第二个阶段：1994—1996年。在第一阶段改革的基础上，这一阶段的改革目标和思路更加明确，提出要建立一个能够为农业和农村经济发展提供及时、有效服务的金融体系的口号。这一农村金融体系包括以工商企业为主要服务对象的商业性金融机构（中国农业银行），主要为农户服务的合作金融机构（中国农村信用合作社），支持整个农业开发和农业技术进步、保证国家农副产品收购以及体现并实施其他国家政策的政策性金融机构（中国农业发展银行）。为此，于1994年成立中国农业发展银行，试图通过该银行的建立将政策性金融业务从中国农业银行和农村信用合作社业务中剥离出来。加快了中国农业银行商业化的步伐，包括全面推行经营目标责任制，对信贷资金进行规模经营，集中管理贷款的审批权限，等等。继续强调农村信用社商业化改革。根据国务院1994年关于金融体制改革的决定，计划在1994年基本完成县联社的组建工作，1995年大量组建农村信用合作银行。不过，实际进度大大落后于这一阶段所设计的目标。另外一个重要的政策变化就是规定农村信用合作社不再受中国农业银行管理，农村信用社的业务管理，改由县联负责；对农村信用社的金融监督管理，由中国人民银行直接承担。
第三个阶段：1997年至今。在经历了亚洲金融危机和1997年开始的通货紧缩后，在强调继续深化金融体制改革的同时，对金融风险的控制也开始受到重视，客观上强化了农村信用合作社对农村金融市场的垄断。主要体现在：①开始在国有专业银行中推行贷款责任制。②收缩国有专业银行战线。1997年中央金融工作会议确定了“各国有商业银行收缩县（及以下）机构，发展中小金融机构，支持地方经济发展”的基本策略，包括农业银行在内的国有商业银行开始日渐收缩县及县以下机构。③打击各种非正规金融活动，对民间金融行为进行压抑。1999年在全国范围内撤销农村信用合作基金会，并对其进行清算。④将农村金融体制改革的重点确定到对农村信用合作社的改革上，且进入2003年以来这一政策趋势日益明显且力度不断加大。包括：放宽对农村信用合作社贷款利率浮动范围的限制、加大国家财政投入以解决农村信用合作社的不良资产问题、推动并深化信用合作社改革试点工作等。2003年11月底8省（市）（浙江、山东、江西、贵州、吉林、重庆、陕西和江苏）农村信用社改革实施方案已经国务院批准，这标志着深化农村信用社改革试点工作已进入全面实施阶段。
（二）农村信用合作社改革的最新进展
2003年6月27日国务院下发了《深化农村信用社改革试点方案》（以下简称为《方案》）。《方案》提出了试点改革要解决的两大主要问题，以及对农信社改革的四项支持政策。
两大问题：①改革农信社产权制度，确定不同的产权形式，以解决“谁出资、谁管理、出了问题谁负责”难题。产权改革的具体组织形式可以根据各地不同情况选择不同的产权组织形式（包括股份制、股份合作制和合作制），不搞“一刀切”。具体而言，在经济比较发达、城乡一体化程度较高、信用社资产规模较大且已商业化经营的少数地区，可能组建股份制银行机构；在人口相对稠密或粮棉商品基础县（市），可以以县（市）为单位将信用社和县（市）联社各为法人改为统一法人；其他地区，可在完善合作制的基础上，继续实行乡镇信用社、县（市）联社各为法人的体制；采取有效措施，通过降格、合并等手段，加大对高风险信用社兼并和重组的步伐。对少数严重资不抵债、机构设置在城区或城郊、支农服务需求较少的信用社，可考虑按照《金融机构撤销条例》予以撤销。②改革农信社管理体制，明确规定由地方政府负责对农信社的管理（包括使农信社贷款投向符合国家政策要求、进行人事管理等），由国家监管机构（主要是银监会）依法实施监管，但在微观经营决策上由农信社自我约束、自担风险。
