1925年夏，冯沅君从北京大学研究所国学门毕业，当时国内形势发生了很大变化，北洋军阀在国民革命军北伐的攻势下，节节败退，反动政府摇摇欲坠。北京各大专学校人心惶惶，名教师受南方一些学校之邀，纷纷南下。冯沅君经女高师中文系主任、北大校友陈钟凡等人介绍到南京金陵大学、上海暨南大学、复旦大学等校中文系任教。第二年她又返回北京，一面在中法大学教课，一面在北京大学研究所国学门做古典文学研究工作，题目是“楚辞之研究”。就在这一年的秋天，冯沅君找到了自己一生的伴侣，他就是后来成为著名古典文学研究家、文学史家的陆侃如先生。陆侃如比冯沅君小三岁，江苏江门人，1926年从北京大学国文系毕业后，随即考入清华大学研究院做研究生。他也是研究古典文学的，业务上的接近，使他有机会与冯沅君接触。1927年秋，冯沅君再次赴上海任教，陆侃如不久也到上海任教，两人既是恋人，又是同行同事，他们互相鼓励，还开始了学术上的合作。当时陆侃如已完成了《古代诗史》上册的著述，正考虑撰写《中代诗史》，冯沅君精于唐诗宋词和元明散曲，就接过《近代诗史》的撰写任务，后来陆侃如着重研究唐以前的文学，冯沅君则着重研究唐以后的文学，夫妇二人“包揽”了两千多年的中国文学史。共同的爱好，和谐的性格，还有献身中国文学研究事业的精神，将两个年轻人紧紧地联结在一起。1931年，他们的爱情结晶——《中国诗史》出版后，受到不少专家的好评，被认为“取材审慎，要言不烦”，是当时唯一的诗歌史著作。鲁迅也曾专门推荐过这部作品，将两个初出茅庐的青年的著作，同王国维、郑振铎、鲁迅等大家的文学史著作并列，实在是很高的评价。
冯沅君的婚姻生活非常幸福，幸福到她几乎“关进小楼成一统”，却也使她离文学园地越来越远，甚至成了局外人。常言说愤怒出诗人，愁苦出创作，生活过于安稳反而会失去创作的动力。与冯沅君同学的庐隐、石评梅等女作家婚姻生活很不幸，年纪轻轻就不幸去世了，但都创作到了生命的最后一刻。而冯沅君在《春痕》之后再无创作，只留下了三本薄薄的小说集子。鲁迅曾十分惋惜勇敢、大胆的冯沅君中断了自己的创作，他在为《中国新文学大系·小说二集》作序的时候，即十分委婉地写道：“听说你使你的男人很幸福，我希望不至于此，因为他是苦恼的夜莺，而今沉默在幸福里了。苛待他罢，使他因此常唱出甜美的歌来。”
不管怎么说，冯沅君在婚后已经不再从事文学创作了。她的兴趣转向了学术研究，这种转向颇有些夫唱妇随的味道，同时也正是其婚姻美满的体现。从此，文学天空上的那颗星星暗了，而学术天空上的一颗新星却渐渐亮了起来。冯沅君活了七十四岁，文学创作生涯尚不足其生命的十分之一，从1923年秋开篇，至1929年初搁笔，不过六年，创作的数量也不多，然而却取得了不少作家倾毕生精力都没有取得的成绩。在20世纪的中国，她除了作为一位著名的学者、教育家之外，又是人们公认的“五四”新文学史上第一批有影响力的女作家之一。
1930年秋，冯沅君又只身回到了北京，在北大国文系讲授中国古典文学。据说，她初次讲课时，有的老学究投以怀疑的眼光，想她不过是一个年轻女子，就能站在堂堂的北大讲坛？不料，沅君却讲得有板有眼、充实严谨，博得学生好评，不仅牢牢地站稳了讲台，而且成为当时中国屈指可数的大学女教师之一。不久，她与陆侃如合著的两本专著《中国诗史》（1931年）、《中国文学史简编》（1932年）出版了。婚后，冯沅君夫妇在从事古典文学研究的同时，还有一个共同的心愿，就是出国留学。于是小两口节衣缩食，积攒了一些钱之后，于1932年夏从上海乘邮船去了法国，双双考入了法国巴黎大学文学院博士研究生班。次年，她的论文集《沅君卅前选集》由上海女子书店出版。
在法国留学期间，冯沅君和陆侃如还参加了法国著名作家巴比塞组织领导的“反战反法西斯同盟”。这个同盟下设中国留学生支部，参加的人除了冯沅君夫妇之外，还有著名的“现代派”诗人戴望舒和戏剧家李健吾等人。他们办了一张油印小报，由冯沅君夫妇负责编辑，他们经常借巴黎的咖啡馆聚在一起，讨论世界形势和文艺问题，也讨论马克思、恩格斯著作的法文译本问题。1935年，冯沅君与陆侃如在法国完成学业，获得了博士学位，他们放弃了在巴黎工作的机会，毅然回到贫穷落后、灾难重重的祖国。陆侃如去北京燕京大学教书，冯沅君赴天津河北女子师范执教，直到抗日战争爆发。这期间，一次偶然的机会，夫妇二人见到一部世间罕见的奇书《九宫正史》，遂激起了他们整理南戏资料的兴趣。两年中，他们利用课余时间，完成了一件南戏曲文的辑遗工作，编成了《南戏拾遗》一书。正是这一次偶然的机会，冯沅君的兴趣又发生了转移。这一次转移倒是没有第一次转移（由创作转向研究）的跨度那么大，然而毕竟也是一次不小的变动。她由诗词、散曲的研究转到古代戏剧方面的研究，并撰写出了《古剧四考》等学术价值颇高的论文。冯沅君在中国诗史、文学史、戏剧史三方面都做出了贡献。
