按先生有园居三篇云：『郊居近十年，未尝一出户，庆吊都不行，宁免人憎妒，憎妒可奈何，聊得守恬素，种竹匆成林，夹径罗芳树，春至听黄鹂，秋来惊白露，时时酿斗酒，鸡忝款亲故，以兹久逍遥，浮名奚足数』。其三云：『早岁误谈兵，偶为谭（原注讳纶）俞识，祇役在蓟门，十载弃厥职，刀剑换犊牛，灌园蔬可食，亲朋时往来，浊酒话耕植，……行年五十余，知非愧不德』。
「壬辰中秋雨，同陈于虞、吴衡甫饮」有句云：『竹径芳篱窄复回，幽栖犹喜隔尘埃，开樽更秉连霄烛，玩月翻成听雨台，地静声闻秋叶落，桥危潮涌雪山来，明年莫问游何处，且对知音醉一杯』。万历二十一年癸巳（一五九三），先生五十三岁。
春初，海上紧张，倭有复来之势。先生应乡父老之请，作防海事宜，欲上之有司；已而倭向辽左，乃不之上。
与邓道鸣书有云：『弟比年杜门，仕进念绝，前以南北多故，监司郡县误加物色，一以病谢，自知疏佣不堪用耳，登坛封拜，敬属之兄丈，弟梦思弗及矣。春初，海报孔棘，乡之父老强使之者，不得已为着私议臆说，已而倭向辽左，乃存之箧中以饲蠹鱼』。按防海事宜未收入「一斋集」中。
冬初，邓种（道鸣）以所著「筹海图编」示先生；先生复书，并以所著「防海事宜」示之。
拙稿奉览，徒以与「筹海图编」有一二语符合耳，实不欲求知当道。第五十余龄，发种种白矣，薄田力作，颇供朝夕，读书讽咏，聊足适趣，安能束带折腰，向当世贵人彻其喜而畏其怒者乎（见「书札偶存」）。万历二十二年甲午（一五九四），先生五十四岁。
春，诏屡下召吴尚书起为南京工部，吴公力辞不赴，先生作春日劝驾大司马诗：征书几度下江城，高卧东山出不轻，帝为苍生思柱石，诏从青琐动干旌，九霄事业三朝重，五岭烽烟一剑清，客拟骊歌俱献赋，最宜箫鼓带莺声。
按「明史」吴文华传虽作诏下于二十一年，但吴公力辞不赴，虚位待之者三年，则此处先生之劝驾，当系之本年更为合理也。盖诗中有「征书几度下江城」句，则非二十一年春之初召也明矣。
夏，吴尚书赠所书诗扇，先生以诗谢之。
「容所翁惠诗扇二握，赋谢」：『尚书词赋早登坛，洒翰银钩在笔端，不用颠狂当日醉（原注：黄山谷云「颠长史狂僧皆倚酒而通神入妙」，容所公素不好酒），顿还义献旧时观；光浮北斗星辰动，鬼哭平林夜雨寒，江上细看双彩扇，直愁神物起风湍。
按吴司马善书，故先生「答林日正」有云：『大司马知丈旧矣，故大字乐于执笔，今奉册叶四，其二乃近日答弟者，有羲之之骨，怀素之态，山中可玩可临』。
秋，吴容翁（按即吴文华）邀东亭看菊，诗云：
靖节当年菊满篱，何如此日品多奇，即看五采纷相映，试门诸君却未知，疏影
月斜偏照水，晚番风引尽浮卮，尘俗不到东山地，清赏高歌醉莫疑。
按是事「旧谱」系于万历十六年四十八岁之下，有误。因是年冬，吴尚书尚在南京任未归田也。今姑系于此，因原书三诗相连也（「五岳游草」卷五）。
是年冬十二月十五日，闽抚许孚远初次致书，欲聘先生幕府；以病辞，不就。
「答许抚台」：『第学稼学圃十余年矣，意不知理道为何物；腊月望日，周生来召，并赐文集，第不自意垂暮之年，获闻此至论也。……不幸犬马之病，尚尔牵缠，未能伏谒，敬遣豚儿祖念，代为叩谢』。万历二十三年乙未（一五九五），先生五十五岁。
