利玛窦离开了韶州，向北京进发。他想，即使北京去不成，也要在南京站住脚[125]。可是当时的时机不好。当时正值1592年5月，日本的丰臣秀吉在还没有完全打破封建领主的割据局面，日本在尚未完全统一的情况下，竟然组织了一支30万人马的军队出兵朝鲜，为实现他臆想中的日本帝国之梦——把中国、印度、菲律宾和西南太平洋诸岛划归日本版图，迈出了第一步。仅仅在6个星期之内，他的军队就横扫朝鲜半岛。一支由8万人组成的中国军队，被派往朝鲜协助抵御日本人，结果也遭到了失败。
日本军队在最初的胜利之后，便开始走下坡路。在海战方面，朝鲜杰出的海军将领李舜臣接连地给予日本军队重创。再加上日军的战线拉得过长、当地游击队的牵制、地方百姓对侵略者的仇恨、恶劣的天气，以及部队供给的不足等多方面的因素，日本人的锐气被逐渐消磨了。对中国来说，尽管时局有所好转，但是明军在朝鲜的失利，加上日军也并没有从朝鲜撤出，这些都深深地困扰着中国朝廷。万历皇帝把那些他认为有能力统领军队的官员召到北京，一起来商定对付入侵者的作战计划[126]。于是，为抵御入侵而动员的军队集结起来，为大规模的战争做准备的各项工作也正在进行中。北京的这种战争恐怖气氛感染了全国，利玛窦在1592年11月12日写给耶稣会总会长阿桂委瓦的一封信中，谈到了当时人们害怕日本人的情绪。在信中，他把日本人描写成“非常好战的民族”[127]。
南京的气氛自然受到北方的感染，显得躁动和不安。在这种形势下，当地的官员们是不欢迎一个外国人出现在他们中间的。1595年5月31日，利玛窦到了南京，一路之上充满了惊险和不幸。当他们航行到一个叫十八滩[128]的地方时，船在急流中翻倾了。一名水性很好的年轻教士巴若翰[129]（Barradas）溺水身亡，而不习水性的利玛窦却幸运地保住了性命。
在当时这种环境中，利玛窦还是找到了机会。他发现肇庆巡抚刘节斋的第五个儿子在南京。这位刘公子很高兴能与这位天主教徒再次相见，并设宴款待了他，还把利玛窦介绍给他的朋友。这些人又宴请利玛窦。他们之间的这种来往，无形之中使东方与西方的文化在一种很友好的气氛中展露出来。这对于双方来说，无论是对于有开阔视野的人文主义的意大利人，还是对于那些接待他的开明的中国人来说，都产生了一种信任感。
利玛窦在南京结识了新朋友，在衣着、语言和行为上已经十分中国化了，他因此而自认为住在南京不会有什么问题了，但是没过多久，他这种打算还是落空了。利玛窦得知他的一位老相识徐大任在南京很有地位，就前去拜访。席间，利玛窦说他打算在南京住下去。听了这番话，徐大任与利玛窦刚见面时友善的态度改变了，他变得十分恐慌。原来这位大人害怕因为与利玛窦交往而使自己陷入困境，怕为了帮助一个外国人而丢官。他极力让利玛窦离开南京，并向利玛窦担保，除了南京，去任何地方，他都能帮忙。这位将与利玛窦的友谊抛之脑后的徐大任，抢在官府之前，将利玛窦住的那家客栈的倒霉的老板传来。他装作非常愤怒的样子，命令店老板把利玛窦轰出南京。
尽管利玛窦一些朋友一再劝他，不要理会徐大任的这种做法，但是利玛窦仍然认为，勉强住下来会对以后的发展不利。6月17日，心怀深深失望之情，但并不悲伤的利玛窦离开了南京。他在南京停留了仅仅两个星期。事后，利玛窦善意地解释了徐大任的行为，他说：“我被告知，正如徐大任所说的，他这样做是为了我好。但是就我对定居南京所抱的强烈愿望来说，宁愿被投进监狱，我也不愿意离开南京。”[130]
