演化不是动物进化成人，生殖隔离是判断新种最重要的标志。全部人类都只有一个共同人类祖先，世界各地猿猴也都只有一个共同猿猴祖先，绝对不会出现印度人和印度猿猴血缘关系更近，反而和欧洲人血缘关系更远的现象。所以，除人类以外，所有动物如黑猩猩哪怕以后演化得比人更聪明，更有魅力，也不属于人类，因为存在生殖隔离。
演化论和早期猿人
人类起源学说主要分神创论和演化论两种，神创论因各文明神话不同而互不相同，演化论目前则普遍用来解释生物的遗传和变异现象。根据遗传变异原理，生物基因在繁殖时会发生可遗传的变异，随着不断变异，一个共同祖先的后代将会变得各不相同，最后形成不同的物种。一个新的物种形成大致要经过四个阶段：（一）可遗传变异产生；（二）成功适应自然并得到扩散；（三）变异种群由于地理生态隔离逐渐形成亚种；（四）亚种之间一旦出现了生殖隔离，也就是互相间不能繁殖后代，亚种就变成了新种。
演化论的典型例子就是对狗的选育，人类通过人工选育的方法，按照不同功能对狗进行配种，其中最重要的方法就是保持纯种，避免不同种狗类杂交，这相当于人为造成物种隔离，这样就让少数变异基因流传下来，形成了现在的猎犬、牧羊犬、雪橇犬、斗牛犬等多种类型，甚至还可以根据功能让警犬皮毛都变成如警服一样的黑色，最终狗变成了世界上外形、尺寸和颜色最多样的动物。对于演化论要注意以下两点。
一是演化不等于进化，将演化论称为进化论并不合适，因为演化不仅意味着进化，也可能意味着退化。事实证明大多数基因突变都是有害的，因为任何一种存在的生物往往与周边生存环境有着高度的适应性，如果发生基因突变，就有可能破坏这种适应关系。如人类绝大多数的遗传病，就是由基因突变造成的。另外，能延续下来的基因突变也并非最强壮、最聪明的，而是最能适应周边坏境的；从适应自然的角度来看，原始细菌更能长存繁衍下去，人类反而容易灭亡。
二是演化不是动物进化成人，生殖隔离是判断新种最重要的标志。人类不是演化的目的，而是基因突变随机方向自然选择的偶然产物，无论是演化出翅膀还是双手，都是随机加自然选择的结果。而判断是否为同种生物不仅要看外貌，还要看是否存在生殖隔离，不同种生物不可能繁殖后代，能交配繁殖后代的生物只能来自分化时间较接近的物种祖先。所以全部人类都只有一个共同人类祖先，世界各地猿猴也都只有一个共同猿猴祖先，绝对不会出现印度人和印度猿猴血缘关系更近，反而和欧洲人血缘关系更远的现象。所以，除人类以外，所有动物如黑猩猩哪怕以后演化得比人更聪明，更有魅力，也不属于人类，因为存在生殖隔离。
按照现代生物学界最常用的“界门纲目科属种”七分法，人类属于动物界—脊索动物门—哺乳纲—灵长目—类人猿亚目—人科—人属—智人种。现存与人类关系最亲密的灵长类动物就是类人猿亚目生物，分为长臂猿、红毛猩猩、大猩猩、黑猩猩四大类人猿。猿和猴的最大区别就是体型更大，没有尾巴。与人类血缘最近的类人猿黑猩猩生活在非洲，而非洲也同样发现有种类最多和最古老的古人类化石。
目前已知的最早的人科动物是距今大约550万年前生活在非洲的南方古猿，南方古猿因最早发现于非洲南部而得名。东非埃塞俄比亚的国宝化石“露西”是目前保存较完整的成年南方古猿化石，号称“人类祖母”。虽然被划为人科动物，但是复原之后，就会发现它们分明还是尖嘴猴腮、浑身长毛的猩猩，就连脑容量也和黑猩猩相仿；唯一不同的是，南方古猿已经脱离森林走向草原生活。这一举动，是人和猩猩分化的重要标志，古人类学家认为这群离开森林的猿类最终成为人类的祖先，而继续留在森林里的古猿则进化成了猩猩科。
到底是什么原因导致人类祖先离开森林？是因为森林资源的枯竭，还是因为同种竞争的失败？对比猩猩的祖先，人类的祖先是森林竞争中的失败者，当他们走向草原，面对他们所不熟悉的自然环境，尤其是面对拥有尖牙利爪、力量速度数倍于人类的大型猫科和犬科动物时，这过程必然是十分悲壮惨烈的，这时候一种很大的演化可能性是，人类将进化成一种半猿半犬或半猿半猫体型的动物，如狒狒。狒狒（包括山魈）是所有猴类中唯一适应丛林外生活的，是体型最大的猴科动物，它们长着一副像狗一样的裸露的口鼻，奔跑速度最快可达每小时56公里，能像野犬一样捕杀动物，又尖又长的獠牙让狮子都惧三分，公狒狒英勇好斗，甚至敢与花豹和母狮单挑，是灵长类走出丛林后成功演化的典范。
然而人类祖先南方古猿走了一条和狒狒完全不同的演化路线——使用工具。猿猴在树上时，手忙着攀爬和进食，当在地上行走或坐下时，就可以使用工具，如狒狒就经常用石头猎取蝎子为食。南方古猿则更进一步，他们通过直立行走，解放了双手，使用天然工具来捕捉小动物，人类由此进入始石器时代。直立行走和使用工具是从猿到人的重要一步，尽管这最初的一步不是十分奏效，事实也证明，南方古猿的狩猎技术不敢恭维，从洞穴积存可知，他们很大程度上是扮演食用其他肉食动物残余腐肉的清道夫角色；但是脚的直立和手的进化影响到大脑的开发，使人类最终完成从使用天然工具到制作工具的进步，从此人类远远超过了自己的旁系亲属猩猩和狒狒，成了自然界的征服者，世界万物之灵长。
南方古猿之后，约250万年前，东非出现了最早制造和保存工具的猿人，被称为能人，意为“巧手之人”。能人拥有比南方古猿更高的智慧，对比南方古猿是最早的人科动物，他们与人类已经更近一步，是人科类下的最早的人属动物。从外形上很难区分南方古猿和能人的差别，它们体重都约40公斤，身高都在130厘米左右，都浑身长毛，能两足行走。之所以称能人为人、南方古猿为猿，就在于能人会制造和保存（不是使用）工具。制造和保存工具是人类和其他动物的本质区别，其他动物如黑猩猩会为了觅食或其他目的制造和使用工具，不过它们制造工具是靠本能，或是为了直观的目的，他们没有为可能发生的事情进行更长远的工具制作，也不会随时把工具带在身边，如黑猩猩很少能把它们使用的小棍子或者石头带出几米之外。与它们不同，能人不仅是像黑猩猩那样即兴而作，随机利用就近能取得的工具，而且能提前制造并保留工具，以备将来之用。
制造和保存工具的出现标志旧石器时代的开始。旧石器也就是打制石器，锤石技术是最早的旧石器生产技术，就是用鹅卵石等较硬的石头，击打敲碎其他石块，形成一些锋利的棱角和切片。这些有棱角的石片最主要的用途就是切肉，人类没有强壮的犬齿和颌骨，这些尖锐的石头就成了必不可少的替代工具，这种石器工艺因最早发现于东非坦桑尼亚奥杜韦峡谷而被称为奥杜韦文化。
直立人
