尽管金融体制改革初见成效，顺利完成了第一项基本任务，建立了独立于财政的金融体系，但作为市场微观主体的金融机构在当时仍然面临一系列问题，以银行业为例，主要表现在：1.不良贷款过高。如2003年底，四大国有商业银行的不良贷款率达20.4％，股份制商业银行平均不良贷款率为7.7％，城市商业银行为15.0％。2.资本金不足。如2003年底，中国工商银行的资本充足率为5.52％，而中国农业银行的资本充足率估计仅为4％。3.经营效率低下。中国银行业的成本／收入比率远远高于国际平均水平，员工和分支机构的创利能力差。4.风险审核系统和风险管理系统技术落后。中国风险管理监管力度及技术相对落后，制约了银行开拓高回报的业务渠道。5.信息科技落后。
主要表现在数据处理中心互不兼容，不同银行间不能有效处理及共享信息资源。
面对加入wro后外资金融机构竞争的威胁，为了建立更完善的中国金融体系，建立有效的金融市场微观主体并与经济体制改革中的宏观层次相配合，我国开始对金融机构进行企业化改造，力图使之成为真正的市场主体。由此，金融体制改革进入了第二阶段。
第二阶段金融体制改革从2003年开始，进入金融结构市场化取向的企业化改造，目的在于除金融机构自身经营需要外，更要提高资源配置的效率。这一阶段金融体制改革主要内容是完成上述第二项基本任务，即金融机构的企业化改造，形成金融机构商业取向的企业自负盈亏、自担风险机制。银行企业化改革作为金融体制改革的重要组成部分，有利于宏观经济稳定化。
于2004年开始的金融机构企业化改造这个总目标被分解为三个目标，首先，实现财政与银行的关系以出资额为限的有限责任机制（公司制）。实现这一目标的主要措施是剥离国有商业银行坏账，国家向银行注资以及建立符合商业银行经营要求的资产负债表。其次，完善银行的内在运行机制，建立良好的公司治理结构。具体的措施是引进国外战略投资者，进行股份制改造，建立董事会并由董事会聘任管理层。最后，强化外部监管，建立独立于政府的第三方专业监管。具体措施是成立银行业监督管理委员会，强化以资产负债比为主要内容的专业监管。这三个目标的实现标志着金融机构企业化改造的成功和金融体制改革第二项基本任务的完成。中国银行和中国建设银行的股份制改造是这一任务完成过程中具有里程碑式的事件。
中国金融体制改革展望
中国金融体制改革的未来重点：
金融体系融资方式
利率市场化
人民币国际化
金融业分业经营和混业经营
农村金融
面对国际金融体系的不断变化和新形势，展望未来中国金融体制改革，有五个问题将成为关注的焦点。
关于金融体系融资方式问题
我国金融体制改革是以直接融资为主还是间接融资为主，这是金融体系特征问题，它反映了未来金融体制改革的目标。当前金融体制改革中存在市场结构问题。以资本市场发展为例，2006年我国资本市场发展较好，融资规模和增长速度也上了一个台阶，通过股票市场的融资是5600亿元，发行企业债券1015亿元，直接融资为6600亿元。而当年银行新增贷款3.6万亿元，直接融资和间接融资的比例是18：82，也就是在企业的资金来源里，直接融资占18％，来自银行的间接融资占82％。这个比例说明中国企业的直接融资比重过低，低于发达国家70％左右的水平。即使以间接融资模式为主的德国，银行贷款也只有60％多；英国资本市场比较发达，间接融资的比重更是不到30％。
形成目前这种以间接融资为主的主要原因在于我国人均收入低，资本短缺。
同时企业借入资本经营对银行来说技术门槛较低，间接融资成本也低，风险控制简单。这在我国经济发展的初级阶段是符合国情的，随着国民收入的提高和经济的快速发展，居民的纯消费行为就会转化为消费加投资，他们需要为多余的钱寻找投资渠道，在这种情况下，直接融资的发展就有了客观的条件和必要。
现在我国以间接融资为主，但未来哪种融资结构更适用，值得进一步研究，目前在这个问题上还没有完全达成共识。从实际情况看，中国的公司法更多反映的是德国的法律体系，主要是有限责任体系，中国的证券法则带有更多的美国色彩。经济体制改革要建成公司制的现代企业，如果公司制是股份制的话，我们企业的结构就要发生变化，不再是有限责任，更多的是变成股份有限，那么，金融结构也要转变成和直接融资为主相对应的结构。