四项支持政策。包括：①对亏损农村信用社因执行国家宏观政策开办保值储蓄而多支付保值补息给予补贴。具体办法是，由财政部核定1994年至1997年期间农村信用社实付保值贴补息数额，由国家财政分期予以拨补。②从2003年1月1日起至2005年底，对西部地区试点的农村信用社一律暂免征收企业所得税；对其他地区试点的农村信用社，一律按其应纳税额减半征收企业所得税；从2003年1月1日起，对试点地区所有农村信用社的营业税按3%的税率征收。③对试点地区农村信用社，可采取两种方式给予适当的资金支持以解决农信社不良资产问题：一是由人民银行按照2002年底实际资不抵债数额的50%，安排专项再贷款。专项再贷款利率按金融机构准备金存款利率减半确定，期限根据试点地区的情况，可分为3年、5年和8年。专项贷款由省级政府统借统还。二是由人民银行发行专项中央银行票据，用于置换农村信用社的不良贷款，票据期限两年，按适当利率分年付息。这些票据不能流通、转让和抵押，可有条件提前兑付。这两种方式由试点地区和农村信用社选择。④在民间借贷比较活跃的地区，实行灵活的利率政策。允许农村信用社贷款利率灵活浮动，贷款利率可在基准贷款利率的1~2倍范围内浮动。对农户小额信用贷款利率不上浮，个别风险较大的可小幅上浮（不超过1.2倍），对受灾地区的农户贷款，还可适当下浮。
2003年11月底，8省（市）（浙江、山东、江西、贵州、吉林、重庆、陕西和江苏）农村信用社改革实施方案己经国务院批准，这标志着深化农村信用社改革试点工作已进入全面实施阶段。根据银监会的宣布，为解决农信社不良资产问题的资金投入规模将达到1500亿元。
经过近多年的农村金融体制改革，迄今为止形成了包括商业性、政策性、合作性金融机构在内的，以正规金融机构为主导、以农村信用合作社为核心的农村金融体系。
（三）当前农村金融存在的主要问题
1.农村金融服务功能整体弱化的问题。一是县以下金融机构数量和业务快速萎缩；二是农村资金逆向向城市流动，导致城乡差距越拉越大；三是农村金融服务整体上不能满足“三农”的要求。过去农村的融资渠道有四大商业银行、农村信用社、合作基金会等多个渠道，现在多数地区对农户、个体工商户和中小企业贷款基本上只剩农村信用社了。农村资金大量外流，影响农村资金的整体供应。四是忽视对非正规金融的引导、监督和促进其健康发展。民间金融长期被排斥在体制之外，现行农村金融具有明显的金融抑制特征，长期以来民间金融作为非正式金融，不能见光，只能在“地下”活动。
2.农村金融机构功能定位不明确的问题。目前，县域经济发展中金融服务体系单一，信贷资金供给不足。一是国有商业银行县域的分支机构主要以吸收存款为主，从农村吸收的资金更多地投向回报高的产业和地区。二是农村信用社的功能和性质不够明晰，支农服务水平不高，对重点农户和中小企业生产经营的资金支持不到位。三是农业发展银行业务范围太窄，机构设置不到位（大部分县由农行代理业务），没有起到应有的作用。四是农户和农村企业贷款抵押难、担保难，分散风险的机制不健全。五是对防范和打击高利贷、地下钱庄比较重视，但对如何组织和引导民间借贷为“三农”服务重视不够。六是农村金融机构撤并继续延伸，一些偏远贫困地区金融服务出现了“真空”，问题十分突出。七是现行的农村金融体系是一个服务于城市工业化的制度安排，体现的是“农业哺育工业，农村支持城市”的国家战略。
在中央和地方政府的双重分割下，大量资金流向了国有部门，为城市工商业部门动员储蓄成为金融机构在农村活动的主要目的，一系列制度安排使我国农村金融总体供不应求。尽管农村金融需求总量越来越大、结构越来越丰富，但农村金融供给的制度安排却维持刚性，甚至是相对萎缩的，农村金融供求呈现明显的总量与结构的双重失衡，扎根于农村的金融机构成为当地有限资金的漏斗，它们只吸收存款但很少放款，甚至不少地方的商业银行根本就不对农户和农企发放贷款。农村资金一直在“非农化”，其结果必然是“城市吃肉，农村失血”。这是一种劫贫济富的制度安排。现有的农村金融体系已经不适应农村信贷的特点和农民的金融需求，不适应农业和农村经济发展的需要，必须对政策性金融、商业金融和农村信用社重新进行功能定位和调整，加快创新农村金融体制改革。
3.农村金融市场固有的四大难题，很可能将灰色金融推向黑色金融。这四大难题分别是：