利玛窦不希望再回广东，所以他决定在江西省的首府、以有众多学者而闻名的南昌落脚。利玛窦从南京走水路赴南昌，路上他结交了一个同行的旅伴，这个人在江西的衙门里做事。1595年6月28日，他们到了南昌之后，是这位新朋友照料他，帮他找了住处，看着他安顿下来。
开始时，利玛窦的名字在南昌并不为人所知。瞿汝夔向他在南昌的许多朋友们夸奖利玛窦，利玛窦也通过一位名医王继楼开始与城里有修养的阶层结交起来。一次，利玛窦受王医生之邀赴宴，来客中有两位皇亲[131]。利玛窦对中国经典著作的熟悉就像他的数学知识一样，激起了在座来客的赞扬，利玛窦很快与这两位皇亲成了熟人。以这次宴会为良好的开端，利玛窦的交际圈迅速扩展了，登门拜访的人也不断地增多。许多来拜访利玛窦的人渴望见识利玛窦真实的、奇异的记忆能力。中国的科举考试制度导致了记忆力的高度发展，但是很多中国人还是被利玛窦的记忆能力折服。因为他在读了一遍400个不相关的汉字之后，不但能顺着将它们背下来，还能倒着复述出来[132]。为了让那些羡慕他的朋友也能学到这一本领，他写下一篇的关于记忆的短文——《西国记法》。
江西巡抚陆万垓在对利玛窦的情况做了初步调查后，派人召利玛窦前来，而谣传却说总督要传利玛窦过堂，利玛窦的房东和邻居们听说后吓坏了。房东想将利玛窦连同他的东西一起赶到大街上去，但是利玛窦由于得到总督的私人医生王继楼所做的关于总督对他有好感的保证，所以拒绝房东的武力要挟。尽管如此，利玛窦还是自愿搬到了医生的家里。
虽然有这位医生朋友的一再保证，利玛窦在会见前还是充满了疑虑。等他见到总督之后，见到总督对他非常客气，也不让他履行中国人见官时的跪拜之礼，利玛窦的心才算是放了下来。接下来总督向他询问了一些关于天主教教义的问题，又问了他所教授的数学方面的一些事情。在见面结束的时候，总督对利玛窦的盛赞，竟然使利玛窦局促不安。总督还一再邀请他留在南昌。
利玛窦在南昌站住脚是没有问题了。总督对利玛窦的态度使那些原来想对外国人表示友好但又害怕的人松了口气。利玛窦马上就对一些职位重要的官员进行了一连串的拜访，并且都受到了友善的接待，前来拜访他的人也比以往增加了好几倍。几个月以后，利玛窦忙得连在白天读每日祈祷书的时间都没有，只有等到夜里再补上。
他在1595年10月28日写给高斯塔[133]（Girolamo Costa）的一封信中说：“我连吃午饭的时间也没有，往往是下午一点钟才吃上。”他还写道：“一个星期里，我要受到两次或三次的赴宴邀请，有时一天里要赴两个地方，我也不得不两个地方都去……教会的斋戒日对我略有不便。因为这里的盛宴多在晚间举行，而我的守斋是全天的。值得庆幸的是我的消化系统很好……”[134]
在南昌，意大利的人文主义者利玛窦与一位68岁的中国学者章潢[135]成了非常好的朋友。章潢品德高尚，在明朝的史书上[136]，他被写成是一位“从小到大没有讲过一句不好的话，没有做过一件不好的事，没有结交过一个不好的朋友，也没有读过一本不好的书”[137]的人。他最重要的学术著作是《图书编》（一部地理方面的百科全书）[138]，此书共一百二十七卷[139]。这部书的问世证实了利玛窦讲述的他与作者的友谊。他们的友谊带来的益处是相互的。这部书籍的大量条目都是在参考了利玛窦的解释以后写成的，特别是天文学和制图学方面的条目。利玛窦绘制的世界地图用的就是这种制图法[140]。
利玛窦通过章潢接触到了当时中国的知识分子，了解了中国社会知识阶层的生活。这种接触给耶稣会士的传教带来了久远的影响。在明朝最后的50年里，最重要的现象之一莫过于文学和哲学社团，或如耶稣会称之为“Academy”（学会），如雨后春笋般地发展起来。
