先是凤山既陷，官兵鎗炮器械，尽为贼有，贼益横。邀结北路大武陇、南仔仙贼目许尚谋寇郡城，又告捷于林爽文。于是三路贼众皆合。常青患之，亟令道府浚沟濠，修城栅，奖励义民以备不虞。
三月辛卯（二十三日），庄大田犯郡城小西门，桶盘栈官兵御之，退屯上中洲。壬辰（二十四日），贼目陈灵光、谢桧率众焚郡城东路新化里，掠竹篙厝，逼草店尾。乙未（二十七日），大武陇贼目许尚、陈聘率众犯小北门、柴头港，退屯洲仔尾。是日，林爽文遣其弟林永率众千人至大穆降。郡城戒严。庄大田大喜。克期攻郡城，遣信告林永；林永许诺。于是遍戒众贼目，皆曰『敬受令』。乙未（二十七日），庄大田攻桶盘栈，别遣其党庄锡舍攻小南门，谢桧、陈建平攻草店尾，又分众攻大东门，林水攻大北门，许尚、陈聘攻柴头港，又分众攻大北门。当是时，南北贼众会合，号称十万。
总督常青闻贼至，命游击蔡攀龙固守桶盘栈，游击邱维扬、守备黄象新固守柴头港，守备曾绍龙固守草店尾，而自佩弓弩赴大东门督战。仍令守备王天植守小东门，参将那穆素里保护春牛埔城脚，都司罗光照守小南门，参将宋鼎、左渊等防守大、小北门。齐集义民万人出城助战。
贼人环攻官兵，自黎明至日午，战益力。官兵鎗炮齐发，贼旋退复进。游击蔡攀龙防守桶盘栈，与贼战，贼兵东移，蔡攀龙亦引兵东；贼围之，左右驰突不能脱，所乘马被创倒地，徒步更战。常青在城上见之，令参将特克什布驰兵往救，蔡攀龙亦引兵回击，围始解；把总余典、王泽高战死，兵丁死者一百余人。贼目谢桧等又压小东门城脚纵火，守备王天植急击救灭。维时义民将万人，见官兵与贼战竟日，贼不退，饥疲无人色，皆退入城，城中大扰乱，谓贼已破城，皆逃至海口。无何，贼目庄锡舍投戈请降，单身入城见常青。常青大喜，立予锡舍六品顶带，赏银二百两，仍令锡舍出城击贼立功。庄大田战正酣，闻锡舍降，大骇，恐变生，急收众回南潭。林永、谢桧、许尚等闻庄大田退，亦解去。
庄锡舍，晋江人，渡海家凤山县埤头庄。林爽文倡乱，庄大田纠漳人，庄锡舍纠泉人，其势相埒。继而共推大田为主，凡号令皆大田出，锡舍已不能平。自再破凤山，锡舍力居多，益负功不相下。锡舍有亲属充台湾道吏，通信往来不绝，大田疑之，使人讽锡舍以所隶泉人归大田，而以漳人归锡舍。锡舍益恚。台湾道永福闻其相猜忌也，嘱其亲属以书招降。锡舍诺。至是果降。
庄大田既退，锡舍请赴南路竹沪招集义民，绝大田归路。常青犹豫未许，知府杨廷桦力保其无二心，乃从之去。
四月戊戌朔，大武陇贼许尚等再攻柴头港，游击邱维扬御之，维扬中飞炮死，贼亦败退。于是众贼皆知郡城有备，终不可破矣。
初，总督李侍尧至泉州，因官兵势分力弱，贼势浸浸日盛，而常青先渡台湾，惟带兵五十人，兵力又不足办贼，即移会两广总督孙士毅，密挑健兵四千备征调。于是孙士毅调广东南澳、澄海、海门、平海水师兵二千名，选参将赵勇、廖光宇、都司麦瑞、殷佐良、守备林世春、千总、把总二十五员领之；调督标、提标香山、碣石、肇庆陆路兵二千名，选副将贵林、官福、谢廷选、游击双德、李文升、许廷进、都司王雄、萧应德、杭富、曾烨、刘振唐、守备卢振雄、杨拜扬、严文奎、虎彪来、成基、陈上高、千总、把总十六员领之。皆至潮州听命。而南澳镇总兵陆廷柱先任台湾总兵，自请行。孙士毅许之。至是常青请兵信至，总督李侍尧即以所备广东兵檄陆廷柱管带径渡。又咨浙江巡抚琅玕、提督陈大用调温州、黄岩兵三千名，以符常青所请兵七千之数。
