后来，周祖训回忆说，在“反右”运动中“党对我的处理是严峻的，同时也是宽大的”。所谓“严峻”，就是仅仅根据他在市政协会上的发言，就把他划为右派分子，撤职降薪（撤销漯河高中副校长和市政协常委职务，工资由每月114元降为25元），天天大会批小会斗，劳动改造。所谓“宽大”，是把敌我矛盾作为人民内部矛盾处理，保留他的选举权和市政协委员名义，还给他比一般右派较高的工资（起初25元，后增为42元）。这样的处理，使周祖训感到共产党“有威可畏”，“有德可感”，为以后的顺利接受改造打下基础。
周祖训被错划为右派分子后，撤销副校长职务他并不太在乎，但对于被剥夺从事教育工作的权利，他感到十分痛苦。他自幼受祖父的熏陶，少年时就立志终生教书育人；大学毕业后，从教20多年来，成绩斐然，屡受嘉奖，倍感当教师的神圣与光荣。而如今，除垂手低头恭立接受师生没完没了千人一腔的批判外，限制人身自由，不许乱说乱动，不允许接近师生，他感到莫大的痛苦。他曾多次于梦中在教研室里与教师兴致勃勃地研究教材教案，在课堂上全神贯注地听课，在操场上与师生一起锻炼身体；可是一觉醒来，自己却成了专政对象，根本没有资格与师生接触，即刻老泪横流，痛心不已。
周祖训被划为右派后，开始每月只发25元的生活费，妻子没有工作，家中还有儿子和继祖母，生活难以维持。为了生存，妻子常到田野里挖野菜；他除接受批斗和劳改外，还挤时间去工厂里拣没有烧透的煤核。后来，他买了几只山羊，叫妻子喂养，一则想增加些收入，弥补经济拮据；二则可增添些生活情趣。可是，后来学校不叫喂养，予以没收。
对于参加体力劳动，接受改造，周祖训毫无怨言，从无抵触情绪。因为自幼祖父就对他严格要求，曾进行吃大苦耐大劳的教育和锻炼。他青年时代，又深受人民教育家陶行知的影响，陶行知不当教授当乡村教师，不当大学校长甘当“挑粪校长”，使他镂骨铭心。他从教后一直坚持对学生实行生产劳动教育，成为著名的生产劳动教育家。开始，叫他参加力所能及的体力劳动，他主动认真，踏实肯干，任劳任怨。例如，叫他打扫校园，他就把地扫得干干净净，如果掉个柴棒、纸片，他都随时捡起来；叫他清理厕所（当时没有水冲厕所），他就把粪便掏干净，担到田地里去；叫他栽树，他挖的坑又快又标准，栽的树苗成活率百分之百；叫他烧洗澡水，他把洗澡水烧得冷热适中，还常把没烧透的煤核捡出来，和在新煤里再烧。可是，后来竟叫年逾半百的他，参加难以承受的体力劳动，例如叫他参加修筑铁路路基，到农村挖水塘，坡陡路滑，抬大筐的土，一天干下来，累得肩肿腰痛腿酸，收工回家时，连路都走不动，晚上躺在床上，浑身像散了架，疼痛难忍。第二天还得起早拖着疲惫的身子上工地。特别是到砖厂脱坯，不仅活重，而且他脚患湿疹，又要赤双脚跳进泥堆里和泥，结果双脚红肿溃烂，疼得钻心。这种无情的劳动惩罚，曾使他一度陷入悲痛欲绝的境地，甚至产生过自尽的闪念。但他受过良好的教育，具有顽强的意志和良知。在绝境中他想起了祖父和先哲的教诲：“君子求诸己，小人求诸人”，“人一能之己十之，人十能之己百之，虽愚必明，虽弱必强”，“天行健，君子以自强不息”，“故天将降大任于是人也，必先苦其心志，劳其筋骨，饿其体肤，空乏其身，行拂乱其所为，所以动心忍性，曾益其所不能”，“天生我才必有用”等等。他经过激烈和痛苦的思想斗争，终于战胜痛苦，战胜自我，一次又一次地暗暗鼓励自己：要咬紧牙关，要坚强，要挺得住，要顽强地活下去，坚信共产党终有一天会实事求是地落实自己的问题。于是，他鼓起了勇气，看到了光明，产生了信心和力量，在艰难困苦中坦然自若，随遇而安，顽强挣命！经过两年多艰苦而繁重的体力劳动，他的手掌、脚板和肩膀上都磨出了厚厚的老茧，身板更硬朗更健壮了，真乃是“塞翁失马，安知非福”。
在他最艰难的日子里，一些同情他的好心人，曾悄悄地劝他说：“你被划为右派是冤枉的。在三十年代白色恐怖下，你冒险救过吴芝圃，他现在是省委书记，你找找他叫他替你说说话。”周祖训坦然地说：“投奔解放区，是我自愿的。‘反右’运动不是针对我个人的，也不是吴芝圃一人之政策，何况还给我以出路，‘求仁而得仁，又何怨？’我虽划为右派，对共产党并无怨恨。”面对变幻无常的政治风云和坎坷逆境，周祖训始终抱着坦然、豁达、乐观的态度，从不发牢骚，讲怪话，怨天尤人。
1959年初，组织上决定调周祖训到漯河四中去教书。同病相怜的老友边成武羡慕而关切地对他说：“你劳动改造的苦日子，终于熬到头了，祝你到四中好好教书。”周祖训把自己的劳动工具送给边成武，彼此又相互说了一些鼓励和安慰的话就告别了。周祖训到四中后，学校安排他教初中物理。他梦寐以求的教书愿望终于实现了。他喜出望外，全身心投入教学工作，认真钻研教本，精心编写教案，一丝不苟地向学生讲授。第二学期，因缺生物教师，学校又叫他去教生物，生物课他依然教得很出色。当时的中学外语科大都开设俄语。1960年中苏关系破裂，中学生都又改学英语。四中缺英语教师，学校又叫他教英语。他教一科爱一科，科科都能胜任，都讲得很好，深受学生欢迎。
1960年，因天灾人祸，全国发生大饥馑，河南由于浮夸风严重，吃大食堂，有些地方饿死不少人。周祖训长期吃不饱，加之劳累过度，出现头痛，发高烧，不想吃饭等症状，经医生检查，确诊为严重的浮肿病。经上级批准，叫他到市浮肿医院疗养。浮肿医院供给的全是白面，基本可以吃饱，每天早晨还供应半斤奶，又有红糖煮大枣。在浮肿医院里住了一个半月，他身体恢复了不少，就回校任课了。
周祖训不仅课教得好，而且自觉接受劳动改造，常常利用课余时间，打扫院子卫生，还给各教研室提送开水。1962年，在讨论给周祖训摘掉右派帽子的大会上，很顺利地获得了全体教师的一致通过，工资也由42元增加到80元。
