老三李元吉却不同了。他年幼受宠，乏真才实学，无领兵经验，曾在关键时刻丢了太原，气得父亲要劈了他。后跟着李世民参与洛阳围城，实际不起任何作用。如今虽说江山易主，他却自叹命运不济，上头竟有两个嫡亲哥哥压着，接任皇位比徒手上天还难。李元吉暗忖，自己既然做不了帝王，便须尽情享乐。本人既与大哥、二哥同父同母，就该过另一种帝王生活。
在争夺江山期间出力最少的李元吉，当察觉老二对老大很不服气时，便动开脑筋了：若能将老二除去，以老大之憨厚，没准自己能成为皇弟呢。李元吉便在两个兄长间挑拨离间，使之彼此猜疑。偶或主动向大哥靠拢，散布些老二如何不满的言论。有一回竟说得有鼻子有眼，硬称李世民已设下圈套，要将太子干掉。
李建成听了，吃惊不小。想自己一直待秦王不赖，秦王怎会这样算计自己？思来想去，乃决定来一个不入虎穴，焉得虎子。恰逢一日秦王提出，欲设宴款待家兄，以叙兄弟情谊，李建成便大着胆子来了。他先花钱买通秦王府内一个昆仑奴，通报秦王府内情。知秦王此举确是善意，旨在缓和兄弟间紧张关系。
李世民与兄长已多时不在一块儿喝酒，不知兄长近年留守长安后酒量大增。而他自己因为高兴，喝得太猛，因之先醉。
酒醉乱性。再喝下去，李世民便不能自持，酒水只一小半倒进嘴里，大半从嘴角流到宽大的胸襟上，嘴里同时溜出些不逊之词。意思是：你是太子，我啥都不是。如此等等。李世民最后突然站起，抱着那沉重的陶瓷酒瓮，“啪”地掼在地上。
李建成大为吃惊，联系李元吉此前所说，似乎一切得到证实。
也就在这时，李建成派人访得孙思邈五台山住地，即请老先生务必东宫一走。一是请他卜筮前程，二是想从孙思邈口中试探秦王行止。李建成知秦王与孙思邈关系非同一般，或许能打听些消息。
孙思邈对李建成之请无由拒绝，于是跟着入宫。
此前，孙思邈亦给太子并诸儿治过杂症，彼此相熟。在他看来，李建成沉稳自持，忠厚善良，只是军事方面逊于老二，故未能取得突出战功。然而在维持地方治安、巩固后方基地方面，仍有出色成绩。此项对夺取全国政权，关系无疑极大，因之还有人将他比作汉初萧何。
不幸的是，李世民功高盖主，对李建成威胁太大。
其时，李建成对二弟异常举动几无察觉，只是两眼向内。他之所想，一在如何协助父亲重建国家，为将来继位打下深厚基础；二亦有享乐之心，以为天下既定，不必再如战时那般过艰苦日子。故李建成稍有空闲，即与一班旧友频频相聚，吃喝玩乐兼议国事。拥聚在李建成周围的核心力量，为他亲自创建的“长林军”。
孙思邈一望李建成面容，但觉晦暗阴涩，疑似犯了凶煞，不由替他焦虑。此事却不可明言，只能以医治为譬。孙思邈避席顿首，恳切地道：“自古上医治病，主张‘安不忘危’。故太子殿下需见微知著、防范于未然才是。”
“那些我懂。曾闻先生有卜筮之功，可否领教？”李建成却道。
“禀太子殿下，任何隐疾皆显于面部，不用卜筮。”孙思邈故作不解其意。
李建成这才直言，欲知何时才能登基。
这让孙思邈吃惊不小。须知，太子盼望登基乃极大忌讳，一旦传出，可是杀头之罪。孙思邈知太子敢说这种话，乃是对自己极大信任。孙思邈不便面驳太子，乃委婉应道：“启禀太子殿下，老夫只管医疗，不懂卜筮之事。作为医者，老夫的追求是，不治已病治未病，知晓未病者为高人。”
临出门时，李建成一再向孙思邈打听李世民动静，让他更觉为难，亦更觉忧虑。他能说什么呢？何况确有一段时间未与李世民谋面。出得东宫，孙思邈惊恐地预感到，又一场皇室子弟间帝位争夺战迫在眉睫。他想到李世民势力之强，不由替李建成捏一把汗，同时想自己该如何应对，估计李世民不会忽略自己。
果然，孙思邈才入东宫，李世民即便侦知。原来李世民亦在父亲和兄长身边安了耳目，手段类似杨广。这些被收买的宫人，说来也没啥事，不过是向李世民通报皇上与太子行踪，或彼此间的简短谈话。李渊与李建成谈话时，有时对宫人不避忌讳，故他们能听得三言两语。这片言只语在宫人听来平淡无奇，李世民却看得很重，视作决策依据。
且说李世民酒醒之后，知孙思邈被太子载着去了东宫，顿时大怒，当即着人前往东宫，欲将孙思邈接来，给王妃长孙诊治。听说孙思邈已经离去，李世民即命人去住处将他载来。