与这个问题相关的是，假如我们选定了融资结构，这个结构能否实现？实现的代价又是什么呢？以日本和英国为例，在1990年代初，英国为了发展伦敦的资本市场，把金融业全部开放，结果是英国传统金融机构全部走下坡路，大部分被国外金融机构收购；日本银行业开放之后，也大量出现坏账问题。所以问题是哪个融资结构对我们更合适，怎样使现有的结构更有效和更完善。
另一方面，企业以何种方式融资，反映在金融结构上一定是有着差别的。
如果以间接融资为主，在股本金的处理上主要是靠私募，收购兼并然后使其壮大，在债务融资的处理上则由银行提供债务来源。如果以直接融资为主，基本是依靠公募、上市，债务融资依靠发债。但是现在的问题是，银行是债务的主要来源，但银行只提供短期债务，不提供长期的贷款。在股本金方面，私募系统不发达，它需要公募并出现了公募市场。在这四块中间是这样一种相对的关系：发达的股市和发达的贷款，而私募和债券融资却没有出现，这就造成一个很大的错位，由于银行只提供短期贷款，一到长期就变成坏账，宏观调控中就会出现这样一个现象，企业贷款紧缩，只能紧缩短期融资，长期贷款紧缩不下来，没有一个化解的余地。在股本这一块，也是同样的情况，要么上市，因为私募在中国不是很发达，上市后对于监管的要求非常严格，于是造成我国和直接融资相匹配的债务市场发展不是很快，和间接融资相匹配的私募市场发展也不是很快，这是经济发展的一种扭曲。
关于利率市场化问题
把经济体系中任何一个因素单独提出来都与利率有一定关系（凯恩斯，1936），利率历来是经济学家探索和研究的重点，又是各国政府力图控制和掌握的政策工具。间接融资还是直接融资结构的选择是金融体系建立的目标，是长期的基本的问题，而利率市场化则是短期要考虑的东西。
从凯恩斯革命开始到上世纪70年代初的30多年里，凯恩斯的政府干预政策主张对当时资本主义世界经济发展起到了一定的推动作用，然而，70年代后，发达国家在高速发展中积累的矛盾显露出来，尤其是滞胀的出现使得自由主义学派开始崭露头角，其中有影响力的包括弗里德曼的货币主义学派、卢卡斯的理性预期学派、哈耶克的新经济自由主义和爱德华·肖的金融深化理论等。这些学派认为市场经济的核心就是通过价格机制的作用优化资源配置，而利率是资本的价格，金融资源的合理配置客观上就要求利率市场化。
我国金融业正经历着利率市场化的微观消化过程，许多矛盾和扭曲在影响着金融体制改革的质量和下一步的抉择。金融体制的既有框架容纳了现行的利率体系、利率政策和利率水平决定机制，也决定了我国利率市场化改革的路径以及所能达到的最终效果，而利率制度的效率则最终决定我国金融体系的效率。作为金融体制改革的一个重要组成部分，利率市场化改革同样采取了与之相适应的渐进式改革，这既是国际的经验，也与我国正处于转轨时期的现实有关。我国利率市场化的过程实际上就是创造利率市场化条件的过程。
在特定的经济体制背景和金融环境中，我国的利率市场化改革大致分为三个阶段，1978～1993年是调整利率水平和结构阶段，这一阶段基本改变了负利率和零利差现象，偏低的利率水平得到纠正，利率期限档次和种类得到合理设定，银行部门的利益得到重视；1993～1996年是利率生成机制改革阶段，这一阶段的利率改革是不断扩大利率浮动范围，放松对利率的管制，促进利率水平在调整市场行为中发挥作用，以建立一个有效宏观调控的利率管理体制。
