这令人愤忿的一幕虽然发生在1955年，但是起因在1950年。钱学森没有打算在美国工作一辈子。诚如钱学森自己所说：我于1935年去美国，1955年回国，在美国待了20年。20年中，前三四年是学习，后十几年是工作。所有这一切都是在作准备，为了回到祖国后，能为人民做点事。我在美国那么长时间，从来没有想过这一辈子要在那里待下去。我这么说是有根据的。因为在美国，一个人参加工作，总要把他的一部分收入存入保险公司，以备晚年退休之后用。在美国期间，有人好几次问我存了保险金没有？我说一美元也不存。他们听了感到奇怪。其实，没有什么奇怪的，因为我是中国人，根本不打算在美国住一辈子。到1949年年底，我得知新中国成立，认为机会到了，应该回祖国去。
当时，数学家华罗庚从美国回到新中国，在通过罗湖口岸前夕，发表了一封《告留美同学的公开信》。钱学森为之动容：“中国在迅速进步着。1949年的胜利，比一年前人们所预料的要大得多，快得多……朋友们，梁园虽好，非久居之乡！为了抉择真理，我们应当回去；为了国家民族，我们应当回去；为了为人民服务，我们也应当回去；建立我们的工作基础，为了我们伟大袓国的建设和发展而奋斗！”
不过，那时候钱学森在美国还有诸多未了的工作，他并没有打算马上回国。在跟朋友谈起的时候，他也只是说，打算回国一趟，把父亲接到香港，再回到美国。
1981年2月19日加州理工学院前院长杜布里奇在接受该校档案保管员古德斯坦(JudithR.Good stein)的米访时，回忆说：
1950年的一天，钱（学森）来看我，并且对我说：“你知道我在中囯有年迈的父亲。我很久没见到他了。当然，在打仗时我是不可能回去的，但我现在也许可以回去了。我只想请一段时间的假。”我问：“多久？”他说：“嗯，我实在不知道自己想和他住多久，这取决于我父亲的健康，总之是几个月。”我说：“当然，你可以离开一段时间。”因此他完全公开地做了安排，并且告诉了所有人。结果有人告诉了当时是美国海军次长的丹·金II尔（DanKimball)，钱（学森）将要回中国访问。丹说：“哦，不行，我们不应该让他去中国。”你知道，中国不是我们最好的朋友。钱显然知道这一点，金贝尔觉得让钱（学森）回中国对钱（学森）以及对美国都有点冒险。我却不那样认为。我对钱（学森）有足够的信任，我相信他不会带很多文章，一些航空理论工作，回去做。麻烦的是，有人把金贝尔的评论看得很认真，说：“我们必须阻止他。”怎样去阻止呢？他们想到的阻止他的办法是指控他为共产党人。
杜布里奇院长把事情的经过说得很清楚，起初钱学森当面向他请假，回国探望父亲，已经获得他的同意。钱学森打算回国探亲，“完全公开地做了安排，并且告诉了所有人”。如果不是“半路上杀出程咬金”，钱学森的回国之路应当很顺利。
然而，钱学森惊动了那位“程咬金”金贝尔先生，事情陡然发生剧变……
半路杀出“程咬金”
金贝尔先生是美国海军次长，亦即美国海军副部长。为什么金贝尔作为美国海军次长，会干涉加州理工学院教授钱学森的回国探亲之事？钱学森所从事的研究，固然跟美国海军关系不大，但是金贝尔此前曾经担任航空喷气公司执行副总裁兼总经理，曾经深入了解过钱学森的学术成就，评价说“钱学森是美国最优秀的火箭专家之一”。