章潢是南昌众多最早结社中的一个社团的领头人。该社的人数在1000人以上。这些学者们经常几个人聚在一起，不但讨论文学，也研究当时的社会问题。
这种形式的聚会在开始时并不是刻意地聚集在一起的。这些读书人来到一起，是借《论语》中的一句话：“以文会友”，以期互相帮助，为科举考试做准备。这些聚会起初丝毫不招人耳目，但是后来发展成全国性的带有社会性和政治意义的运动。这些小团体组合起来，形成了由数千学者组成的各种结社，其中最具影响的一个大的结社称为“东林学社”。如果更强调其政治性的话，或称之为“东林党”。
在当时，朝廷的大部分实权被一群聚集在北京朝廷里的宦官把持着。与此同时，朝廷里唯利是图的反动的官员们与这些宦官又结为朋党。两股恶势力使一个好的政府运作程序瘫痪了，也破坏了整个的政治结构。这种统治状况，是导致在十七世纪的头10年里社会动荡不断增长的主要原因。正是这10年时间为明朝的覆灭铺垫了道路。
诸多爱国的、清廉的知识分子面对现实社会的种种弊端，极度痛心和愤怒。东林学社成了他们振作精神的地方。在十七世纪的头几年，这个组织演变成一个政治团体。在十七世纪最初的40年里，东林党与反动的阴谋集团对于朝政控制权的激烈争夺，成为这段时期中国政治史的主要内容。
在南昌，利玛窦通过引见，认识了学社的知识分子。他发现有一批对如何改良朝政深为忧虑的人物，他们其中一些人已开始反抗，反对旧式的奴隶般的顺从。正是这种顺从，枯竭了人们进取的源泉，使权力掌握在腐败的反动势力手中。这些乐于接受新思想的知识分子聚到了一起。利玛窦认识到，在这种社会气候中，他可以以这些人为媒介将一种新的理论介绍到中国来。
很多谈论利玛窦的文章宣称，与儒家学说的联合，是为了以此为手段使天主教在传入中国时更容易一些。对这种辩解，无论是褒还是贬，都是不确切的。利玛窦在儒家学说中，摈除了宋朝的唯物主义，寻求与天主教教义的接触点。如果说它是一个联合的问题的话，不如说他寻求的是与较为进步和有潜在接受能力的、与学会团体有联系的学者型官员阶层的联合。利玛窦认为凭借这些人的威望，“或许可以消除某些人对新学说存有恐惧的心理”[141]。
即使是这样的结合，“联合”一词仍被误解。利玛窦看到以学会团体为媒介，天主教作为一种“发酵剂”可以被引入到中国社会。这个阶层可以形成许多向全中国广阔的土地上扩散天主教思想的中心点。这并不表示利玛窦抱有使全部学会团体的成员都皈依天主教的期望。还有一些作者仍然坚持错误的说法，认为耶稣会寻求的是中国“从上到下”的皈依[142]。利玛窦自然希望，“如果有可能”，他指出，“使一些有功名的学者和官吏皈依天主教”，但是他的更重要的目标，是通过这些人，形成一种对天主教抱有好感的社会环境。
事情并非偶然，在明朝最后的40年，所有杰出的学者阶层的天主教皈依者和许多非天主教徒的朋友都拥有东林学社的社会背景。利玛窦的良好判断力由此得到了证实。徐光启[143]（教名Paul）、李之藻[144]（教名Leo）、杨廷筠[145]（教名Michael），所有这些在后来中国天主教的发展进程中起到领导作用的人物，均出自这些学会团体[146]。
传播天主教的利玛窦开始在学会成员中宣讲科学和哲学，这两者都有为了给具有影响力的天主教创造出一种有接受能力的气氛的目的。传教士们在科学领域一定要有好的声望，不然会影响到天主教的传播工作。许多有价值的友谊，首先是因为利玛窦的声誉和其他的耶稣会士教授新的科学真理而赢得的。许多对于有着宗教教师声望的利玛窦可能会持冷漠态度的中国学者，在面对一位著名的科学大师时，是不可抵御其力量的。这样的事情是经常发生的，即如果在科学方面有了共同兴趣的蓓蕾，则很容易开出共同信仰的花朵。即使圆满的结果没有成为现实，至少能为信仰赢得富于同情心的帮助与保护。