孙思邈来到李世民府上时，秦王余怒未消。只见李世民立于中殿门首，板着面孔迎客。他与孙思邈才一照面，即质问为何要去东宫。孙思邈双腿跪地，礼貌地道：“启禀秦王，太子确有顽疾。”
“你说什么？太子顽疾？”李世民对这话忽来了兴趣，忙问究竟。
孙思邈知秦王之意，再次揖首：“医家本不该向他人透露患者病情，此为职业操守。然而秦王并非外人，对太子一贯关心。太子染疾这事……”孙思邈故作神秘，要求秦王摒除左右。
李世民兴趣愈浓，特将孙思邈引入书房。二人坐定后，李世民让人递上茶来，才听孙思邈如此这般，介绍李建成病情。
“可会危及生命？”李世民急切地问。
“千里之堤，溃于蚁穴。小恙若治愈不及，后果皆难预料。”孙思邈明知秦王心思，故意闪烁其词。
李世民挑不出孙思邈的碴儿，稍作沉思，于是吩咐：“本王不责难你了。你可继续去东宫诊治，只将一些情况及时告知。太子乃本王胞兄，我怎可不闻不问。但本王及长孙王妃这边，你须得使出全力，确保健康平安，否则决不饶恕。”
孙思邈磕头不止，庆幸一场风波巧妙化解。
孙思邈见秦王书屋壁上，有一幅秦始皇泰山封禅图，室内各种藏书自地面叠至天花板。他由此想到，秦王曾发起文学馆，意在结党组团，可见抱负之大。征得秦王允许，孙思邈看那书脊题目，涉及兵、略、文、史、医、农、道、释诸多方面。其中不少书籍尚未启封，说明秦王许多读书计划尚待实施。
孙思邈暗自哀叹，天既生李建成，何必再生李世民？或曰，天既将降大任于李世民，何必不让他赶在李建成之前出生？
孙思邈散布太子身患小恙，旨在让李世民宽心，不必对太子过分警觉。这善良老人只想在兄弟间起缓冲作用，可惜双方都不买账。
李建成这边，那日对孙思邈所言当时反感，过后却咀嚼出一些滋味，不由忐忑不安。那回兄弟聚会所留的阴影拂之不去，使得他如一头棕熊关进笼子里，焦虑地来回走动，手抓着什么就扔什么。他将秦王自洛阳大捷后种种言行逐一梳理，竟无一不是冲着太子之位而来。原来老二是在为他自己打江山，甚至不一定甘心老父久坐朝廷。
李建成百思不得其解，乃决定向父亲禀报。
勤政殿为新建宫殿，楠木廊柱，朱漆大门，金色拱顶拼成盘龙图案。室内置几张特大书案，每张书案都堆满各类奏折。李渊俯身靠近窗台的大书案前，正手持朱笔批阅奏章。李建成不及内史通报，便一头闯了进去，“扑通”跪下，伏地不起。父亲问他，也不说话，只是磕头。见问得急了，才道：“我请求父皇，废去‘太子’称号，做一普通平民。”
李渊一听，立刻将朱笔放下，眼睛瞪得老大：“谁让你说这等疯话？”
“启禀父皇陛下，儿臣实心实意。二弟功大，太子之位就让与他吧。”
于是李渊意识到兄弟俩之间有事了。他却绕开正题，只将李建成痛骂一顿，骂他整天不干正事。李建成跪地听着，脸上红一阵白一阵，背上渗出一层汗水。父皇所说，确是事实。他虽说每日照例上朝，脑子却从不认真想事。退朝之后，更只想如何轻松安闲打发时光。李建成除宠幸一堆年轻女人，最大嗜好便是打猎。他打猎倒不是非得领着一班人马，闹得惊天动地，而是邀上十几个人，轻装出门，于山野闲逛，在水边横卧，或带着帐篷与宠妾们在野地里嬉戏，至天黑方归。有时还身着便装，去曲江池畔的楼亭坐着听戏，至午夜才返。更有些时候，他携上三五个心腹侍从，潜入长安城里娼妓集中的街巷，与那全城顶级舞女共度良宵，如醉如痴。
李建成挨过父皇一顿狠批后，心里倒是踏实了许多。因看出父皇只是训他，并无废太子之意。李建成退出之后，高兴得往肚里直灌黄酒。
李渊其时确实维护太子，毫无废立之意。故当山东刘黑闼二次兴兵作乱时，李渊未再给李世民立功机会。李建成则采纳太子洗马魏征之言，主动请缨，以求战功。父子俩一明一暗，配合可谓默契。李渊哀叹，若窦氏在世，兄弟间断不会闹得这样。
李建成出征时，曾有让孙思邈随军之意。孙思邈顾虑秦王情绪，乃以年高体衰为由予以婉拒。且再次提醒太子，务必牢记“防重于治”的道理。
李建成出征顺利，终将刘黑闼平定。班师回朝时，李建成又是好一阵欢喜，以为从此平安无事，承继大统有如探囊取物。