约200万年前，从能人的后裔中演化出新的人种——直立人。直立人属于晚期猿人，他们比能人更具备人的特征，从他的名字中便可知道。虽然南方古猿和能人都已经能够直立行走，但是他们走起路来就像刚刚学走路的孩子一样，摇摇晃晃，重心不稳。这是因为他们和其他灵长类动物一样都是上肢比下肢发达，而直立人下肢骨骼明显比上肢粗硕，关节韧带牢固，大腿肌肉发达，已经和人基本无异。直立人的脚也已经完全进化成现代人的形状，与手的形态迥然不同，完全为行走而生。虽然直立人的头颅还是猿的模样，但是其大脑左右两半球出现了不对称性，脑容量（900～1200毫升）接近现代人的大小（1300～1600毫升）。
两足行走和大脑发展让他们更好地使用双手并进行发明创造。在非洲直立人被称为匠人，他们发展出比能人奥杜韦石器文化更发达的阿舍利石器文化，阿舍利石器先用硬锤打击，再使用骨头和硬木等软锤来加工，从而制造出更规整刃沿儿的手斧，被称为阿舍利型手斧。这种手斧没有斧柄，不是真正意义上的斧头，却是人类第一种标准化生产的工具，它既可用来切削东西、挖掘块根、攻击野兽，也是一种制造工具的工具。除手斧外，直立人还通过森林火灾采集天然火种，并用木炭和动物粪便作为燃料保存火种，火增强了人类抵御野兽的能力，让人类掌握了烧烤这项最早的烹饪技术，使食物更美味营养且易于咀嚼和消化。火带来光明和温暖，方便人类在夜晚和黑暗处活动，帮助人类度过漫长的冰河时期，并能够到寒冷地区生存，大大扩大了人类的活动范围。
技术和体质的改进，让直立人展现出强大的种内竞争力，他们和能人展开了全方位的竞争，能人最终不敌而全面溃败，约100万年前，能找到的南方古猿和能人的踪迹只剩下遗骸了。为何直立人的出现会导致其他同属人科动物的灭绝？这是因为动物之间来自种内的斗争往往要比种外的斗争更残酷，直立人和其他人科动物生存方式相同，直立人的兴起必定导致能人和南方古猿生存空间受到压迫，正好比同行业、同类商品竞争一样，最终导致能人和南方古猿的灭亡。
随着直立人数量的增加，采集和狩猎资源的枯竭，直立人开始向各地迁移寻找食物。数万年后，人类第一次走出非洲，进入与非洲相连的西亚地区，现已知最古老的非洲以外的古人类化石就是大约170万年前西亚格鲁吉亚境内的格鲁吉亚人化石；到100万年前直立人已经出现在欧洲，被称为先驱人；距今约70万～50万年前，直立人已经扩散到当时和东南亚陆地相连的印度尼西亚爪哇岛。同样在中国最早发现的一批古人类，如云南元谋人、陕西蓝田人和北京猿人，也都同属直立人种。
到此亚非欧三洲都有了古人类的踪影，那么现存人类是否就是从这些各地直立人进化来的呢？“人类多地区进化说”认为：200万年前，直立人从非洲扩展到世界其他大陆以后分别独立演化为现代的非洲人、亚洲人、大洋洲人和欧洲人。
在演化论提出之前，相信没有人会认为亚洲人和直立人的关系会比亚洲人和欧洲人关系更近，因为他们的生理差别一目了然；演化论提出后，人们开始认为各地猿人分别进化成了现代人。可以说，这又是将随机的“演化”称为从低级到高级“进化”的误导。
正如前文所说，演化不是进化成人，人类不是目标，遗传基因突变是随机的，分化越早，差别就会越大。正好比甲乙两兄弟分开后，他们后代的体质差别会越来越大，不会出现甲的后代不像甲，反而和乙的后代越长越像的现象。现存四大人种的生理特征高度相似，只是肤色、发色有稍微差别，黄种人内部的血型各不相同，但是这些不同血型都可以在黑人和白人身上找到，同血型就可互相输血，但是现代人绝对不能和直立人互相输血。直立人还不会说话，约7万年前从现存人种最早分化出去的科伊桑人学习语言时还有发音障碍，但是四大人种完全可以互相学习语言，这些都证明四大人种的亲缘关系，远大于各地直立人。从繁殖角度上讲，亲缘性较高的马和驴交配产下的骡子基本没有生殖能力，同种的印度狮和非洲狮杂交的后代连行走都很困难；亚洲直立人早在170万年前就和非洲直立人分化。如果东亚人这么早就开始独立演化，那么如此长时间差异会导致今日东亚人和欧洲人、非洲人之间繁殖后代、相互输血的困难。以基因突变的随机性，各地直立人能一致突变出只是肤色、发色不同，还能顺利繁殖后代、互相学习语言的现代人类，在演化论的概率中是完全不存在的，目前科学家已通过DNA检测方法证明全人类都是非洲智人的后代。
智人、狩猎时代和氏族社会
“智人”的全称是“智慧的人”，从名称就可知道智人比直立人拥有更高的智慧，这是人类进化的最后一个物种，现存的人类都属于智人种。海德堡人被认为是智人的祖先，他们在大约70万年前从非洲直立人——匠人演化而来，主要分布在非洲和欧洲；与同时期的北京猿人相比，海德堡人已经基本退去体毛，他们的大脑容量达1100～1400毫升，远高于直立人（900～1200毫升），更高的智慧让他们能够制作更先进的工具。海德堡人成功为工具安装木柄，制成人类最早的长柄工具——矛。已知最早的矛出土于50万年前的南非，是由木柄和锋利石刃组成的原始武器。矛除了加长攻击距离外，还可以投射，有利于猎杀猎物，是人类工具的巨大进步。
在距今70万～55万年前，非洲海德堡人分化为南北两支：南方海德堡人留在非洲演化出罗德西亚人等新种；北部海德堡人在距今47.3万至38.1万年前一支进入西亚和欧洲后演化为尼安德特人，另一支到达东亚和北亚后成为丹尼索瓦人。
尼安德特人因发现于欧洲德国尼安德特河谷而得名，由于以洞穴为居，所以又叫穴居人，他们的遗迹遍布整个欧洲和西亚。尼安德特人已经会说话，他们懂得使用粗制的骨针缝制衣服以御寒，用动物骨牙串成垂饰，用赤铁矿和氧化锰染色创造艺术品，用水晶制造奢侈品，还是最早懂得埋葬死者的人。他们创造出比直立人阿舍利文化更高级的莫斯特文化，典型特征是使用修理石核技术。修理后的石核打下的石片不需加工就可当作工具使用，大大提高了石器制作效率，这标志着旧石器中期阶段的开始。尼安德特人除住洞穴外，还懂得建造棚屋，屋内有人工取火的痕迹，从利用自然火保存火种，到学会人工取火是人类智慧的一大飞跃，要知道直到今天非洲俾格米人、印度安达曼人仍然不会人工取火。尼安德特人的脑容量平均在1250～1750毫升，甚至比现代人脑容量（1300～1600毫升）还大，不过这并不意味着他们比现代人更聪明，因为他们脑容量主要体现在视觉领域，而不是和智能领域相关的脑前额叶部分。