钱学森的学生郑哲敏也说，“金贝尔与钱学森曾是很好的朋友。早年，钱学森参加的‘火箭倶乐部’与美国军方有过合作，用火箭改进飞机起飞时的助推器，大大缩短了跑道的距离。后来，‘火箭倶乐部’的几个成员创办了一家公司，钱学森是技术顾问，金贝尔是公司的管理人员，负责经营。他们很早就认识。如今，这家公司已成为全球规模最大的火箭与推进剂制造企业通用航空喷气公司。”
金贝尔一听说钱学森要回中国，立即出面阻拦。金贝尔给美国移民局打了电话，表示“说什么也不能放他回到红色中国”。
于是就在钱学森想走而未走的当口，一件意想不到的突然事件降临了。那是1950年6月6日，钱学森正在洛杉矶加州理工学院的办公室里工作，两个陌生人进来了。对方一脸严肃，出示了联邦调査局的证件。真是无事不登三宝殿，他们宣称，有足够的证据表明，钱学森是美国共产党党员，早在1939年就成为美国共产党帕萨迪纳支部第122教授小组的成员。据说美国共产党帕萨迪纳第122教授小组中有一个化名“约翰.M.德克尔(JohnM.Decker)”的党员，联邦调査局确认“JohnM.Decker”就是钱学森。他们对钱学森进行盘问。尤其是盘问他与他的朋友马林纳、威因鲍姆的关系。尽管钱学森坚决否认自已是美国共产党党员，他们仍不以为然。
当时，正处于冷战的严峻岁月。1950年2月9日，威斯康星州的共和党参议员麦卡锡在西弗吉尼亚威灵市的共和党妇女团体集会上，发表了惊人的演说，矛头直指民主党人、国务卿艾奇逊。麦卡锡扬言，手中握有“一份205人的名单”，“这些人全都是共产党和间谍网的成员”，“国务卿知道名单上这些人都是共产党员，但这些人至今仍在草拟和制定国务院的政策”。麦卡锡的演说，如同一颗猛烈的炸弹在美国政坛爆炸。尽管麦卡锡夸大其词，在人们的追问下把“秘密名单”上的共产党员从205人减到81人，最后减到57人。然而，在麦卡锡的大声鼓噪之下，美国开始了一场声势浩大的“清共运动”，从美国国务院扩大到方方面面，尤其是军事机要部门。麦卡锡因此一举成名，他的反共排外的政治主张被称为“麦卡锡主义”。美国著名的物理学家爱因斯坦、美国原子弹之父奥本海默，也都被列进了黑名单。
黑名单不断扩大，联邦调查局把目光投向了钱学森。钱学美国参议员约瑟夫·麦卡锡森在美国参与研制导弹、制定美军尖端武器发展规划等，均属美国国防核心机密，而钱学森的好友之中，马林纳、威因鲍姆等都是美共党员。钱学森曾经参加过威因鲍姆领导的学习小组，一起学习了恩格斯的《反杜林论》。尽管那个学习小组并非美共组织，钱学森却被认定是美共党员。于是，钱学森也被列入黑名单。
就在联邦调查局派员盘问钱学森的当天，力n州理工学院校方接到美国第六军团本部的秘密信件，要求校方从此严禁钱学森从事任何与美国军事机密相关的研究工作，吊销了钱学森的安全许可证。钱学森是在1942年经他的导师冯·卡门的推荐、经过美国宪兵总司令部人事安全主管巴陀上校的安全审核，于该年12月1日获取安全许可证。这样，钱学森从事美国军事机密研究工作已经长达8年。到了1950年，钱学森所从事的研究工作大部分与美国军事有关，没有安全许可证，意味着钱学森再也无法做他已经从事多年、驾轻就熟、成绩斐然的工作。
冯·卡门在晚年所写的回忆录中，曾经专门写了一章《中国的钱学森博士》，他清楚地说出了钱学森遭到迫害的起因：
麦卡锡反共浪潮席卷了美国，掀起一股怀疑政府雇员是否忠诚的歇斯底里狂热症。对大学、军事部门和其机构几乎天天进行审查或威胁性审查。在这种情况下，素以聚集古怪而独立不羁的科学家着称的小小加州学府，不可避免地要受到注意。凡是1936至1939年间在加州理工学院工作过的人，都有可能被视为20世纪40年代中的不可靠分子。后来，很多好人不得不通过令人困窘而可恶的审查程序证明自己的清白。
