“谈判”结束后，卡尔和亲王们商讨决定再次强攻耶路撒冷，十字军们再度集结到圣城之下，准备夺下这远征的最终目标。
因为时间过于仓促，威尼斯船队只运来了一批数量不多的木材，不过它们用以构筑攻城器械夺取耶路撒冷已经足够。已经在城下等待了太久的十字军战士急切地把木料卸下，在耶路撒冷城墙的南北两段各搭起两座攻城塔。
在搭建攻城塔的过程中，马龙特意身着白袍，站在一处山丘上，对着月光，整晚整晚呆若木鸡地盯着天空的繁星发呆。他特意让其他人不要打扰他，许多人相信他在通过苦修来探寻上帝对十字军的启示，而少数人只是认为他在装神弄鬼或者压根就是疯了。
马龙身着白袍在军营外杵了整整一夜。第二日早上，他带着毫无血色的脸和充满血丝的眼睛进了卡尔的军帐，把后者吓得不轻。马龙开口说：“十字军要脱下甲胄，忏悔后身着素衣在耶路撒冷城外赤足游行一周。”
卡尔迷惑地皱着眉头，可马龙一直面无表情地站在那盯着他看，卡尔环顾了一下四周，什么也没说，点了点头。
阿杜拉正在城中为十字军即将开始的第二波攻势调度军队之时，有传令兵来报：十字军在耶路撒冷城下赤足游走！无论这种行为是出于虔诚还是绝望，都让阿杜拉和耶路撒冷的守军十分费解。阿杜拉带上武器穿上戎装，登上城墙之后，发现十字军真的在赤足环着耶路撒冷游行。
阿杜拉命令城墙上的士兵随时待命，一旦十字军进入射程就射击。但十字军始终只是排成一长列，每个士兵都着单衣，光着脚，绕着城墙前进。十字军的口中有时还念念有词，疑似在念经文。
游行队伍中为首的是一个身着白袍、拿着一杆破枪的教士，那是教宗特使马龙，但阿杜拉不认得他。阿杜拉只是一直谨慎地在城墙上转圈圈，观察着十字军。
当马龙快要绕行完耶路撒冷城墙一周时，他突然把圣枪朝地上插去，将枪尖朝上立在了原地。然后马龙拍拍自己长袍的袖子，如若无人地朝着城墙走去。守军一时没反应过来，愣了一会，两名弓箭手才赶忙张弓，瞄准了那个不知死活的教士。
说来也巧，这时莫名其妙地刮来一阵风，扭曲了箭矢的弹道，两支箭都射偏了，马龙毫发无损。马龙对于有人攻击他完全不在意，他不紧不慢地又走了回去，袍子随风飘扬。
城墙上的守军面面相觑，完全懵了，全部傻了吧唧地看着马龙走回，而不继续攻击。
马龙走到原来的位置时，把圣枪再原地拔出，高高举起，深吸一口气，用尽毕生的力气大喊：
“神的旨意！”
十字军战士们都认为这是奇迹，爆发出了山呼海啸般的呼声，皆随：
“神的旨意！”
1099年一月底，十字军拉开了第二次强攻耶路撒冷的序幕。
南北的各两座攻城塔分别由卡尔和约安尼斯负责指挥两人花了一天时间调遣军队和攻城塔就位。入夜时，双方的殊死搏斗开始。
十字军披坚执锐悍不畏死地一波波涌上城墙，他们不得不暴露在阿杜拉军队的弓箭、落石、飞矛之下。前面的战友尸体已经把道路堆满，后方的战士则无情地将尸体扫下，然后很快倒下。
守军疯狂的火力击杀了无数强攻城墙的十字军，阿杜拉还亲自督战，在防御的同时尽力要摧毁攻城塔。危急关头，阿杜拉甚至用上了从东罗马帝国缴获为数不多的希腊火，点燃了约安尼斯所指挥的一座攻城塔，烧死大片攻城十字军。
十字军死伤人数超过四分之一，如果再不拿下耶路撒冷，所有的希望就要破灭了。
最后关头，约安尼斯穿上了他特制的紫色铠甲，让他身旁的旗手高举起了帝国的鹰旗，亲自上了阵。
