不幸的是，反洋人的活动愈演愈烈。1898年7月，戊戌变法进行得如火如荼的时候，光绪帝发布了一道诏书，要求各个行省在处理与传教士和其信徒的关系时，严格遵守之前与西方各国签订的条约。而光绪帝最终没能如愿以偿，他的失败是保守派所希望的，也是保守派对变法的一次成功干扰。9月13日，在重庆周边地区发生了攻击传教士的事件；11月初，中国内陆传教士弗莱明在贵州被杀；1899年1月，一位法国神父在湖北被折磨致死，他的遗体在宜昌被扔在大街上供人们观看。在同一个月里，四川又掀起了反洋人的活动。最终这些地区受到了朝廷的严厉处罚，但是整个中国反洋人的氛围日渐浓烈。1899年春天，人们企图将外国公使团在去年十月召到北京的护卫队驱逐出境。虽然光绪帝企图与西方修好，但是轰轰烈烈的反洋人运动已经势不可挡，遍布全国。
1899年开年之初，年迈的李鸿章得到慈禧太后召见。值得注意的是，此次觐见，李鸿章享受了一次特别的待遇，在向慈禧太后叩头行礼之后，慈禧太后赐予其一张凳子，允许其坐在凳子上进行交谈，这也是她对李鸿章特别的厚爱。慈禧太后将李鸿章从治理黄河的工作中召回具体有着怎样的意图我们不得而知。但是可以肯定的是，中国的外交政策将会有所变化。
在光绪帝在位的最后一年里，他目睹了西方列强一次次对中国残暴地掠夺。慈禧太后在她重新垂帘听政后，发现西方列强正步步逼近，在更多的地区划定势力范围，希望在华攫取更多的利益。俄国、德国、法国以及英国对他们在华的既得利益一点也不满足，法国甚至为了得到上海和四川的特权，在海上不断对清政府进行威胁。而葡萄牙企图延长占领澳门的时间，比利时则向清政府请求获得汉口的特权，日本对福建势在必得，西班牙正寻找机会向清政府提出赔偿。此时，带给清政府最大麻烦的是意大利。
1899年初，与强行租借胶州湾、旅顺港类似，意大利也打算向清政府“租借”浙江三门湾。但是当3月底意大利使臣向清政府正式提出他们的诉求，强迫清政府“租借”三门湾时，这意味着战争即将到来。
慈禧太后随即给沿海所有总督和高级官员发布了一道密旨，命令他们一旦有外国军队武装登陆，一定要奋力抵抗。而总理衙门对于意大利的要求也不予理会。其实这正中了意大利的下怀，他们是有备而来，故意找借口挑起战争，这样就可以通过外交手段要求中国对其进行赔偿。虽然直到11月底，局势一直相当紧张，但中国始终寸步不让，最终意大利也只能作罢。
在战争恐慌的阴影下，慈禧太后最得意之事就是与日本结成了攻守同盟，这是自1894-1895年中日甲午战争被日本打败、北洋水师全军覆没以来，慈禧太后第一次向日本伸出友好之手。接着大清派使团出使日本。此行的目的是进一步确认中日结成攻守同盟。但由于一些原因，也有可能是因为大清使臣能力不足，此次出访毫无收获。
慈禧太后此时似乎已经确定中国再也不可能找到任何可以保护自己免受贪婪的西方列强入侵的武器了，因此为了避免大清江山变得支离破碎，大清只有完全依靠自己。改良派曾经推崇的文明如今侵入中国，使得中国生灵涂炭，这让曾经热心于西方理念的改良派十分受挫。李鸿章建议，没有比依靠俄国更好的办法了。俄国是亚洲面积最大的欧洲国家，有能力保护大清。但是，依靠俄国的代价是高昂的，且俄国只答应帮助中国对付一个西方列强。
慈禧太后还能求助谁呢？在慈禧太后最需要帮助的时候，义和团出现了，这给了她极大的希望。她认为，这是上天的旨意。接着，她与义和团通力合作，在海上就将入侵者驱逐出境，再现了天朝昔日的荣耀。慈禧太后是一个极其封建迷信的女子，与此同时，她还有一颗强烈的爱国之心。为抵御外敌，她开始转而支持义和团运动，并认为义和团是上天赐予她的盟友。
