在尚存的国有（公领）土地上，国司将区域内的各级行政机构改组为郡、乡、保，任命那些具有较强势力的开发领主作为郡司、乡司、保司等，让其承包区域内的租税，派遣名为“目代”、“在厅官人”的官员处理具体的政务。
无论是在庄园土地上，还是在公领土地上，土地均为有势力的农民——“名主”所承包，向领主交纳称为“年贡”的租税和称为“公事”、“夫役”的徭役。土地上的耕种者一部分是称为“下人”的“名主”所属农民，另一部分是称为“作人”的身份自由农民。
三摄关政治
810年，藤原家族的藤原冬嗣不仅因为自己的才能而被嵯峨天皇任命为“藏人头”，同时将自己的女儿顺子送入宫中嫁给仁明天皇，藤原家族开始以外戚身份插手朝政。842年，藤原冬嗣之子藤原良房利用嵯峨太上天皇去世之际，废除原来的皇太子恒贞亲王，立其姊妹顺子与仁明天皇所生之子道康亲王为皇太子，并将自己的女儿明子嫁给道康亲王为妃，利用权势将两个主要的政敌伴氏和橘氏流放外地。
850年，道康亲王即位为文德天皇，藤原良房胁迫其册封诞生仅九个月、明子所生的惟仁亲王为皇太子，并在857年成为非皇族出生的第一任太政大臣。858年，文德天皇突然死亡，年仅九岁的惟仁亲王即位为清和天皇，良房以太政大臣和天皇外祖父身份独揽朝政。866年，良房利用皇宫承天门失火事件，再次将世家贵族源信和伴善男驱逐出权力中心，正式“摄行天下之政”，担任“摄政”之职。
藤原良房死后，清和天皇试图收回权力，不再任命太政大臣，结果引起良房养子藤原基经的不满。877年，基经胁迫清和天皇退位，另立年仅九岁的皇太子为阳成天皇，之后又废阳成天皇，立55岁的时康亲王为光孝天皇。作为对基经的报答，年老的光孝天皇委任基经“万政领行，入辅朕躬，出总百官”，并得到“关白”的称号。887年，宇多天皇即位后立刻颁布诏书，明确规定“万机巨细，百官总已，皆关白于太政大臣，然后奏下”。从字面上看，“关白”本来是“禀报”之意，但后来逐渐转化为官职，即天皇幼年时辅政者称“摄政”，天皇成年后，辅政者称“关白”。
891年，藤原基经去世，宇多天皇提拔当时有名的学者菅原道真任高级官职，以对抗基经之子藤原时平。醍醐天皇时进一步将菅原道真提拔为右大臣，但在时平谋划下，901年菅原被外放北九州大宰府，并死在任上。尽管醍醐天皇及村上天皇在位时期没有设置摄政和关白职位，但藤原家族的势力依然强大。自967年开始，特别是969年将醍醐天皇之子、时任左大臣的源高明外放北九州后，一直到1084年，藤原家族利用担任“摄政”或“关白”职务独揽朝廷大权的“摄关政治”持续了百余年时间。
除作为全日本最大的庄园领有者，从而拥有剥夺天皇部分权力并操纵国政的坚实经济基础外，当时贵族的生活习惯也有利于藤原家族作为外戚操纵皇室。贵族们通常实行一夫多妻制，但结婚后妻子仍然生活在自己父母家，生育的子女由外祖父照顾，并聘请优秀的家庭教师，努力将其中的女孩培养成精通琴棋书画、魅力十足的女性，以期嫁入宫中且得到天皇或皇太子的宠爱，生下皇子。藤原家族正是通过这种途径控制了皇室，在整个11世纪，藤原家族作为外戚，专擅朝政，随意废立天皇。管理藤原家族事务的“政所”同时也是国家的权力中心，朝廷变成只是举行仪式的场所。由此藤原家族又掌握了国司的任命大权，不仅得到巨额贿赂，而且还可以将国司变成自己的亲信。
“摄关政治”在藤原道长及其子藤原赖通时期达到鼎盛。本来道长是藤原兼家的第四个儿子，但长兄相继去世，侄女定子嫁给一条天皇没有生子，道长遂将自己的女儿彰子也嫁给一条天皇，所生两个子女分别成为后一条天皇和后朱雀天皇。其后道长又将其他三个女儿妍子、威子、嬉子分别嫁给三条天皇、后一条天皇、后朱雀天皇，嬉子所生之子为后冷泉天皇，妍子所生之女嫁给后朱雀天皇，嬉子所生之子为后三条天皇。
作为外祖父的道长在外孙之间不断更换天皇，因此，从995年到1017年一直担任摄政职位。1017年道长将摄政之职传给其子赖通，并出家当和尚，但直到1027年去世，道长仍然具有强大的政治影响力。藤原道长曾赋诗一首表达其专权30多年的得意心情，其中一句便是“此世即我世，如满月无缺”。