春，许孚远抚台又欲疏荐先生于朝，约于延、建之间以山人礼相见，先生不之赴，并作诗见志。
「再答许抚台」：『第自束发，先生木山公教之律身大义，易箦之辰，又丁宁戒之曰：「独行不愧影，独寝不愧衾，昼卜诸妻子，夜卜诸梦寐。此古人实学也，小子勉之，吾不恨矣」，嗟夫嗟夫！迄今一十七年，而卒茫然未有得也，风兴夜寐，实忝所生；俯仰天人，祇增愧悔！以故杜门却扫，绝世纷求，以洗涤心原，自完性命，庶几见先人于地下，或可少逭罪责耳！故功名一念，久不介之于怀。兹味教示，似以其才力可策，欲纳之仕进之途，此非鄙所敢闻也。若然则延建之见，在老先生为休休好士，在第亦近于汲汲干进矣。行山人之礼以希终南之捷，托问学之名以冀爵禄之实，义所不敢出也』。
「辞许抚台聘命」诗：『卜筑避人喧，入林久灭迹，幕府采虚声，干旄偶相索、尺素已力辞，重来意转迫，亲知胥劝勉，寸衷谁复白，不见蓟门时，旦夕修矛戟，掫捍在边陲，当路反乖逆，所以挂冠来，陶情寄蔽泽，运斤固无能，何从得郢质』。
按许孚远字孟中，号敬庵，德清人，嘉靖四十一年进士，出知建昌府，暇辄集诸生讲阳明之学，万历二十年擢石佥都御史，巡抚福建，倭陷朝鲜，议封贡，孚远请敕谕日本，擒斩平秀吉，不从。福州饥民掠官府，孚远擒倡首，乱者稍定。御史甘士价等劾孚远宜斥，帝不问。又募民垦海擅地八万三千有奇，筑城建营舍聚兵以守。因请推行于南日、澎湖诸岛，皆报可。居三年入为南京大理卿，寻乞休，卒谥恭简（参「明史」卷二八三，又「明儒学」卷四十一）。
不久，许抚台转南京，先生题许抚台「甘棠别咏」卷送之（诗见「五岳游草」卷五）
二月朔日，刻「谬言」成，是书盖家居时训子之言，亦先生伦理读书之思想也。八篇者，论学、论圣、论经、论性、论政、诗文、诸子，论兵也。
「谬言小序」：『余悦年抱病郊居，应接殊寡，独见祖念日夕侍，每有疑问，辄以意剖之，祖念素无记性，未几辄忘矣。潜图所以备遗忘、资观省也。乃时以片纸书所论说，投之箧中，历二年余，得二百一十余条，又以意分为八篇，书帙以告。余曰：儿用是安为乎囗对曰：备遗资省尔。然得意者词多支，得词者意反失，乃稍为删润还之。且戒之曰：能言不能行，余所羞也。儿徒口耳吾言，不能体诸躬行，余所恶也。试藏箧中为儿异日左券，不然吾将毁之覆瓿矣。己而家兄览之，谓余曰：祖念用心良是，吾与尔少时，先人训戒不为不备，然今半记半不记，思之未尝不泪下也。祖念得此可终身佩矣，且弟言吾不能定其是非，弟可囗之，以请正四方君子，恶用深藏为。于是，祖念问名于余，余曰谬言也。恶足名，无已，名之为谬言，因纪所志兄弟父子交修之意。时万历乙未，月朔日。陈第识』。
书刻成，适张崇仁比部（刑部）寄书来；乃答之，并以新刻「谬言」奉览请正。
