曾与默克尔共事的柏林歌剧院总经理米歇尔·辛德赫尔姆曾在他的小说《罗伯特游记》中如此形容科学院时期的默克尔：“办公室的雷纳特（默克尔在小说中的化名）是不抱幻想的年轻科学家的楷模。几年了，她慢慢地做着她的博士，只在骑上自行车去勃兰登堡漫游时她才焕发出一点朝气。”
出入科学院：寂寞的科学家
就在默克尔结婚后不久，莱比锡大学的生活即将结束，默克尔需要找一个赖以生存的工作。大学毕业后的第一份职业总是那么曲折，默克尔也是如此。
默克尔最先是打算去拉斐尔的一家化工企业工作，不久觉得兴趣索然，便放弃了这份工作，这种看似无厘头式的放弃工作，刚出校门的大学生是经常有的。
随后，默克尔考虑去一家物理企业工作，结局也是不了了之。原因是默克尔觉得那里的日常工作内容，和自己在大学里进行的学习研究，并没有多大的关系，觉得自己所学没有用武之地。当时东德的政治体制以及各大政党，并非默克尔所欣赏，从政是更不可能了。默克尔也许正是出于这一点考虑，而将后来的求职重心放在了大学和研究所上。
默克尔决定申请做大学学员的助教，毕竟在莱大的大学时光还是比较愉快的，她对大学生活有感情。默克尔选择了图林根地区的伊尔默瑙理工大学，伊尔默瑙理工大学作为一所早在1894年就已建立的理工类大学，可是有着相当出色的物理学与实际应用结合方面的研究传统，能在优秀的大学做自己喜欢的研究工作，那是相当惬意了。这一次默克尔相当有信心，丈夫乌尔里希也一同前去应聘。
然而伊尔默瑙理工大学的助教应聘谈话却是一次很糟糕的交流，多年后默克尔依然能记得十分清楚。伊尔默瑙理工大学负责招聘的人员透露，默克尔的个人安全档案早已在他的手中，他对默克尔的底细非常了解，大到在莱大的学习科研、政治表现，小到默克尔大学生活的点点滴滴，比如默克尔穿着资产阶级的牛仔裤，喜欢什么类型的音乐，私底下看东德还是西德的书，等等，全部都在那本默克尔以前从不知道的安全档案中。
在这次谈话中，默克尔才得知自己生活在一个完完全全被监视的国度。虽然从小就知道政治的高压政策，以及因为自己父亲是位新教牧师的家庭背景而受到更多的关注，但从没想到如此的生活细节也被记录，而这一切很可能是默克尔莱大的同学报告上去的。每个人都可能是秘密警察，好像有千百双眼睛盯着自己，这让默克尔很气愤，也很无奈。气愤之下的默克尔终止了这次谈话，离开了伊尔默瑙理工大学。
受了一肚子气的默克尔回到莱大，一言不发，去莱大的会计室报销她的火车票。就在去的路上，她被两名陌生男子拦住了，满肚子不爽的默克尔尚未来得及发火，满脸严肃的陌生男子已经抢先开口，告知了默克尔他们是国家安全部门的工作人员。默克尔愣住了，难道是出了什么问题？疑惑间，陌生男子表明来意：希望默克尔可以替国家安全部门工作。就是这么戏剧，方才因为国家安全部门的监视而受气的默克尔，转脸却被安全部门看中了。
默克尔向来对东德的统治制度颇有微词，对统一社会党保持距离，而且去伊尔默瑙理工大学的求职过程，让默克尔对所谓的安全部门更是没有好感，为统一社会党卖命，想都别想了。默克尔拒绝了这份工作邀请，不过她选择了一种极其委婉的方式，她对那两位安全部门工作人员说出了无可挑剔的理由：心里藏不住事情，管不住自己的嘴巴，我会把知道的事情毫不犹豫地告诉丈夫和身边的朋友，这份工作我胜任不了。这样那两名男子也无话可说，只能默默离开了。这段经历，其实源自默克尔的一面之词，直到今天，人们依然看不见默克尔的安全部档案，因此无从佐证。
默克尔把目光转向了民主德国科学院，那里是政治审查稍微放松的地方，也许不会拿安全档案说事。民主德国科学院是全东德所有自然科学科研单位的总组织，脱胎于1701年莱普尼茨创建的勃兰登堡选帝侯科学院，下设60个研究所，25000多名从业人员，散布在整个东德。
统一社会党为了严格控制整个东德的意识形态，科学院当然也不会放过。整个科学院的科学家都只允许进行科研工作，禁止与大学生接触，当局害怕一些资产阶级科学家把反动思想传递给年轻的一代。民主德国科学院里的科学家中的确有不少有资产阶级背景，但是统一社会党需要利用科学家们的知识，因而倒也没有人身迫害。久而久之，因为不能接触到大学生，当局觉得资产阶级科学家们的危害也不是那么大，便放松了对于科学院的管制。不仅政治上受冷落，连科研经费都没着落了，冷冷清清的科学院里长满了漫过腰身的荒草，享誉世界的科学家们的沉思随时可能被草丛里跑过的野兔打断，完全是一派荒凉景象。果然这一次没有了过多的政治审查，默克尔顺利得到一份科学院柏林物理化学研究所的工作。