道长之子赖通作为舅父，在后一条天皇、后朱雀天皇、后冷泉天皇时期任摄政、关白职务长达50多年。但赖通的女儿宽子嫁给后冷泉天皇后没有生子，导致藤原家族对朝政的控制力迅速减弱下去。1068年赖通辞去“关白”职务，特别是1074年赖通去世后，摄政（关白）之职不再具有实际的权力。实际上，武士阶层的出现以及建立在其基础之上的院政政治是藤原家族政治影响力下降的重要社会背景。尽管如此，其后藤原家族（亦称“摄关家族”）仍然作为最重要的政治势力，起到辅助天皇政权的作用。
虽然藤原家族作为外戚控制了国家政权，但摄关政治并没有突破律令体制延续下来的政治框架。也就是说，国家政策的决定依然是在天皇、摄政（关白）、大贵族之间进行。重要的政策由天皇或摄政（关白）提出后，提交由太政大臣、左大臣、右大臣、大纳言、中纳言、参议等大贵族组成的会议加以讨论，其结果报请天皇或摄政（关白）批准。尽管在授予冠位或任命官吏方面，摄政（关白）拥有较强的决定权限，但皇族、公卿贵族仍具有相当的推荐权。因此，即使在“摄关政治”时代，国家权力仍集中在天皇、摄政（关白）、公卿等中央大贵族手中。
除皇族、藤原家族、公卿贵族以外的中央贵族或高级官僚，虽然可以通过担任国司等聚集大量的财富，但无法成为最高权力者，他们大多通过特定的学问或技能为朝廷、皇族或藤原家族提供服务，从而形成了不同等级的贵族阶层。另一方面，那些不能回到京都的贵族子孙成为地方政治势力的核心，从而为新兴阶层的出现奠定了基础。
§§§第五节武士与院政政治
一武士及武士团
随着庄园制的不断发展，庄园之间以及庄园与国家各级政权之间的矛盾和斗争日渐突出。有实力的庄园主为保护自己的利益，甚至兼并其他庄园，将一部分庄民武装起来。最初这些人以农为主，以武为辅，平时从农，战时从武，后来逐渐变成以武为主，甚至完全脱离农业，成为保卫庄园和对外争斗的职业军人，称为“兵”。他们通常按照家族的形式组织起来，族长为最高首领，称为“(总)领”，成员称为“从者”，其中家族成员称为“家子”，非家族成员称为“郎党”，结成很强的主从关系。
在较大的寺院、神社所属庄园里，也出现了以僧侣、神职人员为主的武装团体，特别是在延历寺、福兴寺、东大寺等势力强大的寺院，均组织了数千成员的兵队。庄园武装的出现对地方治安以及国司、郡司的权力和利益形成威胁，于是这些朝廷命官也纷纷组织自己的私人武装团体，其成员与国司、郡司结成主从关系。以天皇为首的皇族、中央贵族也聘请其中的兵士作为自己的警卫，称其为“武士”。
最初这些职业军人以庄园或公有土地为单位组成小武士团，其后逐渐以地方贵族为中心组成较大的武士集团，相互之间不断进行争斗，最后形成了以关东地区的桓武平氏和畿内地区的清和源氏两大武士集团。
桓武天皇的曾孙高望王被赐姓平氏，并派往关东地区担任官职。高望王任期届满后未回京都，其八个儿子分别担任关东地区各国的官职，势力不断扩大，各养私兵，家族内部也经常发生冲突。935年，孙辈的平将门杀其叔父国香，然后联合反抗国司的地方贵族藤原玄明在939年发动叛乱。平将门攻城掠地，占领关东大部分地区，自称“新皇”。京都朝廷任命藤原忠文为征东大将军，率兵前往镇压，但尚未到达关东地区，国香之子平贞盛在地方贵族藤原秀乡的支持下已将平将门杀死。
与此同时，伊予国（今香川县）国司藤原纯友在四国发动叛乱，甚至向南攻占了北九州的大宰府。朝廷再次任命藤原忠文为征西大将军，率兵前往镇压，亦是尚未到达之际，清和天皇之孙源经基已将藤原纯友打败。称为“承平之乱”和“天庆之乱”的两次叛乱使朝廷和中央贵族认识到地方武士的实力，纷纷将其作为保护自己的“侍”。例如源经基的儿子源满仲以摄津为根据地，向摄关家族提供警卫服务，满仲的两个儿子——赖光、赖信在摄关家族的关照下，政治地位迅速上升。
平将门叛乱之后，平氏一族仍然占据关东地区，而且原上总国（今千叶县）国司平忠常在1028年发动叛乱。朝廷任命源赖信为甲裴国（今山梨县）国司，同时征讨平忠常。平忠常因源赖信武名不战而降，源氏家族由此开始进入关东地区。