有一天，怀疑终于落到钱的身上。事情可能是这样开始的：当局要钱揭发一个名叫西尼·温朋即威因鲍姆的化学家，此人因在涉及一件共产党案件中提供伪证，当时正在帕沙迪纳即帕萨迪纳受审。钱和温朋本是泛泛之交，只是替他介绍过职业，还不时去他家欣赏欣赏古典音乐。
我听说，由于钱拒绝揭发自己的朋友，引起了联邦调查局对他的怀疑。这事有的地方误记为是1950年7月，事实上应为1950年6月6日。军事当局突然吊销了他从事机密研究工作的安全执照，即安全许可证。
关于钱学森被指为美国共产党党员一事，加州理工学院院长杜布里奇于1981年2月19日在接受该校档案保管员古德斯坦的采访时，把问题说得很清楚：
杜布里奇：他们发现在30年代（在加州理工学院）曾经有过一个共产主义小组。
古德斯坦：我以前听说过那个。
杜布里奇：我不知道其中有什么人。但在大萧条时期这里曾经有过一个小组，就像很多大学都有的那样。他们说一定存在一种更好的经济体系，也许俄国人已经找到了。钱（学森）对于他与那个小组的关系的说法是这样的：在这个指控刚被提出时，他对我说：“我不明白这是怎么回事。”我说：“你与共产主义小组有过任何联系吗？”他说：“这里有一群搞社交聚会的人。当我作为一个陌生人来到这个国家时，有两三个这种加州理工学院的人邀请我去他们的屋子参加社交小聚会，我去过几次。”他说：“我估计有过一些政治话题，但所谈的大都只是一般事务，我把它们当成纯粹的社交活动。我绝没有以任何方式加入过任何共产党，我甚至不记得‘共产党人’一词在那些活动中被提及过。”但有人在一张纸上记下了参与其中某次聚会的人的名字，这后来成了证据。我想那是一个打印名单，在边上写着“钱”，那害苦了他。他以前（1947年）曾回过中国，然后又返回美国。当你返回这个国家时，标准的程序显然是回答这样一个问题：“你过去或现在是否是共产党的成员？当然，他写了“不”。因此对他的指控是伪证罪，即他曾经是这个共产主义小组的成员，却在重返这个国家时说自己不是。
古德斯坦：证据就是那个名单？
杜布里奇：是的。
古德斯坦：你看到过那个名单吗？
杜布里奇：我看过一个复印件。在他的听证会上那被当作了证据……
古德斯坦：钱（学森）是被诬告的吗？你觉得那真的是一份写在纸上的真人名单吗？
杜布里奇：是的。我没有理由怀疑它，因为我们在麦卡锡时代曾发现过两到三位加州理工学院的研究生及其他人涉及了此事。那的确是一个共产主义小组，有些人后来承认了这一点。但我也确实相信钱（学森）所说的他没有将之视为加入共产党。他在这个国家是一个孤独的陌生人，他受到了加州理工学院大家庭及镇上的这一小群友善的人的欢迎。我想，他说过他在这些友善的社交聚会中度过了美好的时光，从未想到过他涉入了任何不恰当的事情。“被诬告”，不是一个正确的用语，我想那只是一系列的误会及过度反应。
古德斯坦：学院的理事们对钱（学森）的事情感到很心烦吗？他们曾经对鲍林(Pauling)心烦，钱（学森）的事情发生在同一个时期。
杜布里奇：是的。我想那些不喜欢鲍林的人大都也相信针对钱的指控。我记得我告诉过理事会，我们已经调查过，并且确信钱（学森）不属于这个共产主义小组，而只是与很多人一样与其中某些人有交往。我不记得有什么理事对此提出过有力的评论。我知道他们中有些人觉得（钱所受到的对待）是一种耻辱。有些人曾与我们携手，找寻有什么能做的。但我想他们中也有一些人认为：“如果钱(学森）是共产党人，那就把他送回中国吧。”