1996年至今是利率市场化快速推进阶段，目的在于建立一种由中央银行引导市场利率的新型体制，实现利率管理直接调控向间接调控的过渡。同业拆借利率、贴现率与再贴现率、政策性银行金融债券发行利率、国债发行利率、3000万元以上和期限在5年以上的保险公司存款利率、外币存款利率、300万美元（或等值的其他外币）以上外币定期存款利率先后得以放开，利率衍生工具试点逐步展开，银行间市场利率基本实现市场化，金融机构存贷款利率的市场化机制正在逐步增强和深化。但是这一改革进程远未结束。我国利率市场化的实际程度仍落后于名义上的利率市场化，主要表现为操作层面上的利率市场程度落后于制度层面上的利率市场化、中央银行利率作为基准利率的调节作用和导向引力小，利率浮动定价机制执行缺乏现实基础以及利率的风险结构和水平不尽合理。
总体来说，我国的利率市场化改革滞后于整体金融发展形势，已经成为我国经济金融体制改革的瓶颈。然而，利率市场化进程目前还面临着一个两难的选择。利率一定要市场化，但是在人民币升值情况下又变得有一定难度。中国的利率水平与美国的利率水平有一个利差，如果人民币升值不超过这个利差，国外的投机行为就会很少。目前金融监管的措施之一是为了防止热钱流入，所以要使中国的利率保持比美国低两个百分点，此时利率政策的效果很明显。
现在中国外汇储备规模的不断扩大主要是贸易顺差的贡献，这个比例在2006年大概是65％，这说明国际热钱进入中国的不多。所以，目前利率是被汇率焊接在一起的，成了调整汇率的工具。在汇率不自由的情况下，利率市场化就不能单独实现。
关于人民币国际化问题
1997年亚洲金融危机爆发，10年之后反思这场金融危机的一个重要启示就是货币体系问题。亚洲金融危机的爆发是在原有的分工格局和原有的货币体系下的一个必然发生的现象。如何在未来避免类似危机的产生，这就需要我们对今天的货币体系进行全新的思考。
在亚洲区域中，一个负责任的货币政策非常重要，也需要一个负责任的大国来承担。这个大国在过去是日本。但是日本金融体系固有的问题使得其在支持基础研究方面已经落后于美国。当信息技术产业的基础研究不再转移给日本时，日本的产业升级开始出现问题。结果是日本的“领头雁”作用开始下滑，曾经的“雁身”和“雁尾”国家需要重新寻找“雁头”。
随着中国入世和国民经济的快速发展，中国和世界的相互依赖越来越多。
经验表明，一个大国的宏观经济同时均衡是很困难的，大国的宏观经济均衡必然是在全球范围内才能实现。在这样的格局下，中国和亚洲的关系就从客观上对人民币国际化提出了需求。中国对日本以外的亚洲国家基本上都是逆差，而亚洲国家对华的顺差就意味着中国需要支付，现在是美元支付，那么能不能变成人民币支付，用人民币计价、结算和支付？亚洲区域内国家目前对人民币的需求十分强烈，这使得人民币有可能变成国际化货币。经过30年的改革开放，我国综合国力迅速壮大，对外贸易和利用外资都达到了相当的规模。要进一步扩大对外经济联系，客观上要求人民币走向国际。在一个国际区域内，要想实现区域的经济合作，实现投资贸易自由化，也必须要有一个统一货币体系，要有负责任的货币政策。在目前，中国有必要也有条件在亚洲区域内承担一个负责任国家的角色。
在一国两制的条件下，香港已逐渐发展成为主要的国际金融中心，港币是自由兑换的货币。发挥香港的优势是支撑人民币国际化的有利条件。我们可以通过以人民币为背景的港币国际化作为尖兵，既满足人民币目前在资本项下尚不可兑换的约束条件，又能间接实现人民币国际化需要，同时支持了香港金融市场的发展。
事实上，作为国际化的一个发展阶段——区域化，人民币已经开始具有成为亚洲区域内主导货币的条件。人民币作为亚洲国家的储备货币是有可能实现的，首先，人民币在许多国家和地区已成为硬通货。其次，上海合作组织以及2010年投资贸易自由化的安排，人民币将有可能成为区域性的计价、结算的手段。目前，人民币在香港可以自由支付，而周边国家居民也逐渐认可并接受人民币作为交易货币和清算货币，用来作为其国内国际贸易流通的媒介。这些现象表明，人民币已经国际化，但是目前还没有与之相适应的国际化政策使其成为区域的主导货币。
关于金融业分业经营和混业经营问题
在新的历史发展阶段，分业经营还是混业经营是银行、证券、保险等业务相连通的问题。这个问题的研究往往又带来金融业监管问题的讨论。这时的监管能力已经不再是行政权力的问题而是专业水平的问题。