丹尼索瓦人因在西伯利亚南部阿尔泰山脉的丹尼索瓦洞发现而得名，在中国发现的早期智人如陕西大荔人、辽宁金牛山人、山西许家窑人和丁村人、广东马坝人都属于丹尼索瓦人类型；更准确地说，来自非洲的海德堡人是路经中国到达西伯利亚丹尼索瓦洞穴的，这些抵达中国的早期智人和之前直立人有无混血由于化石稀少不得而知。
尼安德特人和丹尼索瓦人等海德堡人的后代都被称为早期智人，又称为古人。在尼安德特人和丹尼索瓦人挺进欧亚的同时，留在非洲的海德堡人的后代则演化成晚期智人，晚期智人也称现代智人，又叫作新人，从解剖结构上说，他们包括现代人类，其体质已经和现代人没有太大区别，目前已知世界上年代最为久远的晚期智人遗存是在东非埃塞俄比亚南部奥莫河谷发现的距今约20万年的人类化石。
晚期智人创造了旧石器晚期文化，开始的标志是出土的标准石器和第一件保存完好的首饰（鸵鸟蛋壳做的珠子项链）。从能人出现开始制造最早的石器工具开始，人类进入了旧石器时代，在早期长达200多万年的时间里，人类工具改进是十分缓慢的，工具改进是伴随人类体质进化发生的。由于早期人类体质和工具的落后，导致狩猎能力有限，人类依然以采集为最主要的食物来源，那时候不存在狩猎和采集的社会分工，同在地上生活的狒狒一样，男人和女人都主要以采集为生；当时人类社会主要分工和其他灵长类相似，女子负责采集和养育后代，男子除采集外，还负责保卫族群、制定迁移路线、寻找并抢占新的采集点，必要时也进行狩猎活动。和所有雌性灵长类动物一样，女人也并非采集主力，除了因为没有体力优势外，在原始社会时期，女性的生育率极高，青壮年的女性大多时候都处于怀孕状态，她们需要雄性提供食物和保护。
到了晚期智人阶段，人类智商有了新的飞跃，从此人类技术不再和体质挂钩，人类历史由此进入全新阶段。这时期人们懂得用易于成形的骨头制作鱼钩、骨针等骨器，还用猛犸象的长牙和肋骨搭成屋架，然后盖上猛犸皮建成猛犸象小屋。石器制作技术有了新的发展，用第二次加工制成石叶制作的工具占了很大的比例，有柄的复合工具和武器大量出现，磨制石器的方法也在这时出现，此外还出现了鱼叉、标枪、梭镖投掷器、投矛器、弓箭等新工具，以及用来结网、做钓鱼线和陷阱的绳子，还成功驯化狗用来狩猎。随着狩猎工具的改进，不但能捕捉小动物，还能组织起大规模的狩猎团体，捕杀猛犸、犀牛、野牛、野猪等肉多而危险的动物，狩猎时代到来了。
传统意义上所认为的从事采集的收获必然大于狩猎的观点是片面的，现代农业在单位面积生产远超过畜牧业，但是原始社会采集相比狩猎则没有这种优势，因为人类毕竟不像食草动物一样可以只靠草和叶子为生，分散的果实采集点往往还比不上一个大猎物所能提供的食物多。事实上在采集能提供更多更稳定食物的时候，无论男女都不会冒着饿肚子和受伤的风险跑去狩猎，但一个地区采集资源是有限的，所以当人口达到采集上限的时候，要获得更多更有营养的食物就必须狩猎，尤其在采集资源相对较少的草原、沙漠和冰原地区更是如此，今天生活在北极圈的爱斯基摩人就是完全靠狩猎为生，“爱斯基摩”一词即“吃生肉的人”的意思。狩猎比采集更能增强人类组织配合性，大大加强人类的迁移能力，让人类能走出森林，穿越草原。狩猎让猿猴演化成人类，那些留在森林以采集为生的灵长类到现在仍是猿猴，人类从采集资源丰富的森林走向需要狩猎的草原，退化了原来更适合爬树采集的猿猴特征，演化出奔跑的双脚和制造使用工具的双手，就是为了更好地进行狩猎。狩猎引领人类演化的方向，不仅是人类演化，整个旧石器时代人类最重要的技术革命大都是狩猎工具的更新。
随着人类工具的不断改进，男子的狩猎技巧不断提高，到旧石器时代晚期，狩猎经济逐渐占据主导地位。据估计，约100万年前在以采集为主的时代，猿人的数量还只有12万左右，而随着人类狩猎技术的提高，能够提供更多的食物，导致人类数量相应增加，到距今1万年前，以狩猎为主的人类的数量已上升到500多万，增长40多倍。狩猎能带来营养丰富的食物，古代强壮的男人大多去狩猎，而把资源有限、比较安全的采集工作留给老弱妇孺，原始社会成年男人狩猎、老弱妇孺采集的分工开始形成。
在晚期智人阶段，人类出现第一个有规范的社会组织形式—氏族。在氏族中实行外婚制，禁止所有成员间的通婚，本氏族的同辈分男女只能与另一氏族同辈分男女互为婚配对象，氏族间通过婚姻联盟形成部落，部落实行内婚制，就是不同氏族的男女婚配只能在部落内部的氏族进行，从而巩固了部落联盟的统一。各氏族按照人类社会血缘组织关系可分为父系氏族和母系氏族两大类，父系氏族是由同一个祖父的男性后代吸收外来女性组成，母系氏族则是由同一个祖母的女性后代吸收外来男性组成。
母系氏族的婚配形式主要为多夫多妻制的普那路亚家庭，是由若干旁系或血统较远的一群姐妹，与其他集团的一群男子互相集体通婚，实现共夫共妻，此后这些女子间不再互称姐妹，男子间不再互称兄弟，而改称普那路亚（夏威夷语，意为亲密的伙伴）。实行多夫多妻的主要原因可能和古代社会人口增长率有关，据统计，在原始社会时期，人口增长类型的特点是高出生率、高死亡率、极低的增长率，据估计，原始社会新生儿的死亡率高达50%，旧石器时代人口百年增长率不超过1.5‰。新生人口数量在原始社会是关系到社群能否延续的根本大事，而原始人的平均年龄在20～30岁，生命的短促使妇女的可育时间大为缩减，多夫多妻保证不会因为个别男性的不育而引起其配偶女性的不孕，让每个女性都尽可能快地怀上后代。
多夫多妻制不仅见于母系社会，在原始父系氏族中同样也存在多夫多妻制，与人类血缘最亲近的动物黑猩猩就是典型的父系多夫多妻制社会，雌性黑猩猩在发情期内几乎与所有成年雄性黑猩猩都有交配行为，导致“只知其母，不知其父”的现象。但是黑猩猩社群实行雌性外嫁制，雄性黑猩猩自始至终都居留在本社群内，而雌性黑猩猩在成年后会到其他黑猩猩社群中生活。所以，一个黑猩猩社群是由存在密切亲缘关系的雄性吸收外来雌性组成的父系社会。不只是黑猩猩，如野驴、野马和多数灵长类等群居动物，也只吸收外来的雌性，本群出生的雌性刚成年，就会离开种群，从而形成以雄性亲属为主体的父系多夫多妻社会。
对比多夫多妻，一夫多妻和一夫一妻的偶婚制在人类的父系社会中更加普遍。传统认为农业的出现导致父系社会和偶婚制出现的观点是错误的。许多母系社会如中国的摩梭人，男性也主要从事农业生产，照样没转变为父系社会。据1969年人类学家哈赖德研究表明，已知大部分的原始部落都是父系社会，母系原始部落不超过15%，现存许多采集、狩猎原始社会都实行偶婚制，如北极爱斯基摩人、南部非洲霍屯督人、斯里兰卡的维达人，连不会生火的非洲俾格米人以及生火、穿衣都不会的印度安达曼人也是实行一夫一妻的偶婚制。不仅是人类，在动物中长臂猿是一夫一妻型社会，大猩猩是父系一夫多妻型社会，约有九成的鸟类、狼等都是一夫一妻制，可见父系社会和偶婚制与人类文明发展程度没有必然联系。
