这个当年的浙江巡抚杨昌浚是左宗棠的爱将，随左宗棠镇压太平军建立了军功。
同治四年（1865年）八月，左宗棠上奏朝廷，称杨昌浚“实属尽瘁驰驱，劳绩卓著。可否仰恳天恩，俯准将浙江按察使杨昌浚赏加布政使衔，并赏给该员三代二品封典，以示优异”。
同治五年（1866年）二月，左宗棠督军前往福建后，朝廷命杨昌浚为浙江布政使，负责处理浙江善后事宜。后来朝廷又命杨昌浚先是署理浙江巡抚，不久之后就正式担任了浙江巡抚一职。
浙江是富庶之地，而这个巡抚职位又掌握着筹饷抓钱的实权，油水很大。所以胡雪岩为左宗棠谋借洋款，购运军火时也与杨昌浚关系密切。
正当杨乃武与小白菜的案子处于胶着状态时，汪树屏、胡以同等十八位浙藉京官，联名写了控诉状递交都察院。详细陈述了案情的复杂和审讯中严刑逼供的惨状，再次提出将案子移交刑部审理的要求。
身为光绪皇帝老师的翁同龢，发现自己指出的案件中明显的矛盾之处并未核实纠正时，也向两宫皇太后提出了同样的请求。
两宫皇太后下懿旨将案件提交刑部再审。并命令人犯与证人分三批赴京听审。第一批小白菜由两位老妇相伴，第二批是杨乃武，其他证人和相关人员为第三批。
在清代，死刑案件通常由省级刑狱机关判决，上报刑部批准。上报的判决很少会提请复审，完全改判的就更少了。特别重大的案件到北京复审，以刑部为主，会同都察院、大理寺进行审讯，叫做三司会审。
杨乃武与小白菜的案子的主犯和人证全数抵京后，刑部就邀请都察院和大理寺举行会审。
主审官是刑部尚书桑春荣和皂保。发话讯问的是刑部浙江清吏司郎中刚毅。
由于杨乃武的膝盖受刑时跪过火炼，创伤还没有痊愈，主审官允许他坐在地上回答。
杨乃武意识到这是他最后的希望，所以鼓足勇气，侃侃而谈。当天听审的人很多，有朝廷三、四品以上的官员和证人。
当杨乃武供诉案情时，堂上堂下鸦雀无声，连差役也听得入神，以往大堂上令人悚然的喊威声也听不见了。
杨乃武竭力证明自己的清白，已经七十岁了的刘锡彤在堂下则显得焦躁不安。之后小白菜和其他证人也据实陈述，推翻了先前在行刑逼供下所说的不实之词。
随着审讯的深入，案情逐渐明朗。舆论普遍认为杨乃武与小白菜之间是清白的，并没有合谋杀害葛品连。
但还有一个问题萦绕在人们的脑海里，那就是葛品连究竟因为什么原因而死的？是不是真像验尸报告上所说的，是因为中毒而死。
为了澄清事实，刑部决定将葛品连尸棺押送到北京，对尸体进行复验。
于是葛品连的棺材被重新挖起，快速送往北京，沿途进行了严格的防范措施，每到一处都由相关的地方官贴上一道封条。
1876年12月初，葛品连的棺材运抵北京。刑部尚书桑春荣带领验尸官、官员和证人到海会寺验尸。这一天海会寺人头攒动，大家屏息注目。
中国古代判断一个人是否中毒身亡，主要观察骨头是否是白色的。如果呈现出黄白色，就意味着不是因中毒死亡的。当验尸官宣布死者非因中毒身亡时，人们欢声雷动。
当时杨乃武和小白菜穿着红色囚衣关在木笼中。一位法国记者高兴地跑来，用手比划着“无毒！无毒”。
杨乃武与小白菜的案子引起了社会关注后，也引起了外国媒体的注意，国外报纸也开始报道了。因为在17、18世纪，世界历史已经产生了巨大转折和变化，人类追求独立和自由的运动向着更为深广的方向发展。
在欧洲和北美，封建君主制的根基受到冲击，资产阶级革命的时代已经来临。继尼德兰革命之后，英国爆发了资产阶级革命，为资本主义制度的确立开辟了道路。
欧洲大陆的主要封建国家也陆续进行改革，推行富国强兵政策，客观上推动了资本主义的发展。但是与此同时，为了转移国内矛盾和争夺国际市场，欧洲国家进一步加快了殖民扩张的步伐。
经过激烈的博弈，英国最终成为了世界上最大的殖民国家。在这社会巨变的大潮中，欧洲政治思想领域出现了启蒙运动，为资本主义社会提供了一套政治构想。