主帅亲自带队总是一种屡试不爽能激励士气，却又风险极大的做法。约安尼斯的打仗风格求稳，以前几乎不冒风险在前线出现。见他们的老将军出马，东罗马的军队士气大振。约翰见状也唱起了瓦拉几亚的民歌，带头冲了阵。终于，又一次血战后，耶路撒冷南部城墙段的一处成功被十字军登上并肃清。
另一边，北部城墙段的十字军也取得了进展。在攻势受阻后，卡尔做出了一个大胆的决定：把其中一座攻城塔就地拆掉，继续另一座攻城塔上的攻势，然后把拆掉的攻城塔借助夜幕重新在守军薄弱的城墙段组装。
这个冒险的做法取得了成功，卡尔的部下十分迅捷地在天亮之前就搭建好了攻城塔。两位巴伐利亚骑士顺利跨越城墙，打开了城门，于是十字军涌入耶路撒冷城内。
阿杜拉想要继续在城内和十字军进行街道巷战，不过事情不如他所愿。当阿杜拉派兵让守军和北边的十字军进行着激烈的街道巷战时，又传来了南边的城墙也被攻破的消息，受到两面夹击的守军彻底崩溃，四散而逃，被敌人所杀。
见大势已去，阿杜拉从混乱的城市中艰难前进，找到了卡尔，向他投降，要求是卡尔必须尽全力保全耶路撒冷的伊教徒和犹太人的性命。
卡尔展现出了他的气度，对阿杜拉这个可敬的对手表示了敬意，在收取了一笔金额不大的赎金后，他把阿杜拉和他的随从护送返回了埃及。同时，卡尔让几个骑士带着维特尔斯巴赫家族的旗帜这是城内到处巡游，让城中居民到教堂和清真寺内避难，卡尔会保护他们。
不过卡尔清楚，这样做只能挽救一小部分人的生命。作为一个中世纪领主，他本人并不反对在破城之后的劫掠和屠杀行为，只要耶路撒冷的建筑物受损程度不大就可以了，这不用说十字军们也明白
在神圣的教堂注视下，暴行随处可见。压抑了太久的十字军战士们疯狂地砍杀和抢劫着城内的异教徒，因为基督徒已经被阿杜拉预先驱逐出去，战士们对自己的行为并没有任何负罪感。
著名的哭墙下，大概有两百多犹太人祈祷着避难逃亡至此，很不幸，这里已经有等候多时的十字军了。十字军粗暴地把这些手无寸铁的犹太居民身上的财物搜刮抢夺，无视一遍遍的苦苦哀求和撕心裂肺的哀嚎，将他们推入只离哭墙五十米远的一处大坑活埋。
而阿克萨清真寺的情况也大抵相同。几个留在清真寺的毛拉领着几十个伊教徒手拉手挡住了门口，意在向十字军抗议。在阿克萨清真寺前的瓦拉几亚公爵约翰也是很给面子，下令用石头活生生砸死了这些人。
由于没有掳走异教徒小孩或者异教徒贵族做奴隶和人质的打算，十字军没有放过他们见到的任何一个活人。当然，他们还是能辨认出一起烧杀抢掠的战友的。
因为不许放火破坏耶路撒冷，清理尸体最有效的方式就是杀死后活埋。很可惜，十字军在这方面做得并不好。杀得红了眼的十字军都忘记了晚杀一些人胁迫他们挖填埋坑，杀掉居民后只能自己动手挖土。结果就是很多填埋坑挖得并不深，城内的空气中弥漫着浓浓的血腥味和尸臭味，整整一周都消散不尽，极度让人反胃。
耶路撒冷居民唯一能幸免于难的地方是圣墓大教堂。在那里，卡尔和马龙组织亲兵把守着四周，使得躲在这里面的几百名市民捡回一条命。
即使是按中世纪的标准，耶路撒冷当时的屠杀也异常残暴。血液充斥着圣城的街道，并不是所有人都能幸运地抵达圣墓教堂寻求庇护或者像阿杜拉那样直接向十字军亲王投降。
亲王们都没有约束好自己的手下，像恩里克、约翰这样的还亲自加入劫掠队伍中去。卡尔没有对被屠杀者展现同情，他比较关心自己的名誉。约安尼斯不是很赞同屠杀，但当东罗马的军队也加入这场“狂欢”之时，他选择了睁一只眼闭一只眼。总的来说，耶路撒冷的人口是被消灭殆尽了。
