木叶61年。
一群自称“玩家”的人闯入忍界，伴随着他们的还有一群不知名的怪物。在特定的区域里，强行抽取世界的人们参与“游戏”。
而这个游戏，被称之为【副本】。
玩家在副本中大肆杀戮，寻欢作乐。
忍界开始大乱……
同年，大蛇丸闯入副本，获取玩家血液后，开始疯狂研究。最后，他研制出了一种叫做“奇葩”的注射药物。
这种药物在注入人体身上的时候，可以获取副本的相关消息。并以玩家对立面的身份，参与副本。
木叶62年。
因获取玩家信息过多，忍界众人得知了月之眼计划的真相。然后对晓组织成员“绝”进行处死，以绝后患。
有了共同的敌人，忍界各国开始和平共处，一致对外。
受各国邀请，原晓组织在火之国与田之国的边界处，创办了忍界联合学院。
校长由长门担任。
各国定期给与学院物资支持。
联合学院的目的是为了培育下副本的忍者，各大国需负责定期派遣忍校毕业的学生，前往当地学习并任职。
他们代表着各自的国家，定期前往副本。获得功勋的人，联合学院会奖励赋予其代表国荣誉称号。
木叶63年。
忍界联合学院建设完成，与忍界各国一同对外。
从此，进入规模化战争时代。
故事由此展开……
