关于当时自民党主流和政府当局对此的反应，岸信介在他的自传中是这样记述的：“日本政府如同意这个协定和备忘录，实际上就等于承认中国共产党政府，因为中方的国际贸易促进委员会虽称民间团体，实际是政府机构的一部分，日本既然还没有在外交上承认中国大陆，就不能给予其政府的职员及其家属外交特权，也不能允许在建筑物上悬挂其国旗。可是，发展对华贸易不仅有经济上的好处，而且也有助于亚洲地区的稳定，为使拥有七亿人口的大国所具的能量不致用于“搅乱亚洲”，我主张以政经分离的原则作为处理这个问题的最大公约数。而那时自民党内多数意见也对第四次中日民间贸易协定持默认态度。”事实上，3月中旬日本方面已就民间贸易协定的处理召开了主要阁僚参加的政府首脑会议，最后议决的结果是政府基本上同意该协定，但公开时则称政府对此予以“协助或支持”，除了明确不给予通商代表部成员以外交特权之外，其他则由日本政府根据情况“妥善处理”。《日中贸易协定／政府事实上趋于同意》，《朝日新闻》，1958年3月13日。
岸信介：《岸信介回忆录——保守合同和安保改订》，第410—411页。
第四次贸易协定签订之后，中国政府表示了积极赞成的态度，《人民日报》发表社论认为，协定中关于互设常驻商务代表机构的有关事项是“切实可行的”，“互派常驻的商务代表机构是中日两国人民和经济界的长期愿望。……我们完全可以期待，中日贸易的发展会进入一个新的阶段”。
世界知识出版社编：《日本问题文件汇编》第2集，世界知识出版社，1958年版，第194页。
日本国内舆论对民间贸易协定的签订也予以高度评价，社会党等在野党还进而要求政府和自民党为促进日本国民的利益迅速承认协定。日本贸易界和产业界以及社会舆论对这一新协定当然也都是欢迎的。一则由于这一协定是经过长时间交涉和克服重重困难之后签定的，二则在于随着这一协定的实施，中日两国贸易将会正式地正常发展起来。在日本经济界的人士看来，这一协定的签订，意味着“在今年日中贸易就会获得飞跃性的发展”。日本国际贸易促进协会：《国际贸易》总第131号，1958年3月15日。
日本舆论界对协定普遍表示欢迎，同日的《每日新闻》表示《协定》“无疑会起改进两国之间的贸易关系的作用”；《读卖新闻》祝贺《协定》签订，强调“为了发展两国之间的贸易，早日签订协定和备忘录是必要的”；《朝日新闻》认为《协定》“已经起了消除两国之间在贸易方面的主要绊脚石的作用”。通产省官员也肯定《协定》“具有重要意义”，“如果双方互设商务代表机构”，“在许多方面都有好处”；甚至“政府及执政党自由民主党的大多数人都对这一步骤表示赞同”。但是，财界，尤其是金融业界，担心会引起美国的不快，对《协定》抱审慎态度；外务省发表非正式谈话，认为《协定》中列入允许中国贸易机构悬挂国旗并享有包括豁免权在内的外交特权的条款“最不妥当”，表示反对。1958年3月6日中央社东京电讯。
正值此时，中国进入大跃进时代，经济建设进入了所谓“规模更大、水准更高”的第二个五年计划时期，盲目地提出了“15年赶超英国”的口号。日本经济界对此非常关注，期待着日中之间新的经济交流时代的到来。因此，中日两国都期待着能通过第四次贸易协定的实施，使两国的经济关系大大地发展一步。但事与愿违，就在此时，中日关系出现了战后以来前所未有的危机。
2. 中日关系急剧恶化
本来，日苏邦交正常化以后，恢复日中邦交理应提到日本外交的议事日程。但鸠山内阁对中国的积极建议始终置若罔闻，没有给与正面的回答，采取拖延政策。短命的石桥内阁没有来得及做事就匆匆结束。岸信介内阁成立之初，中国政府对其恢复中日关系仍抱有期待，直到岸信介访问台湾之前，中国这种积极的态度一直没有减弱。
日台关系的发展显然是中日关系全面恶化的主要原因之一。
1957年底，第四次民间贸易协定的谈判暂时中止、日本代表从北京返回东京后，日本政府决定提请国会修订有关外国人押捺指纹的条文，台湾方面“疑其用意在对中共贸易官员入境，打开方便之门”，十分害怕。