（1）信息不对称问题。调查表明，由于缺乏有效的财务报表和数据资料作为参考，农村放款人平均需要与农户进行较长时间交往才能采集足够的信息，用于判断是否提供信贷。由于贷款规模微小，正规金融机构极度缺乏有关农村客户特点及活动的私人信息，无法承担信息采集的时间和成本。
（2）抵押物的问题。银行不愿接受农村客户提供的抵押品（没有房产证的房屋、小企业厂房设施、农产品、农业生产资料等），而且双方在估价上差距甚大，这些物品在正规金融看来价值不大。即使银行接受了这些抵押品，也难以找到一个合适的抵押品拍卖市场去处理。
（3）特质性风险与成本问题。正规金融机构很难了解与应对农村生产活动中面临的各类自然风险、社会风险和市场风险，相对于较小的贷款本金而言，他们的信贷成本太高，高到难以用利率提高后的风险溢价去弥补（因为受到监管机构规定的利率上限的限制）。
（4）非生产性借贷问题。农村借贷尤其是小额的农户借款中，有很大一部分是用于满足日常生活之需，这与正规金融机构贷款的生产性用途是相悖的。农村的小额生活融资，如婚丧嫁娶、疾病、临时的消费支出等，只能依赖农村民间融资特别是社区借贷、人情借贷来满足。
竞争性金融体系将民间金融排斥在体制之外，又无法适应农村金融市场的固有特性，间接助长了“潜行于地下”的农村灰色金融（合理不合法，对社会有益）的发展，隐藏着巨大的金融风险，尤其当民间金融与地下经济和不恰当的行政干预紧密结合时，情况尤其危险，随时都有可能向黑色金融（不合理也不合法，对社会有害）转化。这里有两个资料。一是农村合作基金会。在地方政府的支持下，合作基金会曾覆盖全国36.7%的乡镇和15.4%的村庄，集资达165亿元，结果乱收乱支，严重亏损，不得不由央行下令关闭。二是地下钱庄与私募基金。我国地下钱庄资金至少有上万亿元，近年来仅每年洗出的黑钱就高达2000亿元，私募基金总额则已超过8000亿元。庞大的民间资金被排斥在正式金融体系之外，形成汹涌澎湃的资金暗流和惊心动魄的潜在金融风险，不仅使国家税收大量流失，宏观调控的政策效果受到干扰，更深层次地说，是对整个国家金融安全和经济安全的严峻挑战。
（四）建立现代农村金融制度
农村金融是现代农村经济的核心。创新农村金融体制，放宽农村金融准入政策，加快建立商业性金融、合作性金融、政策性金融相结合，资本充足、功能健全、服务完善、运行安全的农村金融体系。加大对农村金融政策支持力度，拓宽融资渠道，综合运用财税杠杆和货币政策工具，定向实行税收减免和费用补贴，引导更多信贷资金和社会资金投向农村。各类金融机构都要积极支持农村改革发展。坚持农业银行为农服务的方向，强化职能、落实责任，稳定和发展农村服务网络。拓展农业发展银行支农领域，加大政策性金融对农业开发和农村基础设施建设中长期信贷支持。扩大邮政储蓄银行涉农业务范围。县域内银行业金融机构新吸收的存款，主要用于当地发放贷款。改善农村信用社法人治理结构，保持县（市）社法人地位稳定，发挥为农民服务主力军作用。规范发展多种形式的新型农村金融机构和以服务农村为主的地区性中小银行。加强监管，大力发展小额信贷，鼓励发展适合农村特点和需要的各种微型金融服务。允许农村小型金融组织从金融机构融入资金。允许有条件的农民专业合作社开展信用合作。规范和引导民间借贷健康发展。加快农村信用体系建设。建立政府扶持、多方参与、市场运作的农村信贷担保机制。扩大农村有效担保物范围。发展农村保险事业，健全政策性农业保险制度，加快建立农业再保险和巨灾风险分散机制。加强农产品期货市场建设。
四、农村综合改革
2006年9月1日至2日上午，国务院召开全国农村综合改革工作会议，温家宝总理在会上作了重要讲话，系统回顾了我国农村改革的发展历程，深刻阐述了农村综合改革的重要性和艰巨性，明确提出了农村综合改革的目标和主要任务，全面部署了农村综合改革工作。学习总理的讲话，对于深刻领会农村综合改革的意义、目标任务，搞好农村综合改革有重要意义。下面是总理讲话的主要内容：