目前科学家通过对人类DNA研究发现，世界上几乎所有民族，包括现存的原始社会，母系成分都比父系复杂。各民族父系祖先来源较为稳定一致，而母系祖先则来自四面八方，人种迁移也更多随父系扩张而不是母系；正好和父系社会通婚为女子外嫁，一个地方男性来源都是本族男性，而女性来源则来自各地相适应。这意味着人类社会可能一直以吸收外来女性的父系社会为主体，而母系社会应该为父系社会的补充。
人类演化年代表
距今550万年前：非洲南方古猿是最早人科动物，是已知最早脱离森林走向草原，能够直立行走、使用工具的猿类。
距今250万年前：东非出现最早制造和保存工具的猿人，被称为能人，创造最早旧石器文化——奥杜韦文化。
距今约200万年前：在东非和南非出现人类新亚种——直立人，非洲直立人被称为匠人，他们创造阿舍利文化。
距今约170万年前：西亚格鲁吉亚境内的德马尼斯的原始人类是已知最古老的非洲以外的古人类化石，为迁移出非洲的直立人种。
距今70万年前：北京猿人开始在周口店龙骨山生活。
距今70万年前：非洲直立人演化出海德堡人，海德堡人成功为工具安装木柄，制成人类最早的长柄工具——矛。
距今70万～55万年前：非洲海德堡人分化为南北两支，南方海德堡人留在非洲演化出非洲早期智人罗德西亚人等新种。
距今47.3万～38.1万年前：北部海德堡人分为两支，一支进入西亚和欧洲，后来演化为尼安德特人，另一支后来到达东亚和北亚成为丹尼索瓦人。
距今28万～10万年前：中国境内活跃着陕西大荔人、辽宁金牛山人、山西许家窑人和丁村人、广东马坝人等早期智人。
距今25万～20万年前：东非早期智人演化成晚期智人，目前已知年代最为久远的晚期智人遗存，是在东非埃塞俄比亚南部的奥莫人，距今约19.5万年。到此，在旧石器时代，非洲不仅发现了迄今为止年代最早的人类化石和石器文化，而且是世界上已知的人类各发展阶段没有缺环、年代前后相继的地区。
分子人类学和黑非洲人种
目前科学家通过研究人类基因组中的线粒体DNA与Y染色体DNA得出人类的迁移演化进程。根据遗传学原理，人类细胞决定遗传性质的物体被称为染色体，每个人都有46条染色体，其中44条为常染色体，X、Y为两条性染色体。XY组合的为男性，XX组合的为女性，男性身上特有Y染色体DNA，因为Y染色体DNA只能父子相传，而同样人类女性身上特有母女相传线粒体DNA，女性线粒体DNA与男性Y染色体DNA是人类基因组当中唯一不受每个世代产生多样性的演化机制所改组的两个成分，所以只要研究Y染色体就可以判定各个种族的父系起源，只要研究线粒体DNA就可以判定各个种族的母系起源。
科学家根据分子生物学的研究，依据女性线粒体DNA的传播变化，提出“夏娃理论”：目前地球上的各个人种，都是15万～20万年前某一个女性祖先的直系后代，她被称为线粒体夏娃。和“夏娃理论”对应的是“亚当理论”，通过男性特有Y染色体DNA研究表明当今人类最近的男性祖先是距今14万～6万年前的一名男子，他被命名为Y染色体DNA亚当。“亚当”与“夏娃”属于不同年代人物，自然“从未谋面”，更不能生儿育女，现存人类自然不可能是由两人繁衍出来的，实际情况是“亚当”的后代取代了其他所有的男性，包括“夏娃”的男性后代。
和母系线粒体DNA相比，各民族父系Y染色体DNA来源会更加单一，所以通过Y染色体DNA研究，就可以比较清晰地发现人群的迁徙和发展。不过这里先要说明的是研究Y染色体DNA的意义是追溯父系来源，而不涉及种族优劣，因为Y染色体DNA只是DNA众多标记里的一个而已，既不决定体质也不决定智力，而且基本上和各种疾病、相貌无关。忽略了n代前的无数个母系祖先而只管一个纯父系祖先传下来的遗传物质，简单用Y染色体DNA来判断一个人的种族，无疑是荒谬的，如一纯种欧洲白人家族男性世代娶黑人的女性为妻，尽管父系Y染色体DNA还是与其他白人一致，但体质上已经完全是黑人了。而且Y染色体DNA也并非越纯种越好，事实证明较纯种的基因种族大多是人口较少、与世隔绝的小部落，如中国独龙族、欧洲巴斯克人、印度安达曼人、印度尼西亚苏门答腊岛土著、日本阿伊努人等；而发达地区，由于吸纳世界各地优秀人才，所以必然融入其他种族基因，像今日美国就是世界各种族的大熔炉。
根据遗传学定律，遗传基因多样性越丰富的地方，越可能是物种起源的地方，这是因为基因会不断发生突变。在一个地区生存越久，基因就越具多样性，当物群发生分化时，一般只是一小部分迁移出去，这一小部分人所携带的基因遗传多样性就不如原来的人群高。所以一个地区基因突变积累得越多，就说明这个物种在这个地区生活的时间越长，如美洲是人类最晚到达的地方，所以印第安人遗传基因多样性同样是最低的，而在非洲的人群，遗传多样性最高，今天，所有人类的Y染色体DNA单倍体类型都能在非洲找到（M168/YAP/M130）类型，被称为祖先人。非洲以外的居民，他们大部分的Y染色体DNA上都带有M168的突变点，是这支变异的直系后代，在以后的历史中，Y染色体DNA依次发生数次分化，形成了现在的各个民族。
一、祖先人——A科伊桑人（南部非洲棕种人）和非科伊桑祖先人
最早从祖先人中独立分化出的是南部非洲的科伊桑人，他们分为科伊人（又名霍屯督人，意为“笨嘴笨舌者”）和桑人（又名布须曼人，意即丛林人）两支。他们主要Y染色体DNA单倍型类群为A，这群最古老的人种身材矮小，成人平均身高仅145～150厘米。科伊桑人的女性有超级巨大的臀部，上面甚至可以站一个小孩，她们的生殖器官也和其他人种不同，更大更松，且从身体上下坠，这使她们生孩子比较容易，不像其他人种那么痛苦，甚至难产。科伊桑人因为下巴没完全进化，发音结构和现代人不同，所以不能很好地学习语言，以其古老的发音方式（例如吸气音）而出名，是和现存各大人种中生理特征差别最大的人种。过去一般把科伊桑人归为黑色人种，不过他们肤色呈黄褐色，面部扁平多皱、单眼皮、小眼睛，有点类似黄种人，故又被称为黑非洲的黄种人。