到了1598年，当利玛窦打算离开南昌的时候，他的传教方式的主要思路已经拟定好了。从那以后，他将主要的精力投入到未来的进一步发展上。利玛窦一直在小心谨慎地摸索这一方法。他确信：在荒野中，他已经找到了一条唯一可行的道路。
利玛窦在南昌的最后几年的经历，使他获得了宝贵的经验。在学者们的讨论会上，利玛窦是一位很受欢迎的人物，因为在讨论中免不了要涉及基本的宗教问题，还会引出进一步的提问。参与讨论的有些人是出于好奇，有些人希望从利玛窦这里学到神秘的炼丹术，尽管利玛窦一再说他不会炼丹术，但是这些人还是坚持认为他会。不过大多数来拜访他的人是希望从他这里学到更多的关于科学、哲学和宗教的知识与思想。“从早到晚”，他写道：“我一直忙于与人们讨论我们的教义，许多人渴望抛弃他们的偶像而成为天主教徒……”[147]
在1595年，“作为一次中文写作的练习”，利玛窦编纂了一篇不太长的论文——《交友论》。这个题目很吸引中国学者。他们一向不知疲倦地讨论“三纲五常”这一孔子学说中有关道德理论的核心部分。这是一系列使孔子的声望名扬全中国的著作中最为重要的部分。在南昌，利玛窦还结识了两位住在南昌，属于皇室家族的王爷，并与他们建立了真诚的友谊。《交友论》就是为其中的一位王爷——“建安王”写的。这篇文章如此受欢迎，甚至连利玛窦自己也感到吃惊。许多学者争着想得到一册，有一位学者就将它刊印了出来。这之前，在其他的书中就已经提到这本书。三年以后，利玛窦从南京发回的信中说：
“与我们已经做过的一切相比，这本书为我，也为欧洲人赢得了更多的声誉。因为我们成功地制造了一些器械，我们在机械制造方面的才能已经受到了人们的赞扬；而这篇文章给我们带来的是有天分的学者、有道德的人的声誉。文章非常受欢迎，已经在两个地方出版了。”
这封信是写给他的朋友高斯塔的。在信中他还表达了他的烦恼，因为教会对这篇文章的审查严重地妨碍了他的工作。文章最后能够出版，应该归功于一名不透露姓名的学者在未经授权下的行为。谈到自己，利玛窦写道：“我不能发表这篇文章，因为要发表任何文章都要得到我们许多人的允许，对此我无能为力。这些做审查工作的人不在中国，也读不懂中文，还要坚持进行评审。”[148]
利玛窦在多年之后说，他的《交友论》已被重印多次。事隔390年，在1914年的5月，《交友论》以连载的形式出现在《神州日报》[149]上，足见它长盛不衰的影响力。
利玛窦的《交友论》是一个很好的例证，展示了耶稣会在东方与西方相互了解方面所起的中介作用。利玛窦并没有自封他是这篇不长文章的原始著者。当时建安王请他解释一下欧洲人对友谊的看法，写这篇文章的起因是为了满足建安王的好奇心。中国人习惯上称除了自己以外的所有人为“蛮夷”，让他们感到吃惊的是，这些“蛮夷”竟然在友谊这个话题上有如此高雅的论述，这使中国人感到很亲切，欧洲的文明程度在中国人的心目中的地位也一下子提高了。因此利玛窦的这篇文章不仅为他自己，也为欧洲人争了光。
在南昌，利玛窦决心为他传教使命找一个大一点的地方，创造好一点的条件。1596年夏，通过很成功的交涉，他买到一所房子。这是他盼望已久的第二个立足点[150]。在开辟这个新定居点的时候，他下了决心，不再采用在肇庆和韶州那样的设公开的礼拜堂的做法。