与英国隔海相望的法国近水楼台先得月，随后也爆发了轰轰烈烈的大革命，摧毁了封建专制统治，为资产阶级掌权开辟了道路。在英属北美殖民地，则独立出了一个完全新型的国家----美国。
到了19世纪七十年代时，西方的资产阶级革命已经基本完成，而中国的资产阶级革命还未开始。这二百年左右的时空距离，使西方看待中国时，就像看待资产阶级革命前的封建君主制一样。
所以一些外国公使在公开场合谈论中国的司法制度时，就经常以杨乃武与小白菜的案子作为案例。由于租界的客观存在，那时的中国已经很难完全封闭，所以清政府已经不得不开始关注起了自身的国际形象，感受到了的来自国内国外的舆论压力。
对于杨乃武与小白菜的案子是否应该平反，清政府官员分成了两派。一派是以湘系为主的地方实力派官员，他们执掌地方大权，与杨昌浚有着各种各样的关系，希望杨乃武与小白菜的案子能维持原判决；另一派是以江浙藉为主的朝议派，大都是通过科举进入政坛的京官。
他们既不满地方实力派目中没有朝廷，同时也希望有一个公正的判决，所以他们竭力主张平反冤案。
随着杨乃武与小白菜的案子的平反，江浙朝议派和湘系为主的地方实力派官员之间的对立更趋尖锐。
开棺验尸后，四川总督丁宝桢斥责刑部尚书桑春荣，指出人已经死了三年，毒气早已消散，不能仅凭尸骨呈现黄色就认定不是中毒死亡，所以应该维持原判。
面对气势汹汹的各路权臣，桑春荣对是否要平反冤案，处罚失职官员颇感犹豫。
但是刑部开棺验尸后，社会舆论已经形成，平反冤案已成定局。处分造成直接责任的地方官员也是大势所趋，但在如何处置失职的高级官员的问题上，大家心里都没有底。
照以往的做法，在涉及高级官员时总有将问题淡化，最后不了了之的倾向。丁宝桢大骂刑部后，情形更可能如此。
就在这时，监察御史王昕呈上一份弹劾胡瑞澜和杨昌浚朋比为奸、欺君枉法的奏折，请求革去两人官职。
古代中国有一种监察政府官员的御史制度，御史有责任对不法的官员进行弹劾，以保证国家机器的正常运行。
王昕是一位有见地的监察御史，他没有拘泥于一个具体案件的责任大小，而是从朝廷利益的角度讨论惩罚失职官员的必要性，并且充分利用了地方实力派不尊重朝廷所引起的社会反感。
当王昕谈到权臣派没有把两宫皇太后和年幼的光绪皇帝放在眼里时，两宫皇太后的心被打动了，终于发出了革除杨昌浚、胡瑞澜职务的命令。
随后的连带处罚更是引发了浙江官场的震动，涉案的300多名官员有30余人被革职、充军或查办，150多名六品以上的官员被革除顶戴花翎，永不续用。
杨乃武与小白菜虽属冤屈，但是不但没有国家赔偿一说，而且同样受到了处罚。
杨乃武因与小白菜同食教经，不知避嫌，并在申冤诉状中诬指何春芳调戏小白菜，所以被革去的举人身份不予恢复。在那个时代，这意味着他再也不可能入仕为官了。而小白菜与杨乃武同桌同食，不守妇道，奉懿旨被削发为尼。
出狱之日，杨乃武目睹毕秀姑奉懿旨，被押解尼姑庵削发为尼，自己虽然保住了性命，却已经一身伤残，几为废人，连举人功名也不准恢复，不禁黯然自问：“我这冤案是昭雪了么？大清真有青天么?”
从此后杨乃武回乡以务农养蚕为生，而毕秀姑削发为尼后法名慧定，终日诵经礼佛与青灯蒲团为伴。
到了这时胡雪岩才明白过味来，虽然左宗棠如愿出任了两江总督兼南洋通商大臣，但却已经是一个跛脚总督了。
面对湘系权臣掌控两江这种情况，对于清朝的最高统治者而言不可能不防。早就想找到一个契机来弹压湘系军阀的势力，而杨乃武与小白菜的案件正好给了两宫皇太后这样一个契机，找到了压制湘系军阀气焰的机会。所以涉案的300多名官员中有30余人被革职、充军或查办，150多名六品以上的官员被革除顶戴花翎永不续用，就不足为怪了。
很显然一场难以躲过的危机，正向胡雪岩悄悄地袭来。与湘系权臣关系密切，又与浙江官场盘根错节的这位红顶商人，预示着资本家阶层在这世纪沉浮中跌宕起伏的命运。