在1899年7月，慈禧太后突然下令在全国进行财政体制改革，防止地方财政出现腐败，其实这一做法是借鉴之前改良派的变法而来的，以此扩充国库。
虽然此时康义极想得到两广总督的职位，但慈禧太后还是指派他专门管理地方反腐倡廉之事。最终，康义被慈禧太后指派为户部特别专员，命其想方设法壮大国库，增加国库收入，这也使得他在外国人中得到了一个外号，叫做“敛财者”。在大清与西方列强的矛盾再次爆发时，大清国库已经积累了大量财富。
1899年夏天，关于宫中阴谋论的谣言再次漫天飞舞。谣言称，光绪帝是真的生病了，而且很有可能会突然驾崩。此时，慈禧太后也害怕别人会在她食物中下毒，因此命令她的亲信荣禄对厨房进行严厉监督。
据说，荣禄与庆亲王的关系早已势同水火。庆亲王是京畿部队首领，在处理北方军队事务中有绝对的发言权。在皇室中，庆亲王有着强大的背景，而他对荣禄与慈禧太后如此亲近又十分妒忌。8月底，二者关系更是到了剑拔弩张的地步。
如果他们真的把矛盾摆到台面上，那么他们所在的两个势力间的斗争会变得异常激烈。而这两股势力中的成员将会忙于上奏折言辞激烈地谴责对方。中国沿海一份报刊？讥讽道“潮水般涌来的奏折让慈禧太后厌烦不已，并通过军机处之口指责庆亲王，以示不满。
然而，当荣禄一派发现慈禧太后的天平偏向自己时，甚为欣喜。不久之后，慈禧太后在军机处接见荣禄，一针见血地问道，屠守仁是谁。荣禄深知慈禧太后心中所想，便坦言，两年前康有为到北京第三次参加会试时，屠守仁对其极为欣赏，还把康有为变法文章推荐给光绪帝。
荣禄解释完毕时，慈禧太后只是对其微微一笑，虽然她未发一语，但她心里明白荣禄对她的重要性，她也清楚荣禄作为打击改良派的主力，他与改良派之间是不可能有什么瓜葛的。然而，荣禄与康有为的一个支持者却保持着良好的关系，如此奇怪的事情让慈禧太后心中一震……但大多数人认为，与庆亲王相比，荣禄会更得慈禧太后厚爱。”
9月的时候，京城传言满族旗人正酝酿一场阴谋，他们想要彻底除掉慈禧太后、荣禄、庆亲王以及所有大权在握的人，这样他们就可以代替他们，掌握朝庭大权。慈禧太后听闻，十分惶恐，每次出行都要有至少五十名太监的陪伴，而这些太监身上均配备着毛瑟步枪，另外还有三十名精心挑选的武士陪伴左右。
？《天下新闻》1899年9月版。
光绪帝最后一次出现在公众面前是9月22日到天坛祈雨，此次出行，光绪帝被给予了很大的自由，慈禧太后甚至还允许他在军机处的会议中发言。但自从他被软禁，面对一切国事，他基本上都会保持沉默。在10月底接见俄国使臣时，坐在皇位上的居然是慈禧太后，而光绪帝在皇位下面的位置就坐。
显然，慈禧太后并没有让光绪帝回归朝野，回到原来位置的打算。实际上，从1899年秋天直到第二年开年，光绪帝得到的都只有残酷的打击。但慈禧太后对待光绪帝的真正想法，我们却很难彻底看透。通常，慈禧太后对待光绪帝都是非常残酷、严苛的，但有时候她却会一改往日的严厉，变得仁慈宽厚起来。慈禧太后如此行为，也只有“反复无常”才能形容了。慈禧太后似乎不时地会想起，光绪帝其实还是个孩子，是她在大雪天将他抱回宫并把他一步步扶上皇位，但她有时又会突然想起他是康有为的支持者，他们变法的胜利将意味着她的死亡，也意味着她政治生涯的终结。