1051年，陆奥地区势力强大的贵族安倍家族与国司发生纠纷，源赖信之子源赖义被任命为陆奥守兼镇守府将军，但遭到安倍家族成员拼命抵抗，战乱长期化。源赖义之子源义家率关东地区武士前往陆奥支持其父，并得到出羽地方（今秋田县、山形县）贵族清原氏的支持，终于在1062年消灭了安倍家族。此后清原家族势力强大起来，但在1083年发生族内纠纷。先是清原真衡与清原家衡兄弟之间相争，清原真衡死后，清原家衡又同异父之弟藤原清衡相争。源义家与藤原清衡联合，经过三年苦战后平息其内乱。
称为“前九年之战”及“后三年之战”的两次战事，加强了源氏家族与关东武士团的主从关系，并巩固了作为最大武士团首领的地位。因此，关东地区其他的庄园领主或公领名主也纷纷求其保护，并作为源氏的家人被组织到武士团中。
桓武平氏家族因“平忠常之乱”失去关东地区，但在平息“平将门之乱”中立有战功的平贞盛之子平维衡将地盘转移到近畿地区的伊贺、伊势（均为今三重县）地方，同时集结了较大的新武士集团，等待时机再起。
进入11世纪以后，由于武士阶层的逐渐壮大，地方各国的行政事务官员逐渐由武士担任，同时因为国司不到任地，地方文化的中心也逐渐从国司之馆转移到武士之馆，武家社会的色彩已初见端倪。
二院政政治
1068年，与时任摄政（关白）没有直接血缘关系的后三条天皇即位。人到壮年且具有较强个性的天皇力图摆脱藤原家族的控制，联合对藤原家族不满的贵族，任命有才能者担任重要官职，并实施了加强天皇权力的改革措施，其中最主要的改革是整顿庄园，以此达到打击藤原家族势力的目的。
针对庄园不断增加、朝廷直辖领地逐渐减少的局面，后三条天皇在1069年颁布内容严厉的《延久庄园整理令》，并成立“记录庄园券契所”，任命亲信担任其官员，对庄园文书进行严格的审查。除庄园主提交有关证书外，国司也要提交相关的报告书。如果有关的证书不全，将没收其庄园，甚至摄关家族的庄园也如此办理。此次整理庄园取得较好的实效，例如在石清水八幡宫寺所有的34所庄园中，有13所因证书不全而被没收为公领。这样一来，不仅加强了朝廷的经济基础，而且使许多寄进在藤原家族名下的庄园与其脱离关系，纷纷投靠皇室，结果使天皇拥有的庄园迅速增加。
1072年，后三条天皇让位给其子白河天皇，自己设置“院厅”，准备以上皇的名义继续掌握政权，推进改革，但他很快去世。白河天皇即位14年后让位给年仅八岁的堀河天皇，自己成为上皇，并在其居住的宫殿内设立“院厅”，亲自掌握朝政，从此开始了由上皇“执天下政”的百余年“院政时代”。
上皇实施的院政不仅得到中下级贵族、特别是国司的支持，因为他们不满藤原家族的专权，并对整顿庄园持欢迎态度，而且设置“北面武士”和“武者所”等机构，将源氏和平氏的武士团作为其主要成员，担任守卫工作，由此大大强化了“院厅”的权力。“院厅”的职员称为“院司”，由地位不高的天皇亲信担任。院厅下达的文书称为“院厅下文”，上皇颁布的诏令称为“院宣”，其效力大大超过天皇的诏令。
除拥有大量的寄进庄园以外，院政的经济基础还包括实施“知行国”制度。也就是将一国的支配权封给特定贵族，该国的大部分租税上交朝廷。另外，上皇本身也拥有许多“知行国”，并任命自己的亲信担任国司，收取该国的全部租税。
院政时代共经历了白河上皇、鸟羽上皇和后白河上皇三代，而且三代上皇均出家到寺院为僧，称为“法皇”。上皇在京都近郊建造华丽的离宫，法皇建造了许多寺院、佛像。为弥补巨额财政支出，“院厅”在卖官鬻爵的同时，也通过对庄园和公领的调整增加收入。例如鸟羽法皇将百余所寄进庄园转赠给皇女八条院，后白河法皇将百余所寄进庄园赠给长讲堂寺院，具有“不输不入权”的庄园因此迅速增加，以兴福寺、延历寺为首的寺院势力也急剧增强。其结果不仅激化了朝廷与领主、领主与领主之间的矛盾与冲突，而且也引发了皇族、氏族贵族、武士集团内部的矛盾与冲突。皇族与贵族纷纷依靠武士保护自己的利益，从而为武士干预政治提供了条件。