无何，诏授湖广总督常青为将军，福州将军恒瑞、陆路提督蓝元枚为参赞大臣领兵渡海。又命广东高廉镇总兵梁朝桂驰往军前，与陆廷柱分领粤兵。又诏总督李侍尧亲至厦门、蚶江照料军行。于是参赞恒瑞、协领丰申布、海兴阿、色普兴额、防御札克丹、奇成额、佐领札鲁永文、伊尔哈图等，带领骁骑校前锋领催甲兵一千余人至厦门渡鹿耳门。浙江温州总兵魏大斌、副将詹殿擢、游击董秉灿、千总、把总十一员，兵一千名，亦至厦门渡鹿耳门。又分遣游击裴起鳌、都司田智、守备丁士伟、魏际隆、千总、把总二十四员，兵二千人至蚶江，随参赞蓝元枚渡鹿仔港。
初，庄大田围府城急，常青日夜督将士堵御。见将士不足恃，并疏请侍卫巴图鲁八员到军前领兵。维时飓台大作，自三月以来，几二旬不得内地文报。常青盼望援兵，至废寝食。四月丁巳（二十日），诏至台湾，常青拜受将军之命。又闻恒瑞、蓝元枚授参赞，领大兵将至，心乃安。而广东先调兵四千已连樯并至矣。兵势大振。
有旨治失陷凤山之罪，殛郝壮猷于台湾市。参将那穆素里以下逃回各官，悉革职留军前效力。总兵柴大纪、普吉保戴罪图功，以责后效。
初，常青檄总兵柴大纪合鹿港官兵攻斗六门，通南北道路。柴大纪不可，辞曰：『诸罗见兵不过千余，今弃县城率兵轻进，贼人必乘虚攻县。县城万有一失，其谁任此咎？某以为应分兵三路：一从他里雾出虎尾溪至大里杙；一从大埔林出斗六门向东，由石榴班、水沙连至南投；再令普总兵由鹿港出东西螺至石榴班合兵。三路并进，贼应接不暇，乃可图也。然诸罗兵单，惟将军亟发兵助之』。常青以大纪言告台湾道府，皆曰：『宜如柴总兵言。』四月壬子（十五日），参将潘韬、守备曾绍龙、黄象新带水师金门兵一千一百人往诸罗，从柴大纪之请也。癸丑（十六日），师次木栅，道阻，改由鹿耳门觅海船取道笨港至诸罗县。
维时诸罗南至府城，北至鹿港，贼巢数十，时出劫掠。柴大纪患之。命孙朝亮带兵一百人驻笨港，蔡朝颁带兵二百人驻麻豆。笨港在县东北二十里，上达鹿港；而麻豆则县南府北适中之要隘也。
柴大纪接将军常青檄促进兵，上书曰：『四月十二日，有从贼兵丁林盛、许高升诡赴军前投到，某讯得其实，即问林爽文所在。据云：林爽文现在牛稠山，与军师董喜谋约南路贼攻诸罗。某若领大兵北指，贼人闻风必窜归，捕之益难为力。不若速饬普总兵带鹿港之师前来会合，绝贼人归路。若首逆就擒，则余匪不攻自散矣。又诸罗之南，贼匪阻绝粮道，把总蔡朝颁现屯麻豆，而兵单恐为贼乘，亦望将军发兵五、六百人赴麻豆协剿，使诸罗、府城道路常通、缓急可恃，实为目前急务』。常青得书，飞檄总兵普吉保带鹿港大兵至诸罗，与柴大纪合兵擒逆首，而仍檄革职守备黄乔救麻豆。
