台州卫共设五个千户所，额定军户五千六百人，但加上吴伟的楚门千户所满额的一千一百二十人，实际只有不足五成，也就是二千六百人，空缺达到了三千名军户。
吴伟第一步是招募军户，由于有高额的军饷和优厚的伙食待遇，自然前来应征的人络绎不绝，达到了上万人，吴伟制定了严格的征兵标准，限定了年龄和身高，设置了举重、跑步等体能测试项目，体能测试达标的，还要进行最终的身世背景审查，以前干过小偷小摸等违法犯罪的事情被官府抓过的，或者是偷奸耍滑之人的，吴伟坚决不要。
经过严格的层层选拔，最终，挑选了年龄、身高、身体素质和身世清白的三千名军户，当然，不是说招募进来就可以享福了，就可以高枕无忧了，恰恰相反，考验才刚刚开始。因为即将面对他们的是如同地狱般的军训，而且还要每月进行一次考核，实行优胜劣汰，考核优秀的提拔，排名末尾的淘汰，通过这种方式来保持军队的强大。
除了训练军队，在兵器和盔甲方面，幸亏有了高炉炼钢工艺，还在水力资源丰富的溪坑边上建造了兵工厂，使用水力驱动锻打和加工，效率很高，部队均配备了钢制的长枪和盔甲。
吴伟知道，自己将来的主要敌人是辽东的建虏。建虏是冷兵器之王，自己的部队要想在冷兵器方面战胜他们，非常困难。但吴伟知道，要想克制建虏的冷兵器，只有火枪。
明朝军队虽然已经配备有火绳枪，但由于制造工艺落后，再加上工匠偷工减料和粗制滥造，火绳枪不但威力很弱，还很容易炸膛，火绳枪还有个致命的弱点是点火非常慢，往往没等你放一枪，敌人就已经杀到面前了，还不如烧火棍。所以虽然明朝已经配备有火绳枪，但官兵们都不喜欢用它。
所以吴伟决定自己打造火枪，吴伟原本想制造燧发枪，因为燧发枪能够有效的避免火绳枪点火慢，不能在雨天开火的缺点。但无奈目前现成的只有火绳枪，虽然自己是现代人，但也不懂得如何制造燧发枪。没办法，命令工匠按照火绳枪的样子进行仿制。工匠开始也有疑惑，觉得这火枪并不实用，还不如造弓箭。吴伟却知道火绳枪的威力，岂是弓箭能比的。
吴伟知道，只要自己能控制火枪的制造工艺和质量，就能减少炸膛的发生，再配合三段击式射击，就能提高火枪的射速，这样就能发挥火枪的真正威力。
说干就干，吴伟通过一些穿越题材的意淫小说知道，火枪之所以射程短，还容易炸膛，是因为明朝的火枪是铸造的，存在沙眼和气孔，必须采取锻造工艺，先锻造出火枪的外形后，再用钻床钻出枪孔，这样就能够有效避免炸膛，并提高子弹的射程和命中率。要是靠人力锻打和车孔，非常困难。所以必须要研制水力驱动的锻床和车床。
因为有高额的工资和奖金，工匠积极性很高，再加上他们以前有吴伟利用现代科技的指点，已经研制出制造兵器和盔甲的水力驱动的锻床和冲床，要制造火枪，只要稍加改进就可以了，所以很快就研制出了水力驱动的制造火枪的锻床和冲床。
但就算这样，制造火枪还是比较慢，因为一个是制造火枪不同于制造长矛和长刀这么简单，制造火枪涉及到各种复杂精细的制造工艺，而且还涉及到很多的零件和装配工艺，是要做到严丝合缝，不能有丝毫的误差，否则这火枪就报废了，刚开始由于工艺不熟练，所以做出来的火枪好多都报废了。但吴伟并不灰心，终于在尝试了将近一个月之后，终于做出了第一批合格的火枪。吴伟试了试，效果很不错，由于使用了光滑笔直的枪管，射程达到了一百五十米左右，射击精度也大大提高，唯一的缺点是射速太慢，拖着一根长长的火绳点火，放一枪要一分钟左右。
吴伟立即组建了火枪兵，首批人数定为一千人，吴伟子所以并没有将军队全部改为火枪兵，是因为火枪制造比较困难，虽然吴伟采取了后世的流水线作业，但制造速度还是不够快，再加上制造火绳枪的花费不菲，所以注定不能大批量装配军队。而且一旦敌人攻到面前，火枪就失去了作用，吴伟决定等敌人靠近之后，由长枪兵保护火枪兵，这样就能有效的结合冷兵器和热兵器的威力。当然如果以后全部配备火枪兵之后，也可以效仿后世的做法，在火枪上加装三棱刺刀进行防护，吴伟已经命令工匠研究能够加装在火枪上的三棱刺刀。
