淨覺法師異論起於今對彼十科略亦大義十初出本文分二初出經文二出祖文。
初出經文者三千是不思議妙境金錍云指的妙境出自法華山家學者無不知由法華開顯故也理固然矣仍須精究只緣法華開顯二乘作佛十界互具是故三千之法一念頓圓法華獨妙也如荊谿云二乘得記一代教門彰灼唯此請搜撿大藏方驗有所歸此義淨覺得之雜編云大師依妙經十如是文并大經大論立三世間總而言之名三千世間金錍乃云雖則通依一切大部指的妙境出自法華應知法華已前諸大乘經雖說諸法實相且非彰灼談此妙境以未開顯聲聞緣覺及偏菩薩九界十如具佛界十如故(文)或破淨覺不合以開權議三千所出以經中十如是顯實故今謂不然妙境出法華乃金錍所判繼自釋云由前四時兼但對帶故推功法華豈非功由開顯無兼帶耶由十如是一經三周開權顯實正體若非開權顯實豈能互具互融乎或破淨覺貶於昔圓不彰灼談妙今謂不然昔圓互融且是通說不開顯二乘故釋籤(十十三)云又復方等般若中圓何曾不明二乘作佛何時不明用毒為藥但不顯露對二乘說則名為秘(文)即此義也問三千妙境出法華昔圓有否答既稱圓人即了三千心具色具一即一切諸經皆有但未開顯部存偏小偏不能圓約教雖妙約部則麤故云今經迹門與諸經有同有異也問三千妙境出法華十如為文出耶為義出耶若云義出昔經亦有何獨法華若云文出經中且無三千之文答舊云文出過當說義矣如金錍云十如心十界十界必身土但義之必然何甞有文若十乘三世間則未必十如也今取草庵云但義之存焉耳在昔群典雖甞義之而說之不審義之不詳華嚴之心造十界大論之三種世間法華之旨豈缺乎哉故以文會而成顯之也而三種世間心造十界未足以顯十如也但言十如則十法界三世間無不該之也故云十如必十界十界必身土也出通局篇曉前開顯之說則義出不言可知矣。
二出祖文者祖師三大部唯於止觀正修結示三千之名妙玄文句並未涉言英法師問三千妙境出自法華妙玄文句釋經不說莫有隱經之過否今依四明荊谿則約教釋經略明千法明觀立行廣說三千名目雖然義理齊等故四明云然復應知今明千法即是三千以約三種釋世間故故千法三千但廣略爾又如別行玄記之文故知大部三千有無不出廣略之義又荊谿云此但正報不語三千名目雖然理必齊等因必具果正必有依(文出妙樂四卷)此玅樂之文豈非名雖廣略義理不二耶然所以名廣略者正由玄句約教釋經止觀明觀立行故也輔行云故至止觀正明觀法並以三千而為指南問玅玄心法妙釋遊心法界明百界千法三種世間釋籤解云釋遊心等即百界千法三千世間假實國土千法皆三故有三千(二三十)豈非妙玄已明三千何言略耶答別行玄文亦爾故四明云今明千法即是三千固是三千文義已備所以荊溪四明以三千釋之但非正明觀法不結三千之名從略且是千法故玄文三妙後料揀亦只問一念心云何含受百界千法也。