这之后，关于耶路撒冷的大屠杀有这么一首儿歌传播，（据说）是一位在圣墓教堂中藏身而侥幸活下来的阿拉伯小女孩目睹了十字军屠城的实况之后自己编唱的。
头戴钢盔的人，
手拿长枪的人，
脸上白白又红红，
把姐姐的脑袋砍下。
操着长剑的人，
发色金黄的人，
嘴里喊着奇怪的话语，
剁碎了爸爸的脚。
挂着十字的人，
眼睛蓝蓝的人，
高兴地笑着跑着，
踢碎了妈妈的身子。
哥哥抱着我，
背对着他们奔着，
进了一处大大的房子，
我趴在窗台看着。
头戴钢盔的人，
手拿长枪的人，
脸上白白又红红。
操着长剑的人，
发色金黄的人，
嘴里喊着奇怪的话语。
挂着十字的人，
眼睛蓝蓝的人，
高兴地笑着跑着。
他们劈刀又抽刀，
他们挖坑又埋人，
他们唱歌又跳舞。
他们，
杀了姐姐，
杀了爸爸，
杀了妈妈，
还有我亲爱的哥哥。
在二月八日左右，耶路撒冷才恢复秩序（因为基本上没有本地居民活在城内了）。在十字军出征后，过了漫长的两年，亲王和将士们终于完成了他们的毕生理想。不过，在经历了初次见到耶路撒冷的喜悦、九死一生的攻城战和破城后的疯狂洗劫，大部分十字军战士都显得有些迷惘，并没有继续着狂热的庆祝。
此时，十字军中还活着的人是从君士坦丁堡出发时的三分之一还要少一点。
随后，圣墓大教堂中，亲王们再次召开会议。
马龙一开始便阐明：“现在绝对不是讨论土地划分问题的时候，诸位请把重心放到如何应对法蒂玛王朝摄政阿尔-阿夫达的即将到来的军队上去。”
卡尔点点头：“我同意。法蒂玛王朝的使节在上次笼络我之时，直接便告诉了我他们援军将至的消息。这足以说明对方底气和筹码都很足。”
约翰摊手道：“可那个使节傲慢地认为咱们连耶路撒冷都拿不下来，现在呢？我们就应该主动出击，让他们尝尝我们的厉害！”
马龙挠挠头，说：“瓦拉几亚公爵不要忘了，咱们现在兵力不足六千了。而对方的人数预估是多少呢……”
“五万。”卡尔接。
“这不算什么嘛……看看康拉德，他当初可是用几百人就大破万人之敌呢！”
康拉德尬笑一下：“那可不能同日而语……”
于是约翰又说：“别这么没自信，还有彼垂……”
气氛时冰冷起来。
一分钟。
两分钟。
三分钟。
“我看我们的胜算并不是很大，不如想办法和对方议和吧？能拿下耶路撒冷已经证明了我们的实力了，想办法在谈判中保住圣城就行了。”恩里克平静地说。
“在这种情况下，不进一步获取胜利，我想对方不会给我们好果子吃的吧。”康拉德说。
“即使能保住圣城那也要用先前许多十字军以血和铁换来的土地做交换，这绝非我们想要的。而且这样一来圣城也是保不住的。”约安尼斯说。
恩里克没有说话。
卡尔的手颤了一下，说：“老将军说得没错，但是问题就是这仗该怎么打。”
康拉德讲：“我想在耶路撒冷就地防守或许有胜算罢。”
“那无异于自寻死路。我们没有援军。”约安尼斯说。
约翰转向约安尼斯，说：“阿莱克修斯陛下呢？”
约安尼斯问：“公爵认为从君士坦丁堡到耶路撒冷快还是从埃及到耶路撒冷快？”
约翰嘴角向下，“语无伦次了：这，我，额……”
“那，还是只能孤注一掷，和异教徒野战了吗？”卡尔扫扫亲王们，道。
约安尼斯点点头。
恩里克和康拉德接着也点了点头。
然后是约翰点了点头。
马龙则在胸前连画十字，念着：“愿主保佑。”
恩里克用手撑着头，对卡尔说：“我会让威尼斯船队在沿岸侦查的。”
卡尔有些强做振奋地说：“嗯……好！有威尼斯船队帮助侦查，如有神助！”
会议在有些悲观的气氛下结束。耶路撒冷并不是终点，第一次十字军东征的最后一战即将开始。
