吴宏洛、曹志忠、窦如田、郑有勤回台北。二十九日，李嘉棠撤任，以朱公纯接彰化县篆，出示购缉施九缎、王焕、杨中成、李盘、施庆、许得龙等，其余赦之，并免全台丈费（瑞桃斋施案纪录）。
十一月六日，沈应奎赴嘉义，施家珍等送之，临别勒缉九缎等。而各庄甘为掩匿，致南北购线，极力追寻，讫无以应。巡抚刘铭传奏撤嘉棠保案，并革施家珍、施藻修衣顶。七日，兵备道唐景崧抵彰，查嘉棠激变情由，详请奏参；布政使邵友濂亦以嘉棠视民如雠，详请革职，永不叙用。嘉棠因禀巡抚，以周长庚与鹿港绅士相通情弊。长庚禀称：当时危急，请长庚冒险缒城解围；及事后，诬人通弊如嘉棠者，是诚何心！铭传令新任彰化县罗东之、台湾县黄承乙会审，各具亲供送呈台北。前任彰化县朱公纯、鹿港盐馆总办刘竺保，皆以不附嘉棠相继撤委。嘉棠于十五日往台北，力言长庚与鹿绅朋比为奸。长庚请假会试，十九日由土葛窟港内渡；铭传电谕不准会试，罗东之追留不及。铭传因电达闽、沪等处拘长庚，一面札饬郑荣、施家珍等到台北候提集周长庚讯鞫（同上）。
