多尔衮虽然没有成为皇帝，但被封为摄政王，福临还对他以义父相称，由于福临年纪尚幼，实际上军国大权全都掌握在了多尔衮的手里。
自从多尔衮得知吴伟被崇祯所忌惮，被赐封为安南王，世袭罔替，并派重兵提防。多尔衮大喜，吴伟已经成为多尔衮心中一块抹不去的巨大的阴影，若是吴伟在，多尔衮打死也不敢有入主中原的想法，崇祯这么做无异于是自废武功，多尔衮心中的阴影一扫而空，多尔衮明白，大清入主中原的最大障碍已经清除了。
也该崇祯倒霉，遇到了罕见的小冰期，西北连年的干旱仍在继续，并没有缓解。但西北的贪官污吏却以为天下现在太平了，可以肆无忌惮的对屁民进行疯狂的吸血盘剥了，这样就造成了更加严重的阶级矛盾，西北的形势岌岌可危，如同一堆干柴，一旦遇到一点火星就会形成无法扑灭的熊熊烈火。
先是张献忠降而复叛，熊文灿招降郑芝龙尝到了甜头，也如法炮制，招降了张献忠、刘国能等流贼头目，果然崇祯因为他招降流贼有功，再加上吴伟被崇祯所忌惮，用一个安南王的封号，被打发到了遥远的安南。同历史上一样，熊文灿被擢升为兵部尚书兼右副都御史。张献忠名义上是归顺朝廷，实际是向熊文灿催索饷银，他屯兵数万于谷城，伺机而动，终于有一天，他觉得时机已经到了，于是再次举起造反的大旗，势如破竹。
当崇祯得知张献忠复叛，顿时大怒，熊文灿因招抚张献忠失败而被捕入狱，次年被崇祯斩首。熊文灿直到临时前那一刻才想起吴伟的话，非常后悔当初没有听吴伟的话，不过后悔已经来不及了。当时，吴伟仿佛早已看穿了张献忠的动机，他苦口婆心的劝熊文灿，说有些人造反是因为活不下去了，如果朝廷肯给他们一口饭吃，他们确实不会造反。但像张献忠这样的野心家，他们并不是，他们已经发展出了更大的野心。他们已经尝到了造反的甜头，岂会轻易的被官府收编。就算投降，也是意识走投无路，没办法，不是真心的。他们是不会接受朝廷的命令的，不过是为了利益，向朝廷要饷要粮，如果朝廷不能满足他们的要求，他们肯定会反。但是熊文灿当初却根本听不进去，还以为吴伟是嫉妒自己的功劳大过他，所以才这么说的。想不到这一切都被吴伟不幸言中了，当初招降张献忠的决定更像是自掘坟墓。
同时，李自成从商洛山中率数千人马杀出。原来，李自成趁明军主力在四川追剿张献忠之际，入河南，收留饥民，并开仓赈济饥民。在牛金星等人的辅佐下，提出“均田免赋”“平买平卖“等口号，获得广大人民的欢迎，散布“杀牛羊，备酒浆，开了城门迎闯王，闯王来时不纳粮”的民谣。远近饥民纷纷拿着锄头就来了，响应的人如流水，日夜不绝，一呼百万，起义势头如同燎原般无法扑灭，李自成的起义队伍迅速壮大。
崇祯十四年正月二十日，李自成攻克洛阳，杀万历皇帝的儿子福王朱常洵，从后园弄出几头鹿，与福王的肉一起共煮，名为“福禄宴”，与将士们共享，然后将福王藩邸中数万石粮食、数十万金钱赈济给饥民，自称“奉天倡义文武大元帅”。可惜福王积累起来的无数的财宝和物资到头来却便宜了反贼，而且自己也落得个被杀的下场，不过福王世子朱由崧倒是幸运的在手下的协助下逃出了洛阳。
之后在一年半之内三围省城开封未果，最后一次决黄河堤冲毁开封，城中平民遇难者甚眾。先后杀死陕西总督傅宗龙、汪乔年，十月，在河南郏县败明陕西巡抚孙传庭，清军再次入塞，深入山东，掠走36万人。
崇祯十二年（1639年），张献忠在谷城（位于湖北襄樊）再次反叛明廷，李自成从商洛山中率数千人马杀出。崇祯十三年（1640年），李自成趁明军主力在四川追剿张献忠之际入河南，收留饥民，开仓而赈饥民。“远近饥民荷锄而往，应之者如流水，日夜不绝，一呼百万，而其势燎原不可扑”。自此，李自成军队发展到数万，提出“均田免赋”口号，即民歌之“迎闯王，不纳粮”。
崇祯十四年（1640年）正月二十日，李自成攻克洛阳，杀万历皇帝的儿子福王朱常洵，从后园弄出几头鹿，与福王的肉一起共煮，名为“福禄宴”，与将士们共享。同时，李自成没收福王府中金银财货和大批粮食、物资，发布告示大赈饥民。之后，在一年半之内，三围省城开封未果，最后一次崇祯十五年黄河决堤冲毁开封。连获项城﹑襄城﹑朱仙镇﹑郏县﹑汝宁五次战役的胜利，执杀明兵部尚书陕西总督傅宗龙﹑汪乔年及陕督杨文岳等，大败陕督孙传庭。明军主力被消灭，起义军控制河南全省，部众近百万。