李建成却忽视了老二的势力。当李世民知父亲对太子并无恶感时，即发动各方人等游说皇上左右，尤其各位贵妃娘娘。系列动作不可告人，长孙王妃亦参与其中。
那日孙思邈正在长安东市寓所写作，却听得响起一阵急促的敲门声。孙思邈放下笔，赶紧开门，抬头一看，不禁呆了。出现在面前的，竟然又是太子李建成。他穿一件赭红长衫，戴一顶褐色席帽，显得倒也随意。待入院门，李建成将侍从们阻住，把小院门关上，大步走向里屋，同时摆手让孙思邈切莫高声，也不必躬行大礼。
“免了免了。”李建成气吁吁地道，“在先生面前也不避讳，只千万请先生替我卜筮，近日吉凶何如？”
孙思邈闻言，颇为吃惊，赶忙跪道：“启禀太子殿下，这个老朽确实不懂。”
“你当然懂的，怎能不懂？本殿下可是诚心诚意。”太子固执地道。
“启禀殿下，老朽的确不谙此道。”孙思邈态度坚决，只是摆手。
李建成急了，乃欲弯腰鞠躬。孙思邈忙上前制止，同时提议：“殿下若确有诚意，容老朽替殿下去楼观台求签，或许能得真谛。”李建成却相信坊间所传，孙思邈大德之人，修炼完臻，必有预测之功，只不愿直言罢了。
孙思邈见推却不能，便字斟句酌地道：“太子目前尚无大碍，只诸事留些心眼，既不可强进为退，亦不可强退为进。”
孙思邈对卜筮、推演之术，其实略通。这学问不仅在当时颇为时髦，于道教信徒中普遍流行，且至今仍有市场。《旧唐书·孙思邈传》中，有一段文字，专谈孙思邈预测之功。书云：“东台侍郎孙处约将其五子侹、儆、俊、佑、佺以谒思邈。思邈曰：‘俊当先贵，佑当晚达，佺最名重，祸在执兵。’后皆如其言。太子詹事卢齐卿童幼时，请问人伦之事。思邈曰：‘汝后五十年位登方伯，吾孙当为属吏，可自保也。’后齐卿为徐州刺史，思邈孙溥果为徐州萧县丞。思邈初谓齐卿之时，溥犹未生，而预知其事。凡诸异迹，多此类也。”
史传，孙处约曾官至宰相，公元六六四年出任东台侍郎时，孙思邈一百二十三岁，两人确有交往。不过卢齐卿在史书中有太子詹事之职，却无徐州刺史一说。其孙孙溥任县丞事，则不见诸他书。此事究竟如何，难作定论。
过不多时，齐王李元吉也来找孙思邈，要求看病。孙思邈亦不敢推却，只能拱手请进。果然，李元吉所关心者，亦是未来前程。这让孙思邈如何言语？孙思邈乃说些模棱两可之语，嘱他好自为之，同时一再劝善，讲那“仁者寿”的道理。最后以齐王房事过度、而致五劳七伤为由，给开处“人参汤”数剂，嘱其好生服食。
送走李元吉后，孙思邈更觉不安，秦王没准也会来找，求他卜筮。孙思邈知自己能力有限，无法影响局面，乃决定寻机远避，哪怕李世民怪罪也罢。
此事发生在“玄武门之变”之前。
正当孙思邈犹豫之际，却有长安一尼姑庵住持派人前来，请孙思邈出诊。孙思邈窃喜，正好借机离开是非之地。他乃将寓所大门锁了，立即上路。
三 食治为先 医霍乱谈病从口入
孙思邈在李渊主政的“武德”年间，有多处行医记载，皆为自述，表明他在巧妙脱离李氏兄弟纠缠后，始终坚守在医疗一线。除前面提到制作“玉壶丸”不成外，还有几件：
例一，亲验朴硝煎方。孙思邈自云：“武德中，有贵高人师，市奴谓之金石凌，非也。此方直用二硝、寒水石、石膏可也，即不劳金。有金者，贵高人所加也。”此处所言药方，名为朴硝煎方，主大热。“有人苦热不已，皆由服石所致，种种服饵不能制止，惟朴硝煎可以定之。”
贵高人之朴硝方构成为：朴硝一斤 芒硝八两 寒水石四两 石膏二两 金二两
孙思邈运用该方时，去金，以四味入药。其法云：
上五味，先纳二硝于八升汤中，搅之令消，以纸密封一宿，澄取清，纳铜器中。别捣寒水石、石膏，碎如豆粒，以绢袋盛之，纳汁中，以微火煎之。候其上有沫起，以箸投中，箸箸如凌雪凝白，急下泻著盆中，待凝取出，烈日曝干。积热困闷不已者，以方寸匕蜜一合，和冷水五合，搅和令消，顿服之，日三。热定即止。
此方由孙思邈亲验，确认无须以金入药。金为贵高人另加。[84]
其时，服食石药者多为富庶且有身份人士，困厄平民不在此列。故孙思邈治疗因服石药引发的疾病患者，或是达官，或是士人，甚至皇亲国戚；其活动范围，包括达官士人集中的京师地区。由此再得证实，孙思邈行医京城，非自李世民登基日始。