可以这样说，利玛窦这样做没有任何想掩盖他的宗教本质的企图。尽管这一结论是与普遍的说法相矛盾的。利玛窦通过自己的亲身经验体会到，在某种程度上，传教工作还必须要秘密进行。一些人劝告他，在一些最基本的工作没有准备好之前，一定不要急于做太明显的劝说人们信仰天主教的事情。在利玛窦的经历的这个阶段，他仍然认为，在传播福音一事得到朝廷的认可之前需要极为小心地行事。因此他决定在既不否认也不掩盖真实身份的状态下，不急于走在大众意识之前，而让人们知道他是在推行一种新的宗教，而且依照中国当时的环境，将许多人聚集在一起是十分危险的。那时，日本正在侵略朝鲜。中国人对间谍问题非常敏感。更重要还有，官场里的人惧怕国内秘密结社。因为大多数的结社都具有革命的性质，这是有先例的。人数达到某种程度的聚会都会引起猜疑，就像在罗马帝国的早期，天主教徒的聚会曾引起部分官员的怀疑，认为他们有推翻当权者的企图，这种情况当时在中国也同样存在。一些书院里文人们仅仅有9个或10个成员聚在一起，就已经引起朝廷的警觉了。以后我们将看到，首次偏离利玛窦这种传教策略就导致了一场对天主教徒的打击。在这种类似的打击再次爆发的时候，对南京天主教徒的主要指控是：这些天主教徒是臭名昭著的白莲教的教徒[151]。
利玛窦做出这一决策的主要动机与他放弃佛教徒的服饰的动机是一样的，耶稣会的教士们曾一度被人们当成是佛教的和尚。利玛窦毫不犹豫地决定，在南昌扩大居留地时不开设公开的礼拜堂，因为他知道，在明朝的社会环境中，通过私人间的谈话或小范围的探讨来传播福音要比在公开场合传播福音更为有效。他这种想法在他的两封信中表露的十分清楚。其中一封是1596年10月12日写给他在罗马的朋友富利卡提[152]（Giulio Fuligatti）的，信中在告知自己有了新住处后，写道：
“我不认为我们应该修建一座正式的教堂，而是代之以一间做讨论问题之用的房间。另一个厅则当作用来做私人弥撒的场所或做接待室。因为在这里，通过私下的谈话传播福音要比正式的布道效果更好，成果更显著。”[153]
三天之后，在写给高斯塔的一封信中，利玛窦讲述了他的主要动机：“我们已经不用僧人这个名称，而这个名称在中文里相当于我们语言中的修士……，在初始阶段我们还不打算建教堂或祈祷厅，而是有一个谈话室。”今天，我们称这种房间为讨论室。
事实也是如此，在肇庆和韶州的时候，耶稣会士在居住地设一公众聚会厅，有时会因此而招来不少是非。佛教的寺院或多或少地被视为公众的财产，因而习惯上寺院也允许任何公民团体在寺院里摆设宴席。在一些寺院里，人们常能听见的是节日喜庆宴席间的寻欢作乐之声，而不是和尚们的诵经之声。当地的乡绅们认为，既然这些外国的神父们将礼拜堂建在他们这儿，就像和尚的寺院一样，没有理由不让他们使用。耶稣会士们也不止一次地因回绝人们将礼拜堂用来做宴会厅的要求，而与当地的人发生摩擦。在肇庆的时候，有一次因为他们不让外人进来摆设宴席，将大门紧锁起来，结果导致了一次小规模的躁动。任何人都可以到佛教的寺院里摆酒席，这种约定俗成的习惯也不知沿用了多少年，而耶稣会的教士们却将大门紧闭，将人们拒之门外，这种行为似乎违反了上述那种不成文的法律。
