姚广孝、解缙、杨士奇等人制造出这两次意外，都没有留下证据。即便朱棣让马三宝彻查，也会查不到任何东西。他们很清楚地知道，要是让朱棣知道这两次意外都是他们所为。以朱棣对徐仪华的在意程度，一定会取他们性命，所以他们决定把这些秘密烂在肚子里。
徐仪华没精打采地说：“芍药，你把这些饭菜都拿出去，我不想吃。”芍药为难地说：“小姐，你多少都要吃一点。你已经有好些天没有吃东西，再是这样下去你的身体还怎么受得了。”徐仪华没有说话，默默把头转到一边，不再理会芍药。芍药坐到床边，握着徐仪华的手，说：“小姐，奴婢知道失去这个孩子，你一定很伤心、难过，可是你不能不爱惜自己的身体，这样王爷会很伤心的。”见芍药提起朱棣，徐仪华把脸转过来。
徐仪华问芍药朱棣怎么样？芍药说这些天朱棣为了追查凶手，都没有好好休息，整个人消瘦了不少。听见芍药这样说，徐仪华眼泛泪光。芍药借机劝说几句，徐仪华终于肯吃东西。朱棣到房间探望徐仪华，徐仪华看到朱棣憔悴的样子，心里面觉得很心痛。徐仪华用手抚摸朱棣的脸，哭着说：“王爷，都是我不好，是我没有能力保护我们的孩子。你本来就事务繁多，现在又要追查杀害孩子的凶手，我真的觉得自己很没用。”
朱棣把徐仪华拥进怀里，安慰地说：“仪华，你不要这样说自己。我从来都没有觉得你没用，相反你一直帮了我很多。正因为有你在，我才能去做我想做的事情。至于孩子的事情，这更加不是你的错，是有人蓄意谋害，你不需要责怪自己。”朱棣说完之后，徐仪华哭得更加厉害。一会儿之后，朱棣放开徐仪华，用手为她擦眼泪。
徐仪华问朱棣追查得怎么样？朱棣说马三宝那里没有查出任何东西。朱棣冷冷地说：“自从谢贵和张信掌到了北平之后，你就接二连三出事，这让我不得不怀疑。徐仪华不可置信地问：“谢贵和张信掌是奉命来到北平，难道是允炆让他们这样做的？”朱棣咬牙切齿地说：“虽然三宝查不出任何东西，但是这不代表他们没有嫌疑。”
徐仪华激动地说：“他们为什么要这样做？这只是一个孩子，为什么他们不能放过？”朱棣冷哼一声，说：“他们是允炆的臣子，自然要唯命是从，他们根本不会管这是大人还是孩子。以前是我太重情义，从今以后我不会再对允炆有任何幻想。既然允炆不给我活路，我也不会对他有一丝怜悯。”说到最后，朱棣的脸上怒目圆瞪。
徐仪华知道，朱棣已经决定谋反。徐仪华握着朱棣的手，温柔地说：“王爷，无论你做什么决定，我都会支持你。你安心去做你想做的事情，其他事情我会处理好。你不需要担心我和三个孩子，我们会照顾好自己。”听到徐仪华这样说，朱棣的心里面觉得很感动，他把徐仪华紧紧拥进怀里。
朱棣就到书房，与姚广孝、解缙、杨士奇等人商量造反事宜。朱棣想着把谢贵、张信掌诱到燕王府杀死，一泄心头之恨。朱棣让马三宝传递消息，说自己因为徐仪华滑胎变得疯疯癫癫。马三宝把这个消息传遍北平，谢贵、张信掌听到之后，就第一时间到燕王府。谢贵、张信掌看到朱棣疯疯癫癫，再听到徐仪华在一旁泪如雨下地诉说，他们都信以为真。
谢贵、张信掌宽慰徐仪华几句，就离开燕王府，朱棣知道自己的第一步已经成功。朱棣让人秘密到应天府，把一些文臣武将收为己用。这些文臣武将都是不满明惠帝朱允炆，觉得他没有为明朝立下任何汗马功劳，根本没有资格登基为帝。除此之外，朱棣又招降一些蒙古士兵，以扩充自己的军队。
