十年夏，牵由台入浙，忠毅击之于青龙港。阮元奏浙江提督孙廷璧不谙水师，奉旨复调忠毅为浙江提督。九月，被风于尽山，所部船多损。冬，牵聚船百余复扰台湾，结陆路无赖万余人屯洲仔尾，沈舟塞鹿耳门阻官兵。十二月，忠毅至台，不得入；然分力回拒忠毅，以故台湾府城得不破。时南北汕、安平、大港门三处尚通小船，忠毅扼之；别以小澎船五十，令金门总兵许松年、澎湖副将王得禄进攻之，焚获三十余船、盗千余人。十一年正月，忠毅令许松年进柴头港，自领兵截港外；松年、得禄水陆夹击之，焚获甚伙。二月朔，令松年夜入洲仔尾，登山焚其寮；大船盗至鹿耳门者掩至，忠毅别遣将以火攻船，从南汕出其后烧之。松年进〈戚〉之，焚斩无算。二日，复登岸击陆贼，以火焚其小船，尸横七、八里；贼大败，弃洲仔尾，困守北汕内，仅余五、六十船。七日，东风，大潮骤涨，鹿耳门所沈舟漂去，贼夺门出；忠毅追击之，夺其船十余，而牵竟遁去。诏夺公翎顶，立功自赎。四月，牵、濆在福宁，追击之；牵入浙，又击之于台州。八月，击之于定海渔山；忠毅专击牵舟，牵瓦石、火器雨下，公额身皆受伤，牵复遁去。诏赐还顶戴，果擒渠，许锡世职。九月，击牵于闽之竿塘，获牵侄蔡添来。十二月，击牵于温之三盘，多所斩获。
初，忠毅与阮元同志气；十年，元欲造更大于霆船之大船，寓书忠毅。旋以父丧去官，忠毅言于总督，请造之；总督阻之。牵自鹿耳门遁入内海，甚狼狈，篷柁皆毁；四月，至福宁，得岸奸接济，易新篷，势复张。忠毅皆列状奏闻，上切责闽文武官；逮总督，以阿林保为总督。阿林保初至闽，闽官交谮公，阿林保密劾公「因循逗遛，捏报斩获」；奏五上，上以问浙江巡抚清安泰，清安泰辨之。九月，奉上谕云：『本日清安泰奏到「查明李长庚在洋捕盗并无因循懈玩」一摺，所奏甚属公正。阿林保前此密参李长庚因循怠玩种种贻误，请将伊革职治罪；朕览该督所奏，即觉不惬。阿林保身任总督，原不能无参劾之举；但伊到任不过旬月，地方公事一切未办，海洋情形素未熟悉，而于李长庚更从未谋面；辄行连次参奏，专以去李长庚为事，殊属冒昧！是以降旨令清安泰秉公详查，俟奏到时再行核办。而本日据清安泰覆奏，则称李长庚带领兵船经过海口，并未回署。清安泰曾于致阿林保信中，将其两年在外公尔忘私之处叙及，特阿林保尚未接到耳。又据称海船若不勤加燂洗，则船底苔草、〈族上虫下〉虫粘结，辄驾驶不灵；故隔越两、三旬，即须旁岸燂洗。李长庚收船进港，委非无故逗遛。而李长庚所获李按，实系蔡牵伙党，俱经审明确凿，并无捏报斩获情弊。并据另片奏称：八月十六日，李长庚带兵围攻蔡逆坐船一事，将盗船烧沈二只，毙贼无算，生擒七名；不但李长庚身受多伤，即黄飞鹏亦被炮弹掷伤腰腿，又官兵受伤者一百四十余人。清安泰又转询黄飞鹏、何定江二人，亦均称李长庚实在奋勇，并无怠玩等语。是阿林保前此参奏李长庚之处，均系捕风捉影，全属子虚；设朕误信其言，不加详察，即照阿林保所奏办理，则李长庚正当奋不顾身、为国殄贼之际，忽将伊革职拏问，成何事体！岂不令水师将弁寒心？试问水师中有过于李长庚者乎？阿林保未见确实，任意纠弹，殊属冒昧！朕又不昏愦糊涂，岂受汝蛊惑，自失良将耶？李长庚平日既无逗遛恇怯情事，此次在长途洋面痛剿蔡逆，身先士卒，躬受多伤，实为认真出力。朕已特降恩旨，先行赏还顶戴，以示奖励；并将剿办蔡逆一事，责成该提督，勉以成功。李长庚感激朕恩，既知责无旁贷，自必倍加奋勉。兵船在洋捕盗，全在地方官协力帮助；文武和衷，方克有济。从前玉德在闽浙总督任多年，于李长庚兵船剿贼之时，事事掣肘。如所需火药、炮位、船只、兵米等事不能应手，而于盗船接济之路又不为之严行杜绝，以致兵船日形匮乏，盗船驶窜自如，追捕不能得力。此等实在情形，朕皆洞悉；是以将玉德革职逮问。今兵船正当剿捕吃紧之际，若阿林保尚不知以公事为重，屏除私见，犹复轻听人言、罔恤公论，甚至因此次参奏李长庚不能遂意，因而挟私逞忿、心存嫉忌，遇事掣肘，使其不能成功，以致蔡逆捕诛、海疆贻误，则阿林保之罪甚大！玉德即伊前车之监；朕惟执法惩办。是此时李长庚不至革职治罪，而阿林保不知改悔，转恐不免矣。阿林保，着传旨严行申饬；并谕温承惠、清安泰知之』。