四月庚申（二十三日），黄乔带凤山溃兵三百名至大溪墘，贼众闻之，自大武陇南下扑官兵，官兵不能进。有萧垄、麻豆各庄乡民闻官兵为贼阻，合众出拒贼。贼退。官兵既至麻豆，贼益横。黄乔不能守，屡书告急。常青檄总兵柴大纪就近援之。柴大纪遣游击杨起麟、李隆、守备黄象新带兵八百人，并鹿仔草、盐水港、下加冬、哆啰嘓各乡义民随往救麻豆。五月丁丑（十一日），杨起麟等至盐水港，而麻豆已失守矣。
先是黄乔等侦知贼人将来犯，先领官兵、义民出庄西拒贼。贼忽从庄中出攻官兵。官兵惊溃，黄乔走回府城。千总卢思聪、外委姚登皆死之。戊寅（十二日），杨起麟等率师至麻豆，贼力拒官兵。官兵击贼，死亦数十人。既闻黄乔兵已溃散，麻豆庄民多与贼通，复闻有贼二千人自粪箕湖出扰盐水港，乃旋师。
游击杨起麟等领兵至盐水港，将回诸罗，佳里兴巡检邵宗尧因麻豆失守，贼人图盐水港益亟，禀请留师驻港中。柴大纪从之。由是盐水港始为重镇矣。
黄乔发郡城之先一日，常青檄令总兵普吉保发兵会剿林爽文。普吉保迟疑不决。常青又连檄促之。不得已始领兵三千人南下。五月丁卯朔，至土库。柴大纪后至，普吉保大怒，谓柴大纪失期约。维时林爽文闻官兵至，亦自牛稠山回大里杙。普吉保既询知林爽文已去，益怒，谓为柴大纪所卖，争执不已，各令师驰归。署鹿港同知黄嘉训密禀常青曰：『普总戎于四月二十七日兴师，迂途绕道，由二林沿海而行，致贼人闻信先回大里杙。普总戎于五月初一日在土库地方与柴总戎会合，意见不同，语言抢白，悻悻而散。初六日领兵仍回鹿港，沿途经过村庄，攀留大兵者充途塞道，乃径行不顾，决意回港。是行也，不见一贼，不折一矢，而职等承办人夫车仗，费帑至三千余两，仅供两总戎一场口角。自初八日以来，普总戎经过地方，溪墘厝、二林、猫仔千等处，贼人焚毁略尽，伤亡乡勇数百人，又不发兵救应，致离港二十里外尽为贼有，警息一日数闻，民心惶惧，无不唾骂』！常青闻之，骇愕，移檄切责之，普吉保亦抗书自辨，不伏罪。而诸罗北路阻绝，实自此始矣。
当是时，常青意在先靖南路，屡遣人侦庄大田所在。
先是庄锡舍既投诚归凤山，为庄大田所得，大田欲诛之。其党许光来等皆泉人，为锡舍左袒，言『锡舍实无降意，为人罣误，今既归，不宜自伤羽翼，快敌人心』。大田亦以泉人多，恐杀锡舍，人心变。因留锡舍居左右，每行与偕。锡舍请自效，皆不许。顷之，林爽文寇诸罗，乞众于大田。大田遣陈灵光、张基光等率众往助爽文，自与锡舍居南潭。锡舍乘机遣心腹赴埤头取家属，由海道抵郡，而别遣人密报常青，言大田在南潭，众贼皆赴北路，宜乘其无备取之。
五月戊寅（十二日），常青督将士三千人亲赴南潭，庄大田闻风先遁。常青擒番妇金娘、贼目林红以归。金娘，下淡水番妇，习符咒，为人治病。庄锡舍攻凤山时，请为军师，临阵令其诵符咒祈神佑，军中皆称曰「仙姑」。凤山破，皆推仙姑之功。林爽文伪封一品柱国夫人。林红者，无他技能，与番妇私，每迎敌，随番妇左右而已。庄锡舍既投诚，番妇归大田。是时大田遁走，锡舍诱之同行，遂擒之以献常青，槛送京师，伏法。