过去科伊桑人广泛分布于撒哈拉以南的非洲，后来由于来自北部黑人的入侵和驱逐，现存不足20万，主要分布在非洲南部从纳米比亚到莫桑比克不适于农业的沙漠地带。直到今天，科伊桑人大部分依然过着原始的采集、狩猎生活，社会组织形式是一夫一妻制父系社会部落，赤道南部黑人身上大多混有他们的基因，比如南非前总统曼德拉就是黑人和科伊桑人的混血后代。
二、非科伊桑祖先人——B尼格利罗人（非洲小黑人）和非尼格利罗祖先人
继科伊桑人后，第二次分化出去的Y染色体DNA单倍型类群B是一支更加矮小的尼格利罗人，他们又被称为俾格米人，俾格米源自希腊语，意思为侏儒，顾名思义，他们成年人平均身高只有130～140厘米。
尼格利罗人与黑人一样，有着深色皮肤和浓密的卷发，不过他们身材矮小、头大腿短、长得精瘦，人人都腆着大肚子、凸起肚脐眼。他们没有青春期，8岁即发育成熟，可以结婚生子。他们外貌和我们常见的非洲黑人明显不同，所以也深受黑人歧视，在刚果共和国俾格米人和笨蛋是同义词。
目前这群非洲小黑人主要生活在非洲中西部的热带雨林中，他们称自己是“森林的儿子”，过着最原始的狩猎采集生活，用树叶当衣料和盖房子，实行父系一夫一妻制。从生产力来看，他们甚至还不知道怎样取得火种，因此保存火种就成了妇女日常的重要工作。由于当地人传言吃了俾格米人的性器官可以壮阳，导致该种族目前有濒临绝种的危险。
三、非尼格利罗祖先人——CF集团和DE亚非黑人（又叫尼格罗—尼格利陀人）
祖先人分化出两支小矮人后，约7万年前又进一步分化为CF集团和DE亚非黑人。亚非黑人又叫作尼格罗—尼格利陀人种，是现在非洲尼格罗人种（黑人）和亚洲尼格利陀人种（矮黑人）的共同祖先。
DE亚非黑人在东非分化为两支，一支留在非洲，形成Y染色体DNA单倍型类群E的尼格罗人种，也就是我们常见的高大黑人，在体型上黑人分为赤道北部纯黑肤色的苏丹黑人和赤道南部浅黑肤色的班图黑人两大亚种。单眼皮是赤道北部纯种中西非黑人的重要特征，中非黑人的单眼皮达到92%，西非黑人的单眼皮概率更是接近100%，比亚洲单眼皮比例最高（93%）的蒙古人还高，是世界单眼皮概率最高的地区。
老亚洲人
一、DE亚非黑人——D古亚洲人（阿伊努—尼格利陀人）和E尼格罗人（非洲黑人）
留在非洲的DE变成现在黑人的祖先，而DE亚非黑人的另一支D，则是第一批走出非洲的现代人。D种群最早在东南非沿海地区居住，在6.5万年前开始沿着印度洋海岸向东方扩散开来。最早的人类部落，大多是沿海迁徙，这是因为沿海地区一路都有稳定的高蛋白海洋食物来源，并能提供人类生存繁殖必要的盐和碘。他们沿着东非沿海—阿拉伯半岛—伊朗沿海一线前进抵达印度、东南亚，成为亚洲最早的主人。独霸亚洲让D种群得到快速繁衍发展，四面扩张开来，他们向北进入青藏高原和中国西南部。如今D单倍群在藏族中比例高达50%以上，生活在中国西北、西南地区的许多少数民族如羌族、彝族、苗族等也有较高的D比率。
现代D种群最纯种的直系后代被统称为尼格利陀人，尼格利陀人与非洲的俾格米人在外形上相似，都有着矮小身材和深色皮肤，所以又被称为亚洲俾格米人或矮黑人，除又矮又黑外，还有小眼睛、深眼窝、厚嘴唇、粗颧骨、短方脸、黑眼珠、体毛发达等特征，一般认为，唐朝的昆仑奴就是指矮黑人。尼格利陀人主要包括印度安达曼群岛和印度尼西亚苏门答腊岛的土著，其中印度安达曼群岛土著D单倍群比率达100%，苏门答腊岛土著达91%，此外在东南亚的菲律宾、马来半岛、泰国、缅甸等也有少数矮黑人零星分布，过着原始游猎和采集生活，如马来西亚的塞芒人、菲律宾的阿埃塔人、泰国的俄克人等。
尼格利陀人多为实行一夫一妻制的父系社会，住所用树枝、树叶搭成，其中最落后的安达曼群岛土著甚至不会生火和穿衣。位于马来西亚的尼格利陀—塞芒人有一种较为先进的狩猎武器——吹箭筒和毒矢，通过吹管将毒矢射出，可以在数秒内杀死小型的动物。
除了东南亚外，古亚洲人D还沿海向北扩张，由于当时处在冰川时期，海洋中大量的水被封闭在冰川中，因此全世界海平面要比现在低得多，东亚、东南亚沿海岛屿连成一片，北到日本和库页岛，D从印度尼西亚出发，经菲律宾、中国台湾、琉球群岛抵达日本，他们的直系后代就是日本现在唯一的少数民族——阿伊努人。
阿伊努人又叫虾夷人，古称毛人，因适应高纬度寒冷气候，演化出较浅肤色、高鼻深目和旺盛的体毛，长相类似白人，明显不同于周边黄种人，所以在过去一直有学者认为他们是东迁来的白种人后裔。
阿伊努人是日本最早的原住居民，创造了1万年前以绳纹式陶器而著名的日本最早新石器时代——绳纹时代，直到公元前3世纪前后才被外来民族黄种人弥生人征服取代，其后他们中的一部分北逃到本州岛北部、北海道和库页岛等地，而另一部分则和外来的弥生人混血融合成今天近35%的日本人的祖先，如今阿伊努人（90%）、冲绳人（55%）、日本人（35%）、朝鲜人（7%）都为D单倍群类型。
二、CF集团——C老亚洲人和F集团
古亚洲人D独霸亚洲没多久，大约距今6万年前单倍群CF集团中的一支C也沿着D的老路进入亚洲，单倍群C和D人群被统称为老亚洲人，为了区别，本书将C称为老亚洲人，而将更早到达亚洲的D称为古亚洲人。
老亚洲人C混得要明显比古亚洲人D好，他们的后代无论是数量还是分布范围都远胜过D。老亚洲人C的后裔主要分成南北两支，南支C后来演变成棕色人种的祖先，棕色人种又称为澳大利亚人种，总体特征是黑色卷发、棕色肤色、下颚粗大、突颌、宽平脸、扁鼻梁、塌鼻头等。
这群棕种人从印度南部、东南亚向马来群岛、大洋洲进发。那时海平面比现在要低，东南亚马来半岛和马来群岛连成一片，澳大利亚和新几内亚岛也连在一起。不过从马来群岛到新几内亚岛之间仍然有60多公里的海面，这群不顾危险的棕种人依然在5万多年前冒险渡海到达澳大利亚，这是人类最早航海的证据，这群最早的澳大利亚土著还留下了世界上最早的火葬。人类对大洋洲的入侵导致一次大规模的物种灭绝，包括历史上最大的蜥蜴——长达6米的古巨蜥，以及各种大型古草食有袋动物，如有袋类的“豹”等都成为人类进入澳大利亚发展的牺牲品。如今较纯种棕种人的直系后代主要分布在澳大利亚、新西兰以及南太平洋的岛屿上，在大洋洲如新几内亚人的86%、澳大利亚土著的70%、波利尼西亚人的63.3%，在东南亚地区如印度尼西亚东部27.3%的马来人、17%的婆罗洲土著都为这批棕种人的直系后裔。
老亚洲人北支C从东南亚北上东亚沿海演化出C3类型，因为所处纬度较高，所以演化出较浅黄褐色皮肤，成为典型的蒙古人种，单眼皮、黑眼珠、小眼睛、扁平脸、扁鼻梁、胡须和体毛少是其主要外貌特征。C3是C单倍群下影响最大的支系，C3支的后代主要分布在阿尔泰语系民族。
