在东晋朝廷忙于征讨孙恩之时，坐拥荆、江二州的桓玄开始暗暗扩充自己的实力。
前面说过，东晋朝臣司马元显对桓玄一直又恨又怕，这时的桓玄实际上已经控制了东晋近乎三分之二的国土，司马元显知道，不除掉桓玄始终将是国家的一大祸患。
偏偏这个时候，吃饱了饭没事干的桓玄写了一封信给司马元显那个嗜酒如命的老爹司马道子，而正是这封信，间接导致了一场天翻地覆的战争，东晋朝廷也被改弦易帜，更名为——楚，而皇帝，姓桓。
信的内容是这样的：“现在主持国家大政的，都是些没脑子的人。如果不是这样，又怎么会有孙恩乱国这种事发生。其实有很多能人是能够把朝廷的工作干好的（比如说我），他们一门显赫，为什么只能外放作地方官，其实是朝廷里掌权的人（司马元显）不信任他们，朝臣们只是想保住自己的饭碗，却根本不会做事。我由于身在局外，所以看得才更清楚些。”
司马道子拿到信后，又将信传给了司马元显。司马元显读信后大为恐慌，召心腹张法顺商议。有什么样的主子，就有什么样的狗，司马元显脑袋里装满了浆糊，这个张法顺自然也不是什么有头有脑的人，“审慎”分析局势后，他给司马元显出了一个主意，而这个主意直接要了司马元显的命。
他的主意非常简单明了，概括起来就几个字：“以北府兵对抗荆扬强兵。”
客观来讲，这个看法还是具有可行度的，北府兵天下闻名，兼之其中还有不少猛人坐阵，以之对抗荆扬强兵，胜负当为五五开。但张法顺没料到的是，他看错了一个人，而这一个人直接决定了战争朝不利于司马元显的一方倾斜。
司马元显平素非常倚重张法顺，但他也知道桓玄不是那么好惹的，于是他仍决定暗暗的等待机会。正好这时，另一封信使他坚定了攻打桓玄的想法。如果说前一封信间接导致了这场战争，而这第二封信却是这场战争最直接的导火索，正如贝尔格莱德街头的那一声枪响。
信是武昌太守庾楷写的，信的内容很简短，大意是说：“司马公你如果出兵讨伐桓玄，我将为你充当内应。”
司马元显见信后大喜，外有强兵，内有内应，事无不成之理。元兴元年（402年）元旦，司马元显命刘牢之为先锋，刘裕为参军，即日征讨桓玄。
战幕随即拉开。
桓玄得知司马元显出兵的消息后，听从长史（高级秘书）卞范之的建议，带领大军沿江东下，直扑建康，同时也在全国广做舆论宣传，历数司马元显数大罪状，也不管真的假的，先收买人心再说。
刘牢之——这场战争中最重要的砝码，那个张法顺看错的人，随即开始了他摇摆不定的表演。
刘牢之虽然被司马元显任命为先锋，却迟迟不肯发兵。因为他心中打起了借刀杀人的小算盘：“由桓玄来诛杀司马道子父子，再以之为借口讨伐桓玄，便可以一举荡平海内！”
桓玄率大军顺利通过浔阳，不见政府军的踪影，桓玄全军都清楚了，刘牢之的部队是不会来攻打自己了。于是率领士气大振的军队迅速拿下了襄城，并击败了司马尚之率领的9000步兵。
此后桓玄做了一件很重要的事情，他派出自己的舅舅何穆去说服刘牢之，刘牢之当即同意投降桓玄。
得知刘牢之投降桓玄的消息后，其子刘敬宣、外甥何无忌（刘裕赌友）及参军刘裕本人大为不满。刘裕看得很清楚，桓玄以下犯上，出师无名，久之必失人心，你刘牢之好歹也是当朝有数的猛人，何必要去趟这趟混水，弄个万世骂名。
在动之以情，晓之以理的情况下，刘牢之仍不为所动。刘裕随即做出了一个决定——回家赋闲。
司马元显见调不动刘牢之，只好自己亲自披挂上阵，作为一个在皇室养尊处优，未经战场洗礼的人来说，其领兵打仗的能耐不用想也知道结果。在宣阳门外，司马元显的部队在一声声“放下武器”的叫喊中给彻底击溃了，众多士兵不战而逃，司马元显大败被俘。桓玄就这样非常顺利的占领建康。
建康，是我的，天下也是我的。我做到了父亲未能做到的一切，尽管手段并非正大光明，但我将会用我的能力证明我是一个好皇帝。
人多多少少都是有一点自恋的，你可以认为自己是一个好皇帝，但史家会对你说，你做得有多糟。
把持朝政的桓玄，立即逮捕了司马元显和张法顺，并送了他们一人一杯毒酒上路。张法顺的馊主意，不但要了自己主子的命，同时也要了他自己的命。
这个时候桓玄还做了一个很重要的人事调动，他撤了刘牢之北府大营将军的职务，安排他去做会稽内史。这样明摆着被夺了兵权的刘牢之自然不干，但是他也无奈的说，桓玄刚来了就剥夺了我的军权，看来大祸要临头了。
刘敬宣从建康回来，暗中劝刘牢之说：“桓玄已经控制朝政，乱臣贼子，民心不合，现在正是你讨伐他的时候，请速作决定。”
刘牢之，战场上是猛人，但在决断上，不能不说他是个蠢人。关键时刻，他又打起了摆子。
刘牢之悄悄的把刘裕找到面前问他，我准备北上和高雅之会合一起反抗桓玄，你和我一起去吗？
刘裕听了刘牢之的话以后，衡量了一下形势，然后说，将军你当初拥有几万精兵本来可以阻止现在这种情况的发生的，不过你被桓玄的几句话一说就投降了。而此时桓玄大权独揽，天下的人都愿意归附他了。你这次要去广陵策划谋反，怎么可能会顺利到达呢？
刘裕看得相当透彻，几年的战争风云，不光磨炼了他卓越的军事才能，也使他看清了历史的真相，反复无常的人最多只能充当小丑的角色，要成大业，必须顺应民心，群众不能拥护的人，最后必然走向衰亡。
他的预言很快就得到了验证。
刘牢之召集所有将领对他们讲出自己要退守江北反抗桓玄，但是手下将领刘袭说，你都两次叛变你的主人，这次你还想要第三次叛变你的主人，就算成功你以后如何对天下交代呢？众多将领都觉得正确，听完这番话以后一哄而散。
刘牢之无奈，在众叛亲离的情况下，上吊自杀，最终为他的打摆子性格付出了生命的代价。
分裂的东晋王朝终于控制在了桓玄的手中。最强悍的北府兵都让自己给收拾了，天下还有何人能与他桓玄匹敌。
当然有——回到京口老家的刘裕将会再次登上历史舞台，孙恩不是刘裕的对手，他——桓玄，同样不是刘裕的对手。