第四次贸易协定签订之后，台湾方面立即向日本政府提出强烈抗议，1958年3月12日蒋介石给岸信介首相和藤山爱一郎外相寄送了亲笔信，要求日本政府不要承认民间贸易协定，但日本政府并没有任何反应。3月13日，台湾“外交部”以“日当局未澄清对该协定态度”为由，宣布中断了正在进行的台日贸易谈判，台湾“立法院”也通过了对日非难决议，并借助公机构和媒体声称不惜断绝和日本的“外交关系”，以对岸信介内阁施加外交压力。15日，令其驻日“大使”直接向首相岸信介和外相藤山爱一郎提出抗议，称日本政府承认设立通商代表部一事，与事实上承认中共政府是相关的，对此他们绝对不能同意。同时坚决反对协定备忘录中的悬挂国旗一节。19日，台湾宣布中止对日贸易，暗示不惜施行经济抵制。此间，日本提议派自民党副总裁大野伴睦赴台解释，以资疏通，但台湾坚决拒绝了。台湾方面态度如此强硬是日本没有想到的。面对台湾的政治抵抗，本来就倾向于反共亲台的岸信介，最终向台湾方面让步了。
同月19日，访问日本的美国商务部副部长威廉斯也表示不满日本政府的这一政策，他在规劝日本政府应在对华贸易问题上持谨慎态度时指出，美国现在是全面禁止对华贸易，日本若判断展开对华贸易于本国有利可图，当然可以自由决定此事，但美日关系一直处于密切状态，所以两国“在应对共产势力的威胁方面也应该具有共识。希望日本能从长计议，就中共贸易做出明智的决定”。《来日美商务部副部长谈慎重展开对中共贸易》，［日］《朝日新闻》，1958年3月20日。
于是，1958年4月1日，日本驻台“大使”崛内谦介奉命向蒋介石递交了岸的亲笔信，信中保证日本政府绝对不承认中华人民共和国，不给中国商务代表机构“特权”，不承认该机构有权悬挂国旗等。4月9日，岸信介在政府对中日第四次贸易协定的批示中表示：“政府鉴于扩大日中贸易的必要性，将尊重第四次民间日中贸易协定的精神，在我国国内各项法令的范围内，同时根据没有承认政府这个事实，还考虑到目前的国际关系，给予支持和协助，以便达到扩大贸易的目的”。同时，岸信介又通过在众议院答辩重申日本政府的方针：虽然积极发展对华贸易，但并没有考虑马上承认中国共产党政府；现在可以在邮政、气象等事务和技术领域签订中日两国政府的协定。《岸首相就日中复交问题答辩／不拒绝邮政协定等》，［日］《朝日新闻》，1958年3月20日。
《日本问题文件汇编》第2集，世界知识出版社，1958年版，第208页。
世界知识出版社编：《日本问题文件汇编》第2集，世界知识出版社，1958年版，第197页。
显然，邮政、气象等协定虽属事务性领域，但只要签订的是政府协定，就有重大的政治意义，必然会引致台湾方面更激烈的反对。于是，日本方面不断向台湾派出政府和自民党的高官，去解释“扩大对华贸易与恢复邦交是两码事”《政府及执政党就“日中贸易”协议》，［日］《朝日新闻》，1958年4月8日。，又以发表内阁官房长官爱知揆一谈话的方式，阐明岸信介内阁的如下立场：第一，第四次民间贸易协定是以中日双方互不干涉对方内政、互相遵守对方国内法令为原则，根据中日双方的经济要求专门为了扩大中日贸易而签订的；第二，该协定是双方民间团体之间的协定，不是政府之间的协定；第三，因日本政府现在无意承认中国共产党政府，故也无意承认根据协定设立的民间商务代表机构具有官方机构的特权和地位，但打算在日本国内现有法令规定的范围内给予支持和协助；第四，日本政府鉴于还没有承认中国共产党政府，所以不承认民间商务代表机构有权悬挂中国国旗。
《二、官房长官爱知揆一的谈话》，田桓主编《战后中日关系文献集1945—1970》，第360—361页。
日本政府的这一正式见解发表之后，台湾方面认为自己在交涉中已经“完全获胜”，乃于次日宣布恢复与日本的商务往来，4月14日，恢复台北的贸易会议。