目前语言学界将世界上的语言按相似程度分为语系、语族、语支和语种。其中我们日常所说的就是语种，相似的语种归为同支语言——语支，相似的语支再归为同族语言——语族，同一语族一般和广义上的一个大民族对应，如突厥语族对应突厥民族，汉语族对应汉族。而有些语族与语族之间又有些相似对应关系，又被归为同系语言。阿尔泰语系是世界第三大语系，也是我国北方少数民族的主要语系，包括蒙古、通古斯、突厥三个语族，其中又以蒙古语族的C3比率最高。
蒙古语族是蒙古人以及和蒙古相关民族的语言，主要分布在中国、蒙古国、俄罗斯联邦、阿富汗等地，基本上离中国越远蒙古族C3比率越高，如我国境内蒙古族C3比率为40%，外蒙古族为58%、布里亚特蒙古人为60%、离中国最远的俄罗斯的卡尔梅克蒙古人C3高达70%，是比率最高的C3种群。
通古斯语族包括中国满族语和东北亚鄂伦春语、鄂温克语、埃文基语、赫哲语等，一般认为该语族共同起源于西伯利亚东部森林的通古斯河畔，如今鄂伦春族的68.1%、东部埃文人的61.3%、鄂温克族的45%、满族的27%都为C3的后代。基本留在东北亚深山老林地区的通古斯民族保持较纯种的C3血统，而与汉族混合较频繁的满族等C3就较少。
突厥语族是阿尔泰语系中最大的一个语族，其分布西起巴尔干半岛，东至西伯利亚东部，南临阿拉伯半岛，北至北冰洋的新西伯利亚群岛，使用突厥语为主的地区包括土耳其、阿塞拜疆、塞浦路斯、哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、土库曼斯坦、吉尔吉斯斯坦、俄罗斯鞑靼斯坦共和国以及中国新疆等地。今日吉尔吉斯族的60%、哈萨克族的45%、阿尔泰族的23%、乌兹别克族的17%都为C3的后代；突厥语族C3的分布大体呈自东向西递减的趋势，正好对应突厥西迁的历史，离突厥老家阿尔泰山越近的吉尔吉斯族（60%）、哈萨克族（45%）C3成分越高，越远的土耳其人因混合更多当地民族血统，则C3成分只有1%。
第三次出非洲
走出非洲的CF演变为C老亚洲人，而留在非洲的CF则演化为F，老亚洲人C、D走出非洲的同时，也必然带着他们的配偶。人类最早母系线粒体夏娃单倍群类型是L,L下属L3的一个分支M跟随他们的丈夫老亚洲人C、D最早到达亚洲。在C带着配偶M到达亚洲后，F也带着自己的配偶N（L3的另一个分支，M的姐妹）走出非洲，这是人类第三次走出非洲，也是影响最大的一次。F单倍群是现代人中数量占压倒性的类型，是今日中东、欧洲、亚洲大部分民族的父系祖先，大概全世界80%以上的人都是这个变异点的后代。F从东非沿海—阿拉伯半岛抵达伊朗沿海后，分化出H、G、J、I、K等分支。
F集团——H维达、G高加索、I克罗马农、J闪米特、K集团
H沿着老亚洲人的老路进入印度，如今H在印度下等种姓中十分常见，位于印度中南部的原始部落如比尔人、杰纠人、奥朗人以及斯里兰卡的维达人拥有较高的H比率，被统称为维达类型人。今天这些维达类型人大多依然过着原始社会半农半猎的生活，有些还住在山洞石穴中，原有语言已基本丧失。他们因为和印度棕种土著C大量混血，所以体型和澳大利亚的棕种土著类似，被一同划为棕色人种。
G向西北进入亚欧中部交界的黑海和世界最大湖泊——里海之间的高加索山脉，如今G单倍群体后代主要分布在高加索山脉地区，高加索三国格鲁吉亚人的20%～40%、亚美尼亚人的20%、阿塞拜疆人的15%都为G单倍群，G单倍群对应语系是高加索语系，是格鲁吉亚及相邻俄罗斯车臣共和国语言。高加索地区民族属于白种人，对比其他白种人，他们体毛更加浓密，鼻梁更高，鹰钩鼻的特征也更加明显。
J向西南进入地中海沿岸，成为整个西亚和北非及地中海沿岸地区主要的单倍群类型，是地中海人种最主要的父系基因来源。目前，中东阿拉伯族的48.5%、以色列犹太族的48%、土耳其族的25%、意大利族的20%、埃塞俄比亚族的15%、伊朗族的12%都含有J单倍群。过去地中海人种被划为白种人两大亚种之一，对比白种人另一大亚种“北欧白人”的显白肤色，他们肤色暗白，有些甚至比黄种人还黑，所以又叫作暗白人种，此外他们身材也较北欧白人矮小，大胡子、鹰钩鼻的特征则更加明显，他们也不是金发碧眼，其头发和眼珠都呈黑色或棕褐色。与J单倍群对应的语言是闪米特语族，主要包括犹太语和阿拉伯语等。
I向西北进入小亚细亚，并在约4万年前进入欧洲，他们也就是在法国的克罗马农山洞发现的欧洲最早的现代智人——克罗马农人。从欧洲克罗马农人的遗骨可以看出I人群身材高大魁梧，男性平均身高达1.8米以上，体格强壮，以狩猎为主要食物来源，连曾经的欧洲霸主尼安德特人都被他们成群猎杀捕食，到3万年前这批人已经到达欧洲最西端的大西洋边，并导致尼安德特人的彻底灭绝。如今伊朗人的18%、土耳其人的15%、冰岛人的37%、丹麦人的36%、德意志人的25%、苏格兰人的20%、俄罗斯人的18%都为I类型，在欧洲I比率最高的是北欧斯堪的纳维亚半岛和南欧巴尔干半岛地区。斯堪的纳维亚半岛主要为I1类型，比率占瑞典人的44%、挪威人的37%、芬兰人的29%以上。巴尔干半岛主要为I2类型，其中克罗地亚人I单倍群高达50%以上，尤其是波黑共和国的克罗地亚人中I的比率更是高达73.3%，算得上是克罗马农人最直系的后代。
K是继续留在伊朗高原的一支，K单倍群是F单倍群下的最大分支，是继F单倍群后的又一个伟大演化，全世界除西亚、非洲以外，大部分都是K单倍群的后裔，如我们汉族中96%的人都是K类型下的分支。
新亚洲人
一、K集团——L达罗毗荼、T东北非、S巴布亚新几内亚、M伊里安查亚新几内亚、P中亚部落和NO新亚洲人
最先从K分化出来的是LT集团，分为L和T两支，L支向东南进入印度，其后代主要集中在印度的达罗毗荼人种中，目前主要分布在印度南部、斯里兰卡和巴基斯坦，人口超过2亿，约占印度人口的25%，是今日印度第二大语系人群。他们入主印度后大量混血H单倍群维达类型人，所以形成类似维达人的棕种特征，又被称为德拉维达人，他们也就是我们常见的印度黑人，大眼睛、长脸、卷发、浅褐色皮肤为他们体型特征。T支则从原路返回东非，在今天埃塞俄比亚、索马里等东非黑人中多有分布。
随后分化出来的S、M从东南亚进入印度尼西亚群岛，最后成功进入大洋洲最大的岛屿——世界第二大岛新几内亚岛。新几内亚岛以东经141°为界线，东西两端分为巴布亚新几内亚国和印度尼西亚伊里安查亚省，S和M则分别形成巴布亚新几内亚国和印度尼西亚伊里安查亚省的主要土著居民之一。