齐泰无意中得知朱棣的部下邓庸到应天府办事，让人逮捕邓庸。经过一番审讯，齐泰从邓庸身上得到朱棣谋反的证据，齐泰把所得的证据呈交给明惠帝朱允炆。明惠帝朱允炆看到之后龙颜大怒，他不明白为什么对明太祖朱元璋许诺会效忠自己的朱棣会谋反。明惠帝朱允炆下旨把朱棣的亲属逮捕到应天府，并且命张信逮捕朱棣。
张信表面上是明惠帝朱允炆的臣子，但是已经投靠朱棣。朱棣觉得事情已经迫在眉睫，于是就擒杀谢贵、张信掌，并且命张玉、?朱能率军攻克北平九门，把北平收归己有。朱棣向邻近的几个州县发动军事进攻，借口要清除朝廷里面的奸佞之徒。朱棣让姚广孝、解缙、杨士奇等人精心策划几篇檄文，这几篇檄文都在说朱棣正在进行终止内乱的正义行动。
无论是儒家崇尚的孝道，还是规定诸王义务的《祖训录》，他的行为都是正确的。朱棣指责明惠帝朱允炆毁坏明太祖朱元璋的寝宫，背弃明太祖朱元璋对的遗训。朱棣还指责明惠帝朱允炆受黄子澄、齐泰、方孝孺的蛊惑，对诸王进行迫害。朱棣控诉明惠帝朱允炆让谢贵、张信掌伤害徐仪华和腹中胎儿，逼得他不得不起兵谋反。
朱棣觉得自己是正当防卫，他要求明惠帝朱允炆除掉黄子澄、齐泰、方孝孺，恢复明太祖朱元璋的法律和制度。朱棣声称，因为自己是诸王之首，有义务执行这次的惩戒。朱棣在檄文里面盟誓，自己并没有想要做皇帝，只是尊崇《祖训录》中的规定，清除朝廷之中的奸佞之徒。
这几篇檄文一出，让北平的百姓对朱棣表示深深的同情，同时对明惠帝朱允炆厌恶至极。这让朱棣的谋反立得住脚，也帮助他集结到可以对抗朝廷的人马。徐仪华为朱棣穿上盔甲，穿戴完毕之后朱棣握着徐仪华的手，调笑地说：“仪华，现在的我是不是比任何时候都要英气逼人？”徐仪华微微一笑，说：“王爷，无论是什么时候，你在我的心目中永远都是这么英气逼人。”徐仪华说完就一脸痴迷地看着朱棣。
朱棣用手抚摸徐仪华的脸，温柔地说：“帮我好好守着北平，等我凯旋而归。”徐仪华握着朱棣放在自己脸上的手，用侧脸蹭朱棣的手心，点了点头。朱棣深深看了徐仪华一眼，随后就转身离开。朱棣誓师对抗朝廷下谕将士，打着“清君侧”的旗号起兵“靖难”，至此与朝廷的军事对峙就此开始。
战事之初，因为朱棣在北方经营颇久，北方诸将大部分都是朱棣旧部，投降朱棣的将士甚多，很快朱棣就攻下通州、蓟州、怀柔等城。明惠帝朱允炆封耿炳文为大将军，率军三十万讨伐朱棣。耿炳文派一支九千人的先锋军抵达雄县（今河北省保定市雄县），但是受到朱棣的偷袭，九千人全部战死。其后耿炳文与朱棣在正定相遇（今河北省石家庄市正定县），最终被朱棣打败。
明惠帝朱允炆以李景隆代替耿炳文，率领五十万大军围攻北平。朱棣亲自率领精偷袭大宁，抓住宁王朱权和妻妾、孩子，并且得到朵颜三卫骑兵，军力瞬间骤增。朱高炽收到李景隆率领五十万大军围攻北平的消息，就立即找徐仪华商量。
徐仪华平静地说：“李景隆缺乏计谋又骄傲自负，外表强硬但是内心缺乏勇气，刻薄善妒却又不肯接受别人的意见。但是毕竟李景隆是一个将军，不是这么容易对付。如今他奉命围攻北平，我们只能坚守，千万不能出城迎击。”徐仪华随即下令撤去卢沟桥的守军，装作毫不设防的样子，以诱使李景隆的军队长驱直入。不得不说徐仪华的这个计谋设想得很周密，但是同时也很冒险。