「答崇仁比部书」云：『姑苏别来，忽逾一纪』（按先生在苏州与张崇仁游系万历十一年辞官归里时事，至此适十二年，故云）。又云：『弟自归田，杜门屏迹，啜粥茹蔬，油然适也。偶为老丈（谓崇仁）推毂，监司郡县谬加物色，苦以废痼辞之矣。去年许抚台礼邀相见，亦以病谢，今春又约于延建之门以山人礼见，亦不之赴也。……车驾两过省下，不图一晤，如梦思何！读所惠书，几于汨下，生平论交，如老丈者可易得哉。兹有「谬言」一册奉览，所欲请正半在于是』。
秋，次子祖发殇；先生作悼亡诗三篇，并序云：『祖发，余次子也；颇有童乌之敏，十八而殇，悲夫』（按次子生于万历六年，至此年适十八岁。旧谱排之次年，有误；今改系于此年之下）。
「悼亡子祖发三篇」：『天道不可测，之子乃云殇，神驹蹶初服，桂树凋秋霜，月月忽流迈，测怆兹内伤，安能忘情虑，临风以徜徉』。『愁人怯秋色，西风蟋蟀寒，霏霏黄叶堕，触此长恨端，有作满箧笥，不忍复披看，如何东门吴，欻忽能自宽』。『山川结重阴，风雨成秋霖，夜长不能寐，垂涕沾衣裳，寂寥孤雁唳，萧索寒虫吟，类有蒙庄子，庶以开余心』。
访旧友于福州，作三山感旧诗；有句云：『嗟予远行役，归来十二春，殷勤觅夙好，踪迹何沈沦，如兰精舍地，夜雨滋荆榛，人生顾如此，感叹徒酸辛』。
冬十二月，配林儒人卒；先生于除夕有悼亡诗云：
去年当此夕，高烛照深杯，今夕复何夕，凄凄郁不开，漏声随泪尽，春色带愁回，击缶怜庄子，悲心强自裁。万历二十四年丙申（一五九六），先生五十六岁。
春初，董崇相（应举）过访先生于连江，相见大悦，遂成莫逆。
「答林怀琼大尹书」：『岁在丙申，董崇相过访山房，一见莫逆，问所知交，辄称引雅谊』（书札）。
按先生「与林日正书」有云：『近有闽县春元董见龙（当是崇相原名）者，博学能文，深于理道，大非尘埃中人，春初枉顾，遂为知己，数数相遇，皆朝谈至夕，夜谈彻晓，殊慰孤寂，如兰精舍后、未有也』。
按「崇相集」应举「祭陈一斋文」叙其与先生之交云：『虽口不相下，直如金火相克相成。兄尝谓我遍交宇宙无两；一斋，我亦自信平生无尔笃友』。可见其相知之深。
又应举「答苏云浦书」亦云：「弟平生有笃友二，一是陈季立，一是潜父』（即云浦）。
改葬父木山公、母杨儒人及妻林儒人于荻芦峡。
「答林日正」：『弟不恋温麻（连江）久矣，迩者买山治坟，凿为三坎，二以移葬先父母，一以葬吾亡妻。豚儿请更益一坎为吾寿藏，弟笑日：「四海吾乡，五岳吾土，随地可死，随地可埋，儿能定吾死所乎」』。
夏，寄福清林日正书，寄所刻「谬言」，并录「意言」就正；并奉吴尚书所书册叶四相赠，盖为日正所函索者也（「答林日正书」）。
六月二十夜，郊居与客坐谈，有虎逐犬薄坐隅。先生起而叱之，虎惊走，触廊石尽倾；作「叱虎行」，并序云：『万历丙申，虎祸大炽，频入城邑，贼害人畜，民甚苦之，无如之何。余郊居，六月二十夜有犬几为所噬，起而叱之，得免，因有此作』。
夜深与客坐前楹，虎有逐犬声轰轰，去我不及三尺许，虎其猛列犬悲鸣，我起一叱虎且惊，走触回廊石尽倾，犬既得全客亦喜，把烛命作叱虎行；吁嗟乎，仓卒虎威犹可叱，不似虚政滥从横。
秋十月，应举奉母柩葬于连江，先生为之襄理一切。
按「崇相集」「先慈马太孺人墓志」云：『万历丙申十月念一日，不肖孤应举、应赞奉母马太孺人葬于连江之安庆里，安定山新兆』。又按应举「祭陈一斋文」有云：『忆昔丙申之岁，葬我先慈，非兄将不能襄事』。万历二十五年丁酉（一五九七），先生五十七岁。