最终让利玛窦做出这个决定的还是因为发生了一件更为严重的事[154]。事情发生在韶州，当时是由郭居静在这里主持工作。一天深夜，一伙一身酒气的人要强行进入传教士的住处。他们看样子不是本地人。仆人们将他们拦在了外面，他们就对仆人们连打带骂。第二天，这些人害怕郭居静会告他们，他们就恶人先告状，先将耶稣会士们告到了衙门，说他们受到欺辱。结果，衙门里一个职位较低的官吏办了这个案子，将郭居静的两个仆人传来打了一顿。当耶稣会修士钟鸣仁为他们辩护时，不但遭到痛打，而且还被罚带上刑具在大堂前站了一整天。后来，由于其他官吏的干预，才为传教士一方讨还了公道。这位滥用权力的官吏之所以这样做，主要是因为他曾垂涎郭居静的一块表，但是他们并没有得到，因而迁怒于郭居静。后来，这名官吏向郭居静赔礼道歉，并在城里一家寺院里摆下酒席，用这由来已久的习俗表示修好。为了避免发生这种不愉快的事，利玛窦决定，在新的定居点初建的时候，不设立公开的礼拜堂或教堂。
南昌为利玛窦开始实施被恰当地称为“分散式传教”的动议，提供了首次机会。南昌有许多学者，更重要的是其他地方有学问的人也经常造访南昌。它作为江西省的省会，也是全省学人乡试的地方。每隔三年，江西全省参加举人考试的学子都涌入南昌。1597年12月，南昌有4000名考生参加从12月19日到29日的举人考试。就在这个月，利玛窦在给曾教他科学课程的老教授克拉委奥的信里提到，当时拜访他的人非常多[155]。接触更多的人，也是传教工作的一种方式。利玛窦生命的最后10年是在北京度过的。在这期间，他继续实行这种传教方式。这些学者们从北京返回各省后，与利玛窦之间诚挚的友谊、令人兴奋的谈话仍会留在他们的记忆中；对利玛窦所称道的宗教信仰的同情和对天主教教义的兴趣也会一道被带走。在利玛窦离开南昌之前，他在当时中国15个省中的10个省里都有朋友。实际上，当时除去他在南京待了不长的一段时间外，在15个省里他只到过广东和江西两省。
尽管利玛窦在南昌的工作硕果累累，他仍然将目标锁定为北京。他在1596年10月13日写给耶稣会总会长阿桂委瓦神父的一封信中说，他正在焦急地等待罗马方面的回信，不知罗明坚向罗马教廷要求向中国派遣一名大使的建议能否被接受。如果这个建议行不通，他将决心自己全力以赴地设法去北京[156]。他认为这个想法是可行的，他在南昌结交的朋友里有些是皇亲，有些人的亲戚在朝廷里做大官，他还认识一位北京地方官的三个儿子。
几封从日本的来信带来了消息：日本派遣使者去北京，与朝廷进行和平谈判。这位使者是一名很好的天主教徒。这个消息让利玛窦感到了不安，因为日本人的举动也许会对他的进京产生不良影响。这位使者名叫小西飞（又称小西行长），是一名重要的信仰天主教的领主，也是当时丰臣秀吉最信任的军官之一[157]。
1598年的时候，教会方面发生了一些行政上的变化。大约在两年前，担任了22年各种职务的范礼安，经本人向耶稣会总会长申请，辞去职务。经总会长的批准，他的职务由印度的巡察使尼科罗·皮门塔（Nicolau Pimenta）接替。但是范礼安希望以后做一名普通的教士的愿望没能实现，因为总会长仍然让他担任日本和中国巡察使。
1597年7月，范礼安到了澳门，直到1598年7月才离开。这时在中国传教的负责人是孟三德，而不是利玛窦。早在1583年，澳门神学院院长卡布拉尔（Cabral）就向总会长进言，劝说他不要任命罗明坚为中国传教团的负责人。他显然感觉到，传教团的负责人在性格上不能太单纯，要多一些心计。在他写给耶稣会总会长的信里谈到罗明坚时说，罗明坚是一个品德高尚地人，“但不足以应付周围的环境”[158]。耶稣会总会长就让范礼安任命一位比罗明坚更谨慎的负责人，范礼安选择了孟三德。1585年孟三德得到任命后，很快就来到了中国。但是由于他的健康状况不好，不能在中国停留较长时间。1590年，他又被任命为澳门神学院院长[159]。这是一种笨拙的行政安排。一直实际全盘负责在中国的传教工作的利玛窦，每迈出重要的一步都要经过孟三德的批准。澳门和内地相距遥远，孟三德对实际情况也不清楚，很难对问题做出判断。