中国对日本政府的态度则大失所望。总的来说，日本政府的基本立场是只承认第四次民间贸易协定的纯民间和纯经济的性质，不承认它的政治意义。而在当时的历史环境下，中国寄予这个协定以很大的期望，希望能够通过这一协定，特别是通商代表机构的设置，求得两国政府间的接触，尽快实现中日两国关系的正常化。显然，日本政府的基本立场与中国的这一期望和愿望相去甚远。
于是，4月13日，中国国际贸易促进委员会主席南汉宸以“日本政府露骨敌视中国人民，对于第四次中日民间贸易协定又竭尽破坏”的理由，分别致电签订协定的日本经济三团体，宣布拒绝实施协定。在此前后，《人民日报》接连以社论和评论员文章点名批判岸信介内阁破坏第四次中日民间贸易协定。《日本政府不能逃避责任》，《人民日报》1958年3月17日；《不能容许岸信介政府破坏中日贸易协定》，《人民日报》，1958年4月3日；《再斥岸信介政府破坏中日贸易协定》，《人民日报》1958年4月15日；《日本政府应对刘连仁事件作出负责交待》，《人民日报》，1958年4月17日。这样，第四次民间贸易协定只是举行了签字仪式，未能付诸实施。
《南汉宸为谴责日本政府蓄意破坏第四次中日贸易协定的实施致日本国会议员促进日中贸易联盟等三团体的电文》，田桓主编《战后中日关系文献集1945—1970》，中国社会科学出版社，1996年版，第360页。
从1957年上半年开始，中日之间便不断出现外交纠纷和矛盾。先是发生刘连仁事件，山东省高密县农民刘连仁，1944年9月被日本抓去送到煤矿当劳工，因不堪忍受，1945年7月逃出，躲进北海道的深山老林，穴居山野13年，成为茹毛饮血的野人，1958年1月被日本猎人发现。但岸信介内阁不但拒不承认抓掳中国劳工的事实，反而竟要以“非法逗留者”的罪名处罚他。3月16日，中国政府发表“日本政府不能逃避责任”的声明，抗议日本当局迫害刘连仁的罪行。迫于中国政府的强烈要求、国际舆论以及日本众多民间组织的压力，刘连仁被送回中国。1996年3月，刘连仁向日本政府提起诉讼，2001年7月12日，刘连仁全面胜诉，被告日本政府被判赔偿2000万日元。接着是所谓查询在华去向不明的日侨的纠
纷，1957年5月13日，日本政府通过驻日内瓦总领事佐藤正二向中国驻日内瓦总领事沈平提交了一封要求中国政府调查在华“下落不明”的日本人的信件和一本载有35767名所谓未归国者的名册。中国政府认为，中华人民共和国成立之初，在华日侨总数约有35000人，其中29000余人经中国红十字会和日本红十字会的共同协议，已顺利回国。目前依然侨居在中国的日侨，都是表示愿意长期或暂时留居中国的，因此不存在什么“下落不明”的日本人的问题。中国拒绝了日方的要求。这就是所谓查询在华去向不明日侨的纠纷。最后是长崎国旗事件。后者是对中日民间经济交流活动影响最大、直接导致中日关系破裂的最严重的事件。中国遂采取断然措施，全面中断了中日关系。
1958年4—5月，日中友好协会长崎支部在长崎一家百货公司主办中国邮票剪纸展览会。日本政府虽然不同意中国常驻民间商务代表机构有悬挂国旗的权利，但展览会是临时性的，而且根据对等原则，日本在中国举办商品展览会时悬挂了日本国旗并受到中方保护，因此这次展览会也悬挂了中华人民共和国国旗。
台湾对此表示极大的不满，并想尽办法要改变这一状况。4月30日，台湾驻长崎“总领事”向长崎县知事、其驻东京的“大使馆”向外务省分别提出了立即取下中华人民共和国国旗的要求，外务省遂劝告展览会主办团体取下国旗，但为民间团体所拒绝。5月2日下午，两个日本人突然闯入展览会场，扯下悬挂着的中国国旗，会场主持人立即将其送交长崎市警察局，要求查明其身份、动机并根据日本刑法第92条损坏外国国旗尊严的条例予以惩罚。但长崎市警察局当天晚上即以没有损坏器物（非国旗）为由，将肇事者释放。中国认为这是损害中国国家尊严的严重政治事件，乃向日本政府提出严重抗议。日本政府则认为，侮辱无外交关系国家的国旗，不适用刑法第92条（侮辱国旗罪），只能以弃损器物罪论，未接受中国的主张。这就是酿成令舆论大哗并导致中日关系急剧恶化的“长崎国旗事件”。