物理化学研究所当时在民主德国一共有9个之多，默克尔所在的柏林物化所最大。不算后勤及普通的实验人员，仅从事科研工作的科学家就有336名，而默克尔不过是其中的一名不起眼的小研究员。刚进研究院的默克尔在路茨·措里克领导的物理化学领域干了很多年，直到获得博士学位前都没有换工作。柏林物化所就在今天的鲁多大道两侧，那里离默克尔的住处并不遥远。每天清晨，默克尔都会沿着柏林墙，走到物化所工作。因为科学院早上7点15分就开始工作，默克尔不得不早早起床，多年下来，默克尔养成了早起的习惯。从政后，记者们包括她的同僚都曾为默克尔过早起床而叫苦不迭，因为他们得起得更早。
物化所的工作并不是那么顺心。刚进科学院的默克尔甚至没有可以谈心的朋友，寂寞笼罩在默克尔的心头，不过这也是常事，每个人换个新环境都没有朋友，只不过默克尔不善言辞，交朋友的速度更慢罢了。心灵寂寞之外，那里的生活也是非常清贫，研究员们的薪水低得可怜，甚至要攒好几个月的钱才能够买一双高档的皮鞋，更别说大衣什么的了。科学院学术氛围不自由，科研器材极度缺乏而且落后，这让默克尔连走科研道路的信心都受到打击，职业前途显得十分渺茫。
也许是物质生活的匮乏，也许是没有朋友的困扰，每天来回经过柏林墙下的默克尔，在初踏入科学院的日子里，总是那么茕茕孑立、郁郁寡欢，没有了在莱比锡大学时的神采。默克尔平平淡淡地开始了长达12年的科学院生涯。
科学院内外的张与弛
1978年，默克尔进入民主德国科学院工作。与此同时，东西两德分别所属的“华约”和“北约”成员国之间进行了新一轮的政治军事对抗。
为了对抗美国为首的西方阵营，苏联加紧控制周边国家，阿富汗地处欧亚大陆的地理中心，更是苏联制衡美国的重要棋子，控制了阿富汗，意味着把控了欧亚大陆东西陆路交通要冲。二战以后，苏联为了在阿富汗建立亲苏政权，不惜于1973年7月支持亲苏势力发动武装政变。新上台的政权当中依然存在着亲苏、离苏的派系斗争，1979年9月的派系斗争中，主动出击的亲苏派被一网打尽，自此离苏一派占据上风。
在苏联领导人勃列日涅夫看来，多年苦心经营的阿富汗正在脱离控制，为了避免这一情况的发生，1979年12月29日，苏联入侵阿富汗的战争爆发，一时间苏联风头出尽。任何事物都是在其达到鼎盛的同时走向衰败，阿富汗战争对苏联来说就是一个转折点。
苏联的这一举措遭受了西方国家和大量中立国家的诟病与谴责，可以说是正中美国下怀。在美国的带领下，联合国内掀起了对苏联声讨的浪潮，联邦德国当然也在其中。1980年举行的莫斯科夏季奥运会，国际奥委会承认的147个国家地区中，仅有80个参加，苏联领导下的民主德国参加了这次奥运会。为了报复，1984的洛杉矶奥运会，苏联为首的19个国家也同样拒绝参与，东德再次跟随了这一行动。非政治的体育充分地表现了政治形势的紧张，不小心的擦枪走火甚至可能导致第三次世界大战。
1980年10月13日，当时统一社会党的最高领导人昂纳克在格腊提出的几点建议，更是加深了东、西德之间的矛盾。“格腊条件”主要是：东西两德在劳恩堡—施拿肯堡地段的边界以易北河为界，变双方的常驻办事处为正式的大使馆，解散在萨尔茨吉特的反东德的集中营，最后要求西德承认东德的国家地位。现在看来，“格腊条件”完全是为了让东、西德彻底分裂。
尽管当时的东德执政党依然强力控制着社会的方方面面，但年轻一代的思想已经越发动摇。为了缓解剑拔弩张的氛围和反抗东德的高压统治，年轻的基督徒在衣服肩膀处绣上了“化利剑为犁头”的标志，希望东西两德能化干戈为玉帛。一向不轻易展示自己政治倾向的默克尔，没有绣上这个标志。此时西德的经济发展迅速，人民的物质生活水平甚至超过了英国，仅有一墙之隔的东德人民却依然生活在一年4个鸡蛋的社会中。这一切都在东、西德人民的秘密往来中流传。
