八月，成功在铜山，整顿船只，训练士卒，候广西永历信到。忽接叶、陈、邱、林告急请援文，即整大队舟师回救。奈北风盛发，难以驾驶，五日方抵金门。侦报同安已破，诸将战死，叶、陈不屈被杀，全城屠戮。功痛哭遥祭，情动三军，遂移师镇海、铜山。漳浦守将王起俸谋降，事泄，弃家从旧镇入铜山；成功受降，加俸总练使，同柯宸枢联络铜山等处，募兵措饷；诏安县五都人林日灼鼓众拒之。功令甘煇往征，日灼旋灭。
十月，江于灿、黄志高同太监刘玉賫永历诏到，晋封成功威远侯。功拜受毕，厚待刘玉。遂兴师从云霄白塔登岸。守云霄将张国柱迎战，被施显贵所杀。遂率众攻城。中军守备姚国泰拒守。城陷，国泰巷战，重伤被擒。功惜其忠勇，令医治，用为监督。
粤东原大学士陈子壮、兵科给事中陈邦彦同起兵，船千艘，合攻广东。因故指挥杨可观、杨景烨为内应，谋泄被杀，悬首城上。邦彦战死。子壮遁据高明，遣家人陈荣賫书赴成功处请救。又原兵部侍郎张家玉，会故南海指挥安弘猷、训导张治亦起兵袭东莞县，杀典史张元鼎，知县郑鋈自缢。李成栋闻报，率兵至，击斩安弘猷。家玉走龙门纠众，遣闽将杨可梁亦賫家书至。成功即整师欲从虎门入援。至靖海，闻二家俱遭难，乃止（子壮字集全，号秋涛，万历已未探花，东莞人。守高明六个月，城破，被执不屈，引颈受刑。同时受难刑部主事朱实莲，字子洁，天启辛卯举人；邑庠生黄英元、旻元。家玉字贤子，东莞人，崇祯癸未进士。佟养甲遣巡道张元琳至其家劝薙发，玉冠带出见，不允。元琳去，玉遂与师林洊谋起兵破东莞。韩如琰自惠州来会师。成栋至，弘猷战死，张治、张恂、尹斌咸自缢。玉祖母陈氏、黎氏赴水死。妻彭氏大骂被刃。玉又率龙门众拔博罗，粮尽众溃。玉复走十五岭，集三万余人攻增城。成栋往援，挥骑冲突。玉阵乱，死战，项中三矢，伤一目，赴水死。割其首，颜色不变。其师林洊被执在狱，临刑吟诗曰：『愿续当年李侍郎，遗言谢世报高皇。独怜一片忠精骨，不死沙场死法场』！张恂字士和，壬子乡荐。张治字台玉，潮之程乡人。安弘猷，字叔壮，灵壁人）。
李成栋奉总督佟养甲令，提师攻桂林。后合平南、定南、靖南三藩劲旅，直趋武冈。刘承胤令其弟承祖辅永历从间道奔靖州。大学士吴炳被执，不屈死。三藩围武冈，折矢招承胤，胤举城降。部议以其放永历西去，杀之。永历自靖州奔柳州，得何腾蛟、郝永忠、卢鼎兵俱至防御，始安。佟养甲督兵攻全州，何腾蛟率焦琏、郝永忠、卢鼎合滇师赵印选、胡一清分道夹攻，养甲遁。
永历仍还桂林，诸帅不和，兵譁争构衅。成栋侦知，乘虚潜师至北门。式耜守城，腾蛟召诸将合击，栋方退师。栋负平粤有功，而耻受制于总督。偶演戏，其妻张氏见而笑焉。张氏系陈子壮之妾，成栋抄其家，见张氏美丽遂娶之。相从年余，未见欢颜；今日之喜，必有由也。栋诘之，氏曰：『为见台上威仪，触目相感』。栋令人取冠服自穿，氏起取镜照之。栋跃起曰：『真威仪可观也』！遂萌反念。密属标兵譁索粮饷，齐集教场，然后请养甲出城抚辑。甲不知是计，同栋行。