剩下留在伊朗高原的K单倍群在3.5万年前分化，一支向北进入中亚里海附近，形成P单倍群的中亚部落，另一支NO后来从伊朗高原向东南进入印度北部，并通过东南亚进入中国。为什么古人类都喜欢绕道印度、东南亚进入中国，而不走近道直线通过新疆到中原呢？这是因为中原地区和西亚之间隔着大面积的沙漠戈壁和温带草原，原始人只靠打猎和采集野果，是很难通过此地的。只有等到畜牧业出现，尤其是成功驯化马和骆驼后此路才变得畅通，所以大规模的原始部落进入中国途经印度、东南亚是必然的。
新亚洲人在与老亚洲人的竞争中取得优势，占据东亚和东南亚大部分地区，老亚洲人北逃到蒙古高原和东北亚地区。今日新亚洲人不仅人数远远超过老亚洲人，而且他们的配偶不但包括自己原配N，还融入了大量老亚洲的配偶M，这源自新亚洲人NO对老亚洲C、D的征服。在古代人类战争中，战败方的男子大多逃亡或被杀死，而女子则被征服者当作战利品掠走，古诗“马前悬人头，马后载妇女”是对古代战争的真实写照，也是一夫多妻制产生的重要原因。如今母系M和N在欧亚大陆的分布大体以今天的巴基斯坦为界，以西是第三次走出非洲的F开发的处女地，这里是F原配N的天下，N基本也是所有白色人种的母系祖先，以东原本老亚洲人C、D的地盘则是M占大多数，是大部分棕色人种和黄色人种的母系祖先。在今日，东亚人母系成分中，M大致占到60%，且越往北M的比率越高。新亚洲人和老亚洲母系的混血，形成今日大多数亚洲人的面貌，新亚洲人的后代不仅有老亚洲外蒙古人扁平脸、矮鼻梁、单眼皮、黑发、黑眼的常见特征，也有瓜子脸、中鼻梁、双眼皮、深棕发、棕色眼珠等不同特征。
二、NO新亚洲人——N北亚人和O东亚—东南亚人
新亚洲人NO后来分化为南支O和北支N，南支O后来成为东亚与东南亚黄种人的主体类型。O在东亚、东南亚的扩张主要兵分三路，并形成O1、O2、O3三种不同类型。
第一路O1从东亚沿海北上中国，形成中国古代东部沿海的越族，如今东越早已融入华夏，O1成为中国人的第二大单倍群类型。虽然在中国北方黄河流域的山东、河北地区的汉族人中，O1的比例都小于5%，但是在长江以南O1占父系比率平均12%左右，尤其以江苏南部和浙江地区比例最高，超过20%。
O1最北直达东北亚地区，在亚洲东北部的布里亚特蒙古人、锡伯族、达斡尔族、蒙古族、满族等都含有O1，但比率一般不超过10%，朝鲜是东北亚地区O1最高的民族，比率达14%。目前最纯种O1民族是东亚、东南亚的南岛语系民族，南岛语系也叫马来—波利尼西亚语系，它主要分布于西起马达加斯加，东到复活节岛，北起台湾岛和夏威夷群岛，南抵新西兰的广阔海域内的岛屿上，是世界上唯一一种主要分布在海岛上的语系。南岛语系下的中国台湾高山族的90%、菲律宾的37.5%、马来西亚的30.8%都是O1的后代。
第二路O2后代分为O2a和O2b南北两支，北支O2b最北直达东北亚地区融入当地通古斯民族，并经朝鲜直达日本，在日本的O2b比率高达30%，朝鲜族O2b比率亦高达32%，是日朝两国最重要的父系来源。
南支O2a是中国汉族第三大单倍群类型，不过除两广外（广东18.8%、广西26.9%），其他地区比率都不高。O2a直系后代主要分为东南亚和中国西南部壮侗语系民族和南亚语系民族两支，东南亚的安南山脉是这两大语系民族的重要分界线，今日壮侗语系中泰国人的65%，中国少数民族中壮族的36%、水族的58.7%、布依族的40%都为O2a的后代。
第三路O3是O下最大的分支，在今日东亚占绝对统治地位，O3发源于缅甸，在北上东亚的途中分化出O3a4-M7与O2a混合形成了使用苗瑶语的民族，主要包括中国西南地区的苗族和瑶族，以及华东地区的畲族。
O3下的另一支O3-M134到达中国西北甘肃后分为两支，一支向东形成华族，也就是今日汉族的祖先；另一支向西形成羌族，羌族约在3000年前向西南扩张，形成今日藏缅语族人群，包括中国的羌族、彝族、藏族，东南亚的缅甸族，泰国的克伦族，印度的曼尼普尔族、那迦族等。
目前O3大致占汉族单倍群的55%，其中在黄河流域的河北、陕西、山东，长江流域的湖北、安徽、四川、江西等地区的汉族人中O3都高达65%以上，在江浙和闽粤地区O3比率较低，但也在50%以上。除汉族外，如越南人的52%、藏族的48%、马来西亚人的45%、满族的38%、菲律宾人的32%、朝鲜族的25%、蒙古族的20.5%、日本人的20.1%、爪哇人的20%、回族的17%、维吾尔族的14%都为O3后代。而最纯种的O3种族，当属云南省贡山的独龙族，他们是云南特有民族中人口最少的，现约有7000人，由于山区与世隔绝，他们父系O3成分高达100%。
北亚、印第安人和印欧人
在NO的南支O称霸东亚和东南亚的同时，NO的北支N则经东亚北上西伯利亚叶尼塞河和阿尔泰山区域，并分化为东西两支。
东支N3迁移到西伯利亚北部和东部地区，在如今西伯利亚北部地区，N单倍群占绝对优势，如雅库特人N3占92.2%，北部埃文人N3占90.9%。而在西伯利亚南部地区，N则和南部C单倍群的通古斯民族发生混血，目前N在南部西伯利亚通古斯人中比例一般在20%～50%，通古斯语系中的满族也有15%N单倍群的血统。
西支N1迁移至欧亚交界乌拉尔山两侧形成了芬兰—乌戈尔语族，该语族是分布于从北欧的斯堪的纳维亚半岛往东到乌拉尔山脉，再到西伯利亚地区的一组语言，分为芬兰语支和乌戈尔语支，前者包括芬兰语、爱沙尼亚语，后者包括匈牙利语和鄂毕河流域的曼西语等。在历史上入侵欧洲的匈牙利人正是来自乌拉尔山脉的乌拉尔语系民族，而不是来自蒙古高原的匈奴人后代。今天N单倍群在东欧和北欧广泛存在，目前芬兰人的65%，波罗的海三国爱沙尼亚人的55%、拉脱维亚人的50%、立陶宛人的42%，俄罗斯北部人的35%，挪威和瑞典人的5%～10%都为N单倍群类型。这些在欧洲的N系后代因为长期和白人混血，样貌已经和白人相差无几了。
一、中亚部落P——Q印第安人、R印欧人
在N到达乌拉尔山脉后，曾经在伊朗高原和NO新亚洲人分离北上的“中亚部落”P下的一支Q向东北进入西伯利亚和N系北亚黄种人相遇，由于双方之间的通婚和战争，最终导致Q的母系原配N大都变成了北亚黄种人的配偶老亚洲M,Q也因此同样和老亚洲人女性M混血成了黄种人外貌，如今Q的后代主要分为三支。