东、西两德的紧张关系，同样影响了被严格控制的科学院。但是相对于风云变幻、千钧一发的政治形势，默克尔的工作环境算是相当平淡了。默克尔在措里克领导的理论物理化学领域工作了几年。后来默克尔自己回忆当时的工作，每天就是看书，然后和周围的同事讨论，运用理论和公式对实验室里的数据进行验证。除此之外，默克尔还参加了多个新项目的设立、开发。在这大量的工作之余，默克尔还攻读了博士。可见默克尔的学习、科研生活还是很充实的。不过高压的政治环境令人抓狂，默克尔身边有的同事开始受不了，准备离开东德。
离开民主德国的途径有3种：一种是逃离，直接进入西德是不可能的，柏林墙边看守森严，一不小心就可能丧命在边防军人的枪口下。只有一条充满危险的道路可以选择，从东柏林出发前往波兰或者捷克斯洛伐克，毕竟都属于“华约”组织，比去资本主义国家轻松一些，再由此进入匈牙利，最后再辗转至西德。这依然是一条危险之路，失败了将面临多年的监狱生活。第二种是依赖基督教会的帮助，通过东、西德基督教会合作的途径，以教会赎买的形式，被买进西德。东德基督教会同样被统一社会党严格控制，虽然有不少东德人通过这种途径脱离了民主德国，可毕竟数量有限，需要漫长的等待。最后一种方法就是申请合法进入西德的机会，接着，无论以何种理由，进入西德以后不回去就可以了。可是在当时的情况下，东德当局只把这种机会给确定会回来的人。
其实离开了东德并不意味着获得新生，虽然获得了自由，但也意味着东德的工作事业的牺牲，家人朋友难以再见，进入西德后的歧视等。脱离东德的人，在东德追随者眼中是“背叛者”，在部分西德人眼中是“失败者”。
年轻的科学家默克尔没有选择离开东德，她依然每天兢兢业业地做着自己的工作。但在东德政治环境和周围同事、亲友的影响下，默克尔在此时期的政治理想展现了出来。默克尔利用闲暇时间，开始大量收听阅读来自西德的广播和政治读物，以此来思考东德的政治体制等社会问题，考虑东德的未来出路，保持自己的头脑清晰，不被东德当局洗脑，不至于被压力压垮。
在大量阅读对政治体制批判分析的书籍后，对默克尔影响最深的莫过于前联邦总理路德维希·威廉·艾哈德所创立的社会市场经济学。路德维希·艾哈德认为对于社会，主要的原则是：自由是第一位的，自由是市场和经济繁荣的保证和原动力；其次为避免无节制的自由泛滥，国家应参与其中，适时控制，恰到好处；国家公民也应提高个人的修养，加强教育，这样才是民族更为深远的未来出路。其实路德维希·艾哈德的理论就是“中庸主义”，不走极端是其特色。路德维希·艾哈德的观点为默克尔所激赏，不仅促使她对当时的东德政治体制和经济有更深的思考，对默克尔从政后的政治主张都有深远的影响。
除此之外，默克尔还阅读了大量英国的共产主义著作和报刊。科学院枯燥平淡的生活，最终没能让她成为一名科研工作者。工作之余阅读的书籍、报刊，收听的政治广播，让默克尔在这几年里深刻思考了东、西德的体制、经济等各个方面，让默克尔从一名充满热情的“政治爱好者”成长为一名有自己政治主张、观点的政治家。
偶然的西德之旅
1989年柏林墙倒塌之前，东德人民被禁止自由前往西方的资本主义国家——西德。忍受不了的东德人“用脚投票”——脱离东德，进入西德，以行动表达自己的反抗。
默克尔没有参与脱离东德的自由活动，并非因为她对东德的体制有所认同，而是逃离东德需要付出的代价太过昂贵，有的时候甚至会丧命。虽然说“若为自由故，二者皆可抛”，但这样危险的选择，对于练就一身伪装，性格谨小慎微的默克尔来说，还是太过沉重了一些。
况且默克尔还与其他东德人有些不同：牧师女儿的身份是给默克尔带来了一些麻烦，但也正因为父亲是神学院的院长，默克尔得以在父亲的藏书屋里看到大量的西德“禁书”；默克尔在汉堡还有一位姨妈，因为有西德亲戚的缘故，她接触了大量西德的商品、音乐、书籍等，所以默克尔对于西德并没有到无比向往、不去不行的地步。默克尔说她从小没有穿过东德的衣服，想来也是真实可信的。
在当时的社会背景下，申请合法前往西德旅行的机会几乎为零。统一社会党当局也看出了一次前往资本主义国家旅行的机会，对当时的东德人有莫大的诱惑，统一社会党利用这一条件，诱使东德人以书写报告等方式公开宣扬东德体制等屈辱性做法来争取机会。默克尔始终不曾为了前往西德旅行而出卖自己的信仰，经受住了诱惑的考验。戏剧的是，在这样的情况下，默克尔还是在柏林墙倒塌之前，获得了一次前往西德的机会：汉堡姨妈家的表妹要结婚了。这在当时算是为数不多可以通过的理由之一了。默克尔在32岁那一年，亲自踏足联邦德国。