甫坐下，众兵鼓噪，同时剪辫，即飞书通粤西。巡抚耿献忠亦剪辫，江西提督金声桓同副将王得仁杀童巡抚，剪辫反，应之，共尊永历朔。声桓、得仁咸是左良玉部将，李成栋隶高杰标下，且交好，故片纸至即从。永历命兵部侍郎万翔、兵部职方司揭重熙监局铸印，封成栋惠国公、养甲襄平伯、声桓豫国公、得仁建武侯、献忠两广总督。成栋遣原翰林院检讨蔡之俊賫表前往桂林，请驾幸粤。永历下廷臣会议，未定。瞿式耜疏言有云：『驾若东幸，军中将帅谓朝廷乐新复之土；而成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，人心涣散，臣恐不能制也』。遂不果行。之俊还报成栋，栋具疏再请曰：『天下乃太祖之天下。今日光复旧业，何为乐新土？陛下若欲中兴，须亲统六师，行间指挥，俾诸将士奋勇戮力；四方咸知有君，自当响应。岂可偏安粤西，优游度日，令天下豪杰寒心乎？此臣鳃鳃至计，非冀邀驾之功』。遂令原给事蒙正发，再往南靖请驾。永历方至肇庆，李成栋率文武跪接如礼。永历抚成栋背曰：『朕今日中兴，全赖卿力，决不吝分茅列土之封』。栋叩首曰：『军旅之事，毋烦陛下深忧，臣自当竭力前进。第运筹帷幄，策应粮饷，岂可乏人？必须元老方可，请召瞿式耜』。永历允奏，随加成栋子李元胤为锦衣卫指挥使，提督禁旅。栋复上疏，速当发诏通成功，连兵恢复。召式耜使者三四去，而式耜固辞；且连上五疏乞休，不允。成栋无奈，陛辞回粤，出师。诏至厦门，成功拜接，遂大整军伍，令芝莞统舟师从虎头门进。
顺治六年己丑（附称永历三年）春三月，成功留黄廷、洪政守浦之罗山岭，柯宸枢守盘陀岭。自统兵马下诏安，师屯分水关。修书遣杨干生入潮州，通总兵郝尚久。久乃成栋健将、郝永忠族侄。前因总兵车任重杀惠潮道李光垣、知府凌犀渠、海阳县桂岳等，横苛肆虐，百姓怨望，成栋侦知，密令尚久声言援漳，假道潮州，屯兵城南。时值元旦，尚久轻裘缓带，从者仅数人，入城拜贺。任重接见，尚久礼益恭，尊为前辈；并陈闽省求救之切，祈为策应，夫役已备，刻即起行。任重许之。尚久见任重不为备，辞出。嘱亲信于寓所之转湾抹角，虔礼款散其左右。藏甲兵于内，整部伍于营，约听炮响，立即抢门。任重果不疑，出城回拜，中计被擒。并其众，报成栋。栋会总督修养甲，题为潮州总兵。栋反，驰封尚久新泰伯，久迟疑观望。迨干生賫书至，尚久拒之。成功大怒，率众欲攻潮州。值施天福引土着黄海如来见，海说成功：『潮州有备，急则难取。不如旁掠诸邑，以缓其心；然后反击，一鼓可得』。功从之，分师旁掠。有海澄人陈斌（其掌有人之贰，人浑号为「大巴掌」。曾从永历于粤东。师败回海澄，与杨广不睦，广率众围之。斌负其三岁子于背，外掩以甲，腰插铁斧，手执大力，突出杀，至城门，门闭不得出。一手持斧砍门，一手执刀御众。众逼之，斌怒，刀起人伤，人无敢近，碎门逸去。其勇如此）率众来降，成功授斌为后劲镇，合击许龙。时张礼踞达濠、霞美二寨，粮甚足。杨广、朱尧、唐玉劝功舍龙击礼，愿为乡导。功于是撤师攻礼。礼闻大队至，弃二寨走青林，遣人乞降。功允之，授为援剿右镇。又令黄山为帅，督诸军从靖海破惠来县，以汪汇为知县、正兵镇卢爵守之。黄山复破黄山寨。成功回揭阳，会鸿逵。闻逵沈死张礼，心甚怜焉；以其无罪遭杀，载其妻子归安平府中，养之。