一支往西迁到乌拉尔山脉，和N单倍群乌戈尔人长期共处，最后混合成与乌戈尔人语言及外貌相似的萨摩耶族，萨摩耶德语族和芬兰—乌戈尔语族共同构成乌拉尔语系，萨摩耶人以驯化雪橇犬“微笑天使”萨摩耶而闻名，在今天西伯利亚的驯鹿土著萨摩耶族的塞尔库普人Q高达60%以上。
一支往东迁到西伯利亚东部和北亚黄种人东支混血成为爱斯基摩人，如今爱斯基摩人单倍群中N占50%、Q占47%，爱斯基摩人后来从亚洲渡过白令海峡到达美洲，并扩张到北极圈内的格陵兰岛，成为生活在地球最北面的民族。
最后一支Q3是Q系下最纯种、最重要的一支，他们约在1.6万年前比爱斯基摩人更早到达美洲，并扩张到整个美洲大陆，他们就是印第安人的祖先。由此可以看出印第安人并不是过去所说的是东亚人北上迁移过去的，而是从中亚部落P中分离出来。之所以印第安人和东亚人长得更像，是因为他们都有共同的母系祖先老亚洲人M。虽然印第安人也被划为黄种人，不过他们体型和白人也有很多相似之处，而与东亚黄种人有较大区别，如印第安人面形宽大，鼻子更高更宽，眼窝更深，身材也相对高大，其中南美的巴塔哥尼亚印第安人男性平均身高达183厘米，也有学者将他们独立划为印第安人种或美洲人种。
分化出Q后，留在中亚的P演化为大部分印度和欧洲人的祖先R,R的后代主要为使用印欧语系的族群，所以R人群又常被称为印欧人，对应印欧语系民族。R在2.5万年前分化出R1和R2，R2目前主要分布在印度北部，R1在2万年前分为R1a和R1b两支。
R1a向西北进入东欧，后来又扩张到亚洲，在语言上R1a的后代主要分布在欧亚大陆东部，使用印欧语系东支S类语言，包括：
1.斯拉夫语族：对应欧洲东南部的斯拉夫民族，共分为东部、西部、南部三大语支。东部语支包括俄语、乌克兰语、白俄罗斯语，对应东斯拉夫民族；西部语支包括捷克语、斯洛伐克语、波兰语、卢萨提亚语，对应西斯拉夫民族；南部语支包括保加利亚语、马其顿语、塞尔维亚—克罗地亚语和斯洛文尼亚语，对应南斯拉夫民族。如斯拉夫语族中波兰人的56.5%、乌克兰人的50%、俄罗斯人的46%都为R1a的后代。
2.波罗的海语族：主要分布在苏联波罗的海沿岸的拉脱维亚和立陶宛两国的语言，如立陶宛人的38%为R1a类型。
3.印度—伊朗语族：主要包括今日南亚的印度、巴基斯坦、孟加拉国、斯里兰卡，中西亚的伊朗、阿富汗、塔吉克各国民族的语言，其中南亚印欧语系民族的40%都为R1a类型。
R1b向西南进入西亚，并在7000年前进入欧洲西部，如今在语言上R1b的后代主要分布在欧亚大陆西部，使用印欧语系西支K类语言，包括：
1.凯尔特语族：使用者称凯尔特人，目前主要分布在英伦三岛的苏格兰、爱尔兰、威尔士地区，占威尔士人的82%、爱尔兰人的79%、苏格兰人的72.5%，今日欧洲西北部是R1b比率最高的地区。
2.日耳曼语族：包括英语、德语、荷兰语和除芬兰外北欧各国的主要语言，使用者被称为日耳曼民族。如今英格兰人的67%、荷兰人的53.5%、德国人的45%、丹麦人的44.5%都为R1b的后代。
3.拉丁语族：包括法语、意大利语、西班牙语、葡萄牙语和罗马尼亚语，这些国家使用的语言都是从古罗马的拉丁语演化而来的，罗马拉丁语相当于汉语文言文，现今拉丁语国家语言相当于汉语方言白话文，拉丁语国家在过去属于罗马帝国的领土，所以拉丁语族又称为罗马语族，这些国家的居民都自称罗马帝国继承人。如西班牙人的69%、法国人的61%、意大利人的49%都为R1b的后代。
4.希腊语族：目前主要在希腊和塞浦路斯两地使用，由于希腊位于西亚和欧洲交界处，希腊人长期和亚非闪含语族、南欧斯拉夫人混血，是R1b比率较低的地区，只占16%左右。
到此，欧洲形成由I、N、R1a、R1b四大单倍群后代主导的大陆。其中I集中在北欧和巴尔干，N在芬兰和波罗的海三国，R1a在欧洲东部，R1b在欧洲西部，古代人类迁移活动就此结束。
Y染色体DNA的分化时间表明，中东人种（J、G单倍群）虽然过去被划分为白人，但他们和欧洲白人（R）分离的时间比欧洲白人（R）和黄种人（NO）分离的时间还早，所以从主体父系基因角度看，中东白人和欧洲白人关系反而会更远些。之所以他们外貌差别更小，是因为他们有着共同的母系祖先N。而同样美洲人虽然和大多数欧洲白人父系关系更近，和东亚黄种人更远，但是因为他们有共同母系祖先M，所以外貌更相似。
由此可以看出，过去只依外形来判断人类起源是多么片面，中东白人和欧洲白人、亚洲黄人和美洲黄人这些血缘较远的人类，过去被同归一类，被认为是同种起源。可以说四大人种的划分方法和过去“人类多地区进化说”对应，“人类多地区进化说”就是主张棕、黑、黄、白四大人种分别从澳大利亚、非洲、东亚、欧洲四个地区的当地猿人进化而来，然后这四大人种再混血形成世界各民族的样貌，如今从人类遗传基因分化上看已经可以彻底否定这一点。
晚期智人扩张到世界各地，取代了先前所有猿人和早期智人，在取代过程中晚期智人和早期智人可能发生了非常小规模的混血，如今丹尼索瓦人和尼安德特人的DNA痕迹在非洲以外现代人身上都有微量发现。除了被取代外，原本亚洲直立人也演化出自己的品种——身材矮小、仅1米左右的弗洛勒斯人。弗洛勒斯人推测最晚于1.8万年前生活于印度尼西亚的弗洛勒斯岛地区，从时间上看他们曾和现代人共处，大约在1.3万年前因火山喷发而全部灭绝。不过据当地弗洛勒斯岛居民声称，最后一批弗洛勒斯人是在几百年前被他们捕获用火活活烧死的，至今在印度尼西亚还流传着小矮人的传说。
二、Y染色体DNA分化表和代表人群
1.祖先人——A科伊桑人（南部非洲棕种人）和非科伊桑祖先人
2.非科伊桑祖先人——B尼格利罗人（非洲小黑人）和非尼格利罗祖先人
3.非尼格利罗祖先人——CF集团和DE亚非黑人（又叫尼格罗—尼格利陀人）
4.DE亚非黑人——D古亚洲人（阿伊努—尼格利罗人）和E尼格罗人（非洲黑人）
5.CF集团——C老亚洲人（蒙古—棕种）和F集团
6.F集团——H维达、G高加索、I克罗马农（北欧—巴尔干）、J闪米特、K集团
7.K集团——L达罗毗荼人、T东北非、S巴布亚新几内亚、M伊里安查亚新几内亚、P中亚部落和NO新亚洲人
8.NO新亚洲人——N北亚—芬兰人、O东亚—东南亚人
9.P中亚部落——Q印第安人、R印欧人
由于文化的出现，我们的人生的终极任务，将不只是繁殖，
还有文化的创造和传承。
——理查德·道金斯（Richard Dawkins，1941—）