古德斯坦：通过这件事，他们显然造就了一位热忱的中国共产党党员。
杜布里奇：是这样的。
也就是说，美国联邦调査局把一张出席社交小聚会的名单，仅仅因为其中有几个人是美国共产党党员，就把那张名单当成了美国共产党党员名单。而钱学森曾经几次参加这一社交小聚会，名单上有一个“钱”字，就被当成是美国共产党党员的证据。就连加州理工学院院长杜布里奇在学院的理事会上都明确表示“确信钱（学森）不属于这个共产主义小组”别以为只有在中国“文革”时期有那么多的冤假错案，在美国也有冤假错案。作为一位正直的科学家，平白蒙冤，钱学森深感人格遭到莫大的侮辱，自尊心蒙受极大伤害。
山雨欲来风满楼。6月16日，威因鲍姆在家中被捕，而马林纳由于已经在1947年远赴法国巴黎工作，联邦调査局鞭长莫及。由于威因鲍姆进入喷气推进实验室是钱学森推荐的，于是联邦调査局缠上了钱学森。
6月19日，当联邦调査局人员再度光临的时候，钱学森把一份事先准备好的声明交给他们。钱学森在声明中写道：“当年我成为一位受欢迎的客人的情境已经不在了，一片怀疑的乌云扫过我的头上，因此，我所能做的事就是离开。”
钱学森告诉来人，这份声明已经同时交给加州理工学院工学院院长林德菲以及教务长华森，因为这份声明也就是钱学森决定辞去加州理工学院一切工作的辞呈。
“干军易得，一将难求”
“我所能做的事就是离开”就在钱学森递交那份离开美国的声明之后一周，太平洋彼岸的朝鲜战火顿起，麦卡锡主义借助朝鲜战争的爆发在美国国内更是甚嚣尘上。1950年6月27日，美国总统杜鲁门发表声明，宣布武装干涉朝鲜，并决定以武力阻挠中国人民解放军解放台湾，美国第七舰队向台湾出动。
钱学森加快了离开美国的步伐。
那时候中美之间没有外交关系，只有美国驶往香港的轮船，也有不多的美国飞往香港的航班。8月31日，美国邮轮“威尔逊总统号”从旧金山经停洛杉矶驶往香港，原本是钱学森的最佳选择，当钱学森与加州理工学院的博士研究生罗沛霖一起去买船票时，由于罗沛霖是学生，当场买到船票，而钱学森由于是教授，必须得到移民局批准才能买船票，无法与罗沛霖一起回国，而机票也是一票难求。无可奈何，急于离开美国的钱学森一家，预订了加拿大太平洋航空公司8月28日从加拿大首都渥太华飞往香港的机票。
钱学森进入了“紧急状态”他在办公室里收拾好书籍、手稿、笔记本等等，在家中收拾好细软。他委托一家名叫白金斯的打包公司打包。按照当时美国的习惯，准备托运的行李要由托运者先把物品装入一个个防水的纸箱里，然后由打包公司运走，在他们的仓库里装入结实的大木箱，以防在长途运输中损坏。在装好大木箱之后，打包公司把木箱运往码头，交付轮船运至香港，再从香港转运到上海。
对于如此优秀的学者的离去，美国的知识界抱不平者有之，惋惜者有之，挽留者有之。加州理工学院院长杜布里奇是最突出的一位，他深为钱学森扼腕而叹。
杜布里奇是一位物理学家，身材痩削，长着一副娃娃脸，人们用这样的话形容他：“生活简朴、精力充沛和一味渴望从事重要工作。”杜布里奇从1947年起出任加州理工学院院长之后，由于工作出色，担任院长长达22年之久。
杜布里奇出大力挽留钱学森，原因有三：
一是杜布里奇本人富有正义感，向来公开反对各种政治迫害。