顺治七年庚寅（附称永历四年）正月，成功至潮阳，知县常望凤投降。令洪旭督征粮饷。和平寨不服征，遣右先锋镇杨才往攻。才破其寨，屠戮无遗。才不日亦暴病死，成功以林勇代领其众。陈斌引黄亮釆来降。
三月，以施郎为左先锋镇、弟显贵为右先锋镇、黄廷为援剿右镇、王秀奇戎旗镇、甘煇亲丁镇。
四月，成功复至揭阳，攻新埠寨。寨长乞输饷，许之。
五月，诏安九甲万礼从施郎招，领众数千来归（礼即张要，漳之平和小溪人。崇祯间乡绅肆虐，百姓苦之；众谋结同心，以万为姓，推要为首。时率众统踞二都，五月来降）。
六月，成功引舟师击苏利，风逆，反师围潮州。陈斌烧断广济桥，日夜攻击。尚久死守，乞救于漳镇王邦俊。俊亦奉恢复浦、诏檄，随统大队骑步至长桥，把守罗山岭。黄廷、洪政不战弃城遁。俊安民毕，侦知守盘陀贼众，据险扼守，不得进。邦俊以骑兵往来诱敌，令副将王之刚从盘龙小路度岭，又令游击张胜由杜浔而过云霄，合围攻击。宸枢分头迎战，至炮矢尽，全军皆没。邦俊复云、诏，进师黄冈。成功得报，不恨浦、诏之失，大伤宸枢之亡。知救援至，遂退潮阳。黄亮釆乘虚同陈拔五、李英等叛攻行营。甘煇迎击，斩釆父子与拔五等，方定。
八月，芝鹏至潮阳，说成功取厦门为家。成功曰：『彼船只倍多，部将老练。取之不得，反结为仇』。芝莞曰：『建国（即郑彩）远行，惟联在厦。迩来横征暴敛，民不聊生，取之正当其时』。施郎曰：『征之未见为是，当设计图之』。功曰：『试陈可图之计』。郎曰：『联乃酒色狂徒，无谋之辈。藩主可领四只巨舰，扬帆回师，寄泊鼓浪屿。彼见船少，必无猜疑。其余者陆续假为商船，或寄泊岛美、浯屿，或寄大担、白石头，或从鼓浪屿转入崎尾，或直入寄碇厦门港水仙宫前。藩主登岸拜谒，悉从谦恭，然后相机而动。此吕蒙赚荆州之计也』。功曰：『此计甚当！但吾欲善取之，庶免杀兄之名』（彩、联与成功通谱，故称兄）。芝莞曰：『不杀之，恐其部卒恋主；不如杀之为是。建成、元吉岂非亲兄弟乎』？成功点首。选健将五百，令甘煇、施郎、洪政、杜煇四将统之，配船四只，其余依计而行。成功于中秋夜舟到鼓浪屿，联方宴客于万石岩，作彻夜欢。次早，成功登岸拜谒，联尚宿酒未醒。迨起梳栉毕，出会。成功曰：『师屡败绩，赧颜相见。倘吾兄见怜，以一旅相助，得片土栖身，终不敢忘大德』。联曰：『吾弟何出此言？军旅相助，分所当然』。随留小酌，快谈雄剧，终日无倦。成功辞出，见联不为备，密令诸船陆续进港，与联舰比。且约部署，听炮为号，争先过船。成功设酒于虎坑岩还礼，联即赴席。是日投壶角胜，酣畅倍常，至戌刻，方掌灯回。途次半山塘，杜煇等伏起刺联，取其首级匿之，飞报成功。