这时，范礼安结束了这种不正常的局面。利玛窦被任命为传教的负责人，还被赋予了较大的权力；在印度待过10年、任过各种职务的李玛诺[160]（Manoel Dias）神父接替了孟三德，担任澳门神学院的院长。当时的耶稣会士们称他为老玛诺（Manoel Dias, Senior），以区分另一位小玛诺（Manoel Dias, Junior）。小玛诺在中国被称呼为阳玛诺[161]，同样将在传教工作中起很重要的作用。李玛诺对在中国的传教事业的忠诚，对这个地区工作的进展来说，是个好兆头。范礼安随后派龙华民[162]（Nicolò Longobardo）去韶州，加入郭居静与罗如望[163]（Jo?o de Rocha）的传教工作。从1595年12月起，利玛窦和苏如望[164]（Jo?o Soerio）就一起在南昌传教。
这一切都是为利玛窦进京所做的刻意的安排。范礼安这时便向利玛窦建议，尝试着去接近“在北京的朝廷和皇帝”。献给皇上的礼物也准备好了：一幅圣母玛丽亚的画像、一幅救世主耶稣的画像、阿桂委瓦送的一座铜制自鸣钟、菲律宾马尼拉的主教送的一座相似的自鸣钟。
在利玛窦开展工作之初，中国的政治就给他上了一课。他曾经高估了皇家成员的作用。在中国历史上，不少帝王是被皇族成员推翻和取代的。明朝的统治者清楚这些历史。为了消除宫廷中的危险，朝廷一贯采用的做法是将诸亲王派往全国各地，赐给他们很高的头衔，享受奢华的生活，但是削弱他们的影响，使之远离权力。
当利玛窦接近建安王的时候，他想通过建安王的帮助进入北京。但他很快就知道了，“皇帝在行使权力时，不仅不用他的这些亲戚，而且对他们还抱有强烈的猜疑心态”。利玛窦后来写道，如果继续走这条路，“不仅对传教没有帮助，也许还会带来很大的危险和伤害，甚至毁掉它”[165]。
利玛窦在韶州期间，与朝廷里的一位高官——王弘诲[166]建立了联系。当时，王弘诲由于厌倦了政敌的阴谋倾轧，暂时辞去了南京礼部尚书的职务，返回老家海南。他在途经韶州的时候，与利玛窦相识了，两人畅谈了整整一天。王弘诲想带利玛窦进京，对国家的历法进行改革。他做这件事的动机并非全是出于公心，他希望推荐利玛窦修历能给他本人带来荣誉，从而使他有可能出任北京的礼部尚书[167]。
1598年，王弘诲被召回南京，官复原职。在路经韶州时，他向郭居静询问利玛窦在什么地方。郭居静答应，将赶在王的前面去一趟南昌，告诉利玛窦王弘诲要见他的消息。于是，郭居静和罗如望来到了南昌，两天后王弘诲也到了。王弘诲告诉利玛窦，要带他进北京。王弘诲还说，9月17日那天，在北京的官员们要朝见皇上，为皇上祝贺生日。
1598年6月25日，利玛窦带着郭居静、钟鸣仁和正准备加入耶稣会的年轻的澳门人游文辉[168]（教名Manoel）登上王弘诲的船离开南昌。游文辉将在1605年成为耶稣会辅理修士，1610年利玛窦在北京去世的时候，是他守在利玛窦的身边。与其他几位首批加入耶稣会的中国人一样，游文辉在当时也有另一个名字，曼努埃尔·佩罗拉（Manoel Pereira）。他是一位很有天分的艺术家，后来北京教堂里的一些宗教绘画就是出自他的手笔。利玛窦刚刚去世后，他画了一幅利玛窦的画像，画得非常好。这幅画像现在悬挂在罗马杰苏（Gesù）教区的耶稣会士住所。
罗如望和苏如望留在南昌，负责这里的传教工作，龙华民负责韶州的传教工作。利玛窦在耐心等待了16年之后，终于踏上了去一睹龙颜的路程。