崇祯十六年正月，李自成攻下承天，被举为“奉天倡义文武大元帅”。三月，李自成改襄阳为襄京，称“新顺王”，招抚流亡的贫苦农民，给牛种，赈贫困，畜孽生，务农桑，又募民垦田，收其籽粒以饷军。同月，杀与之合军的农民领袖罗汝才和革左五营的贺一龙。四月，杀叛将袁时中。五月，张献忠克武昌建立“大西”政权。八月，督师孙传庭拥兵10万出关。李自成闻讯，即率主力北上，九月，两军对垒于郏县。时值大雨滂沱，明军粮运不继。李自成一面动员百姓坚壁清野，使明军无法就地筹粮；一面派大将刘宗敏率万余轻骑出汝州，截断明军粮道。孙传庭闻讯大惊，不得已回师欲打通粮道。李自成率师追击400里，大败明军，斩首四万余级。李自成乘胜挥师西进。十月，李自成攻破潼关，杀死督师孙传庭，占领陕西全省。崇祯十七年一月，李自成在西安称帝，以党项人李继迁为太祖，建国号“大顺”。十一月，张献忠在成都称大西皇帝。
同时李自成率军五十万东征明北京，二月初二，在沙涡口造船三千，渡过黄河，攻下汾州、阳城、蒲州，隔日攻下怀庆，杀卢江王载堙。初五日攻克太原，牛勇，王永魁等督兵五千人出战尽歿，初八日以守将张雄作内应，炮轰破城，蔡懋德自縊死。在太原休整八天。十六日，克忻州，官民迎降，代州守关总兵周遇吉凭城固守，双方大战十餘日，遇吉因兵少食尽，退守寧武关。
周遇吉悉力拒守，最后火药用尽，开门力战而死，全身矢集如蝟毛，夫人刘氏率妇女二十餘人登屋而射，全被烧死。三月初一日李自成克寧武关，前后死将士七万余人，伤亡惨重，李自成下令屠城。当晚，大同总兵姜瓖投降，宣城总兵王承胤降表亦到，又连下居庸关、昌平。大明政权此刻已经风雨飘摇，岌岌可危。
历史仿佛跟吴伟开了一个玩笑，并没有因为吴伟的到来而改变方向，反而是绕了一个湾又回到了他原来的方向。
北京紫禁城，崇祯又一次下了罪己诏，为了感动上苍，带领群臣在文华殿吃斋祈祷。
仪式结束之后，有臣子提议道：“陛下，如今唯有调吴伟入京勤王，方可解决危机。”
谁知崇祯大怒道：“住口！你们这是想引狼入室吗？据可靠消息，李自成军中居然出现了同吴伟军中相同的火器和盔甲，流贼之所以这么猖狂，背后绝对有吴伟在暗中支持，他和李自成早就勾结在一起了。再说了，难道这天下就唯有吴伟可以一战吗，离开了吴伟，就不行了吗？”
性命攸关之际，就连温体仁也同意让吴伟紧急入京救驾，但崇祯却没有采纳，众大臣只好无奈的摇头。
崇祯也未尝没有想过要调吴伟进京勤王。只是出于各种原因，他最终还是否决了。这也彻底断送了大明江山和他自己的性命。
崇楨并没有调吴伟入京勤王，而是急调辽东总兵吴三桂、蓟辽总督王永吉、昌平总兵唐通、山东总兵刘泽清入卫京城。
为了去除吴伟的影响，崇祯还采纳了部分大臣的建议，撤掉了宁波特区，并重新实行了海禁。实行海禁受影响最大的其实是朝廷的国库和崇祯的内库，少了这么大的收入，再加上朝廷连年的战争消耗，国库已经空虚，崇祯没办法，他只得号召在京的勋戚官僚捐助饷银。
但这帮官员都狡猾的很，明明都是很有钱，但纷纷哭穷，都说自己两袖清风，哪里还有饷银可捐，皇亲国戚也是如此。最为知名是皇亲周奎的故事。太监徐高到嘉定伯周奎府上去，说明当前形势危急，大家休戚相关，周奎应该做一个表率，拿出五万到十万两银子来，给朝廷救急。
周奎是周皇后的父亲，很明确地告诉徐高，自己没有那么多银子。徐高不敢在皇帝的岳父面前耍威风，急得直哭，再三恳求。
但周奎只是东拉西扯，徐高终于急了，拂然而起：“老皇亲如此鄙吝，一旦大事去了！你就是再多的家产又有何用？”
周奎觉得他说得有道理，终于答应借出一万两银子。崇祯皇帝听说之后，认为太少，要周奎出两万两银子。周奎只好向女儿周皇后求援，周皇后还挺有钱，从宫中送出来五千两银子，让父亲再凑五千两，以满足皇帝的要求。
周奎还真不含糊，把这笔钱扣下两千两，其余的三千两交上去应付皇帝。算一算，崇祯皇帝像挤牙膏一样，从岳父这里挤出了一万三千两银子，其中的五千两还是他自己的。
正因为有这样的官僚和皇亲国戚，此次所谓的捐助饷银，最终只捐了六十万两，这对于糜烂的局势来说，根本是杯水车薪。