吴伟对他们开展三段击式射击训练，所谓的三段式射击，并不是什么新鲜事，其实早在明朝初年，就已经在明军之中出现。当时，明朝将领沐英为了对付在使用火器对付云南叛军大象等野兽兵时，觉得火药填装速度太慢而改进的一种战术射击方式。具体是由三人为一个小组，先由最前面的火枪手射击，然后退至队伍后方专心填装弹药，由第二名士兵上前开火。三人交替装弹、开火，使原本射击一次需要一分钟甚至更久的火绳枪效率提升三倍。
火枪射击要先放入铅丸，然后倒入火药，因为这个时代还没有真正的子弹，吴伟倒想造子弹，但自己不懂啊。再从枪管下抽出通条，捣实铅丸和火药，点燃火绳瞄准敌人，射击后还要清理枪孔，防止火药残留物堵塞枪口。吴伟发现，火药的分量很难把握，倒多了容易炸膛，倒少了又失去了威力。根据后世的意淫小说的经验，吴伟发明了纸壳子弹，就是将固定重量的火药连同铅弹，包裹在一个防水的牛油纸壳里，用的时候，只要咬开纸壳尾部，装入枪管，用通条捣实就可以了，不但节省了装弹时间，而且每颗纸壳子弹的分量是一样的，也避免了火药每次不是倒多了就是倒少了的问题。另外，在实际射击中，吴伟还发现，这种油纸纸壳包裹的子弹减少了与枪管的摩擦，不仅加快了填装速度，而且起到了闭气作用，精度随之提高，射程也增加了，能达到两百米左右。
吴伟通过以上种种改革和训练，使火枪每次开枪的间隔从原先的一分钟缩减到了十五秒，如果在实战之中，基本能够达到不间断开火的目的。对于吴伟的种种超前的创举，众人都是惊叹不已，众人看他的眼神如同看一个神仙，不过吴伟本来就是穿越人士，跟神仙也差不多。
在制造火枪的同时，吴伟并没有忘记海军和舰队的重要性，要知道，建虏虽然陆地上所向披靡，少有对手，但他们海上力量很弱，几乎没有舰队，吴伟却知道舰队的重要性。
目前，收编的原刘香的舰队暂时停泊在玉环岛附近的乐清湾，吴伟还招收了会造船的工匠，开始造船。但造船却比制造兵器和盔甲难多了，进度比较慢，而且战船又不同于一般的海船，战船需要配备大量的火炮和炮弹，这是最难的，这事令吴伟感到很是头疼。
一天，手下回禀道：“门外有个长相很奇怪的人要见大人。”
吴伟感到好奇，命他进来。
那人进来后，吴伟才发现，此人须发皆红，眼眶深凹，高鼻梁，蓝眼睛，身着黑色的修道服，胸前佩戴一个十字架。居然不是中国人，而是洋人。原来此人名叫罗纳尔多，是葡萄牙人，是个传教士，以前跟随刘香的舰队，刘香之所以允许他传教，是想利用他给自己采购战船、火炮和炮弹。
他来寻找自己的目的是希望自己能够到岸上传教，最好能够允许他在台州建立教堂。吴伟可不想自己的百姓受他的所谓的天主蛊惑，所以当初就只允许他在玉环岛上传教，不许他上岸传教。
吴伟自然是对他的请求予以了礼貌的拒绝，他失望的摇了摇头，无奈准备离开。这时，吴伟突然想到了他的另一个很重要的作用，于是叫住了他，道：“神父，请留步。”
他还以为吴伟改变了主意，很高兴，结果吴伟却问他：“神父，你知不知道哪里可以采购到战船和火炮吗？”
原来不是允许他上岸传教，不过他原先就负责给刘香采购战船和火炮，所以可谓轻车熟路，道：“大人，在我们国家就有很多人制造战船和火炮，大人要是想要，我可以联络他们，让他们卖给大人。”
“慢着，你是说你们国家有很多人会制造战船和火炮？”
“是的。”
“太好了，那你能不能让他们过来帮我造。你放心，我会付给他们满意的报酬。”
“这个没问题，我认识他们的有好多人也正好在中国，我可以给大人找来。”
吴伟很是高兴，知道好多葡萄牙人在镜豪（澳门)，那里也有很多的战船和火炮可以购买，于是立刻调集了几艘战船，带了大笔的银子，由林斌负责，跟随罗纳尔多去镜豪，采购战舰和火炮，并招募大量熟练的能够制造战舰和火炮的洋鬼子。