十二年春，忠毅追牵入粤，掣之于大星屿。四月，击粤盗郑一于佛堂洋，获其二艇。七月，请回宁波办军政，诏饬之。八月，即出海；十一月，击牵于闽之浮鹰。十二月，率福建水师提督张见升等追牵入粤海。二十五日质明，至黑水外洋，牵仅存三舟；忠毅以浙江亲军专击牵一舟，毙贼甚伙。又自以火攻船挂牵船，将成擒；忽贼发一小炮，适中忠毅喉，忠毅遽殒。闽帅张见升本庸懦，又窥总督意，颇不受提挈；及是，远见总帅船乱，遽率舟师退，牵乃遁入安南夷海中。阿林保以其事闻，上震悼哭之，廷臣亦哭。诏曰：『浙江提督李长庚宣力海洋，忠勤勇干，不辞劳悴，懋着威声。数年以来，因闽、浙一带洋盗滋事，经朕特命为总统大员，督率各镇舟师在洋剿捕。李长庚身先士卒，锐意擒渠，统兵在闽、浙、台湾及粤省洋面往来跟剿，艰苦备尝；破浪冲风，实已数历寒暑。每次赶上贼船，无不痛加剿杀；前后歼毙无数，擒获盗船多只。蔡牵亡魂丧胆，畏惧已极；闻李长庚兵船所至，四处奔逃。正在盼望大捷之际，乃昨据阿林保等奏到：李长庚于上年十二月二十四日由南澳洋面驶入粤洋追捕蔡牵，望见贼船祗剩三只，穷蹙已甚；官兵专注蔡逆，穷其所向，追至黑水洋面，已将蔡逆本船击坏。李长庚又用火攻船一只，乘风驶近，维往贼船后艄，正可上前擒获；忽暴风陡作，兵船上下颠播，李长庚奋勇攻捕，被贼船炮子中伤咽喉额角，竟于二十五日未时身故。览奏，为之心摇手战，震悼之至。朕于李长庚素未识面，因其在洋出力，叠经降旨褒嘉；并许以奏报擒获巨魁之时，优予世职。李长庚感激朕恩，倍矢忠荩。不意其功届垂成之际，临阵捐躯！朕披阅奏章，不禁为之堕泪。李长庚办贼有年，所向克捷，必能擒获巨憝；朕原欲俟捷音奏到时，将伊封授伯爵。此时李长庚虽已身故，而贼匪经伊连年痛剿之后，残败已极，势不能再延残喘；指日舟师紧捕，自当缚致巨魁。况李长庚以提督大员总统各路舟师，今没于王事，必当优加懋赏，用示酬庸。李长庚，着加恩追封伯爵，赏银一千两经理丧事；并着于伊原籍同安县地方，官为建立祠宇，春秋祭祀。其灵柩护送到日，着派巡抚张师诚亲往同安代朕赐奠；并查明伊子现有几人？其应袭封爵，候伊子服阕之日，交该督、抚照例送部引见承袭。其李长庚任内各处分，着悉予开复；所有应得恤典，仍着该部察例具奏，以示朕笃念劳臣、恩施无已至意』。部臣以伯爵请，得旨：『李长庚着封三等壮烈伯，承袭十六次。袭次完时，给予恩骑尉罔替。其恤赏银，着再给四百两；全祭葬，赐谥「忠毅」』。忠毅无子，以族子廷钰为后，袭爵。
忠毅治兵有纪律，恩威兼施；诸盗皆畏之，为之语曰：『不怕千万兵，但怕李长庚』！海盗沈振元自言：为盗时泊浙海，夜梦公至，一夜数惊；遂革心，投诚为水师健弁。公家故丰，悉毁于兵事。好读书，究弢略，为诗、古文。修宁波学宫，置义塚，为粥食饿民；士民皆感之，忠毅举武科会试，即航海入天津，识海中形势。及在水师，识风云、沙线；自持柁，老于操舟者不及之。在兵船，缄所落齿寄其妻吴；盖以身许国，虑无归榇也。闽健将许松年、王得禄等，皆公所荐拔者。朱濆后为许松年炮所毙，其弟渥率众降于闽。十四年，阮元复任浙抚；八月十八日，福建提督王得禄、浙江提督邱良功始共歼蔡牵于温州黑水洋。
