婆罗洲海上的外来威胁消失，清、葡、西、荷一家亲，而英吉利和法兰西的势力现在还聚焦在欧洲、北美洲、南亚一带，对婆罗洲暂时不构成威胁。
陆地的行动就没那么轻松。虽然孙仁能征善战，但对于看不见的敌人，比如这山川，河流，还有分散在各地，语言不通的土著部落，即便有凶悍的缅兵，廓尔喀兵和藏兵，也不能放纵他们滥杀无辜啊。后请示福康安同意，孙仁特意从兰芳共和国罗芳伯那里借了一千当地兵马，作为地面行动的向导。毕竟罗芳伯的人除了部分内地人，还有从各部落征召的土著士兵，这些士兵在语言交流和肢体语言沟通方面，有很大优势。三个月后，控制区内的抵抗势力和野蛮土著都已经消失，要么归顺我大清南院执政，要么继续往婆罗洲的中部热带丛林里搬迁。
经过新一师近半年的经营，在沿岸地带建立水师物资补给点五个，屯民居住点十个，归化屯民点二十个，有效控制点三十个。水师物资补给点主要是为混编水师服务，供应人员和物资上岸轮休。
沿着这些物资补给点向内陆延伸二十公里左右，会有修建中的屯民居住点，征召从内地来的工匠，以及当地的土著人，按照内地人居住风格建造，每个居住点建有联排房屋，仓库，简便的道路和水利设施，附近有可开垦土地上万亩，可以安置两千人到三千人。这是为后续的内地移民准备的。这些屯民点距离海岸不远，方便信息传递和物资交通。
沿着屯民点继续向岛屿内地、左右辐射，就是常看到的土著居民屯民点，他们一般是以种植水稻、水果、橡胶、烟叶等为生。原本有一部分居住在沿海一带，后为了切断海盗的补给，实施婆罗洲版本的有限“海禁令”：凡居住在海岸二十公里内的居民一律搬迁到内地安置，由大清南院执政给予相应的补贴。违抗法令者，视为海盗论处。法令是一回事，实际是另一回事，一些沿岸的渔民习惯了下海捕鱼，即便是冒着杀头的危险，还是会这样做。单纯的武力禁止解决不了渔民的生计，他们除了捕鱼，什么都不会做，大多只能坐吃山空。三个月后，等海面平静后，做了变通规定：按宗族和人口，发放捕鱼打捞执照，执照三年一审。办理执照缴纳一定额度的税收，具体按吨位计算。捕鱼遇到风浪或其他变故，可以向当地的水师和驻军寻求保护。
随着当地经济发展，人口越来越多，为了在当地有效的治理，特意成立大清南院婆罗洲特区，命人设置行政公署和司法公署，安排内地人前往治理，每届三年。而在土著居民聚集的区域，则实施地方自治，财政税务实施财务联席委员会管理制度，杜绝极少数人的贪墨行为，司法公署人员则多由当地的部落长老出任，而最高司法权、外交、军务管理归南院执政管理。行政治理从当地草根平民阶层中选拔，如此一来，无形中打破了原有的阶层固化，对当地的民生和经济发展也算一大福音，这点尤其对草根和外来移民最具有吸引力。他们祖辈大多是无权无势之人，而今来到婆罗洲特区，有了职业晋升通道，无不拍手称赞。有钱有实惠就好，何必拘泥于形式，很多时候都是为了所谓的面子，反而劳民伤财，人财两空。
次年三月，也就是同治六年三月，第一批移民一万人分别自四川成都、广西桂林、江西南昌、湖南长沙和云南昆明四地出发，前往婆罗洲屯民定居点，开辟新天地。对于这些新移民来讲，不仅提供住房、田地和路费资助，还享受三免两减的政策。屯民点计划分五期进行，半年一个批次，每批一万人，总计五万人。计划三年内完成移民垦殖计划，巩固南院执政在婆罗洲西南的开发建设。同时对婆罗洲当地的土著居民的经济环境影响很小，还促进了区域民族交流和融合。
同治七年五月，提前超额完成移民安置计划，当地的移民人口达到了六万人，下辖区域总人口达到八十万人。每年税收收入达一百万两，百分之七十来自海关关税。百分之二十来自矿产收入，百分之十来自田地契税和商贸纳税收入。当地的金矿、煤矿、铁矿等矿产较多，大多矿主都是从内地过来的淘金客。看着生意不错，我还让童师爷安排了自己人过去经营两处矿产，于人于己都有利可图。
当地的教育经历了从无到有的快速发展：小学新建十三所，中学新建五所，职业学院建立三所，教授的基本内容涵盖华夏国文，数学，物理，当然还有当地的番文，以及拉丁文。职业教育则包括机械，造船，会计，采购，种植，养殖等专业。华人的学龄儿童入学率达到百分之百，而当地人入学率也达到百分之六十。这也是一个矛盾过程，要更好控制当地，最好是对教育资源限制开发，而要开发当地的经济资源，也要大量的熟练劳动力，单纯依靠内地的劳动力输入，成本比较大，所以只能发展当地的劳动力资源，一旦当地劳动力资源成熟以后，同样会面临劳动资源难以把控的风险，这大概就是所谓的技术进步陷阱吧。国富论中提到分工合作，共同进步，只是他对人性的了解还是不够，人是最具有创造力的物种，一旦激活潜在的能力，就无法遏制他的创造力，也不要指望这些人永远只是提供廉价劳动力。后世的经济危机或战争，很大程度就是这种资本和人力的错位竞争失衡而引发。
当地民众的生活和经济面貌有了很大改善，甚至比内地普通民众生活的更轻松健康，因为他们这里没有垄断，没有暗香操作，尤其是最初的几年，大多移民不需承担税收，可以经常和朋友吃饭，喝茶，聊天，不用担心高房价，高物价和失业的威胁，一切都是那样的生机盎然，充满活力。
或许，这才是真正的世外桃源吧。