功于岩顶放炮，即勒兵入城。佯搥胸顿足曰：『谁杀吾兄？仇不共戴』！哭甚悲哀。令兵守联与彩宅门，云：『非吾令不许擅入』！出示晓谕，有人报说者，赏千金。并即安民，市井无惊。其诸将船业为施郎、洪政、甘煇等所困。知联死，陈俸、蓝衍、吴豪等咸归焉。继而彩将杨朝栋、王胜、杨权、蔡新等率全队舟师来降。功以栋为义武镇，胜为水师统总。旧将蓝登来见，授为援剿后镇。又遣洪政持书折矢出招郑彩。当彩欲行时，曾嘱联曰：『国姓航船来往，宜备之』！联曰：『少年乳臭，虚名而已，何足介意』？彩曰：『弟言谬矣，切不可以少年轻之！细观调兵，甚有经济』。联掀髯大噱曰：『吾兄行兵半世，何作此懦想？兵船粮饷，胜彼十倍，彼安敢正视』？彩曰：『「饥虎不可为邻」，吾提师远出，弟当留心防范，切不可以为戏』！迨至接联被杀之报，叹曰：『是吾之咎，托非人也』！迨洪政至，彩曰：『吾年老气衰，细观诸子弟，能继志者，大木耳（大木成功字）。吾愿全师解付』。令弟斌同政回厦复命。成功大悦，遣官往接。及相见，欢爱如初。言及联事，成功大恸。彩将兵船悉交成功。功见彩诚实，永无猜疑，待之甚厚。卒于厦门。
苏利侦知功航船回厦，率众攻破惠来。守将卢爵战死，知县汪汇不屈自刎。成功差洪政招闽安、铜山、南澳诸岛，咸听约束。功以辅明侯林察为左军、闽安侯周瑞为右军、定西侯张明振为前军′平彝侯周鹤芝为后军，自为中军元帅，用蔡福为内司中军镇。每军大小船一百号，凡有原镇各分隶之。泉州人冯澄世（字亨臣，隆武举人，有机略）、潘庚钟（字道宣，壬午举人，善谋策）、纪举国（壬午举人，同安人）、林俞卿（武举人，漳州人）、林奇昌（隆武举人）、蔡鸣雷（晋江人，庠生）、诸葛倬（字士年，隆武恩贡）、蒋德璟（荐授翰林待诏，迁光禄寺少卿）、薛联贵（字忠达，乙酉举人，广东潮州海阳县人，后投诚任江西粮道）、郑擎柱（丁卯举人，后投诚）、邓会（福州人，后投诚，授太原知府）等为参军。整备操演，以俟进取。忽黄文从广西间道賫永历诏至。因何腾蛟攻长沙，命马进忠由益阳出，为李赤心所杀。腾蛟不屈死。又南昌破，王得仁伏诛，金声桓赴水死。守赣将高进库为前导，直趋信丰。诸将劝李成栋且退师，栋不允。相持，会久雨，多叛去。栋愤甚，命酒，痛饮大醉。水涨甚，左右挽之上马。马失足，人马俱沈。三日水退，栋立泥中，始知其死。杜永和举全粤投诚，广西危迫，召成功舟师从虎门入，李定国督骑步兵由三水出合攻。成功谢恩毕，用原总兵黄斌卿将黄大振为援剿前镇，守海坛；拨水师阮引、何德、陆师蓝登等属芝鹏，镇守厦门；自率诸镇，配船百余号，南下勤王。
十一月，至潮阳。时施郎与陈斌不睦，功因未进师。有首黄海如通尚可喜，成功遣林习山袭杀之，宥其余党，分配各镇，一时乃安。
顺治八年辛卯（附称永历五年）正月，成功舟师回南澳。以萧拱宸为中冲镇，沈亲为护卫右镇。令洪政、施郎、陈埙、郑文星等回厦门。
二月，成功引舟师至白沙湖，遇暴风，收入盐州港。擢蔡进福为内司水师镇，施举为水师右镇。