五月乙酉（十九日），参赞恒瑞至台湾，总兵梁朝桂、魏大斌等亦先后至。大兵齐集，常青将兴师，因贼势蔓延，大张文告，晓谕百姓曰：『林爽文罪孽滔天，庄大田同恶相济。本将军奉命督师，扫除元恶。怜尔无辜百姓，受其诳惑。凡兹胁从，咸与惟新。有能倒戈效顺者，概原不问。或能擒献渠凶，更当宥罪论赏』。
五月辛巳（十五日），将军常青、参赞恒瑞以总兵梁朝桂、魏大斌为前锋，副将谢廷选、蔡攀龙为左右翼，副将官福贵林、参将特克什布为翼长，投诚贼目庄锡舍为响导，统领福州驻防协领、佐领、骁骑校、并福建、广东、浙江、绿营将弁四百三十七员，满汉征兵五千五百人，出大北门较场，登坛誓师，杀贼目高番祭纛启行。闻贼目庄大田屯南潭，遣总兵梁朝桂往捕，不利。大兵屯关帝厅，会日暮，营垒未立，将士露宿。夜半，军中惊扰，达旦乃定。壬午（十六日），遣庄锡舍往探贼情，久之，言贼目庄大田闻大兵至，先纠集大武陇贼目许尚、陈聘、本县庄、布袋尾贼目谢桧、陈灵光等，率众数千人，在南潭掘濠树栅，阻我师。请以大兵全力赴之。癸巳（二十七日），常青、恒瑞悉师攻南潭。贼出三路迎敌，官兵退据嵌顶。贼亦退。守备林士春率众逐贼，贼逼之，官兵不能救。守备林士春、千总谢元、把总刘茂贵、外委卢凤皆战死，阵亡兵丁数十人。于是常青、恒瑞飞章以闻，再请添调大兵万人，以资剿捕。而贼人知官兵惟在自守，益往来大武陇、南潭，不复有所忌惮矣。
常青出札关帝厅之日，参赞蓝元枚与贼战于田中央，败绩。五月乙亥（初九日），蓝元枚统领浙江兵二千名至鹿港，谓普吉保曰：『贼自猖獗以来，历七月余，屡经官兵剿捕，而贼益肆，非与贼决一死战，何以完事』？辛巳（十五日），蓝元枚檄普吉保领游击海亮、都司陈邦光、守备丁士伟率兵千人防八卦山，派守备张奉廷率兵三百人防大肚溪。蓝元枚自率游击琢灵阿、穆腾额、守备唐昌宗、潘国材，直抵柴坑仔。行至彰化县北门，贼目陈泮、林琴率众张左右翼迎官兵。贼皆赤体或褴褛被身。蓝元枚易之，命勿施鎗炮，曰：『此等皆难民，为贼胁从耳』。令前骑招之降，无应者。须臾，贼拥至，短兵接，贼益增。蓝元枚令穆腾额、唐昌宗当其左，自率琢灵阿、潘国材当其右。时雨后沟圳水皆满，贼人赤足。泥泞中往来如飞，而官兵徒涉或蹶踬。唐昌宗率把总罗洪灿、外委潘健、吉兆等大呼犯溪流直冲贼中坚，贼皆披靡。使后骑招穆腾额以兵接应，穆腾额迟疑不肯前。会蓝元枚见贼势盛，收兵回营。穆腾额亦驰归。贼人知援师不继，更率众逼官兵。唐昌宗挥刀奋击，不能脱。贼人用钩镰钩其足仆地，乱攒之死。千总魏际荣、把总罗洪灿、外委潘建、吉兆。兵丁一百余人，皆死之。于是蓝元枚知贼势猖獗，非现兵所能办，亦飞章请添兵作后图矣。
当是时，南北贼众益轻官兵，肆焚掠。乡民知官兵不足恃，从贼者亦日众。而诸罗当南北道路之中，贼扰尤甚。
初，庄大田寇郡城，使人说林爽文合力。林爽文将从之。其党董喜不可，曰：『我往攻郡城，柴大纪必蹑我之后，且或乘虚捣我巢穴。巢穴一失，大事去矣。今用兵当自诸罗始』。林爽文然之，而诸罗始无宁日矣。