是年春正月，风雨连旬，杜门拥几，增订「意言」成。三月望日，序而刻之——盖是书为先生读书之杂感录也。
时董应举内召诠曹，先生助其北上。
按应举「祭陈一斋文」有云：『丁酉之役，抱病自废，非兄将不能北首，其后鼓壮吾气，勤攻吾病，玉我非一，载之肺肠』云（「崇相集」「祭文」）。
是年夏初，决意出游。盖先生自归田后，每思远游，今始遂愿。
「答林日正书」：『迩者友人邓道鸣寄书云：室人仙逝，是天绝其内顾忧而促其远游也。弟窃有取于其言矣……远游之期，决在春末夏初，自此遂遍九州岛，不止游其八巳也，后之立传者将谓入山采药，不知所终矣』。又云：『宇宙之内莫如游乐……，今静而思动，居而思行，亦势所必至，况家事已付之豚子，年来又失其伉俪，内顾之念不关，逍遥之趣转笃，故能游也。九州岛至广，山水多奇，古今灵异之迹，往往而在，足迹所到，纪载随之，岂惟酬四方之志，未必非不朽之资，故欲游也』。
暮春，游漳州。冬归，乃寓福州，借芝山僧房翻阅藏经。时巡抚金学曾耳先生名，欲聘之，问倭事战守之策；辞不就。
「入粤记」：『万历丁酉冬，余自清漳归三山，借芝山僧房翻阅藏经』（「粤草」）。「辞金抚台聘命」：『翻经寓禅林，落花白画静，忽有中坚来，口称抚台聘，卒道无所逃，遂以荷衣进，长揖筹边堂，战守频相讯，自言山林久，况有犬马病，时事百不知，何以答明命。逡巡复出门，移居变名始，我本慕孙登，优悠长啸咏，自处腹背毛，那与六翮竞』（「寄心集」卷二）。
冬，东莞（广东）林培之以御史言事，谪闽为盐运知事，欲晤先生，乃得施良庵之介，遂论交焉，与游华林西禅诸寺。
「入粤记」：『时东莞林培之，以御史言事，谪闽运幕，欲晤予而恐其凿坯也，约施艮庵先访，已而培之入门，即日请为方外交，公无避我，坐谈久之，相得甚欢。艮庵者漳之先达，余所严事，曾宦粤中，与林有世雅，嗣是三五日必一来，来必久坐，或谈佛经，或评将传，至论山水五岳，游志津津合也。时约同游华林西禅诸寺，徜徉竟日』。
按「明史」卷二三四「马经纶传附林培（即培之）传」载：『东莞林培（字定宇）由乡举为新化知县，县僻陋，广置社学教之，民有死于盗者，不得，祷于神，随蝴蝶所至，获盗，时惊为神。征授南京御史，疏论时政不当，帝怒，谪福建盐运知事，告归卒』。
冬，与林培之同访沈士宏将军于镇东。
按「明史」卷二七。载：『有容字士宏，宣城人，幼走马击剑好兵略，举万历七年武乡试，授昌平千总，调蓟东路辖南兵。万历十二年秋，朵颜犯刘家口，有容以二十九骑击退之，由是知名，寻从宋应昌援朝鲜，乞归』。时日本封事坏，倭有进犯势，福建巡抚金学曾起有容，使守浯屿、铜山一带，先生在蓟门时，因与有旧，故访之。按有容曾序「蓟门兵事」云：『季立先生在蓟，余甚习其行事』云云，可知其与先生相交之深。万历二十六年戊戌（一五九八），先生五十八岁。
春二月，至海坛访沈士宏将军；示以所著「蓟门塞曲」，将军录存之（见「合刻塞曲粤草」序）。乃同泛海，观石碑洋。
